More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0911 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_0911  pseudouridine synthase, Rsu  100 
 
 		 237 aa  488  1e-137  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000299595  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2876  pseudouridine synthase, Rsu  61.9 
 
 		 234 aa  303  1.0000000000000001e-81  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1019  pseudouridine synthase  61.97 
 
 		 236 aa  294  9e-79  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2997  pseudouridine synthase, Rsu  63.83 
 
 		 241 aa  293  2e-78  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000190948  normal  0.168091 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3175  pseudouridine synthase, Rsu  63.83 
 
 		 241 aa  293  2e-78  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.974586  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3078  pseudouridine synthase, Rsu  63.4 
 
 		 241 aa  291  5e-78  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0152798  normal  0.772446 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3276  pseudouridine synthase  61.11 
 
 		 235 aa  285  4e-76  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.471385  normal  0.11353 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1115  pseudouridine synthase  61.11 
 
 		 256 aa  285  5e-76  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.288715  hitchhiker  0.0098701 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1082  pseudouridine synthase  61.11 
 
 		 256 aa  284  1.0000000000000001e-75  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0607342  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1013  pseudouridine synthase  60.68 
 
 		 256 aa  283  2.0000000000000002e-75  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.163733  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0916  pseudouridine synthase  57.45 
 
 		 236 aa  282  4.0000000000000003e-75  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.952694 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1049  pseudouridine synthase  59.74 
 
 		 236 aa  280  2e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0996  pseudouridine synthase  57.14 
 
 		 247 aa  267  1e-70  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0889  pseudouridine synthase  56.28 
 
 		 234 aa  265  2.9999999999999995e-70  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2785  pseudouridine synthase, Rsu  55.22 
 
 		 251 aa  249  2e-65  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.50538 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4413  putative ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  52.52 
 
 		 240 aa  240  2e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1355  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  48.91 
 
 		 230 aa  231  6e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.440564 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4313  pseudouridine synthase  48.03 
 
 		 232 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.141512  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1050  pseudouridine synthase  48.91 
 
 		 233 aa  214  7e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.143385  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1335  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  47.35 
 
 		 230 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3981  pseudouridine synthase, Rsu  45.58 
 
 		 230 aa  212  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3714  pseudouridine synthase, Rsu  46.38 
 
 		 249 aa  211  5.999999999999999e-54  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4402  pseudouridine synthase  46.29 
 
 		 230 aa  208  5e-53  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.53311  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4247  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  45.58 
 
 		 230 aa  206  2e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.693259  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13500  Pseudouridine synthase, Rsu A  48.03 
 
 		 230 aa  202  3e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54800  putative pseudouridylate synthase  44.54 
 
 		 230 aa  202  4e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000413274  hitchhiker  0.000000000000196922 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4790  putative pseudouridylate synthase  44.54 
 
 		 230 aa  199  3e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.945125  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1241  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  43.04 
 
 		 231 aa  193  2e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000134561  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3730  pseudouridine synthase  42.11 
 
 		 230 aa  191  8e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.754242  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2975  pseudouridine synthase  42.11 
 
 		 230 aa  190  2e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0220169  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1090  pseudouridine synthase, Rsu  41.67 
 
 		 229 aa  184  8e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000837656  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1639  16S rRNA pseudouridylate synthase A  42.36 
 
 		 231 aa  181  6e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3507  pseudouridine synthase  39.91 
 
 		 256 aa  181  1e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0107621  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3176  pseudouridine synthase  39.47 
 
 		 230 aa  177  1e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000150331  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1910  16S rRNA pseudouridylate synthase A  41.48 
 
 		 231 aa  177  1e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.800741  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2438  16S rRNA pseudouridylate synthase A  42.36 
 
 		 232 aa  176  2e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.157492  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2352  16S rRNA pseudouridylate synthase A  41.92 
 
 		 232 aa  176  2e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0760  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  39.48 
 
 		 235 aa  176  2e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000225375  normal  0.539293 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3252  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40.61 
 
 		 237 aa  174  9.999999999999999e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.274461 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2793  16S rRNA pseudouridylate synthase A  39.74 
 
 		 235 aa  174  9.999999999999999e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.863598  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2718  16S rRNA pseudouridylate synthase A  39.74 
 
 		 235 aa  174  9.999999999999999e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00684404  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3527  pseudouridine synthase  38.16 
 
 		 230 aa  174  9.999999999999999e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0423129  hitchhiker  0.000538559 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0792  pseudouridine synthase  39.91 
 
 		 229 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.305614  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2779  16S rRNA pseudouridylate synthase A  39.74 
 
 		 235 aa  173  1.9999999999999998e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480199  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1490  16S rRNA pseudouridylate synthase A  39.74 
 
 		 235 aa  173  1.9999999999999998e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.708247  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0843  pseudouridine synthase, Rsu  38.6 
 
 		 229 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000223089  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2459  16S rRNA pseudouridylate synthase A  40.17 
 
 		 231 aa  172  5e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.8368  hitchhiker  0.0000353867 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02113  16S rRNA pseudouridylate 516 synthase  39.74 
 
 		 231 aa  171  6.999999999999999e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.09778  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1474  pseudouridine synthase  39.74 
 
 		 231 aa  171  6.999999999999999e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000156324  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2332  16S rRNA pseudouridylate synthase A  39.74 
 
 		 231 aa  171  6.999999999999999e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0531797  normal  0.0465983 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3321  16S rRNA pseudouridylate synthase A  39.74 
 
 		 231 aa  171  6.999999999999999e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0340688  normal  0.608364 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2321  16S rRNA pseudouridylate synthase A  39.74 
 
 		 231 aa  171  6.999999999999999e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.170949  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1464  16S rRNA pseudouridylate synthase A  39.74 
 
 		 231 aa  171  6.999999999999999e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00167101  normal  0.759434 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2481  16S rRNA pseudouridylate synthase A  39.74 
 
 		 231 aa  171  6.999999999999999e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0457418  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02072  hypothetical protein  39.74 
 
 		 231 aa  171  6.999999999999999e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.114044  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1950  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  39.83 
 
 		 232 aa  171  9e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.588471  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2908  pseudouridine synthase  41.74 
 
 		 230 aa  171  1e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.114904  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0788  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  38.63 
 
 		 235 aa  171  1e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0198055  normal  0.495021 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2462  16S rRNA pseudouridylate synthase A  39.74 
 
 		 231 aa  170  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.983555 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3178  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  39.06 
 
 		 235 aa  170  2e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.021025  normal  0.1902 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2573  16S rRNA pseudouridylate synthase A  39.74 
 
 		 231 aa  170  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.750523  hitchhiker  0.00365879 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2371  16S rRNA pseudouridylate synthase A  39.74 
 
 		 231 aa  170  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000147517  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2416  16S rRNA pseudouridylate synthase A  39.74 
 
 		 231 aa  170  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0365053  normal  0.123384 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0775  16S rRNA pseudouridylate synthase A  39.3 
 
 		 231 aa  169  4e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.329505  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2791  pseudouridine synthase  40.09 
 
 		 240 aa  167  1e-40  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2614  pseudouridine synthase, Rsu  39.04 
 
 		 230 aa  167  2e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.736823 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3411  pseudouridine synthase  39.58 
 
 		 239 aa  166  2.9999999999999998e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02655  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  38.79 
 
 		 233 aa  166  4e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3555  pseudouridine synthase  37.72 
 
 		 250 aa  165  5.9999999999999996e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.114028  hitchhiker  0.00457022 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3746  pseudouridine synthase  37.72 
 
 		 256 aa  165  6.9999999999999995e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.43387 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3623  pseudouridine synthase  37.72 
 
 		 246 aa  165  6.9999999999999995e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003781  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  37.93 
 
 		 233 aa  163  2.0000000000000002e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000946261  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0687  pseudouridine synthase  37.72 
 
 		 246 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.302513  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3602  pseudouridine synthase  36.96 
 
 		 231 aa  160  1e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2018  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A (16S pseudouridine 516 synthase)  36.64 
 
 		 234 aa  159  5e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136483  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1919  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  35 
 
 		 242 aa  155  4e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000207089  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2562  pseudouridine synthase, Rsu  37.12 
 
 		 229 aa  154  1e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0744  pseudouridine synthase  37.39 
 
 		 230 aa  154  1e-36  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3265  putative ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  35.68 
 
 		 232 aa  154  2e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.777332  normal  0.943696 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4032  pseudouridine synthase  36.8 
 
 		 233 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1475  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  35.98 
 
 		 240 aa  148  7e-35  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.00514925  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1893  pseudouridine synthase  35.93 
 
 		 238 aa  147  1.0000000000000001e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0424  pseudouridine synthase  36.36 
 
 		 233 aa  146  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3836  pseudouridine synthase  36.36 
 
 		 233 aa  146  3e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1389  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  34.8 
 
 		 229 aa  145  7.0000000000000006e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.31939  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0793  pseudouridine synthase, Rsu  36.48 
 
 		 233 aa  145  8.000000000000001e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0689585  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3909  pseudouridine synthase  36.36 
 
 		 233 aa  144  9e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2136  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  35.98 
 
 		 243 aa  139  3e-32  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1808  pseudouridine synthase  36.68 
 
 		 231 aa  139  4.999999999999999e-32  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1843  pseudouridine synthase  36.68 
 
 		 231 aa  139  4.999999999999999e-32  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.48228  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4818  RNA pseudouridine synthase family protein  38.03 
 
 		 242 aa  136  2e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3214  pseudouridine synthase  34.5 
 
 		 239 aa  137  2e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0418  RNA pseudouridine synthase family protein  38.03 
 
 		 242 aa  136  3.0000000000000003e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.12702  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4848  RNA pseudouridylate synthase family protein  37.77 
 
 		 242 aa  135  5e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4438  pseudouridylate synthase (ribosomal small subunit pseudouridine synthase A)  37.77 
 
 		 242 aa  135  5e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4958  RNA pseudouridine synthase family protein  37.77 
 
 		 242 aa  135  5e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4841  RNA pseudouridine synthase family protein  37.77 
 
 		 242 aa  135  5e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.490184  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4456  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  37.77 
 
 		 242 aa  135  7.000000000000001e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1466  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  36.71 
 
 		 243 aa  135  7.000000000000001e-31  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.000000808741  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3369  pseudouridine synthase  37.02 
 
 		 242 aa  134  9.999999999999999e-31  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>