More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0765 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



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Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_0765  transcriptional regulator, TetR family protein  100 
 
 		 222 aa  464  9.999999999999999e-131  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2638  TetR family transcriptional regulator  62.25 
 
 		 210 aa  272  3e-72  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0064  TetR family transcriptional regulator  59.81 
 
 		 210 aa  263  2e-69  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25370  Transcriptional regulatory protein, TetR  58.97 
 
 		 209 aa  242  3.9999999999999997e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2754  regulatory protein, TetR  53.64 
 
 		 219 aa  238  5e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.396057  normal  0.0231562 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0809  transcriptional regulator, TetR family  51.18 
 
 		 214 aa  227  1e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18450  transcriptional regulator, TetR family  60.34 
 
 		 179 aa  225  4e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3409  TetR family transcriptional regulator  53.73 
 
 		 212 aa  223  2e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1603  transcriptional regulator, TetR family  52.97 
 
 		 213 aa  222  4.9999999999999996e-57  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4476  TetR family transcriptional regulator  51.49 
 
 		 220 aa  221  7e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000182515 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3357  TetR family transcriptional regulator  52.15 
 
 		 211 aa  219  1.9999999999999999e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0594456 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1527  TetR family transcriptional regulator  54.79 
 
 		 212 aa  219  3.9999999999999997e-56  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0251  TetR family transcriptional regulator  53.72 
 
 		 212 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.714148  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4749  TetR family transcriptional regulator  52.94 
 
 		 207 aa  213  1.9999999999999998e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.590058  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5462  TetR family transcriptional regulator  53.72 
 
 		 212 aa  212  3.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5400  TetR family transcriptional regulator  53.72 
 
 		 212 aa  212  3.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00236367 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4870  TetR family transcriptional regulator  53.8 
 
 		 186 aa  208  4e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.318456  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4743  TetR family transcriptional regulator  52.66 
 
 		 212 aa  207  8e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5288  TetR family transcriptional regulator  53.26 
 
 		 186 aa  205  4e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0730  TetR family transcriptional regulator  47.18 
 
 		 214 aa  195  6e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0083  TetR family transcriptional regulator  47.64 
 
 		 219 aa  194  9e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.201393  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1435  TetR family regulatory protein  47.64 
 
 		 219 aa  194  1e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2969  hypothetical protein  54.32 
 
 		 162 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0448916  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1674  transcriptional regulator, TetR family  47.4 
 
 		 204 aa  182  2.0000000000000003e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0127  transcriptional regulator, TetR family  41.85 
 
 		 193 aa  163  2.0000000000000002e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0770  TetR family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 196 aa  161  9e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0803  TetR family transcriptional regulator  41.58 
 
 		 196 aa  160  1e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2215  TetR family transcriptional regulator  41.05 
 
 		 215 aa  159  2e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4778  transcriptional regulator, TetR family  41.03 
 
 		 227 aa  151  7e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0545614  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2518  TetR family transcriptional regulator  42.13 
 
 		 221 aa  150  1e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.382378  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0436  TetR/AcrR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 193 aa  140  9.999999999999999e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00014648  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3088  transcriptional regulator of TetR family protein  35.87 
 
 		 198 aa  134  9.999999999999999e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.119848 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0480  transcriptional regulator, TetR family  34.5 
 
 		 205 aa  123  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.318214 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0187  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 202 aa  110  2.0000000000000002e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.458714  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5089  transcriptional regulator, TetR family  31.11 
 
 		 198 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0316  TetR family transcriptional regulator  37.65 
 
 		 176 aa  109  3e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1025  transcriptional regulator, TetR family  33.71 
 
 		 192 aa  102  4e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1967  TetR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 202 aa  100  2e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3038  transcriptional regulator, TetR family  35.23 
 
 		 209 aa  99.4  4e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.051717 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3721  transcriptional regulator, TetR family  29.94 
 
 		 196 aa  98.6  6e-20  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0437946 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0962  TetR family transcriptional regulator  31.64 
 
 		 200 aa  97.1  2e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2558  TetR family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 190 aa  95.1  8e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0208  TetR family transcriptional regulator  36.41 
 
 		 191 aa  95.1  8e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4360  regulatory protein TetR  32.96 
 
 		 200 aa  94.7  9e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3888  TetR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 193 aa  94  2e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0944552  normal  0.0941974 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1097  TetR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 196 aa  91.7  8e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013457  VEA_001314  transcriptional regulator  32.39 
 
 		 199 aa  90.1  2e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4102  TetR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 211 aa  90.1  3e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.680562  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1699  transcriptional regulator, TetR family  31.28 
 
 		 205 aa  89.4  4e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.502572  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4395  transcriptional regulator, TetR family  33.16 
 
 		 196 aa  89  5e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.724029  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1014  TetR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 212 aa  88.2  8e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1980  transcriptional regulator, TetR family  29.44 
 
 		 206 aa  88.2  1e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53410  transcriptional regulator  29.03 
 
 		 196 aa  86.7  3e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.733487  normal  0.037637 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1351  TetR family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 212 aa  85.5  5e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3438  transcriptional regulator, TetR family  28.34 
 
 		 190 aa  85.5  6e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.547681  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1100  TetR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 194 aa  84.7  9e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0669836  normal  0.61487 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2231  TetR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 194 aa  84.7  9e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.558633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4681  transcriptional regulator  29.44 
 
 		 196 aa  84.7  9e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0971  TetR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 200 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.325702 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1388  regulatory protein, TetR  30.68 
 
 		 196 aa  84.3  0.000000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4097  transcriptional regulator, TetR family  32.78 
 
 		 194 aa  83.6  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1797  TetR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 199 aa  84  0.000000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0497705  normal  0.0268872 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2475  TetR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 197 aa  83.2  0.000000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.000212819  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3993  transcriptional regulator, TetR family protein  30.23 
 
 		 194 aa  83.2  0.000000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.0000102791  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36300  TetR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 194 aa  82.4  0.000000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.564712  normal  0.0790295 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1534  transcriptional regulator, TetR family  30.77 
 
 		 199 aa  82.8  0.000000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.239413  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1547  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 199 aa  82.4  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.58457  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1906  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 199 aa  82.4  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1607  TetR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 199 aa  82.4  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2645  TetR family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 194 aa  82  0.000000000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.154552  normal  0.491764 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1737  transcriptional regulator, TetR family  30.22 
 
 		 199 aa  80.9  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.151738  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0287  TetR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 200 aa  81.3  0.00000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000147212 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0541  TetR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 220 aa  80.9  0.00000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05195  transcriptional regulator  30.68 
 
 		 195 aa  79.7  0.00000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0016  TetR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 206 aa  79.7  0.00000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.951687  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3964  TetR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 206 aa  79.7  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5954  TetR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 206 aa  79.7  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.419182  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4403  TetR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 206 aa  79.7  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.504175 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0476  TetR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 196 aa  79.7  0.00000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.146337 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2203  TetR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 206 aa  80.1  0.00000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0627793  hitchhiker  0.000036044 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3100  putative transcriptional regulator  31.67 
 
 		 194 aa  79.3  0.00000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.209779  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2564  TetR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 199 aa  79  0.00000000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000000186036  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1872  TetR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 199 aa  79  0.00000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0047199  n/a   
 
 
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NC_009708  YpsIP31758_1763  TetR family transcriptional regulator  30.05 
 
 		 199 aa  79  0.00000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000139552  n/a   
 
 
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NC_010086  Bmul_4221  TetR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 206 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.360052  normal  1 
 
 
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NC_008781  Pnap_0162  TetR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 201 aa  77.4  0.0000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007511  Bcep18194_B1606  TetR family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 206 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0686792  normal  0.0717181 
 
 
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NC_014151  Cfla_0335  transcriptional regulator, TetR family  30.65 
 
 		 197 aa  77.4  0.0000000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0635756  normal  0.0355079 
 
 
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NC_010552  BamMC406_4292  TetR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 206 aa  76.6  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_011206  Lferr_1864  transcriptional regulator, TetR family  28.72 
 
 		 204 aa  76.3  0.0000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0665556  normal  1 
 
 
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NC_008577  Shewana3_0262  TetR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 198 aa  76.6  0.0000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000117006 
 
 
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NC_011761  AFE_2209  transcriptional regulator, TetR family  28.72 
 
 		 204 aa  76.3  0.0000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_011353  ECH74115_2361  transcriptional regulator, TetR family  31.15 
 
 		 199 aa  76.3  0.0000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000141293  normal  1 
 
 
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NC_010498  EcSMS35_1549  TetR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 199 aa  75.9  0.0000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0178403  normal  1 
 
 
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NC_008391  Bamb_3824  TetR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 206 aa  75.1  0.0000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.472754 
 
 
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NC_009483  Gura_3353  TetR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 195 aa  75.1  0.0000000000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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CP001637  EcDH1_1991  transcriptional regulator, TetR family  31.15 
 
 		 199 aa  74.3  0.000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000115862  n/a   
 
 
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NC_011663  Sbal223_0268  transcriptional regulator, TetR family  29.65 
 
 		 198 aa  74.7  0.000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009801  EcE24377A_1860  TetR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 199 aa  74.3  0.000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0204447  n/a   
 
 
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NC_008576  Mmc1_0795  TetR family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 199 aa  74.3  0.000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00985009  normal  0.205797 
 
 
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