131 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0301 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_0301  methyltransferase type 11  100 
 
 
214 aa  447  1e-125  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4550  methyltransferase domain-containing protein  56.87 
 
 
212 aa  250  9e-66  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3746  methyltransferase type 12  59.24 
 
 
212 aa  249  3e-65  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4134  methyltransferase type 12  55.98 
 
 
213 aa  247  8e-65  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3819  methyltransferase type 11  59.81 
 
 
212 aa  247  8e-65  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0201  methyltransferase type 11  55.98 
 
 
217 aa  246  1e-64  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3944  methyltransferase type 11  59.33 
 
 
212 aa  246  1e-64  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0201  Methyltransferase type 11  55.98 
 
 
216 aa  246  2e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.63845 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3951  methyltransferase type 11  55.5 
 
 
211 aa  245  3e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0329  methyltransferase type 11  55.45 
 
 
212 aa  245  4e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4267  methyltransferase type 11  55.5 
 
 
223 aa  243  1e-63  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.14672 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3583  methyltransferase type 12  53.85 
 
 
211 aa  229  2e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0259  methyltransferase type 12  54.55 
 
 
211 aa  229  3e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.562572 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3445  methyltransferase domain-containing protein  54.29 
 
 
213 aa  227  1e-58  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0258  methyltransferase type 12  50.72 
 
 
211 aa  222  4e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0504926 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2134  methyltransferase type 11  45.02 
 
 
212 aa  194  7e-49  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.453927 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2554  methyltransferase type 12  46.19 
 
 
215 aa  193  2e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.239321  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001914  putative methyltransferase associated with DUF414  44.55 
 
 
212 aa  191  6e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00577  hypothetical protein  44.23 
 
 
212 aa  191  7e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2405  methyltransferase-related protein  44.71 
 
 
222 aa  187  1e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0230  hypothetical protein  45.89 
 
 
214 aa  187  1e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.818653  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1082  methyltransferase type 12  44.39 
 
 
215 aa  186  2e-46  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.578159  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1601  thymidylate kinase  42.65 
 
 
215 aa  181  5e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0530437  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2158  methyltransferase type 12  41.75 
 
 
223 aa  179  3e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0514  methyltransferase domain-containing protein  43.35 
 
 
225 aa  169  3e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0420  methyltransferase type 12  39.71 
 
 
230 aa  167  1e-40  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.662097  hitchhiker  0.00821739 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00013  methyltransferase-related protein  42.31 
 
 
233 aa  164  9e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0899  Methyltransferase type 11  36.74 
 
 
217 aa  159  2e-38  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0643  methyltransferase type 12  39.9 
 
 
257 aa  157  1e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1150  methyltransferase type 12  41.26 
 
 
222 aa  156  2e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0965  methyltransferase type 11  37.07 
 
 
217 aa  144  1e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00498957  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0892  2-polyprenyl-3-methyl-5-hydroxy-6-metoxy-1, 4-benzoquinol methylase  35.44 
 
 
214 aa  129  3e-29  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06720  2-polyprenyl-3-methyl-5-hydroxy-6-metoxy-1, 4-benzoquinol methylase  32.68 
 
 
214 aa  124  1e-27  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3717  hypothetical protein  34.56 
 
 
222 aa  120  2e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00803491  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4293  hypothetical protein  35.55 
 
 
212 aa  118  5e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00170008  unclonable  4.96851e-12 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3908  hypothetical protein  35.71 
 
 
212 aa  117  1e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00391987  normal  0.262705 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4348  hypothetical protein  35.07 
 
 
212 aa  115  4e-25  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  2.31362e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4490  hypothetical protein  35.07 
 
 
212 aa  115  4e-25  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0393698 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0050  hypothetical protein  35.07 
 
 
212 aa  115  5e-25  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00137393  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4000  hypothetical protein  35.07 
 
 
212 aa  114  1e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0557081 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4727  hypothetical protein  34.76 
 
 
212 aa  114  1e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3946  hypothetical protein  34.45 
 
 
220 aa  113  2e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0056  hypothetical protein  33.18 
 
 
220 aa  111  6e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.425414  normal  0.0220256 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4113  hypothetical protein  34.12 
 
 
212 aa  108  4e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.752026 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3910  hypothetical protein  34.6 
 
 
212 aa  106  3e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0109  2-polyprenyl-3-methyl-5-hydroxy-6-metoxy-1,4- ben zoquinolmethylase  34.41 
 
 
214 aa  106  3e-22  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0099  hypothetical protein  31.63 
 
 
222 aa  104  9e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0090  hypothetical protein  29.58 
 
 
226 aa  103  1e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  8.69669e-05  normal  0.185327 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0093  hypothetical protein  32.11 
 
 
232 aa  99.4  4e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0397586  decreased coverage  8.60939e-06 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3623  hypothetical protein  30.62 
 
 
223 aa  95.9  4e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0347369  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2177  ubiquinone/menaquinone biosynthesis methylase-like protein  25.47 
 
 
345 aa  63.2  3e-09  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.225032  hitchhiker  0.000137631 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1350  methyltransferase type 12  32.12 
 
 
1046 aa  58.9  6e-08  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.041094  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3232  hypothetical protein  28.03 
 
 
323 aa  54.7  9e-07  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.470904  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1794  methyltransferase type 12  22.81 
 
 
336 aa  54.3  2e-06  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0252  2-polyprenyl-3-methyl-5-hydroxy-6-metoxy-1 4-benzoquinol methylase-like  22.34 
 
 
273 aa  53.1  3e-06  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.859955  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4080  methyltransferase type 12  25.16 
 
 
274 aa  52.8  4e-06  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.317944 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4142  glycosyl transferase family protein  27.84 
 
 
1287 aa  52  7e-06  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  hitchhiker  6.8759e-06 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0772  Methyltransferase type 11  24.84 
 
 
240 aa  51.2  1e-05  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2729  Methyltransferase type 11  25.18 
 
 
317 aa  50.4  2e-05  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1348  methyltransferase type 11  23.95 
 
 
286 aa  50.4  2e-05  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.71095  hitchhiker  0.00964289 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2154  methyltransferase type 11  23.89 
 
 
291 aa  50.4  2e-05  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2682  Methyltransferase type 12  31.25 
 
 
358 aa  49.7  3e-05  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.454648  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1513  hypothetical protein  22.88 
 
 
308 aa  50.1  3e-05  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0813678  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2886  2-polyprenyl-3-methyl-5-hydroxy-6-metoxy-1 4-benzoquinol methylase-like  22.37 
 
 
277 aa  49.7  4e-05  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00412088 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2893  methyltransferase type 11  22 
 
 
317 aa  49.3  5e-05  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2940  methyltransferase type 11  28.35 
 
 
224 aa  48.9  5e-05  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0448  methyltransferase type 12  27.38 
 
 
307 aa  48.9  6e-05  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  decreased coverage  0.00834451  normal  0.0296348 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5520  Methyltransferase type 12  24.36 
 
 
306 aa  48.5  7e-05  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.281271 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1121  methyltransferase type 11  28.79 
 
 
293 aa  48.5  8e-05  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.536452  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1408  membrane-associated protein  22.94 
 
 
213 aa  48.1  9e-05  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4274  methyltransferase type 11  28 
 
 
222 aa  48.1  0.0001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.254306  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3753  methyltransferase type 11  24.61 
 
 
2490 aa  47.8  0.0001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3431  methyltransferase type 11  27.46 
 
 
271 aa  47  0.0002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5464  Methyltransferase type 11  24.54 
 
 
212 aa  47.4  0.0002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.873364  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0350  3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  33.67 
 
 
391 aa  47  0.0002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.19303  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1471  Methyltransferase type 11  24.24 
 
 
333 aa  46.6  0.0003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.133968 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_14071  hypothetical protein  26.15 
 
 
354 aa  46.6  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0536684  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7539  hypothetical protein  26.37 
 
 
258 aa  46.6  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0390  Methyltransferase type 11  22.63 
 
 
267 aa  46.2  0.0004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2080  Methyltransferase type 11  22.98 
 
 
211 aa  45.8  0.0004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.587807  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3858  ubiquinone biosynthesis O-methyltransferase  32.32 
 
 
260 aa  46.2  0.0004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  unclonable  3.01378e-06 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0752  methyltransferase type 11  21.99 
 
 
214 aa  46.2  0.0004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0080  Methyltransferase type 11  25.75 
 
 
353 aa  45.8  0.0005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0077  hypothetical protein  25.75 
 
 
353 aa  45.8  0.0005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2732  hypothetical protein  22.95 
 
 
236 aa  45.4  0.0006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  4.22466e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2963  methyltransferase type 12  25.77 
 
 
303 aa  45.4  0.0006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3351  methyltransferase type 11  26.53 
 
 
324 aa  45.1  0.0009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1318  glycosyl transferase family protein  24.1 
 
 
1314 aa  44.7  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.581884  normal  0.368047 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0484  putative methyltransferase  26.39 
 
 
240 aa  44.7  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1749  Methyltransferase type 11  23.45 
 
 
323 aa  44.7  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.16946 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1006  Methyltransferase type 11  24.39 
 
 
242 aa  45.1  0.001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00471985  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0780  glycosyl transferase, group 1  26.95 
 
 
711 aa  44.3  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1471  methyltransferase type 11  23.45 
 
 
323 aa  44.7  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0736602 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7221  putative 3-demethylubiquinone-9 3-methyltransferase  30.61 
 
 
241 aa  44.3  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.564815  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3163  glycosyl transferase family 2  22.62 
 
 
1177 aa  43.9  0.002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5773  Methyltransferase type 12  26.49 
 
 
303 aa  43.9  0.002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.418768  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3022  hypothetical protein  25.76 
 
 
1124 aa  43.5  0.002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2593  methyltransferase type 11  28.07 
 
 
238 aa  43.9  0.002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0420  Methyltransferase type 11  23.68 
 
 
335 aa  43.1  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.849842 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3592  Methyltransferase type 11  25.17 
 
 
251 aa  43.1  0.003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>