More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0308 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_0308  MscS mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 459 aa  929    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4142  MscS mechanosensitive ion channel  56.82 
 
 		 384 aa  395  1e-108  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.93898  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2989  Ricin B lectin  52.47 
 
 		 474 aa  383  1e-105  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000129425 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02489  putative mechanosensitive channel protein (MscS family)  52.31 
 
 		 367 aa  352  1e-95  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1189  MscS Mechanosensitive ion channel  36.92 
 
 		 445 aa  266  4e-70  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0743  MscS Mechanosensitive ion channel  38.53 
 
 		 460 aa  245  9.999999999999999e-64  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1940  MscS mechanosensitive ion channel  36.18 
 
 		 489 aa  226  4e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5986  MscS Mechanosensitive ion channel  30.65 
 
 		 337 aa  159  8e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0102  MscS mechanosensitive ion channel  28.35 
 
 		 537 aa  147  4.0000000000000006e-34  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.102568  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2422  MscS mechanosensitive ion channel  29.56 
 
 		 572 aa  147  6e-34  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3659  MscS mechanosensitive ion channel  26.9 
 
 		 439 aa  146  8.000000000000001e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.19276  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10253  hypothetical protein  34.22 
 
 		 307 aa  139  1e-31  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  decreased coverage  0.00229932  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0890  MscS mechanosensitive ion channel  29.46 
 
 		 330 aa  129  1.0000000000000001e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000201965 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0293  MscS mechanosensitive ion channel  30.54 
 
 		 447 aa  125  2e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00500  MscS Mechanosensitive ion channel  27.51 
 
 		 334 aa  123  7e-27  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4090  MscS mechanosensitive ion channel  24.56 
 
 		 349 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0663  MscS Mechanosensitive ion channel  35.03 
 
 		 336 aa  119  9.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1797  mechanosensitive ion channel  32.17 
 
 		 561 aa  118  1.9999999999999998e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.433096  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01752  putative mechanosensitive channel protein (MscS family)  24.92 
 
 		 328 aa  118  1.9999999999999998e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.249612  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1036  putative mechanosensitive ion channel protein  30.4 
 
 		 534 aa  117  3e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3168  MscS Mechanosensitive ion channel  27.94 
 
 		 311 aa  117  3e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0116515  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2000  MscS Mechanosensitive ion channel  28.71 
 
 		 302 aa  118  3e-25  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.03582 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1533  MscS Mechanosensitive ion channel  36.36 
 
 		 276 aa  117  6e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1417  MscS Mechanosensitive ion channel  30.43 
 
 		 304 aa  116  8.999999999999998e-25  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1746  mechanosensitive ion channel family protein  28.83 
 
 		 531 aa  113  6e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1689  MscS mechanosensitive ion channel  28.51 
 
 		 356 aa  113  7.000000000000001e-24  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1187  MscS Mechanosensitive ion channel  27.65 
 
 		 305 aa  113  8.000000000000001e-24  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0250538  hitchhiker  0.00000123969 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1074  MscS mechanosensitive ion channel  29.44 
 
 		 360 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.287098  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1552  MscS mechanosensitive ion channel  29.44 
 
 		 359 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.101944 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2646  MscS mechanosensitive ion channel  28.06 
 
 		 322 aa  112  1.0000000000000001e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0661  MscS Mechanosensitive ion channel  30.58 
 
 		 295 aa  111  2.0000000000000002e-23  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0359  MscS mechanosensitive ion channel  29.44 
 
 		 360 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.821631  n/a   
 
 
-
 
NC_014249  Aazo_5329  mechanosensitive ion channel protein MscS  31.82 
 
 		 331 aa  111  3e-23  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1093  MscS Mechanosensitive ion channel  27.27 
 
 		 389 aa  111  3e-23  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.464677  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13183  putative mechanosensitive channel protein (MscS family)  27.67 
 
 		 316 aa  110  6e-23  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0360  MscS mechanosensitive ion channel  28.79 
 
 		 393 aa  110  7.000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0444  MscS mechanosensitive ion channel  31.31 
 
 		 540 aa  109  8.000000000000001e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4382  MscS mechanosensitive ion channel  32.9 
 
 		 262 aa  110  8.000000000000001e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.496887  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03062  hypothetical protein  25.8 
 
 		 563 aa  110  8.000000000000001e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0613  MscS mechanosensitive ion channel  29.5 
 
 		 547 aa  109  9.000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000873032  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1496  MscS Mechanosensitive ion channel  26.72 
 
 		 295 aa  109  9.000000000000001e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2529  MscS Mechanosensitive ion channel  30.53 
 
 		 864 aa  108  1e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0091  MscS Mechanosensitive ion channel  28.64 
 
 		 297 aa  109  1e-22  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002898  small-conductance mechanosensitive channel  29.52 
 
 		 532 aa  109  1e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.341732  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3145  mechanosensitive ion channel  28.57 
 
 		 544 aa  109  1e-22  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.187903  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1895  MscS Mechanosensitive ion channel  31.55 
 
 		 286 aa  108  2e-22  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.461855 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0476  MscS mechanosensitive ion channel  30.77 
 
 		 279 aa  108  2e-22  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.139506  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2332  MscS Mechanosensitive ion channel  30.13 
 
 		 362 aa  108  2e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0390  MscS mechanosensitive ion channel  32.68 
 
 		 274 aa  108  2e-22  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.855015  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03290  MscS Mechanosensitive ion channel  34.13 
 
 		 280 aa  108  3e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2771  MscS Mechanosensitive ion channel  27.17 
 
 		 296 aa  107  3e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5091  MscS Mechanosensitive ion channel  30.87 
 
 		 637 aa  107  4e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00148956  normal  0.0183068 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3719  MscS mechanosensitive ion channel  30.47 
 
 		 538 aa  107  4e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00173633  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1709  small conductance mechanosensitive channel  31.62 
 
 		 494 aa  107  5e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0466336 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4338  MscS mechanosensitive ion channel  28.52 
 
 		 533 aa  107  5e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3343  mechanosensitive ion channel protein  28.57 
 
 		 813 aa  107  6e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.183155 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3521  MscS mechanosensitive ion channel  28.63 
 
 		 547 aa  106  7e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2423  MscS Mechanosensitive ion channel  35.23 
 
 		 297 aa  106  9e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.591216  normal  0.0692547 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2090  hypothetical protein  33.33 
 
 		 301 aa  105  1e-21  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1632  mechanosensitive ion channel family protein  30.05 
 
 		 782 aa  105  2e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.274059  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4521  MscS Mechanosensitive ion channel  25 
 
 		 291 aa  105  2e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.958869 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0955  MscS mechanosensitive ion channel  30 
 
 		 298 aa  105  2e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1342  MscS Mechanosensitive ion channel  28.28 
 
 		 266 aa  104  3e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00293598  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1775  MscS mechanosensitive ion channel  28.45 
 
 		 283 aa  104  3e-21  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2010  MscS Mechanosensitive ion channel  32.21 
 
 		 447 aa  104  4e-21  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3333  MscS mechanosensitive ion channel  32.34 
 
 		 275 aa  103  5e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2035  MscS Mechanosensitive ion channel  32.21 
 
 		 447 aa  103  5e-21  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1350  hypothetical protein  33.54 
 
 		 292 aa  103  6e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.136839  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1202  MscS Mechanosensitive ion channel  29.76 
 
 		 270 aa  103  7e-21  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.49703  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0795  MscS mechanosensitive ion channel  34.41 
 
 		 269 aa  103  8e-21  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1888  MscS Mechanosensitive ion channel  29.85 
 
 		 362 aa  103  8e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1587  MscS mechanosensitive ion channel  31.2 
 
 		 807 aa  102  1e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.370206  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2402  hypothetical protein  33.33 
 
 		 279 aa  102  1e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.267781  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0914  MscS mechanosensitive ion channel  28.37 
 
 		 842 aa  102  1e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00707445 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0209  MscS mechanosensitive ion channel  31.84 
 
 		 685 aa  102  1e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0673077 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3620  MscS mechanosensitive ion channel  29.62 
 
 		 277 aa  102  1e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.812148  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2641  MscS Mechanosensitive ion channel  33.33 
 
 		 280 aa  102  2e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2316  mechanosensitive ion channel family protein  28.51 
 
 		 291 aa  101  3e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2229  MscS Mechanosensitive ion channel  25.3 
 
 		 400 aa  101  3e-20  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.224666  normal  0.568068 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3747  MscS Mechanosensitive ion channel  27.68 
 
 		 549 aa  101  3e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3803  MscS mechanosensitive ion channel  27.68 
 
 		 549 aa  101  3e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.717222  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0975  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  29.33 
 
 		 450 aa  100  4e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2355  MscS mechanosensitive ion channel  29.81 
 
 		 295 aa  100  4e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0549147  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1599  MscS Mechanosensitive ion channel  25 
 
 		 862 aa  100  4e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3058  MscS mechanosensitive ion channel  26.58 
 
 		 435 aa  100  4e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.914338 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3929  MscS mechanosensitive ion channel  27.68 
 
 		 549 aa  100  4e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0774  mechanosensitive ion channel family protein  28.84 
 
 		 450 aa  100  5e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2273  MscS mechanosensitive ion channel  33 
 
 		 258 aa  100  5e-20  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2393  MscS Mechanosensitive ion channel  26.07 
 
 		 408 aa  100  6e-20  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01095  mechanosensitive ion channel family protein  28.45 
 
 		 280 aa  100  6e-20  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0108  MscS mechanosensitive ion channel  25.87 
 
 		 304 aa  100  8e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2284  MscS mechanosensitive ion channel  31.16 
 
 		 273 aa  100  8e-20  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1486  MscS Mechanosensitive ion channel  26.27 
 
 		 272 aa  100  8e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1856  hypothetical protein  31.49 
 
 		 281 aa  99.8  9e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.130527  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3013  MscS mechanosensitive ion channel  30.86 
 
 		 843 aa  99.8  9e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3200  MscS Mechanosensitive ion channel  32.04 
 
 		 275 aa  99.4  1e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.126037  normal  0.165541 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2238  mechanosensitive ion channel family protein  29.33 
 
 		 449 aa  99.8  1e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2654  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  29.33 
 
 		 450 aa  99.4  1e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1129  mechanosensitive ion channel family protein  29.33 
 
 		 449 aa  99.8  1e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0949  MscS Mechanosensitive ion channel  30.7 
 
 		 273 aa  99.4  1e-19  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>