More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0776 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_0776  transcriptional regulator, LysR family protein  100 
 
 		 299 aa  614  1e-175  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0611  LysR family transcriptional regulator  70.9 
 
 		 300 aa  449  1e-125  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3512  transcriptional regulator  70.61 
 
 		 300 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0606  LysR family transcriptional regulator  71.96 
 
 		 300 aa  444  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3812  LysR family transcriptional regulator  72.3 
 
 		 300 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3342  LysR family transcriptional regulator  70.23 
 
 		 300 aa  445  1.0000000000000001e-124  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3630  transcriptional regulator, LysR family  71.62 
 
 		 300 aa  442  1e-123  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3222  LysR family transcriptional regulator  71.28 
 
 		 302 aa  444  1e-123  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3688  LysR family transcriptional regulator  71.62 
 
 		 300 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0823  LysR family transcriptional regulator  69.13 
 
 		 301 aa  427  1e-118  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2893  LysR, substrate-binding  66.33 
 
 		 298 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3303  LysR family transcriptional regulator  61.02 
 
 		 298 aa  396  1e-109  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0186  LysR family transcriptional regulator  54.27 
 
 		 307 aa  327  1.0000000000000001e-88  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0458  transcriptional regulator, LysR family  41.92 
 
 		 309 aa  221  9.999999999999999e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.512377  normal  0.930115 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1543  LysR family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 299 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1192  LysR family transcriptional regulator  39 
 
 		 299 aa  216  4e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2458  LysR family transcriptional regulator  39 
 
 		 299 aa  216  4e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.115527  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0934  LysR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 299 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1373  LysR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 299 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.260945  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0637  LysR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 299 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0359  LysR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 299 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.475438  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1266  LysR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 299 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.50212  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000935  LysR-family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 295 aa  211  1e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0375861  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4475  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 301 aa  208  8e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2524  transcriptional regulator, LysR family  38 
 
 		 320 aa  205  8e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1852  transcriptional regulator, LysR family  37.72 
 
 		 296 aa  202  6e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.387981  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4422  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 302 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.481788 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1021  LysR family transcriptional regulator  37.58 
 
 		 302 aa  196  5.000000000000001e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1031  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 302 aa  195  8.000000000000001e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1391  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 302 aa  195  9e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3252  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  37.58 
 
 		 302 aa  194  1e-48  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000563268 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0969  LysR family substrate binding transcriptional regulator  37.58 
 
 		 302 aa  194  1e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3488  transcriptional regulator, LysR family  36 
 
 		 302 aa  194  1e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.404534  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4333  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 302 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.207282 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3839  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 302 aa  194  2e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3627  transcriptional regulator, LysR family  35.79 
 
 		 305 aa  193  3e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3473  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 307 aa  192  5e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0056  putative transcriptional regulator  39.86 
 
 		 306 aa  191  9e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00680  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 306 aa  191  2e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3099  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 309 aa  189  4e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.71594  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1091  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 307 aa  189  5e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1157  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 307 aa  189  5e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.24522 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4777  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 299 aa  189  5.999999999999999e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.277281 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2219  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.37 
 
 		 317 aa  187  2e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.929586 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4186  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 		 331 aa  186  3e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.814528 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2349  transcriptional regulator, LysR family  34.11 
 
 		 302 aa  186  5e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2447  transcriptional regulator, LysR family  37.15 
 
 		 294 aa  185  7e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.707294  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1091  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 307 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.93926 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3163  LysR family transcriptional regulator  35.28 
 
 		 314 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 306 aa  183  2.0000000000000003e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0767  LysR family transcriptional regulator  79.63 
 
 		 138 aa  183  3e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3164  LysR family transcriptional regulator  35.28 
 
 		 314 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1207  transcriptional regulator, LysR family  34.95 
 
 		 314 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3307  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 314 aa  182  4.0000000000000006e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0110166 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  35.19 
 
 		 335 aa  183  4.0000000000000006e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1264  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  34.62 
 
 		 335 aa  182  7e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  37.06 
 
 		 293 aa  182  8.000000000000001e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2782  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 320 aa  181  1e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0196765  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 304 aa  179  2.9999999999999997e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 303 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1323  transcriptional regulator, LysR family  35.42 
 
 		 300 aa  179  4.999999999999999e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1807  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 305 aa  179  4.999999999999999e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.625247  normal  0.540771 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5365  transcriptional regulator, LysR family  35.1 
 
 		 303 aa  179  7e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.853701  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1387  transcriptional regulator, LysR family  35.42 
 
 		 300 aa  178  9e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0754648  normal  0.547143 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 298 aa  177  2e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 313 aa  176  3e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3037  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 299 aa  176  5e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.585683 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1743  carbonate dehydratase  34.01 
 
 		 310 aa  176  6e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.933417  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2575  transcriptional regulator, LysR family  37.09 
 
 		 301 aa  176  6e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0931431  normal  0.61434 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0441  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 313 aa  175  9e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 294 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.12 
 
 		 302 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 313 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 298 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31030  Transcriptional regulator, LysR family  35.76 
 
 		 297 aa  174  9.999999999999999e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1015  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 311 aa  174  1.9999999999999998e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0622202 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1070  transcriptional regulator, LysR family  34.34 
 
 		 310 aa  173  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.651506  decreased coverage  0.00634214 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  32.44 
 
 		 307 aa  174  1.9999999999999998e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  37.07 
 
 		 303 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2062  transcriptional regulator, LysR family  33.67 
 
 		 310 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.238573  hitchhiker  0.00696993 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0743  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 310 aa  174  1.9999999999999998e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 299 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  33.8 
 
 		 297 aa  173  2.9999999999999996e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2042  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 297 aa  173  2.9999999999999996e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.579809 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 291 aa  173  2.9999999999999996e-42  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0616  transcriptional regulator, LysR family  34.52 
 
 		 320 aa  173  2.9999999999999996e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1033  LysR family transcriptional regulator  34.7 
 
 		 298 aa  173  3.9999999999999995e-42  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3529  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  33.22 
 
 		 298 aa  173  3.9999999999999995e-42  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00382378 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4929  transcriptional regulator, LysR family  33.8 
 
 		 301 aa  172  5e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.00665073  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02329  transcription regulator protein  32.29 
 
 		 306 aa  172  6.999999999999999e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0102283 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 298 aa  172  9e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 305 aa  172  9e-42  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34329 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  35.66 
 
 		 301 aa  171  1e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0237  putative transcriptional regulator  35.5 
 
 		 355 aa  171  1e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 294 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 322 aa  171  1e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 303 aa  171  1e-41  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 296 aa  171  1e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  32.88 
 
 		 309 aa  171  2e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0005  LysR, substrate-binding  36.88 
 
 		 290 aa  170  2e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000616557 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>