More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0831 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_0831  diguanylate cyclase  100 
 
 		 627 aa  1278    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0629  GGDEF domain-containing protein  49.52 
 
 		 626 aa  567  1e-160  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.328878  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0734  GGDEF domain-containing protein  46.93 
 
 		 604 aa  538  9.999999999999999e-153  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2977  diguanylate cyclase  42.3 
 
 		 650 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2623  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  41.79 
 
 		 626 aa  461  9.999999999999999e-129  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.616722 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3859  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  39.74 
 
 		 631 aa  450  1e-125  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2989  diguanylate cyclase  43.86 
 
 		 628 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.542118  normal  0.107456 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3191  diguanylate cyclase  38.75 
 
 		 646 aa  444  1e-123  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000281048  hitchhiker  0.000124168 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0773  diguanylate cyclase  38.75 
 
 		 646 aa  444  1e-123  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000965334  normal  0.0329561 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3760  diguanylate cyclase  39.14 
 
 		 672 aa  422  1e-117  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000134853  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0747  diguanylate cyclase  40.6 
 
 		 646 aa  424  1e-117  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0221541 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3569  diguanylate cyclase  38.65 
 
 		 640 aa  419  1e-116  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3637  diguanylate cyclase  38.98 
 
 		 672 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000284771  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3522  diguanylate cyclase  39.77 
 
 		 636 aa  415  1e-114  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.890826  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3192  diguanylate cyclase  36.25 
 
 		 627 aa  381  1e-104  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3193  diguanylate cyclase  35.28 
 
 		 627 aa  351  2e-95  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0671  diguanylate cyclase  39.32 
 
 		 369 aa  243  7e-63  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0673  diguanylate cyclase  38.22 
 
 		 311 aa  179  9e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2156  diguanylate cyclase  43.29 
 
 		 470 aa  133  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.117189 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1119  diguanylate cyclase  36.41 
 
 		 325 aa  132  2.0000000000000002e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.282481  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2940  sensor diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 571 aa  131  5.0000000000000004e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0679  TPR repeat-containing diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase  30.5 
 
 		 684 aa  130  6e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.77 
 
 		 730 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.45 
 
 		 686 aa  129  2.0000000000000002e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3546  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.4 
 
 		 438 aa  128  3e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0176083 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  40.43 
 
 		 378 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3010  diguanylate cyclase  36.67 
 
 		 382 aa  127  8.000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0581  GGDEF domain-containing protein  30.48 
 
 		 625 aa  126  1e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.916714  normal  0.0449396 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1646  diguanylate cyclase  43.21 
 
 		 580 aa  126  1e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000165959  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1198  diguanylate cyclase  41.46 
 
 		 394 aa  126  1e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000754903  normal  0.715416 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1527  diguanylate cyclase  30.08 
 
 		 642 aa  126  1e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.086696  normal  0.0345548 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  36.82 
 
 		 485 aa  125  2e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39460  guanylyl cyclase  39.44 
 
 		 415 aa  125  2e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2394  GGDEF domain-containing protein  41.46 
 
 		 415 aa  125  3e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.272098  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4798  diguanylate cyclase  37.63 
 
 		 485 aa  125  3e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00393558 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0187  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  44.12 
 
 		 469 aa  125  3e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1336  diguanylate cyclase  38.39 
 
 		 439 aa  124  4e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0220322  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0518  diguanylate cyclase  39.02 
 
 		 506 aa  124  4e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2896  cellulose binding, type IV  45.29 
 
 		 443 aa  124  6e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808862 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1174  GGDEF domain-containing protein  30.97 
 
 		 431 aa  123  8e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3549  diguanylate cyclase  41.11 
 
 		 408 aa  124  8e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.348554 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2390  TPR repeat-containing diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase  41.61 
 
 		 600 aa  123  9e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1583  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.02 
 
 		 444 aa  123  9e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.185074  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1066  diguanylate cyclase and serine/threonine protein kinase with TPR repeats  26.41 
 
 		 609 aa  123  9e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.94417  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  35.45 
 
 		 485 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1895  diguanylate cyclase  31.75 
 
 		 555 aa  123  9.999999999999999e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1808  diguanylate cyclase  38.95 
 
 		 247 aa  122  9.999999999999999e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.148862  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3046  diguanylate cyclase  34.48 
 
 		 581 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.860652  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1480  GGDEF family protein  32.62 
 
 		 596 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1304  diguanylate cyclase  34.48 
 
 		 581 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00414858  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2449  GGDEF domain-containing protein  32.3 
 
 		 498 aa  122  1.9999999999999998e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1274  diguanylate cyclase  27.81 
 
 		 593 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.24806 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2835  response regulator receiver domain-containing protein  41.67 
 
 		 346 aa  122  1.9999999999999998e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.157532  normal  0.231861 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2848  diguanylate cyclase  34.2 
 
 		 575 aa  122  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1340  diguanylate cyclase  34.48 
 
 		 581 aa  121  3e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4172  GGDEF domain-containing protein  37.57 
 
 		 431 aa  121  3e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1346  sensory box/GGDEF domain protein  41.32 
 
 		 425 aa  122  3e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 308 aa  121  3e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1576  diguanylate cyclase  40.88 
 
 		 764 aa  122  3e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1366  diguanylate cyclase  41.92 
 
 		 369 aa  122  3e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.112308 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3550  diguanylate cyclase  35.41 
 
 		 381 aa  122  3e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0413  diguanylate cyclase  39.01 
 
 		 373 aa  122  3e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.191775  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2375  diguanylate cyclase  40.88 
 
 		 764 aa  121  3e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0268  diguanylate cyclase  36.2 
 
 		 485 aa  121  3e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.624982  hitchhiker  0.000186113 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.72 
 
 		 308 aa  121  3e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2287  diguanylate cyclase  40.88 
 
 		 764 aa  121  3.9999999999999996e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1081  diguanylate cyclase  39.09 
 
 		 396 aa  121  4.9999999999999996e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1433  diguanylate cyclase  40 
 
 		 387 aa  121  4.9999999999999996e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.58748  normal  0.153521 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  41.46 
 
 		 1774 aa  120  4.9999999999999996e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0911  sensory box histidine kinase  41.98 
 
 		 581 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  43.12 
 
 		 583 aa  120  6e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1922  diguanylate cyclase  43.64 
 
 		 527 aa  120  6e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.252712 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1354  GGDEF family protein  39.02 
 
 		 368 aa  120  7e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0384  diguanylate cyclase  34.55 
 
 		 486 aa  120  7e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7005  GGDEF family protein  30.08 
 
 		 568 aa  120  7.999999999999999e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2946  diguanylate cyclase  32.9 
 
 		 575 aa  120  7.999999999999999e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0379  diguanylate cyclase  39.16 
 
 		 540 aa  120  9e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2587  GGDEF domain-containing protein  35.11 
 
 		 621 aa  120  9e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.21731  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0544  diguanylate cyclase  38.99 
 
 		 414 aa  119  9.999999999999999e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3115  diguanylate cyclase  42.17 
 
 		 354 aa  119  9.999999999999999e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.276087 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2508  diguanylate cyclase  38.1 
 
 		 387 aa  119  9.999999999999999e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.844584 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2567  diguanylate cyclase  37.56 
 
 		 397 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3753  diguanylate cyclase  35.45 
 
 		 485 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.580016  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  38.04 
 
 		 474 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1986  diguanylate cyclase  41.4 
 
 		 307 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3042  response regulator receiver protein  37.57 
 
 		 388 aa  119  1.9999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.646056  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  31.93 
 
 		 559 aa  119  1.9999999999999998e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1914  GGDEF domain-containing protein  33.96 
 
 		 381 aa  119  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.743896  normal  0.638845 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0175  diguanylate cyclase  39.2 
 
 		 516 aa  119  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2492  diguanylate cyclase  38.5 
 
 		 474 aa  118  3e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.379327 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0069  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.57 
 
 		 314 aa  118  3e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.840661 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1896  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.71 
 
 		 564 aa  118  3e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000133427  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1235  diguanylate cyclase  32.9 
 
 		 577 aa  118  3e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2770  diguanylate cyclase  33.33 
 
 		 575 aa  118  3e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.207836  normal  0.331023 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1337  diguanylate cyclase  37.72 
 
 		 635 aa  118  3e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.018023  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1014  diguanylate cyclase  41.21 
 
 		 552 aa  118  3e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.737518 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4173  diguanylate cyclase  31.97 
 
 		 630 aa  117  3.9999999999999997e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.49 
 
 		 901 aa  117  3.9999999999999997e-25  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0613  diguanylate cyclase  39.51 
 
 		 611 aa  118  3.9999999999999997e-25  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1289  diguanylate cyclase  33.89 
 
 		 595 aa  118  3.9999999999999997e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>