More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0990 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_03035  translation initiation factor IF-2  65.34 
 
 
890 aa  1110    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.243864  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0537  translation initiation factor IF-2  65.34 
 
 
890 aa  1110    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1588  translation initiation factor IF-2  56.39 
 
 
883 aa  686    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0169841  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4712  translation initiation factor IF-2  68.58 
 
 
846 aa  857    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.333126  normal  0.0123461 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2757  translation initiation factor IF-2  52.46 
 
 
838 aa  659    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.141804  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1106  translation initiation factor IF-2  52.55 
 
 
896 aa  636    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3652  translation initiation factor IF-2  65.34 
 
 
890 aa  1110    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1315  translation initiation factor IF-2  60.96 
 
 
868 aa  783    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1289  translation initiation factor IF-2  60.78 
 
 
964 aa  810    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0908085  normal  0.772813 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2077  translation initiation factor IF-2  46.33 
 
 
990 aa  659    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.146331  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2203  translation initiation factor IF-2  70.21 
 
 
889 aa  1013    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2826  translation initiation factor IF-2  52.77 
 
 
836 aa  666    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0175  translation initiation factor IF-2  62.26 
 
 
975 aa  818    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0986137  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2165  translation initiation factor IF-2  46.33 
 
 
959 aa  662    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.34369  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1204  translation initiation factor IF-2  84.42 
 
 
885 aa  1433    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4490  translation initiation factor IF-2  69.53 
 
 
841 aa  848    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0593821  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3596  translation initiation factor IF-2  64.44 
 
 
892 aa  1109    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000160504  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0563  translation initiation factor IF-2  53.6 
 
 
816 aa  853    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.852622  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1027  translation initiation factor IF-2  53.6 
 
 
854 aa  871    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.295152  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1061  translation initiation factor IF-2  62.26 
 
 
975 aa  818    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0461842  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2820  translation initiation factor IF-2  54.17 
 
 
868 aa  919    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2689  translation initiation factor IF-2  54.33 
 
 
868 aa  920    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4180  translation initiation factor IF-2  69.7 
 
 
841 aa  850    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0069  translation initiation factor IF-2  49.51 
 
 
908 aa  808    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.00377162  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2452  translation initiation factor IF-2  61.93 
 
 
904 aa  808    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00150352  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1921  translation initiation factor IF-2  63.68 
 
 
948 aa  785    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0602032 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2749  translation initiation factor IF-2  59.97 
 
 
990 aa  752    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.867679  normal  0.130193 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2028  translation initiation factor IF-2  64.59 
 
 
966 aa  791    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0697  translation initiation factor IF-2  49.68 
 
 
922 aa  815    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.248102  normal  0.307496 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3441  translation initiation factor IF-2  52.73 
 
 
885 aa  642    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1915  translation initiation factor IF-2  62.11 
 
 
975 aa  816    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.697386  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2120  translation initiation factor IF-2  54.11 
 
 
845 aa  907    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0599462  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0779  translation initiation factor IF-2  64.87 
 
 
837 aa  844    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000679376  normal  0.0113763 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1165  translation initiation factor IF-2  52.61 
 
 
836 aa  666    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1555  translation initiation factor IF-2  48.28 
 
 
947 aa  675    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000482401  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4641  translation initiation factor IF-2  62.97 
 
 
972 aa  815    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.269772  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1901  translation initiation factor IF-2  55.27 
 
 
882 aa  669    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.650972  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1957  translation initiation factor IF-2  53.18 
 
 
985 aa  649    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3348  translation initiation factor IF-2  64.06 
 
 
848 aa  809    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0346308  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1586  translation initiation factor IF-2  55.1 
 
 
884 aa  680    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000230757  normal  0.126599 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1123  translation initiation factor IF-2  65.96 
 
 
818 aa  821    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4577  translation initiation factor IF-2  68.58 
 
 
846 aa  858    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.126639  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1507  translation initiation factor IF-2  62.26 
 
 
975 aa  818    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3383  translation initiation factor IF-2  61.82 
 
 
943 aa  776    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.121659  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2433  translation initiation factor IF-2  55.5 
 
 
1079 aa  662    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.189984  normal  0.802602 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1864  translation initiation factor IF-2  51.58 
 
 
876 aa  857    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3781  translation initiation factor IF-2  52.59 
 
 
873 aa  663    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.322768  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1050  translation initiation factor 2  53.12 
 
 
903 aa  653    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.000000107022  unclonable  0.0000000303018 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2564  translation initiation factor IF-2  62.26 
 
 
976 aa  821    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0419633  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2827  translation initiation factor IF-2  86.16 
 
 
885 aa  1207    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00613346 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3280  translation initiation factor IF-2  86.31 
 
 
880 aa  1446    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0157  translation initiation factor IF-2  48.86 
 
 
905 aa  796    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0038  translation initiation factor IF-2  50.85 
 
 
824 aa  639    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.963114  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2134  translation initiation factor IF-2  64.49 
 
 
978 aa  761    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.149988  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2708  translation initiation factor IF-2  62.66 
 
 
908 aa  758    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.334172  normal  0.377403 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03396  translation initiation factor IF-2  67.45 
 
 
894 aa  1159    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0067  translation initiation factor 2  52.3 
 
 
907 aa  902    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00109363  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2426  translation initiation factor IF-2  60.5 
 
 
968 aa  770    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0271781  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2820  translation initiation factor IF-2  62.62 
 
 
989 aa  820    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0105621  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1007  translation initiation factor IF-2  87.9 
 
 
884 aa  1472    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.605303  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0225  translation initiation factor IF-2  55 
 
 
887 aa  637    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0747  translation initiation factor IF-2  46.28 
 
 
964 aa  663    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.152188  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0074  translation initiation factor IF-2  49.24 
 
 
908 aa  811    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0422922  normal  0.247669 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2031  translation initiation factor IF-2  61.94 
 
 
979 aa  801    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00715867 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0631  translation initiation factor IF2-2  55.36 
 
 
880 aa  951    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0174  translation initiation factor IF-2  65.82 
 
 
898 aa  1128    Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00015566  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2912  translation initiation factor IF-2  55.63 
 
 
835 aa  668    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.922149  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1227  translation initiation factor IF-2  62.05 
 
 
920 aa  775    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0619631  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1020  translation initiation factor IF-2  63.21 
 
 
971 aa  818    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1762  translation initiation factor IF-2  55.26 
 
 
975 aa  724    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.599583  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1695  translation initiation factor IF-2  62.88 
 
 
869 aa  1026    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3930  translation initiation factor IF-2  53.92 
 
 
856 aa  654    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3628  translation initiation factor IF-2  49.71 
 
 
887 aa  671    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.206324 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2834  translation initiation factor IF-2  84.07 
 
 
880 aa  1467    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3605  translation initiation factor IF-2  64.78 
 
 
898 aa  1117    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.600034  normal  0.0461803 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0821  translation initiation factor IF-2  63.1 
 
 
831 aa  994    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.175155  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0817  translation initiation factor IF-2  67 
 
 
880 aa  1138    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00792511 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1026  translation initiation factor IF-2  84.54 
 
 
885 aa  1419    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.748082  hitchhiker  0.0000041871 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1091  translation initiation factor IF-2  84.54 
 
 
885 aa  1419    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.193665  normal  0.0905739 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1948  translation initiation factor IF-2  63.89 
 
 
883 aa  811    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0536071 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0990  translation initiation factor IF-2  100 
 
 
881 aa  1781    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.106597  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3360  translation initiation factor IF-2  65.34 
 
 
890 aa  1110    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.900046  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5462  translation initiation factor IF-2  69.31 
 
 
837 aa  847    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1382  translation initiation factor IF-2  55.59 
 
 
971 aa  724    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.350038  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62760  translation initiation factor IF-2  69.31 
 
 
840 aa  847    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0503522  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2011  translation initiation factor IF-2  60.16 
 
 
992 aa  781    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.577771  normal  0.890025 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3239  translation initiation factor IF-2  86.31 
 
 
880 aa  1446    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.432211  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2561  translation initiation factor IF-2  63.81 
 
 
943 aa  766    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.334789  normal  0.0201615 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1254  translation initiation factor IF-2  43.09 
 
 
848 aa  643    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0961  translation initiation factor IF-2  86.14 
 
 
882 aa  1210    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.875845  normal  0.117843 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1500  translation initiation factor IF-2  63.21 
 
 
971 aa  818    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0214708  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1228  translation initiation factor IF-2  56.95 
 
 
962 aa  668    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.00145036  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3727  translation initiation factor 2  48.38 
 
 
949 aa  669    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1030  translation initiation factor IF-2  89.38 
 
 
889 aa  1279    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000967139 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0991  translation initiation factor IF-2  62.26 
 
 
975 aa  818    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0637827  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1749  translation initiation factor IF-2  61.63 
 
 
890 aa  764    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0133551  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0963  translation initiation factor IF-2  55.1 
 
 
921 aa  667    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3389  translation initiation factor IF-2  75.53 
 
 
896 aa  1323    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.479948  hitchhiker  0.00172114 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2594  translation initiation factor IF-2  51.57 
 
 
848 aa  653    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.914394 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1740  translation initiation factor IF-2  62.11 
 
 
975 aa  816    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.12282  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>