72 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0539 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009052  Sbal_3531  hypothetical protein  63.24 
 
 
562 aa  738    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3451  hypothetical protein  62.16 
 
 
563 aa  743    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0113855 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0805  hypothetical protein  63.6 
 
 
562 aa  745    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0539  hypothetical protein  100 
 
 
555 aa  1143    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0674  hypothetical protein  62.34 
 
 
563 aa  742    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0199689 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3273  hypothetical protein  62.7 
 
 
563 aa  747    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00316716 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0568  hypothetical protein  64.86 
 
 
556 aa  732    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.235837 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3979  hypothetical protein  62.52 
 
 
556 aa  723    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2978  hypothetical protein  69.37 
 
 
555 aa  796    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0596  hypothetical protein  59.57 
 
 
554 aa  672    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0837  hypothetical protein  63.78 
 
 
562 aa  747    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0830  protein of unknown function DUF342  63.78 
 
 
562 aa  748    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000204321 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4141  hypothetical protein  58.92 
 
 
556 aa  692    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.5265 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3165  hypothetical protein  63.78 
 
 
562 aa  751    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3231  hypothetical protein  62.34 
 
 
556 aa  702    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0826  hypothetical protein  60 
 
 
563 aa  713    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3684  hypothetical protein  33.16 
 
 
562 aa  272  1e-71  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1695  hypothetical protein  34.71 
 
 
562 aa  267  5e-70  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000996  predicted polymerase  34.32 
 
 
559 aa  261  2e-68  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.717686  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07053  hypothetical protein  32.35 
 
 
566 aa  239  1e-61  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0010  hypothetical protein  31.98 
 
 
547 aa  235  2.0000000000000002e-60  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.736924  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0158  hypothetical protein  31.04 
 
 
556 aa  218  2e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2173  hypothetical protein  28.68 
 
 
552 aa  201  3.9999999999999996e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.819375  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02406  hypothetical protein  31.65 
 
 
551 aa  198  2.0000000000000003e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.122562  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3025  hypothetical protein  29.6 
 
 
546 aa  199  2.0000000000000003e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.487513  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3642  hypothetical protein  30.34 
 
 
544 aa  185  1.0000000000000001e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000393022  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0512  hypothetical protein  31.5 
 
 
546 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0671  protein of unknown function DUF342  34.46 
 
 
545 aa  182  1e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  6.38243e-32 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1709  hypothetical protein  28.42 
 
 
534 aa  181  2e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16620  predicted polymerase, contains PALM domain, HD hydrolase domain and Zn-ribbon domain  29.93 
 
 
611 aa  176  9.999999999999999e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2455  hypothetical protein  30.16 
 
 
538 aa  162  2e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0872  hypothetical protein  31.77 
 
 
541 aa  158  2e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0262539  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1423  protein of unknown function DUF342  32.05 
 
 
622 aa  158  3e-37  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000579847  normal  0.370296 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0090  protein of unknown function DUF342  27.62 
 
 
565 aa  157  5.0000000000000005e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0498  hypothetical protein  28.6 
 
 
542 aa  154  4e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.578621  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2143  protein of unknown function DUF342  26.74 
 
 
461 aa  139  1e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0160634  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0879  hypothetical protein  31.3 
 
 
467 aa  138  2e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00425584  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1663  hypothetical protein  30.18 
 
 
459 aa  137  8e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000175912  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0176  protein of unknown function DUF342  27.02 
 
 
660 aa  134  3.9999999999999996e-30  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000513292  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1305  protein of unknown function DUF342  29.63 
 
 
530 aa  134  5e-30  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.431943  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2682  hypothetical protein  26.35 
 
 
656 aa  131  4.0000000000000003e-29  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.254687  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2021  protein of unknown function DUF342  30.09 
 
 
463 aa  125  2e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2684  hypothetical protein  29.91 
 
 
532 aa  121  3e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1511  hypothetical protein  27.8 
 
 
527 aa  115  3e-24  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0473  hypothetical protein  24.64 
 
 
467 aa  109  1e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0881  hypothetical protein  26.99 
 
 
462 aa  107  4e-22  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000540176  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0219  protein of unknown function DUF342  27.57 
 
 
501 aa  105  2e-21  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.102298  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0452  protein of unknown function DUF342  30.1 
 
 
603 aa  100  6e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1231  hypothetical protein  27.56 
 
 
462 aa  95.1  3e-18  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0194  hypothetical protein  27.09 
 
 
455 aa  85.5  0.000000000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1361  polymerase  25.77 
 
 
653 aa  84.7  0.000000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0192  hypothetical protein  29.13 
 
 
455 aa  83.6  0.00000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0389  protein of unknown function DUF342  23.46 
 
 
578 aa  83.2  0.00000000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1256  protein of unknown function DUF342  26.49 
 
 
378 aa  81.3  0.00000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.912515  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2246  protein of unknown function DUF342  26.02 
 
 
520 aa  80.1  0.0000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1398  hypothetical protein  22.2 
 
 
728 aa  79.3  0.0000000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0394  hypothetical protein  26.67 
 
 
543 aa  79.3  0.0000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000249945  normal  0.153411 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1534  hypothetical protein  25.98 
 
 
456 aa  78.6  0.0000000000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.196772  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0028  protein of unknown function DUF342  24.38 
 
 
525 aa  76.6  0.0000000000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1534  polymerase  28.33 
 
 
629 aa  77  0.0000000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.451593  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2234  hypothetical protein  27.57 
 
 
484 aa  76.3  0.000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.260747  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0823  hypothetical protein  29.57 
 
 
691 aa  76.6  0.000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00604121  normal  0.0176105 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1718  hypothetical protein  27.27 
 
 
371 aa  76.6  0.000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0679747  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3178  hypothetical protein  22.98 
 
 
529 aa  74.7  0.000000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2410  hypothetical protein  24.42 
 
 
530 aa  71.2  0.00000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0273  hypothetical protein  21.66 
 
 
634 aa  64.3  0.000000005  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0251  protein of unknown function DUF342  25.47 
 
 
381 aa  63.2  0.00000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0226778 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0429  hypothetical protein  28.33 
 
 
574 aa  60.8  0.00000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1859  hypothetical protein  22.16 
 
 
603 aa  59.3  0.0000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4099  protein of unknown function DUF342  31.76 
 
 
598 aa  58.5  0.0000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000308473  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1631  hypothetical protein  25.56 
 
 
378 aa  57  0.000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.83823  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2318  hypothetical protein  25.53 
 
 
371 aa  50.1  0.0001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00575561 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>