More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0092 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_0092  pseudouridine synthase Rlu family protein  100 
 
 		 225 aa  471  1e-132  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.752208  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4108  pseudouridine synthase Rlu family protein  70.09 
 
 		 229 aa  324  6e-88  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0288  pseudouridine synthase Rlu family protein  65.07 
 
 		 230 aa  321  7e-87  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0295  pseudouridine synthase Rlu family protein  65.94 
 
 		 230 aa  320  9.999999999999999e-87  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.859464  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0296  pseudouridine synthase Rlu family protein  65.07 
 
 		 230 aa  320  9.999999999999999e-87  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0284  pseudouridine synthase Rlu family protein  64.78 
 
 		 229 aa  320  1.9999999999999998e-86  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000244017  hitchhiker  0.0000000309962 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0283  pseudouridine synthase Rlu family protein  64.19 
 
 		 228 aa  318  5e-86  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000123479 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0300  pseudouridine synthase Rlu family protein, TIGR01621  65.07 
 
 		 230 aa  317  9e-86  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4781  pseudouridine synthase Rlu family protein  68.44 
 
 		 224 aa  317  1e-85  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0134814  unclonable  0.0000000101532 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0399  pseudouridine synthase Rlu family protein  65.22 
 
 		 229 aa  316  2e-85  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0325553  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3738  pseudouridine synthase Rlu family protein  63.76 
 
 		 228 aa  316  2e-85  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.605712  normal  0.0272703 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4390  pseudouridine synthase Rlu family protein  66.22 
 
 		 224 aa  315  2e-85  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000480203 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0111  pseudouridine synthase RluA-like protein  68.58 
 
 		 226 aa  311  2.9999999999999996e-84  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0099  pseudouridine synthase Rlu family protein  64.89 
 
 		 224 aa  309  2.9999999999999997e-83  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000500513  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3536  pseudouridine synthase RluA-like protein  64.73 
 
 		 224 aa  290  2e-77  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4080  pseudouridine synthase Rlu family protein  50.22 
 
 		 230 aa  219  1.9999999999999999e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1290  pseudouridine synthase Rlu family protein, TIGR01621  45.78 
 
 		 237 aa  219  1.9999999999999999e-56  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.392817 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1318  pseudouridine synthase Rlu family protein  48.91 
 
 		 242 aa  217  1e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1142  RNA psedouridine synthase  46.43 
 
 		 228 aa  214  9.999999999999999e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1273  pseudouridine synthase Rlu family protein  46.05 
 
 		 235 aa  204  1e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1328  pseudouridine synthase RluA-like  47.53 
 
 		 238 aa  199  3.9999999999999996e-50  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.182697  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003802  pseudouridylate synthase LSU rRNA-specific  43.23 
 
 		 230 aa  193  2e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3245  pseudouridine synthase  41.59 
 
 		 232 aa  191  9e-48  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02690  hypothetical protein  42.11 
 
 		 230 aa  186  2e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1914  copper-resistance protein CopA  48.51 
 
 		 209 aa  186  4e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.290092  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1363  pseudouridine synthase Rlu family protein  45.33 
 
 		 238 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0824413  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1929  pseudouridine synthase Rlu family protein  46.22 
 
 		 223 aa  181  9.000000000000001e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.975546 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02767  tRNA pseudouridine synthase A  43.59 
 
 		 279 aa  159  4e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009365  OSTLU_10480  predicted protein  43.89 
 
 		 178 aa  155  5.0000000000000005e-37  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  hitchhiker  0.00789821 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0583  pseudouridine synthase, RluA family  32.86 
 
 		 305 aa  96.7  2e-19  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32 
 
 		 322 aa  94.4  1e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  32.83 
 
 		 305 aa  93.6  2e-18  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0395  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  33.85 
 
 		 322 aa  94  2e-18  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.134097  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0565  RluA family pseudouridine synthase  36.5 
 
 		 306 aa  92  6e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.789528  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  39.87 
 
 		 330 aa  91.7  8e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.397176 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3329  pseudouridine synthase  35.29 
 
 		 245 aa  91.7  9e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.346808  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3459  pseudouridine synthase, RluA family  32.95 
 
 		 319 aa  91.7  9e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011687  PHATRDRAFT_48756  predicted protein  37.65 
 
 		 383 aa  90.9  1e-17  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0290752  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0774  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  34.81 
 
 		 307 aa  90.5  2e-17  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0916  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0878  pseudouridine synthase  29.44 
 
 		 277 aa  89.7  3e-17  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3396  pseudouridine synthase, RluA family  32.39 
 
 		 319 aa  90.1  3e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.685542  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3435  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  28.85 
 
 		 319 aa  89.4  4e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3557  pseudouridine synthase, RluA family  32.63 
 
 		 297 aa  89.4  4e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0303  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  29.72 
 
 		 308 aa  89  6e-17  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.00443703  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2197  pseudouridylate synthase  32.63 
 
 		 224 aa  88.6  6e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.111417 
 
 
-
 
NC_002978  WD1162  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  28.06 
 
 		 276 aa  88.6  7e-17  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0658766  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2659  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  33.16 
 
 		 330 aa  88.6  7e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3518  pseudouridine synthase, RluA family  30.69 
 
 		 299 aa  88.6  8e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  32.81 
 
 		 300 aa  88.2  9e-17  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  31.61 
 
 		 300 aa  87.4  1e-16  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3623  pseudouridine synthase, RluA family  31.22 
 
 		 297 aa  88.2  1e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0347  pseudouridine synthase, RluA family  29.26 
 
 		 303 aa  87.8  1e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  31.82 
 
 		 320 aa  87.8  1e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1100  pseudouridine synthase, RluA family  38.15 
 
 		 297 aa  87.8  1e-16  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4154  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  36.49 
 
 		 218 aa  87.4  2e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229307  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2891  pseudouridine synthase  32.84 
 
 		 284 aa  86.7  2e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1043  pseudouridine synthase  36.5 
 
 		 227 aa  87  2e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1658  RluA family pseudouridine synthase  39.46 
 
 		 329 aa  87.4  2e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.615207  normal  0.0770781 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1413  pseudouridine synthase, RluA family  35 
 
 		 293 aa  87  2e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0119542  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1955  tRNA pseudouridine synthase C  29.21 
 
 		 246 aa  86.7  3e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0419985 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  31.16 
 
 		 311 aa  86.7  3e-16  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1032  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30 
 
 		 314 aa  86.3  3e-16  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.55205  normal  0.0222288 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3178  pseudouridine synthase, RluA family  35.77 
 
 		 295 aa  86.3  4e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0047  pseudouridine synthase, RluD  36.36 
 
 		 295 aa  85.9  5e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.816819 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2837  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  35.06 
 
 		 436 aa  85.9  5e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0449259  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0176  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  28.5 
 
 		 302 aa  85.9  5e-16  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08290  pseudouridine synthase, RluA family  32.62 
 
 		 310 aa  85.5  6e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND02470  conserved hypothetical protein  38.04 
 
 		 520 aa  85.1  7e-16  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0281406  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1303  pseudouridine synthase, RluA family  32.65 
 
 		 314 aa  85.1  7e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1933  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  33.53 
 
 		 222 aa  85.1  7e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.640885  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1736  pseudouridine synthase  33.53 
 
 		 222 aa  85.1  8e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.175202  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1622  pseudouridine synthase, RluD  32.82 
 
 		 363 aa  85.1  9e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1376  pseudouridine synthase  37.78 
 
 		 250 aa  84.7  0.000000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0453774 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1374  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.78 
 
 		 543 aa  84.3  0.000000000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.302563 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09301  putative pseudouridylate synthase  33.79 
 
 		 207 aa  84.7  0.000000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.47365 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  32.16 
 
 		 311 aa  84.3  0.000000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0896  pseudouridine synthase  32 
 
 		 251 aa  84.3  0.000000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.925257 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2089  pseudouridylate synthase family protein, yabo  29.44 
 
 		 298 aa  84.3  0.000000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0415  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C, putative  36.81 
 
 		 307 aa  84  0.000000000000002  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1339  pseudouridylate synthase  32.1 
 
 		 275 aa  83.6  0.000000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1633  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  30.28 
 
 		 350 aa  84  0.000000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.784854  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0337  RluA family pseudouridine synthase  29.47 
 
 		 297 aa  84  0.000000000000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0186274  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0447  pseudouridylate synthase  35.71 
 
 		 222 aa  83.6  0.000000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.129188  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3046  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  37.4 
 
 		 332 aa  83.6  0.000000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0375  RluA family pseudouridine synthase  34.04 
 
 		 299 aa  83.6  0.000000000000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000429003  hitchhiker  0.000000000105454 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  32.34 
 
 		 306 aa  83.6  0.000000000000002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1840  RluA family pseudouridine synthase  28.04 
 
 		 304 aa  83.6  0.000000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0730  RluA family pseudouridine synthase  31.5 
 
 		 327 aa  83.6  0.000000000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0504919  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2989  pseudouridine synthase  33.69 
 
 		 548 aa  83.6  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0864  pseudouridine synthase  35.88 
 
 		 224 aa  83.2  0.000000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0335511  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  30.57 
 
 		 302 aa  83.2  0.000000000000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2377  RluA family pseudouridine synthase  29.44 
 
 		 298 aa  83.2  0.000000000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1262  pseudouridylate synthase  32.28 
 
 		 293 aa  83.2  0.000000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.308846  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2710  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  36.24 
 
 		 368 aa  82.8  0.000000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0658  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  35.57 
 
 		 211 aa  82.8  0.000000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1546  pseudouridylate synthase  32.93 
 
 		 298 aa  82.8  0.000000000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1044  pseudouridine synthase, RluA family  34.07 
 
 		 346 aa  82.8  0.000000000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1479  ribosomal large subunit pseudouridine synthase C  30.46 
 
 		 316 aa  82.4  0.000000000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0352781  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0023  putative ribosomal pseudouridine synthase  28.82 
 
 		 300 aa  82.4  0.000000000000005  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.835317  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0310  RluA family pseudouridine synthase  27.94 
 
 		 303 aa  82.4  0.000000000000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>