More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0549 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_0549  diguanylate cyclase  100 
 
 		 488 aa  1014    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0215358  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0819  diguanylate cyclase  53.75 
 
 		 507 aa  539  9.999999999999999e-153  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00531525  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0854  diguanylate cyclase  53.53 
 
 		 507 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.485181  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0842  diguanylate cyclase with extracellular sensor  53.52 
 
 		 484 aa  536  1e-151  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.105968  hitchhiker  0.00226884 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3437  diguanylate cyclase  54.32 
 
 		 483 aa  528  1e-149  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0184931  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3325  diguanylate cyclase  55 
 
 		 482 aa  528  1e-149  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.662914  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0697  diguanylate cyclase  54.32 
 
 		 482 aa  525  1e-148  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000140018  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0841  GGDEF domain-containing protein  53.5 
 
 		 489 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3519  extracellular solute-binding protein  55.02 
 
 		 366 aa  357  2.9999999999999997e-97  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2959  GGDEF domain-containing protein  48.78 
 
 		 292 aa  295  1e-78  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000656128  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02407  GGDEF domain protein  35.62 
 
 		 503 aa  289  7e-77  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1063  diguanylate cyclase  32.82 
 
 		 458 aa  263  6.999999999999999e-69  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.868006  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1733  diguanylate cyclase  33.26 
 
 		 464 aa  262  8e-69  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546701  normal  0.0234559 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2637  diguanylate cyclase with extracellular sensor  33.11 
 
 		 474 aa  262  1e-68  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1889  diguanylate cyclase  31 
 
 		 714 aa  241  2e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.838759  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3689  diguanylate cyclase  29.85 
 
 		 935 aa  227  3e-58  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2961  GGDEF domain-containing protein  57.54 
 
 		 204 aa  227  4e-58  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0857681  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  29.47 
 
 		 794 aa  223  8e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1937  diguanylate cyclase  27.88 
 
 		 775 aa  222  9.999999999999999e-57  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1726  putative diguanylate cyclase  30.89 
 
 		 778 aa  221  1.9999999999999999e-56  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.597451  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0885  membrane associated GGDEF protein  27.93 
 
 		 712 aa  192  8e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136885  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3516  diguanylate cyclase  53.75 
 
 		 160 aa  191  2.9999999999999997e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.013928  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2185  diguanylate cyclase  29.64 
 
 		 941 aa  177  4e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.260855  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2367  diguanylate cyclase  29.53 
 
 		 923 aa  176  9e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.457753  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2039  diguanylate cyclase with extracellular sensor  29.6 
 
 		 912 aa  170  7e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0269682  hitchhiker  0.000000244551 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1794  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  29.61 
 
 		 589 aa  166  9e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000132214  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2037  diguanylate cyclase  28.42 
 
 		 928 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1934  diguanylate cyclase  30.07 
 
 		 937 aa  165  2.0000000000000002e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0766434  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2308  diguanylate cyclase  29.39 
 
 		 928 aa  164  3e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00466975  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2424  diguanylate cyclase  28.63 
 
 		 928 aa  164  3e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00236557  normal  0.130217 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2113  extracellular solute-binding protein  28.41 
 
 		 955 aa  164  4.0000000000000004e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1844  extracellular solute-binding protein  27.92 
 
 		 932 aa  160  4e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.192206  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3226  Hpt sensor hybrid histidine kinase  36.09 
 
 		 1251 aa  154  4e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0796968  normal  0.806997 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1897  diguanylate cyclase  28.89 
 
 		 937 aa  154  4e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0415273 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2081  diguanylate cyclase  28.92 
 
 		 937 aa  153  5e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0379355  normal  0.0338945 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2434  extracellular solute-binding protein  28.48 
 
 		 937 aa  153  5.9999999999999996e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1952  diguanylate cyclase  27.77 
 
 		 937 aa  152  8.999999999999999e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.105215  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.58 
 
 		 768 aa  146  9e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0248  histidine kinase  30.07 
 
 		 1065 aa  145  2e-33  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2029  diguanylate cyclase  27.01 
 
 		 932 aa  144  5e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0571217  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.03 
 
 		 772 aa  140  6e-32  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1036  diguanylate cyclase  42.48 
 
 		 427 aa  139  1e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0489  GGDEF family protein  26.11 
 
 		 469 aa  139  1e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.788627  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1271  putative response regulator  40.98 
 
 		 443 aa  139  1e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1695  diguanylate cyclase  34.21 
 
 		 753 aa  139  2e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.560166  normal  0.428473 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1063  diguanylate cyclase  35.4 
 
 		 366 aa  137  5e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0806  GGDEF family protein  39.77 
 
 		 443 aa  135  9.999999999999999e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0486  diguanylate cyclase  34.23 
 
 		 738 aa  136  9.999999999999999e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1920  diguanylate cyclase  28.57 
 
 		 893 aa  134  3e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2896  cellulose binding, type IV  35.68 
 
 		 443 aa  134  3e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808862 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2943  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.53 
 
 		 438 aa  131  3e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.641955  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  38.86 
 
 		 493 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1888  GGDEF domain-containing protein  26.54 
 
 		 930 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000133848  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1304  diguanylate cyclase  41.25 
 
 		 559 aa  130  6e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1382  response regulator receiver protein  41.81 
 
 		 302 aa  130  7.000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0979  sensor histidine kinase  26.09 
 
 		 1574 aa  129  9.000000000000001e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00449169 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3330  diguanylate cyclase  36.73 
 
 		 556 aa  129  1.0000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4311  diguanylate cyclase  38.29 
 
 		 493 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.245548  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1157  PAS:GGDEF  43.04 
 
 		 418 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.958814  normal  0.862731 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1154  sensory box protein  36.72 
 
 		 340 aa  129  1.0000000000000001e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0195  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40 
 
 		 309 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0106599  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02325  GGDEF domain protein  35.83 
 
 		 949 aa  128  2.0000000000000002e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  35.45 
 
 		 487 aa  128  2.0000000000000002e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1319  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.56 
 
 		 610 aa  128  3e-28  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.104887  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.31 
 
 		 901 aa  127  3e-28  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3998  diguanylate cyclase  37.93 
 
 		 591 aa  128  3e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4457  GGDEF domain-containing protein  40.36 
 
 		 485 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1880  diguanylate cyclase  38.92 
 
 		 477 aa  127  4.0000000000000003e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0268707  normal  0.0491745 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3525  diguanylate cyclase  37.78 
 
 		 227 aa  127  5e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.395826  normal  0.08798 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0838  diguanylate cyclase  37.72 
 
 		 332 aa  127  6e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.569939 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1844  diguanylate cyclase  37.21 
 
 		 456 aa  127  6e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.674113  normal  0.785076 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.38 
 
 		 505 aa  125  1e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2531  diguanylate cyclase  32.55 
 
 		 347 aa  125  1e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.204125  normal  0.837026 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1232  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.03 
 
 		 416 aa  126  1e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  39.29 
 
 		 362 aa  125  2e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2999  diguanylate cyclase  38.22 
 
 		 548 aa  125  2e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0785  diguanylate cyclase  32.61 
 
 		 502 aa  125  2e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0845  diguanylate cyclase  41.72 
 
 		 578 aa  125  2e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4369  sensor diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 569 aa  125  2e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.399197 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2966  diguanylate cyclase  41.14 
 
 		 386 aa  125  2e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0175816  decreased coverage  0.00586824 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4684  GGDEF domain-containing protein  38.24 
 
 		 266 aa  124  3e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3083  diguanylate cyclase  42.5 
 
 		 409 aa  124  3e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.176077 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1934  hypothetical protein  36.88 
 
 		 634 aa  124  3e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0645  diguanylate cyclase  37.28 
 
 		 659 aa  124  3e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2080  diguanylate cyclase  26.4 
 
 		 934 aa  124  4e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0600  diguanylate cyclase with GAF sensor  37.08 
 
 		 669 aa  124  4e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3102  GGDEF domain-containing protein  36.92 
 
 		 580 aa  124  4e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03046  GGDEF domain protein  38.1 
 
 		 518 aa  124  4e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.444384  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  37.85 
 
 		 451 aa  124  5e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1646  GGDEF family protein  39.51 
 
 		 296 aa  124  5e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0613  diguanylate cyclase  37.65 
 
 		 611 aa  124  5e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1348  response regulator PleD  41.42 
 
 		 457 aa  124  5e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4400  diguanylate cyclase  36.99 
 
 		 493 aa  124  5e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3700  extracellular solute-binding protein  28.41 
 
 		 461 aa  123  6e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2626  diguanylate cyclase  38.3 
 
 		 599 aa  123  6e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4141  diguanylate cyclase  40.61 
 
 		 312 aa  123  7e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00274749 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3232  hypothetical protein  39.58 
 
 		 498 aa  123  8e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0640076  normal  0.305585 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2151  diguanylate cyclase  36.11 
 
 		 583 aa  123  9e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.984421  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1328  diguanylate cyclase  38.46 
 
 		 564 aa  123  9e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0263917  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1019  diguanylate cyclase  36.08 
 
 		 351 aa  123  9e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>