More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0126 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_0126  glutamate racemase  100 
 
 		 259 aa  530  1e-149  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000153552  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0180  glutamate racemase  64.79 
 
 		 273 aa  345  6e-94  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000177762  normal  0.815538 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0179  glutamate racemase  64.29 
 
 		 272 aa  343  2e-93  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000377093  normal  0.781333 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0174  glutamate racemase  64.29 
 
 		 272 aa  343  2e-93  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000222817  normal  0.0305567 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0232  glutamate racemase  62.77 
 
 		 277 aa  339  2.9999999999999998e-92  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000508837  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4709  glutamate racemase  62.07 
 
 		 266 aa  337  9e-92  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00000583223  normal  0.0898893 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4177  glutamate racemase  61.31 
 
 		 274 aa  332  5e-90  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000486061  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3509  glutamate racemase  64.86 
 
 		 268 aa  331  7.000000000000001e-90  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00151792  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4075  glutamate racemase  60.95 
 
 		 274 aa  331  7.000000000000001e-90  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000696712  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0177  glutamate racemase  60.95 
 
 		 274 aa  330  1e-89  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000496539  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0181  glutamate racemase  60.95 
 
 		 274 aa  329  2e-89  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000024601  hitchhiker  0.0092557 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0207  glutamate racemase  61.28 
 
 		 302 aa  323  2e-87  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0165  glutamate racemase  61.87 
 
 		 268 aa  311  5.999999999999999e-84  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000122262  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0194  glutamate racemase  57.47 
 
 		 266 aa  304  7e-82  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000010481  normal  0.0134241 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0139  glutamate racemase  60.56 
 
 		 266 aa  304  9.000000000000001e-82  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000684264  normal  0.0718658 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4337  glutamate racemase  57.56 
 
 		 282 aa  298  5e-80  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000357145  hitchhiker  0.00000147212 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2339  glutamate racemase  53.33 
 
 		 265 aa  233  3e-60  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000177868  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002158  glutamate racemase  49 
 
 		 267 aa  223  2e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000004702  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00256  glutamate racemase  49.01 
 
 		 268 aa  221  9e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2884  glutamate racemase  51.97 
 
 		 265 aa  218  1e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00254237  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4769  glutamate racemase  44.71 
 
 		 287 aa  217  2e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000510238  normal  0.0239463 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0199  glutamate racemase  45.1 
 
 		 285 aa  211  1e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000337886  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4373  glutamate racemase  44.66 
 
 		 260 aa  209  3e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000518556  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4537  glutamate racemase  44.66 
 
 		 260 aa  209  3e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00762513  hitchhiker  0.0000000000462365 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4460  glutamate racemase  44.66 
 
 		 260 aa  209  3e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00398465  hitchhiker  0.000459053 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4342  glutamate racemase  44.66 
 
 		 260 aa  209  3e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.000000513683  normal  0.657896 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03852  glutamate racemase  45.85 
 
 		 285 aa  209  4e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000349509  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4019  glutamate racemase  45.85 
 
 		 285 aa  209  4e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000548786  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03801  hypothetical protein  45.85 
 
 		 285 aa  209  4e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000631879  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4201  glutamate racemase  47.81 
 
 		 285 aa  209  4e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000637876  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4508  glutamate racemase  47.81 
 
 		 285 aa  209  4e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000739162  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4463  glutamate racemase  43.87 
 
 		 260 aa  208  6e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.0000170429  hitchhiker  0.00000000000595997 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4414  glutamate racemase  47.81 
 
 		 262 aa  208  8e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000386576  hitchhiker  0.00203904 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4049  glutamate racemase  45.85 
 
 		 262 aa  208  9e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.0000985082  hitchhiker  0.00105289 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4453  glutamate racemase  47.81 
 
 		 262 aa  207  9e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.00000000114143  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5431  glutamate racemase  47.81 
 
 		 262 aa  207  2e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000134929  normal  0.011427 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0193  glutamate racemase  43.97 
 
 		 285 aa  205  5e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00438881  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0133  glutamate racemase  42.41 
 
 		 290 aa  205  5e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00475482  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3782  glutamate racemase  46.72 
 
 		 295 aa  202  4e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.0000154676  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0143  glutamate racemase  42.08 
 
 		 287 aa  201  8e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000547214  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4072  glutamate racemase  42.08 
 
 		 287 aa  201  8e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.0000000000383263  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4019  glutamate racemase  45.28 
 
 		 283 aa  201  9.999999999999999e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.0000000394018  decreased coverage  0.00413197 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1453  glutamate racemase  46.76 
 
 		 267 aa  198  6e-50  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.010969  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0629  glutamate racemase  41.38 
 
 		 268 aa  188  7e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0781  glutamate racemase  40 
 
 		 291 aa  187  1e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.264959 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1338  glutamate racemase  41.38 
 
 		 267 aa  187  1e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.537109  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2251  glutamate racemase  44.44 
 
 		 290 aa  186  4e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0194593  normal  0.0243965 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0357  glutamate racemase  41.11 
 
 		 312 aa  177  2e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.264447  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1157  glutamate racemase  40.79 
 
 		 277 aa  174  9.999999999999999e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.553374  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1195  glutamate racemase  40.79 
 
 		 277 aa  173  1.9999999999999998e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0124  glutamate racemase  39.58 
 
 		 240 aa  172  2.9999999999999996e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.000000284892  normal  0.0743553 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3541  glutamate racemase  42.91 
 
 		 286 aa  172  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.476153 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3000  glutamate racemase  44.68 
 
 		 270 aa  172  5e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3217  glutamate racemase  42.91 
 
 		 291 aa  172  6.999999999999999e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2226  glutamate racemase  44.75 
 
 		 281 aa  171  7.999999999999999e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1613  glutamate racemase  44.83 
 
 		 272 aa  171  9e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.572761  normal  0.655413 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1269  glutamate racemase  39.92 
 
 		 274 aa  171  1e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.888431  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1996  glutamate racemase  41.99 
 
 		 278 aa  170  2e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3847  glutamate racemase  41.1 
 
 		 305 aa  168  8e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.671121  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3412  glutamate racemase  42.53 
 
 		 286 aa  168  9e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0396  glutamate racemase  39.34 
 
 		 279 aa  168  1e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.971705 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3824  glutamate racemase  38.22 
 
 		 264 aa  168  1e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0482316  normal  0.0601496 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1326  glutamate racemase  40.09 
 
 		 287 aa  167  2e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.219508  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1916  glutamate racemase  41.36 
 
 		 269 aa  166  2.9999999999999998e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0754  glutamate racemase  40.27 
 
 		 268 aa  166  4e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1516  glutamate racemase  40.99 
 
 		 271 aa  164  1.0000000000000001e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0827  glutamate racemase  42.27 
 
 		 271 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0389659  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1207  glutamate racemase  40.81 
 
 		 268 aa  163  3e-39  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1768  glutamate racemase  42.29 
 
 		 266 aa  162  4.0000000000000004e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.454909  normal  0.641778 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2160  glutamate racemase  37.61 
 
 		 267 aa  161  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0454609  normal  0.382904 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0153  glutamate racemase  38.08 
 
 		 274 aa  159  5e-38  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  hitchhiker  0.000846216  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1949  glutamate racemase  38.05 
 
 		 266 aa  158  9e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.513252  normal  0.377399 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1606  glutamate racemase  45.66 
 
 		 265 aa  158  1e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1140  glutamate racemase  39.81 
 
 		 268 aa  157  1e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1645  glutamate racemase  38.49 
 
 		 265 aa  157  2e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5384  glutamate racemase  36.9 
 
 		 265 aa  157  2e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.571769  normal  0.572623 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3694  glutamate racemase  40.44 
 
 		 264 aa  155  8e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1799  glutamate racemase  36.4 
 
 		 277 aa  154  1e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.627391  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1317  glutamate racemase  41.94 
 
 		 271 aa  152  5e-36  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1780  glutamate racemase  37.78 
 
 		 264 aa  152  5e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2085  glutamate racemase  41.2 
 
 		 271 aa  152  5.9999999999999996e-36  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0055  glutamate racemase  40 
 
 		 272 aa  150  1e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0124044  normal  0.0422358 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2602  glutamate racemase  38.36 
 
 		 264 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2597  glutamate racemase  36.6 
 
 		 271 aa  145  5e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0952  glutamate racemase  37.44 
 
 		 271 aa  144  1e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.44485  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1240  glutamate racemase  39.81 
 
 		 282 aa  144  1e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0609  glutamate racemase  35.86 
 
 		 291 aa  144  1e-33  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.765975  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1956  glutamate racemase  37.32 
 
 		 277 aa  143  3e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.201101  normal  0.864089 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4214  glutamate racemase  36.61 
 
 		 254 aa  143  3e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2103  glutamate racemase  33.58 
 
 		 282 aa  142  4e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.447396  normal  0.629875 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4328  glutamate racemase  35.62 
 
 		 267 aa  142  6e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4589  glutamate racemase  35.81 
 
 		 269 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.547606  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1112  glutamate racemase  37.44 
 
 		 275 aa  140  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0632  glutamate racemase  35.81 
 
 		 269 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000756048  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4603  glutamate racemase  35.81 
 
 		 269 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.171271  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4623  glutamate racemase  35.81 
 
 		 269 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000438915  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4220  glutamate racemase  35.81 
 
 		 269 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.328787  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4717  glutamate racemase  35.81 
 
 		 269 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000252581  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4573  glutamate racemase  35.81 
 
 		 269 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1295  glutamate racemase  36.12 
 
 		 276 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0764463 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>