More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0185 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_0185  redoxin domain-containing protein  100 
 
 
179 aa  367  1e-101  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000121029  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0234  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  60.12 
 
 
195 aa  221  4.9999999999999996e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000290768  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0237  redoxin domain-containing protein  59.09 
 
 
193 aa  221  6e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000132187  unclonable  0.000000000045327 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4018  Redoxin domain protein  60.12 
 
 
195 aa  220  8e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000656655  hitchhiker  0.00619092 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0237  redoxin domain-containing protein  60.12 
 
 
195 aa  219  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000304189  normal  0.555945 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0234  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  60.12 
 
 
195 aa  219  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000676147  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0269  thioredoxin, putative  58.1 
 
 
194 aa  218  5e-56  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0237  redoxin domain-containing protein  57.95 
 
 
193 aa  217  7e-56  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000458104  hitchhiker  0.00000000877704 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0232  redoxin domain-containing protein  57.95 
 
 
193 aa  217  7e-56  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000057561  normal  0.0469952 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0221  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  55.36 
 
 
198 aa  217  8.999999999999998e-56  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000103908  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4653  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  56.21 
 
 
191 aa  216  1e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000929627  normal  0.021972 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4281  redoxin domain-containing protein  55.03 
 
 
192 aa  214  4e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000444464  normal  0.0383421 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3721  redoxin domain-containing protein  57.99 
 
 
195 aa  214  5e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000547051  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0196  redoxin domain-containing protein  54.27 
 
 
195 aa  206  1e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000417571  normal  0.0470366 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0251  thioredoxin, putative  54.44 
 
 
193 aa  194  4.0000000000000005e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000212412  normal  0.0823497 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0479  thioredoxin, putative  43.18 
 
 
196 aa  135  2e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0476  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  40.91 
 
 
177 aa  131  5e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3367  redoxin domain-containing protein  41.67 
 
 
194 aa  131  6.999999999999999e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0476  thioredoxin, putative  40.74 
 
 
194 aa  130  1.0000000000000001e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0485  redoxin domain-containing protein  40.91 
 
 
194 aa  130  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0486  redoxin domain-containing protein  41.67 
 
 
194 aa  129  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4005  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  40.91 
 
 
194 aa  127  9.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3545  redoxin domain-containing protein  40.15 
 
 
194 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.65179  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3880  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  40.15 
 
 
194 aa  125  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4480  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  39.39 
 
 
194 aa  125  4.0000000000000003e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0345  redoxin domain-containing protein  36.92 
 
 
211 aa  115  3e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3474  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  35.17 
 
 
169 aa  99  3e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.163841 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0746  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  31.91 
 
 
200 aa  98.6  4e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.204935  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3412  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  36.3 
 
 
169 aa  97.8  8e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2276  Redoxin domain protein  32.84 
 
 
171 aa  97.4  1e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2006  redoxin domain-containing protein  31.82 
 
 
176 aa  96.3  2e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0112011  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0398  Thiol-disulfide isomerase and thioredoxins-like  36.97 
 
 
223 aa  94.4  8e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0641884  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2535  redoxin domain-containing protein  33.33 
 
 
224 aa  94.4  9e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.772759 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3063  Thiol:disulfide interchange protein TlpA  30.67 
 
 
191 aa  93.6  1e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3502  hypothetical protein  30.4 
 
 
223 aa  92.8  2e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.460677 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2452  thioredoxin family protein  32.61 
 
 
170 aa  92.4  3e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000374764  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1321  thioredoxin family protein  34.62 
 
 
168 aa  91.3  6e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1239  thiol-disulfide isomerase and thioredoxins-like protein  30.59 
 
 
422 aa  91.3  6e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.502856  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2023  redoxin domain-containing protein  29.2 
 
 
161 aa  89.4  3e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.388068 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3739  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  34.85 
 
 
170 aa  89  4e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0260987  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1401  redoxin domain-containing protein  25.58 
 
 
191 aa  88.6  5e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.774278  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3382  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  32.37 
 
 
202 aa  87.8  7e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.305938 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1603  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  28.68 
 
 
203 aa  87  1e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.673195  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3616  redoxin domain-containing protein  27.78 
 
 
226 aa  87.4  1e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0668445  normal  0.0142654 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3819  redoxin domain-containing protein  36.45 
 
 
155 aa  86.7  2e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0554152  hitchhiker  0.000365745 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1768  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  27.81 
 
 
446 aa  86.3  2e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.197214  normal  0.508736 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0716  thioredoxin-like protein  29.01 
 
 
223 aa  86.3  2e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.620578 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2865  redoxin domain-containing protein  29.2 
 
 
170 aa  86.3  2e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.220691  normal  0.154484 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0272  thioredoxin family protein  31.69 
 
 
182 aa  85.9  3e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.900103 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1737  redoxin domain-containing protein  33.61 
 
 
210 aa  85.5  3e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.958182  normal  0.712311 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2380  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  28.15 
 
 
183 aa  85.1  5e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.632646 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0725  thioredoxin, thioldisulfide interchange protein  28.15 
 
 
183 aa  84.7  6e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.409063  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4876  thioredoxin-like  31.3 
 
 
224 aa  84.7  6e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.608782  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4503  redoxin domain-containing protein  28.67 
 
 
213 aa  84.3  8e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4643  putative thiol--disulfide interchange redox-active center transmembrane protein  26.97 
 
 
193 aa  84.3  8e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1954  thioredoxin  30.94 
 
 
184 aa  84  0.000000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5226  Redoxin domain protein  30.3 
 
 
228 aa  83.2  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.387928  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3478  thioredoxin-like protein  30.08 
 
 
223 aa  82.4  0.000000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3733  redoxin  27.11 
 
 
187 aa  82.4  0.000000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.78163 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3857  Redoxin domain protein  26.95 
 
 
220 aa  82.4  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0709217 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0826  thioredoxin-like protein  30.71 
 
 
222 aa  81.6  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1823  redoxin domain-containing protein  36.61 
 
 
155 aa  81.3  0.000000000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0149049  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2154  redoxin domain-containing protein  36.61 
 
 
160 aa  81.3  0.000000000000007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00992138  normal  0.309785 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1124  redoxin domain-containing protein  33.33 
 
 
181 aa  80.9  0.000000000000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.65139  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3564  Redoxin domain protein  26.95 
 
 
220 aa  80.5  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.365622 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4016  thiol:disulfide interchange protein  27.97 
 
 
220 aa  80.1  0.00000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2678  thioredoxin family protein  32.03 
 
 
183 aa  79.3  0.00000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0935  thioredoxin-like  27.21 
 
 
222 aa  79.7  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1905  putative thiol:disulfide interchange protein  26.9 
 
 
238 aa  79.7  0.00000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3210  redoxin domain-containing protein  30.52 
 
 
209 aa  79.3  0.00000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.541056 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2444  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  26.85 
 
 
183 aa  79  0.00000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.312621  normal  0.571857 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1221  peroxiredoxin-like protein  31.62 
 
 
173 aa  78.6  0.00000000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1980  thiol:disulfide interchange protein, putative  26.9 
 
 
238 aa  79  0.00000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1881  redoxin domain-containing protein  35.71 
 
 
160 aa  78.6  0.00000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.180208  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1146  thiol-disulfide isomerase and thioredoxins-like protein  30.3 
 
 
433 aa  77.8  0.00000000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.299964  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1000  redoxin domain-containing protein  26.39 
 
 
238 aa  77.8  0.00000000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5989  redoxin domain-containing protein  26.57 
 
 
217 aa  77.8  0.00000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.870389  normal  0.126817 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1435  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  28.91 
 
 
168 aa  77.4  0.0000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0354049 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2100  thioredoxin family protein  34.95 
 
 
155 aa  77.4  0.0000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4515  Redoxin domain protein  30.57 
 
 
182 aa  76.3  0.0000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.706217  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0388  redoxin domain-containing protein  29.8 
 
 
194 aa  76.6  0.0000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0017122 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1895  redoxin domain-containing protein  32.38 
 
 
189 aa  76.3  0.0000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.132277 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2403  Redoxin domain protein  32.76 
 
 
155 aa  75.9  0.0000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000463478  hitchhiker  0.00393062 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1383  thioredoxin family protein  27.04 
 
 
168 aa  75.9  0.0000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.12426  normal  0.0879111 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1916  redoxin domain-containing protein  32.76 
 
 
155 aa  75.9  0.0000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000172621  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1890  redoxin domain-containing protein  32.76 
 
 
155 aa  75.9  0.0000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000501621  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1923  redoxin domain-containing protein  32.76 
 
 
155 aa  75.9  0.0000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00232148  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1223  hypothetical protein  34.69 
 
 
172 aa  75.5  0.0000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2046  Thiol-disulfide isomerase and thioredoxins-like  29.05 
 
 
437 aa  75.5  0.0000000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0189188  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6578  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  28.36 
 
 
185 aa  75.1  0.0000000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.861573 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2087  redoxin domain-containing protein  29.23 
 
 
155 aa  74.7  0.0000000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0109878  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3037  redoxin  28.29 
 
 
221 aa  74.3  0.0000000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3774  thiol-disulfide isomerase-like protein  27.14 
 
 
173 aa  74.3  0.0000000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.166782  normal  0.0186728 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1144  Thiol disulfide interchange protein tlpA (cytochrome c biogenesis protein tlpA)  26.75 
 
 
229 aa  74.3  0.0000000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.243856  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0053  anti-oxidant AhpCTSA family protein  22.5 
 
 
232 aa  73.2  0.000000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1661  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  33.33 
 
 
192 aa  73.6  0.000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0399  thiol-disulfide oxidoreductase  29.17 
 
 
174 aa  73.2  0.000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3288  redoxin domain-containing protein  25.41 
 
 
213 aa  72.4  0.000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0087  thiol-disulfide isomerase-like protein  29.69 
 
 
170 aa  72.8  0.000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.653321  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1680  thioredoxin family protein  31.43 
 
 
173 aa  72.8  0.000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0732573  normal  0.832163 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>