More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0920 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_0920  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
251 aa  508  1e-143  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2591  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.55 
 
 
250 aa  313  9.999999999999999e-85  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.573259 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3917  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.45 
 
 
252 aa  311  4.999999999999999e-84  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.139666  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0484  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.24 
 
 
256 aa  306  3e-82  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.382546 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2348  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.2 
 
 
254 aa  303  1.0000000000000001e-81  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.199031 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3357  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58 
 
 
255 aa  301  7.000000000000001e-81  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0580  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.63 
 
 
255 aa  300  2e-80  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1054  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.7 
 
 
259 aa  298  6e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.508764  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0250  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.2 
 
 
253 aa  295  6e-79  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4321  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  60.24 
 
 
251 aa  293  2e-78  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.255411 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3773  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.44 
 
 
253 aa  293  2e-78  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3215  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.26 
 
 
251 aa  291  5e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.707751 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0247  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.8 
 
 
253 aa  291  6e-78  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2395  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.27 
 
 
251 aa  290  1e-77  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.102183 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0249  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.44 
 
 
253 aa  290  1e-77  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000125391 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4280  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.83 
 
 
254 aa  290  2e-77  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.91487  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0248  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.63 
 
 
253 aa  289  2e-77  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000114763 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0911  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.7 
 
 
254 aa  289  3e-77  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0247  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.63 
 
 
253 aa  287  9e-77  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1522  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.45 
 
 
254 aa  286  2.9999999999999996e-76  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0490038  normal  0.520511 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4264  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.97 
 
 
252 aa  284  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.281349  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0177  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.54 
 
 
269 aa  283  2.0000000000000002e-75  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.167231  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4328  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.2 
 
 
250 aa  283  3.0000000000000004e-75  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0215528 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0159  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.54 
 
 
269 aa  282  3.0000000000000004e-75  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0969  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.4 
 
 
256 aa  281  1e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.760882  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1730  dehydrogenase/reductase oxidoreductase protein  57.2 
 
 
256 aa  280  2e-74  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1065  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  58.87 
 
 
251 aa  280  2e-74  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1452  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.82 
 
 
259 aa  279  4e-74  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1990  oxidoreductase  53.85 
 
 
254 aa  278  4e-74  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.207247 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3747  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.4 
 
 
254 aa  273  3e-72  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0590  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.28 
 
 
256 aa  268  5.9999999999999995e-71  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.61 
 
 
253 aa  267  1e-70  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.192995  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0270  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.2 
 
 
263 aa  267  1e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5653  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.81 
 
 
252 aa  261  6.999999999999999e-69  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.203943 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2597  dehydrogenase/reductase oxidoreductase protein  52.23 
 
 
252 aa  259  4e-68  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2232  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.4 
 
 
253 aa  258  6e-68  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2398  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.59 
 
 
247 aa  256  2e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.332896 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0808  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.2 
 
 
252 aa  253  3e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.673149  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3073  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  50.2 
 
 
252 aa  248  5e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.175378  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2023  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.8 
 
 
275 aa  240  1e-62  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.759613  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2886  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50 
 
 
254 aa  240  1e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.808973  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1053  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.02 
 
 
253 aa  239  2.9999999999999997e-62  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.355972  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2429  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.4 
 
 
252 aa  237  2e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.58328  normal  0.46661 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32440  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR protein  47.15 
 
 
247 aa  236  3e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3719  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.15 
 
 
250 aa  235  6e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.282808 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1471  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.95 
 
 
194 aa  234  1.0000000000000001e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000473762 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3113  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.8 
 
 
256 aa  233  2.0000000000000002e-60  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000552143 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3545  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.77 
 
 
247 aa  230  2e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0725636 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2739  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.02 
 
 
277 aa  200  1.9999999999999998e-50  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2625  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.23 
 
 
248 aa  191  1e-47  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.627882  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2669  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.23 
 
 
248 aa  191  1e-47  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.412658  normal  0.910239 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2654  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.23 
 
 
248 aa  191  1e-47  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5828  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.96 
 
 
262 aa  189  4e-47  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.414284  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2966  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.37 
 
 
254 aa  182  4.0000000000000006e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.437274  normal  0.59964 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6999  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.35 
 
 
255 aa  171  7.999999999999999e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3213  short chain dehydrogenase  38.96 
 
 
254 aa  166  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2906  short chain dehydrogenase  38.55 
 
 
257 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.01573  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2971  short chain dehydrogenase  39.13 
 
 
257 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3195  short chain dehydrogenase  39.13 
 
 
254 aa  163  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.961383  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3239  short chain dehydrogenase  38.74 
 
 
254 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.304035  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2927  short chain dehydrogenase  38.15 
 
 
254 aa  163  3e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6424  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.95 
 
 
255 aa  162  6e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2979  short chain dehydrogenase  38.15 
 
 
257 aa  162  6e-39  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000666637  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3204  short chain dehydrogenase  38.15 
 
 
257 aa  162  6e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00024474  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2043  short chain dehydrogenase  37.75 
 
 
254 aa  162  7e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.179832  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5538  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.55 
 
 
255 aa  161  1e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00687705  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1252  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.4 
 
 
253 aa  160  1e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5129  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.4 
 
 
263 aa  159  5e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.204744  normal  0.374158 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5541  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.29 
 
 
254 aa  158  9e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.260797 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4436  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.78 
 
 
265 aa  157  1e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0880  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.3 
 
 
253 aa  156  2e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2870  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  34.96 
 
 
254 aa  156  4e-37  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1150  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.51 
 
 
253 aa  153  2e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.718772 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0806  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.8 
 
 
248 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1378  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.34 
 
 
247 aa  153  2.9999999999999998e-36  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1932  short chain dehydrogenase  36.59 
 
 
252 aa  152  5.9999999999999996e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.362835  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0061  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.15 
 
 
249 aa  151  8e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.212664 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1849  short chain dehydrogenase  36.59 
 
 
252 aa  150  3e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0470  enoyl-(acyl carrier protein) reductase  37.3 
 
 
249 aa  149  4e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000863447  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3255  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.55 
 
 
250 aa  149  4e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2778  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.95 
 
 
252 aa  149  6e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3493  short chain dehydrogenase  36.18 
 
 
252 aa  149  6e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1705  short chain dehydrogenase  36.59 
 
 
252 aa  148  7e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.957083  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0549  putative short-chain type dehydrogenase/reductase  36.55 
 
 
248 aa  148  7e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.613292 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1347  enoyl-(acyl carrier protein) reductase  37.3 
 
 
249 aa  148  8e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1664  short chain dehydrogenase  35.77 
 
 
252 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.316007  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4562  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.86 
 
 
248 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0570869  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1337  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.4 
 
 
248 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.378694  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0128  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.89 
 
 
246 aa  148  1.0000000000000001e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05466  dehydrogenase oxidoreductase protein  34.82 
 
 
255 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.968817  normal  0.104137 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1224  putative 3-oxoacyl-(acyl-carrier protein) reductase  36 
 
 
255 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0621066  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1573  3-oxoacyl-(acyl-carrier protein) reductase  35.25 
 
 
266 aa  147  2.0000000000000003e-34  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.647658  normal  0.48808 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3110  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.65 
 
 
246 aa  147  2.0000000000000003e-34  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1689  short chain dehydrogenase  36.59 
 
 
252 aa  146  3e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1886  short chain dehydrogenase  36.59 
 
 
252 aa  145  4.0000000000000006e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1712  short chain dehydrogenase  36.18 
 
 
252 aa  145  5e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3601  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36 
 
 
248 aa  145  5e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0671511 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1847  short chain dehydrogenase  36.18 
 
 
252 aa  145  5e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0719  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.2 
 
 
248 aa  145  6e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1298  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.25 
 
 
248 aa  145  6e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>