145 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1004 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_1219  phosphopentomutase  82.92 
 
 		 404 aa  684    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1027  phosphopentomutase  80.99 
 
 		 405 aa  655    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1039  phosphopentomutase  82.67 
 
 		 404 aa  681    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.536446  hitchhiker  0.0000000672539 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1104  phosphopentomutase  82.67 
 
 		 404 aa  682    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000314431 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1004  phosphopentomutase  100 
 
 		 405 aa  833    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.490105  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1043  phosphopentomutase  83.17 
 
 		 404 aa  686    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000600335 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0975  phosphopentomutase  82.67 
 
 		 407 aa  686    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.515828  hitchhiker  0.00460474 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3225  phosphopentomutase  82.18 
 
 		 404 aa  700    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2813  phosphopentomutase  83.17 
 
 		 405 aa  674    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00335296  unclonable  0.00000382336 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2820  phosphopentomutase  82.43 
 
 		 404 aa  699    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.776511  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3228  phosphopentomutase  82.67 
 
 		 404 aa  703    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1142  phosphopentomutase  82.18 
 
 		 404 aa  699    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000656152 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3376  phosphopentomutase  80.74 
 
 		 405 aa  697    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.301348  normal  0.0494326 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3046  phosphopentomutase  82.22 
 
 		 405 aa  679    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.308084  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3364  phosphopentomutase  82.18 
 
 		 404 aa  700    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.438117  hitchhiker  0.00673377 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3547  phosphopentomutase  83.7 
 
 		 405 aa  712    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0922116  hitchhiker  0.000231976 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3496  phosphopentomutase  70.02 
 
 		 407 aa  607  1e-173  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0662  phosphopentomutase  71.18 
 
 		 407 aa  609  1e-173  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0829  phosphopentomutase  70.02 
 
 		 407 aa  609  1e-173  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3625  phosphopentomutase  70.02 
 
 		 407 aa  607  1e-173  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.871395  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1927  phosphopentomutase  70.94 
 
 		 406 aa  603  1.0000000000000001e-171  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03375  phosphopentomutase  70.44 
 
 		 406 aa  599  1e-170  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002631  phosphopentomutase  69.95 
 
 		 406 aa  590  1e-167  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0543  phosphopentomutase  68.8 
 
 		 407 aa  588  1e-167  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.284768  normal  0.109677 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0621  phosphopentomutase  70.44 
 
 		 406 aa  590  1e-167  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.482863  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0823  phosphopentomutase  68.06 
 
 		 407 aa  587  1e-166  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.2985  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0601  phosphopentomutase  67.32 
 
 		 407 aa  585  1e-166  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3331  phosphopentomutase  67.57 
 
 		 407 aa  582  1.0000000000000001e-165  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00236172  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4984  phosphopentomutase  68.3 
 
 		 407 aa  581  1.0000000000000001e-165  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4925  phosphopentomutase  68.3 
 
 		 407 aa  581  1.0000000000000001e-165  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.141985  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4977  phosphopentomutase  68.3 
 
 		 407 aa  581  1.0000000000000001e-165  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4823  phosphopentomutase  68.3 
 
 		 407 aa  581  1.0000000000000001e-165  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4891  phosphopentomutase  68.3 
 
 		 407 aa  581  1.0000000000000001e-165  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0858658  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3615  phosphopentomutase  68.23 
 
 		 407 aa  580  1e-164  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3450  phosphopentomutase  68.98 
 
 		 407 aa  580  1e-164  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4618  phosphopentomutase  68.23 
 
 		 407 aa  580  1e-164  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4982  phosphopentomutase  68.23 
 
 		 407 aa  580  1e-164  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5898  phosphopentomutase  68.23 
 
 		 407 aa  580  1e-164  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3673  phosphopentomutase  68.23 
 
 		 407 aa  580  1e-164  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.863426  normal  0.273161 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4932  phosphopentomutase  68.23 
 
 		 407 aa  580  1e-164  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.912083  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4930  phosphopentomutase  68.23 
 
 		 407 aa  580  1e-164  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04259  phosphopentomutase  67.98 
 
 		 407 aa  577  1.0000000000000001e-163  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.676098  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04225  hypothetical protein  67.98 
 
 		 407 aa  577  1.0000000000000001e-163  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.836281  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2863  phosphopentomutase  61.69 
 
 		 415 aa  547  1e-154  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3345  phosphopentomutase  59.11 
 
 		 406 aa  495  1e-139  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0641  phosphopentomutase  57.32 
 
 		 413 aa  483  1e-135  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0693  phosphopentomutase  58.02 
 
 		 407 aa  474  1e-133  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0676  phosphopentomutase  58.27 
 
 		 407 aa  475  1e-133  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0829  phosphopentomutase  60.88 
 
 		 418 aa  477  1e-133  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.44144  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4469  phosphopentomutase  55.67 
 
 		 406 aa  477  1e-133  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.614507  normal  0.393425 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4181  phosphopentomutase  56.65 
 
 		 406 aa  474  1e-132  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0229  phosphopentomutase  56.65 
 
 		 406 aa  469  1.0000000000000001e-131  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.44638  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4099  phosphopentomutase  57.6 
 
 		 409 aa  469  1.0000000000000001e-131  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1976  phosphopentomutase  55.8 
 
 		 404 aa  467  9.999999999999999e-131  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0351038  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2210  phosphopentomutase  55.56 
 
 		 405 aa  463  1e-129  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1934  phosphopentomutase  55.8 
 
 		 406 aa  461  9.999999999999999e-129  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0280  phosphopentomutase  57 
 
 		 397 aa  458  9.999999999999999e-129  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.240489  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1825  phosphopentomutase  53.83 
 
 		 406 aa  447  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0453691  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5134  phosphopentomutase  54.66 
 
 		 407 aa  434  1e-120  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.426443  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4521  phosphopentomutase  52.96 
 
 		 405 aa  420  1e-116  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.425757 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0816  phosphopentomutase  51.48 
 
 		 406 aa  416  9.999999999999999e-116  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.212684 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2985  phosphopentomutase  52.8 
 
 		 402 aa  404  1e-111  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.393208 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0249  phosphopentomutase  53.1 
 
 		 398 aa  403  1e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1596  phosphopentomutase  52.85 
 
 		 398 aa  401  9.999999999999999e-111  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0277  phosphopentomutase  52.61 
 
 		 398 aa  401  9.999999999999999e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1570  phosphopentomutase  50.12 
 
 		 404 aa  388  1e-107  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0829  phosphopentomutase  49.26 
 
 		 399 aa  383  1e-105  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.654335  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2221  phosphopentomutase  49.14 
 
 		 394 aa  378  1e-104  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.526738  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6094  phosphopentomutase  48.65 
 
 		 420 aa  364  2e-99  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.11773  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1773  phosphopentomutase  47.77 
 
 		 390 aa  352  5.9999999999999994e-96  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2256  phosphopentomutase  47.17 
 
 		 393 aa  345  6e-94  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1100  phosphopentomutase  46.8 
 
 		 397 aa  345  6e-94  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0408  phosphopentomutase  47.16 
 
 		 389 aa  345  7e-94  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3449  phosphopentomutase  47.78 
 
 		 388 aa  345  8.999999999999999e-94  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1040  phosphopentomutase  46.73 
 
 		 394 aa  342  9e-93  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000119876  hitchhiker  0.000224801 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4197  phosphopentomutase  46.49 
 
 		 394 aa  340  2.9999999999999998e-92  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.00100464  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0368  phosphopentomutase  46.96 
 
 		 393 aa  339  5e-92  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4156  phosphopentomutase  46.25 
 
 		 394 aa  338  9.999999999999999e-92  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0317626  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3844  phosphopentomutase  46.25 
 
 		 394 aa  338  9.999999999999999e-92  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.512526  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4220  phosphopentomutase  46.25 
 
 		 394 aa  338  9.999999999999999e-92  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000013434  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3997  phosphopentomutase  45.72 
 
 		 394 aa  337  1.9999999999999998e-91  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4309  phosphopentomutase  45.72 
 
 		 394 aa  337  1.9999999999999998e-91  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0282781  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0905  phosphopentomutase  46.15 
 
 		 391 aa  337  1.9999999999999998e-91  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0954  phosphopentomutase  46.15 
 
 		 388 aa  337  1.9999999999999998e-91  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3828  phosphopentomutase  46.25 
 
 		 394 aa  337  2.9999999999999997e-91  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0706266  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4111  phosphopentomutase  46.25 
 
 		 394 aa  337  2.9999999999999997e-91  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.25334e-34 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3918  phosphopentomutase  46 
 
 		 394 aa  336  3.9999999999999995e-91  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000783591  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0956  phosphopentomutase  45.91 
 
 		 388 aa  335  1e-90  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2786  phosphopentomutase  46.6 
 
 		 395 aa  334  1e-90  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000455105  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0951  phosphopentomutase  45.16 
 
 		 389 aa  331  1e-89  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3205  phosphopentomutase  44.15 
 
 		 392 aa  329  5.0000000000000004e-89  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1500  phosphopentomutase  46 
 
 		 389 aa  326  4.0000000000000003e-88  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2320  phosphopentomutase  45.54 
 
 		 392 aa  324  2e-87  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000329879  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2053  phosphopentomutase  45.34 
 
 		 397 aa  320  3.9999999999999996e-86  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0758  phosphopentomutase  44.33 
 
 		 390 aa  318  1e-85  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0781  phosphopentomutase  44.33 
 
 		 390 aa  316  4e-85  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1791  phosphopentomutase  46.17 
 
 		 392 aa  315  7e-85  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2847  phosphopentomutase  44.04 
 
 		 391 aa  315  9.999999999999999e-85  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1667  phosphopentomutase  44.33 
 
 		 392 aa  313  2.9999999999999996e-84  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.104924  normal  0.0318533 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0112  phosphopentomutase  42.36 
 
 		 397 aa  312  7.999999999999999e-84  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000070678  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>