88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0652 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_0652  hypothetical protein  100 
 
 
246 aa  501  1e-141  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000000354938  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3655  hypothetical protein  74.39 
 
 
245 aa  380  1e-105  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3349  hypothetical protein  73.98 
 
 
245 aa  380  1e-105  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000236372  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3246  hypothetical protein  73.98 
 
 
245 aa  381  1e-105  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0192004  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0777  hypothetical protein  73.98 
 
 
245 aa  381  1e-105  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0484485  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3536  hypothetical protein  73.58 
 
 
245 aa  377  1e-104  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0831  hypothetical protein  73.98 
 
 
245 aa  377  1e-104  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.221265  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3461  protein of unknown function DUF481  73.98 
 
 
245 aa  377  1e-104  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0934  hypothetical protein  72.76 
 
 
245 aa  375  1e-103  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1087  hypothetical protein  73.17 
 
 
246 aa  376  1e-103  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000312385  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0876  hypothetical protein  70.33 
 
 
245 aa  365  1e-100  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0538553  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0792  hypothetical protein  67.07 
 
 
246 aa  335  5e-91  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.954407  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2754  hypothetical protein  72.25 
 
 
247 aa  320  9.000000000000001e-87  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.716555  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0880  hypothetical protein  66.26 
 
 
246 aa  312  2.9999999999999996e-84  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0878  hypothetical protein  65.85 
 
 
246 aa  309  2e-83  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000368102  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0756  hypothetical protein  64.63 
 
 
246 aa  306  2.0000000000000002e-82  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.189796  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2791  hypothetical protein  34.57 
 
 
245 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.00000611146  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03209  putative orphan protein  33.85 
 
 
248 aa  138  6e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000209719  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3011  hypothetical protein  38.37 
 
 
243 aa  134  1.9999999999999998e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.809018  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0668  putative salt-induced outer membrane protein  34.46 
 
 
259 aa  127  2.0000000000000002e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000204125  hitchhiker  0.000000158177 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2051  hypothetical protein  37.18 
 
 
248 aa  126  3e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.000000000194447  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1569  hypothetical protein  31.13 
 
 
251 aa  126  4.0000000000000003e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000191147 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1079  protein of unknown function DUF481  33.18 
 
 
249 aa  120  3e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3358  hypothetical protein  32.17 
 
 
245 aa  118  9e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000013403  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1233  hypothetical protein  35.19 
 
 
268 aa  113  3e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03211  putative salt-induced outer membrane protein  30.91 
 
 
267 aa  110  1.0000000000000001e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000342266  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2309  protein of unknown function DUF481  33.02 
 
 
244 aa  111  1.0000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.070466 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3877  hypothetical protein  30.77 
 
 
294 aa  108  7.000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0606  hypothetical protein  31.65 
 
 
250 aa  105  7e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3357  putative salt-induced outer membrane protein  27.68 
 
 
268 aa  101  1e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000088366  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3285  hypothetical protein  29.63 
 
 
247 aa  95.9  6e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0505048  hitchhiker  0.000246536 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3065  putative salt-induced outer membrane protein  29.67 
 
 
248 aa  94.4  1e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.124339  normal  0.234711 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3352  hypothetical protein  28.29 
 
 
250 aa  94.4  2e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000185649  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0752  hypothetical protein  27.13 
 
 
247 aa  94.4  2e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00298481  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0370  hypothetical protein  26.51 
 
 
332 aa  91.7  1e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.397767 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3644  hypothetical protein  27.43 
 
 
247 aa  90.1  3e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000124667  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0740  hypothetical protein  27.43 
 
 
247 aa  90.1  3e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000500329  hitchhiker  0.000136578 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0731  protein of unknown function DUF481  27.43 
 
 
247 aa  90.1  3e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000132441  hitchhiker  0.0000000113905 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4213  hypothetical protein  29.55 
 
 
249 aa  89.4  5e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.195016  hitchhiker  0.000349999 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0710  hypothetical protein  27.43 
 
 
247 aa  89  6e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.410698  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0700  hypothetical protein  26.72 
 
 
251 aa  88.2  1e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000147849  hitchhiker  0.000148247 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3931  hypothetical protein  27.71 
 
 
247 aa  85.9  5e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3261  hypothetical protein  25.91 
 
 
251 aa  86.3  5e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000014751  hitchhiker  0.0000121737 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0686  hypothetical protein  25.91 
 
 
251 aa  85.5  6e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000157748  hitchhiker  0.000330115 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3587  hypothetical protein  28.28 
 
 
247 aa  85.9  6e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.204251  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3529  protein of unknown function DUF481  27.31 
 
 
258 aa  83.6  0.000000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0514  hypothetical protein  27.24 
 
 
251 aa  82.4  0.000000000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0608195  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0756  hypothetical protein  27.05 
 
 
249 aa  82  0.000000000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.216313  hitchhiker  0.00000194898 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04136  hypothetical protein  27.43 
 
 
256 aa  77.8  0.0000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.580295  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1733  hypothetical protein  25.79 
 
 
317 aa  77  0.0000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0231419  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3360  hypothetical protein  25.91 
 
 
255 aa  75.5  0.0000000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.853104  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3223  hypothetical protein  25.91 
 
 
255 aa  75.5  0.0000000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3855  hypothetical protein  26.05 
 
 
305 aa  74.7  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.248641  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0878  hypothetical protein  27.71 
 
 
254 aa  74.7  0.000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.428575  normal  0.136015 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1585  hypothetical protein  29.76 
 
 
242 aa  70.1  0.00000000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000281784  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1844  putative outer membrane protein  24.77 
 
 
241 aa  69.3  0.00000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000476612  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1224  hypothetical protein  24.51 
 
 
269 aa  68.2  0.0000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002336  membrane protein  30.13 
 
 
254 aa  67.8  0.0000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00499723  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1722  hypothetical protein  25.69 
 
 
289 aa  67.8  0.0000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.281842  normal  0.346331 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1441  hypothetical protein  24.31 
 
 
241 aa  67.4  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0990956  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1456  hypothetical protein  24.31 
 
 
241 aa  67.4  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.273825  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1424  putative outer membrane protein  24.31 
 
 
241 aa  67.4  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.284815  decreased coverage  0.000282683 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1910  hypothetical protein  24.55 
 
 
252 aa  67  0.0000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.155146  normal  0.390099 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1469  hypothetical protein  24.55 
 
 
252 aa  67  0.0000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0334595  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1803  hypothetical protein  24.55 
 
 
252 aa  67  0.0000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000450339  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1941  hypothetical protein  24.55 
 
 
252 aa  67  0.0000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00616425  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1257  putative salt-induced outer membrane protein  24.11 
 
 
293 aa  66.6  0.0000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1967  hypothetical protein  24.55 
 
 
252 aa  67  0.0000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2440  hypothetical protein  24.55 
 
 
252 aa  67  0.0000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.350144  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01679  hypothetical protein  24.55 
 
 
252 aa  66.2  0.0000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1920  protein of unknown function DUF481  24.55 
 
 
252 aa  66.2  0.0000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.302148  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01691  hypothetical protein  24.55 
 
 
252 aa  66.2  0.0000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2017  putative outer membrane protein  24.31 
 
 
241 aa  66.2  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.277986  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00019  hypothetical protein  26.27 
 
 
254 aa  63.2  0.000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2781  hypothetical protein  27.31 
 
 
269 aa  59.3  0.00000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000100538  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1110  hypothetical protein  24.6 
 
 
249 aa  56.6  0.0000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0381  hypothetical protein  28.25 
 
 
333 aa  53.9  0.000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.542158  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3404  hypothetical protein  24.78 
 
 
263 aa  53.5  0.000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2903  hypothetical protein  24.23 
 
 
229 aa  53.5  0.000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00154459  normal  0.305825 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2347  hypothetical protein  25.56 
 
 
333 aa  53.1  0.000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000241931  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1484  hypothetical protein  27.98 
 
 
377 aa  50.1  0.00003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0579  hypothetical protein  25.11 
 
 
356 aa  49.3  0.00005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.339762  hitchhiker  0.0000347272 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2054  hypothetical protein  21.05 
 
 
260 aa  47  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.933318  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1713  Putative salt-induced outer membrane protein-like protein  21.05 
 
 
260 aa  47  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0964751  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3487  hypothetical protein  24.78 
 
 
262 aa  46.6  0.0004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3551  protein of unknown function DUF481  24.35 
 
 
262 aa  44.7  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0046  putative salt-induced outer membrane protein-like  23.25 
 
 
268 aa  43.9  0.002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.843258  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3467  hypothetical protein  24.47 
 
 
264 aa  43.1  0.004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0271654 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>