168 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0664 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_0664  thiol:disulfide interchange protein DsbC  100 
 
 
251 aa  518  1e-146  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0629017  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0748  thiol:disulfide interchange protein DsbC  72.73 
 
 
242 aa  394  1e-109  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  2.86403e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0844  thiol:disulfide interchange protein DsbC  70.54 
 
 
241 aa  378  1e-104  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3523  thiol:disulfide interchange protein DsbC  70.54 
 
 
241 aa  378  1e-104  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3448  thiol:disulfide interchange protein DsbC  70.54 
 
 
241 aa  378  1e-104  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3642  thiol:disulfide interchange protein DsbC  70.54 
 
 
241 aa  378  1e-104  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0894  thiol:disulfide interchange protein DsbC  68.72 
 
 
245 aa  372  1e-102  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0100675 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0891  thiol:disulfide interchange protein DsbC  70.29 
 
 
241 aa  368  1e-101  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.205241  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3330  thiol:disulfide interchange protein DsbC  68.88 
 
 
241 aa  360  1e-98  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0796  thiol:disulfide interchange protein DsbC  68.88 
 
 
241 aa  358  6e-98  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3227  thiol:disulfide interchange protein DsbC  68.88 
 
 
241 aa  358  6e-98  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0951  thiol:disulfide interchange protein DsbC  68.46 
 
 
241 aa  356  2e-97  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0896  thiol:disulfide interchange protein DsbC  66.67 
 
 
242 aa  353  2e-96  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0771  thiol:disulfide interchange protein DsbC  64.85 
 
 
241 aa  341  6e-93  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.0298623 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0806  thiol:disulfide interchange protein DsbC  67.08 
 
 
241 aa  340  1e-92  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2738  thiol:disulfide interchange protein DsbC  64.02 
 
 
242 aa  328  7e-89  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3713  thiol:disulfide interchange protein DsbC  45.27 
 
 
261 aa  234  1e-60  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03408  thiol:disulfide interchange protein DsbC  44.54 
 
 
240 aa  226  2e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3311  thiol:disulfide interchange protein DsbC  48.75 
 
 
237 aa  224  7e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.679493  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3891  thiol:disulfide interchange protein DsbC  47.01 
 
 
238 aa  224  7e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.305682  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3277  thiol:disulfide interchange protein DsbC  46.19 
 
 
237 aa  212  5e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0646  thiol:disulfide interchange protein DsbC  46.64 
 
 
238 aa  212  5e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.363751  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4095  thiol:disulfide interchange protein DsbC  44.05 
 
 
264 aa  212  6e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3379  thiol:disulfide interchange protein DsbC  46.19 
 
 
237 aa  211  8e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3274  thiol:disulfide interchange protein DsbC  46.19 
 
 
237 aa  211  8e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3211  thiol:disulfide interchange protein DsbC  46.19 
 
 
237 aa  211  8e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.473418 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3199  thiol:disulfide interchange protein DsbC  46.19 
 
 
237 aa  211  8e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.414652  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3026  thiol:disulfide interchange protein DsbC  44.35 
 
 
236 aa  209  3e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3425  thiol:disulfide interchange protein DsbC  44.96 
 
 
238 aa  209  3e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.668672  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3219  thiol:disulfide interchange protein DsbC  43.91 
 
 
236 aa  209  4e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3052  thiol:disulfide interchange protein DsbC  43.91 
 
 
236 aa  207  1e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0816  thiol:disulfide interchange protein DsbC  43.91 
 
 
236 aa  207  1e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.774755  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02688  hypothetical protein  43.91 
 
 
236 aa  207  1e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.116965  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4184  thiol:disulfide interchange protein DsbC  43.91 
 
 
236 aa  207  1e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02725  protein disulfide isomerase II  43.91 
 
 
236 aa  207  1e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.09778  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0799  Thioredoxin, conserved site  43.91 
 
 
236 aa  207  1e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.152013  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0921  thiol:disulfide interchange protein DsbC  44.19 
 
 
238 aa  207  2e-52  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0880  thiol:disulfide interchange protein DsbC  44.19 
 
 
238 aa  207  2e-52  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.331864  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0862  thiol:disulfide interchange protein DsbC  45.29 
 
 
238 aa  206  2e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3848  thiol:disulfide interchange protein DsbC  44.19 
 
 
238 aa  207  2e-52  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.31275 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3313  thiol:disulfide interchange protein DsbC  43.48 
 
 
236 aa  206  3e-52  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3299  thiol:disulfide interchange protein DsbC  46.98 
 
 
239 aa  204  1e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3303  thiol:disulfide interchange protein DsbC  44.29 
 
 
251 aa  203  3e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00340297  normal  0.257142 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0563  thiol/disulfide interchange protein DsbC precursor  44.49 
 
 
258 aa  192  4e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.405335  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00957  protein-disulfide isomeras  45.41 
 
 
272 aa  190  2e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004440  thiol:disulfide interchange protein DsbC  42.48 
 
 
262 aa  185  6e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1475  thiol:disulfide interchange protein  39.83 
 
 
232 aa  183  3e-45  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.653539  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2253  thiol-disulfide interchange protein DsbC  43.35 
 
 
245 aa  181  1e-44  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  3.01453e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1994  thiol:disulfide interchange protein DsbC  41.05 
 
 
250 aa  173  3e-42  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3766  protein-disulfide isomerase-like protein  45.7 
 
 
238 aa  166  2e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  2.98401e-05  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2275  protein-disulfide isomerase  40.35 
 
 
244 aa  166  5e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0963493  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1289  glutaredoxin  38.52 
 
 
246 aa  165  6e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000448477  normal  0.544286 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3395  protein-disulfide isomerase-like protein  40.24 
 
 
241 aa  165  6e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.739792  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39500  Disulfide bond isomerase  40.17 
 
 
244 aa  164  2e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1469  thiol:disulfide interchange protein DsbC  39.51 
 
 
260 aa  163  2e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.838992  normal  0.213386 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1479  thiol:disulfide interchange protein DsbC  37.96 
 
 
246 aa  162  4e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.24181  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2126  thiol:disulfide interchange protein DsbC  39.82 
 
 
241 aa  162  5e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.38357  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4252  thiol:disulfide interchange protein DsbC  40 
 
 
247 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1074  thiol:disulfide interchange protein DsbC  39.57 
 
 
247 aa  158  8e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.211373  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0541  protein disulfide isomerase precursor  40.19 
 
 
263 aa  157  1e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0474105  normal  0.954395 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0575  thiol:disulfide interchange protein DsbC  41.97 
 
 
210 aa  154  1e-36  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.452646  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1487  thiol-disulfide interchange protein DsbC  40.31 
 
 
245 aa  154  2e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.250656  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4150  thiol:disulfide interchange protein DsbC  40.98 
 
 
253 aa  152  3e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.887252  normal  0.466954 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1382  thiol:disulfide interchange protein DsbC  38.33 
 
 
242 aa  152  5e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  unclonable  5.49688e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0652  thiol:disulfide interchange protein DsbC  36.8 
 
 
242 aa  151  8e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.317088  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16050  thiol:disulfide interchange protein DsbC  41.45 
 
 
242 aa  150  1e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0771  chitinase  35.83 
 
 
262 aa  147  1e-34  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.902637  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1026  glutaredoxin  39.32 
 
 
243 aa  148  1e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.606604 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0683  disulfide isomerase  35.83 
 
 
262 aa  147  2e-34  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.304467  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02667  disulfide isomerase  38.22 
 
 
265 aa  145  5e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3011  thiol:disulfide interchange protein DsbC  39.13 
 
 
245 aa  145  6e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.243743  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1208  thiol:disulfide interchange protein DsbC  38.86 
 
 
264 aa  143  3e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00110909  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2103  Disulphide bond isomerase, DsbC/G-like protein  37.95 
 
 
237 aa  132  5e-30  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.84966 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2771  Disulphide bond isomerase, DsbC/G-like protein  32.34 
 
 
254 aa  126  4e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.756706  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0280  putative thiol:disulfide interchange protein  36.23 
 
 
285 aa  125  5e-28  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.413391  normal  0.285029 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0254  thiol:disulfide interchange protein  44.85 
 
 
285 aa  122  6e-27  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000766083  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2037  Disulphide bond isomerase, DsbC/G-like protein  33.48 
 
 
255 aa  121  1e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.672217  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2009  protein-disulfide isomerase-like protein  33.64 
 
 
277 aa  120  2e-26  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0221449  normal  0.336717 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1575  thiol:disulfide interchange protein DsbC  32.93 
 
 
247 aa  107  2e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1124  putative thiol:disulphide interchange protein (periplasmic)  30.54 
 
 
237 aa  98.2  1e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.574462 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1639  protein-disulfide isomerase-like protein  35.44 
 
 
179 aa  98.2  1e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.00285888  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2331  thiol:disulfide interchange protein DsbC  29.46 
 
 
236 aa  94.4  1e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.442113 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3505  thiol:disulfide interchange protein DsbC  31.48 
 
 
237 aa  94  2e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.616038  normal  0.344747 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3367  putative thiol:disulphide interchange protein (periplasmic)  28.74 
 
 
245 aa  91.3  1e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2486  protein-disulfide isomerase-like protein  35.56 
 
 
178 aa  90.5  2e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.323068  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2706  putative thiol-disulfide interchange protein, DsbC  31.75 
 
 
241 aa  88.2  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0592  putative thiol:disulfide interchange protein  28.51 
 
 
246 aa  88.2  1e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0154668  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0884  putative thiol:disulphide interchange protein (periplasmic)  28.77 
 
 
246 aa  84.7  1e-15  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.776267  normal  0.695906 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0153  putative thiol:disulfide interchange protein  26.02 
 
 
238 aa  85.1  1e-15  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.313521 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2892  thiol:disulfide interchange protein  29.95 
 
 
248 aa  84.3  2e-15  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3621  thiol:disulfide interchange protein DsbC  27.98 
 
 
236 aa  83.6  3e-15  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2931  Thioredoxin, conserved site  27.98 
 
 
236 aa  83.6  3e-15  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.353115  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3504  putative thiol-disulfide interchange protein, DsbC  30.54 
 
 
241 aa  83.2  4e-15  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.478883  normal  0.0108218 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4644  thiol:disulfide interchange protein DsbC  30.81 
 
 
240 aa  83.2  4e-15  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.423986  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0453  putative thiol-disulfide interchange protein, DsbC  31.03 
 
 
241 aa  82.4  6e-15  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1531  thiol:disulfide interchange protein DsbC  27.92 
 
 
272 aa  82.4  6e-15  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.805672  normal  0.200888 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6169  thiol-disulfide isomerase  26.84 
 
 
238 aa  81.6  1e-14  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00370649  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0463  putative thiol:disulphide interchange protein (periplasmic)  29.44 
 
 
246 aa  80.9  2e-14  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2868  protein-disulfide isomerase-like protein  29.87 
 
 
242 aa  80.9  2e-14  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0799094  normal  0.459288 
 
 
-
 
NC_008765  Ajs_4180  protein-disulfide isomerase  28.27 
 
 
249 aa  80.5  2e-14  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0898923  hitchhiker  0.00161761 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>