92 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0555 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009784  VIBHAR_04771  peptide ABC transporter permease  43.86 
 
 		 836 aa  643    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3310  hypothetical protein  52.8 
 
 		 887 aa  867    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0712  hypothetical protein  52.81 
 
 		 889 aa  842    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0555  hypothetical protein  100 
 
 		 865 aa  1763    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4107  hypothetical protein  51.61 
 
 		 840 aa  784    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0867  hypothetical protein  54.52 
 
 		 889 aa  896    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3422  hypothetical protein  52.39 
 
 		 887 aa  870    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0855  protein of unknown function DUF214  54.47 
 
 		 884 aa  896    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0626  hypothetical protein  53.01 
 
 		 845 aa  776    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3954  hypothetical protein  50.52 
 
 		 849 aa  756    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0372326 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001049  ABC-type antimicrobial peptide transport system permease component  44.21 
 
 		 836 aa  637    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3508  hypothetical protein  54.41 
 
 		 879 aa  892    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3202  hypothetical protein  49.94 
 
 		 850 aa  754    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3145  hypothetical protein  53.64 
 
 		 878 aa  875    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0856  hypothetical protein  54.03 
 
 		 897 aa  868    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0832  hypothetical protein  54.24 
 
 		 889 aa  893    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2956  putative ABC transport system permease protein  40.43 
 
 		 872 aa  545  1e-153  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.410151 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2024  predicted permease  29.07 
 
 		 817 aa  286  9e-76  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02648  hypothetical protein  27.8 
 
 		 817 aa  278  4e-73  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003769  ABC-type antimicrobial peptide transport system permease component  28.26 
 
 		 817 aa  274  4.0000000000000004e-72  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.660506  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1235  hypothetical protein  28.09 
 
 		 836 aa  252  2e-65  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0042131  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0345  hypothetical protein  28.07 
 
 		 819 aa  248  2e-64  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.427244  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2669  hypothetical protein  27.87 
 
 		 820 aa  248  4e-64  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.243432  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2029  hypothetical protein  29.45 
 
 		 819 aa  233  1e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.349708  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3734  hypothetical protein  28.7 
 
 		 819 aa  231  3e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2172  hypothetical protein  28.72 
 
 		 820 aa  226  2e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.78559 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6018  protein of unknown function DUF214  27.13 
 
 		 800 aa  226  2e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2554  hypothetical protein  28.98 
 
 		 819 aa  219  2e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.257329  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0256  hypothetical protein  28.78 
 
 		 793 aa  214  5.999999999999999e-54  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5297  protein of unknown function DUF214  26.49 
 
 		 821 aa  199  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1579  ABC-type transporter protein  24.97 
 
 		 813 aa  184  5.0000000000000004e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.15291  normal  0.104036 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1467  hypothetical protein  27.14 
 
 		 849 aa  184  8.000000000000001e-45  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6285  ABC transporter membrane spanning protein  28.62 
 
 		 802 aa  184  9.000000000000001e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3353  predicted permease FtsX  27.48 
 
 		 800 aa  182  2e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.381061 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1272  hypothetical protein  23.92 
 
 		 850 aa  176  1.9999999999999998e-42  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2018  protein of unknown function DUF214  26 
 
 		 847 aa  174  5e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000691729 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2641  putative ABC transporter, permease protein  25.67 
 
 		 803 aa  172  2e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2209  protein of unknown function DUF214  25.64 
 
 		 847 aa  162  2e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1858  hypothetical protein  24.14 
 
 		 870 aa  151  5e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.576802 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1637  ABC transporter, permease protein, putative  31.77 
 
 		 825 aa  151  5e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2585  hypothetical protein  25.35 
 
 		 866 aa  148  3e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000661481  normal  0.951642 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0079  hypothetical protein  29.81 
 
 		 821 aa  140  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2027  hypothetical protein  32.74 
 
 		 815 aa  136  9.999999999999999e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3744  hypothetical protein  33.43 
 
 		 826 aa  136  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0400891 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11005  adhesion ABC transporter transmembrane protein  21.65 
 
 		 855 aa  134  5e-30  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  decreased coverage  6.05567e-37  normal  0.438455 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01331  hypothetical protein  25.91 
 
 		 929 aa  132  2.0000000000000002e-29  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0685  hypothetical protein  31.56 
 
 		 820 aa  130  1.0000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4397  hypothetical protein  30 
 
 		 821 aa  129  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.256206  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2187  ABC transporter, permease protein  25 
 
 		 839 aa  128  4.0000000000000003e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.424379  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1177  hypothetical protein  28.93 
 
 		 804 aa  128  4.0000000000000003e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.00247698  normal  0.649292 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0122  protein of unknown function DUF214  29.97 
 
 		 845 aa  124  7e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00908006  hitchhiker  0.000145231 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1416  hypothetical protein  26.67 
 
 		 843 aa  115  3e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.675366  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1541  ABC transporter inner membrane protein  27.6 
 
 		 795 aa  114  9e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3021  hypothetical protein  27.88 
 
 		 795 aa  113  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  hitchhiker  0.00599694  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0192  hypothetical protein  27.27 
 
 		 795 aa  110  2e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0431471  normal  0.319513 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1688  protein of unknown function DUF214  24.72 
 
 		 846 aa  106  2e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.121796 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1994  ABC transporter, permease protein  23.82 
 
 		 837 aa  105  4e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0310  hypothetical protein  24.31 
 
 		 753 aa  100  8e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1153  hypothetical protein  21.44 
 
 		 857 aa  89.4  3e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1517  hypothetical protein  20.6 
 
 		 851 aa  87  0.000000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1312  hypothetical protein  24.43 
 
 		 843 aa  85.9  0.000000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.417466  normal  0.86886 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4687  hypothetical protein  24.8 
 
 		 821 aa  85.9  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2042  hypothetical protein  23.77 
 
 		 842 aa  85.5  0.000000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.056679  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1658  hypothetical protein  21.37 
 
 		 850 aa  83.6  0.00000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1836  protein of unknown function DUF214  23.51 
 
 		 842 aa  82.8  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1921  protein of unknown function DUF214  24.61 
 
 		 842 aa  82.4  0.00000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.270476  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5006  protein of unknown function DUF214  23.1 
 
 		 857 aa  81.6  0.00000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.624438  normal  0.0207603 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1773  hypothetical protein  25.15 
 
 		 841 aa  80.9  0.00000000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  decreased coverage  0.00954847  normal  0.230312 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1005  hypothetical protein  20.12 
 
 		 858 aa  79  0.0000000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.166389  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1641  ABC liporpotein exporter, fused inner membrane subunits  23.01 
 
 		 846 aa  77.8  0.0000000000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.147617 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3477  protein of unknown function DUF214  21.44 
 
 		 884 aa  71.2  0.00000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.892035  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3628  hypothetical protein  20.34 
 
 		 858 aa  67.4  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.203673  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0894  hypothetical protein  21.16 
 
 		 855 aa  62  0.00000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.196822  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1527  hypothetical protein  21.11 
 
 		 867 aa  60.8  0.0000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2144  protein of unknown function DUF214  18.52 
 
 		 408 aa  59.3  0.0000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1251  protein of unknown function DUF214  21.99 
 
 		 386 aa  58.9  0.0000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.859867  normal  0.288925 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0436  protein of unknown function DUF214  23.04 
 
 		 849 aa  56.2  0.000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0455  protein of unknown function DUF214  22.77 
 
 		 849 aa  55.1  0.000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0847  hypothetical protein  19.19 
 
 		 855 aa  53.1  0.00002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2047  ABC transporter, permease protein  22.09 
 
 		 844 aa  52.8  0.00003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.57549  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0800  protein of unknown function DUF214  21.66 
 
 		 848 aa  52.4  0.00004  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0397  protein of unknown function DUF214  21.44 
 
 		 856 aa  51.6  0.00006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0721103  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1282  hypothetical protein  22.68 
 
 		 853 aa  50.4  0.0001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000146358 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3224  hypothetical protein  21.88 
 
 		 868 aa  50.8  0.0001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.263939  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4481  hypothetical protein  19.9 
 
 		 854 aa  48.1  0.0007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.180518  normal  0.201948 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0804  protein of unknown function DUF214  22.01 
 
 		 835 aa  47  0.002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0654  ABC transporter, permease protein  22.01 
 
 		 835 aa  47  0.002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2720  protein of unknown function DUF214  30.84 
 
 		 648 aa  45.8  0.003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1348  protein of unknown function DUF214  27.66 
 
 		 846 aa  45.1  0.006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3114  hypothetical protein  20.96 
 
 		 877 aa  44.7  0.007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2300  protein of unknown function DUF214  19 
 
 		 834 aa  44.3  0.009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0183109  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7898  protein of unknown function DUF214  24.05 
 
 		 853 aa  44.3  0.01  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>