More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0036 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_0036  diguanylate cyclase  100 
 
 		 407 aa  838    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000170685  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3257  diguanylate cyclase with GAF sensor  53.02 
 
 		 417 aa  436  1e-121  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0304774 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1135  diguanylate cyclase  53.02 
 
 		 417 aa  436  1e-121  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1034  diguanylate cyclase  53.27 
 
 		 417 aa  437  1e-121  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.283599  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1101  diguanylate cyclase  53.02 
 
 		 417 aa  436  1e-121  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3556  cyclic nucleotide phosphodiesterase, putative  53.22 
 
 		 420 aa  431  1e-120  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3157  diguanylate cyclase with GAF sensor  53.32 
 
 		 420 aa  433  1e-120  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00178016  normal  0.867021 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1332  GGDEF domain-containing protein  56.41 
 
 		 412 aa  426  1e-118  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.228796 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2977  diguanylate cyclase with GAF sensor  53.22 
 
 		 420 aa  425  1e-118  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00653493  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1222  GGDEF domain-containing protein  54.26 
 
 		 410 aa  424  1e-117  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3059  diguanylate cyclase with GAF sensor  52.97 
 
 		 420 aa  422  1e-117  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0288592  normal  0.515821 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1062  GGDEF domain-containing protein  50.74 
 
 		 438 aa  420  1e-116  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1039  diguanylate cyclase  51.36 
 
 		 422 aa  413  1e-114  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1200  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  26.27 
 
 		 619 aa  108  2e-22  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.645678 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2736  diguanylate cyclase with GAF sensor  25.44 
 
 		 748 aa  92.4  1e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1538  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.56 
 
 		 789 aa  92.4  1e-17  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1191  diguanylate cyclase with GAF sensor  34.93 
 
 		 550 aa  90.9  4e-17  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.138863  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2544  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.32 
 
 		 376 aa  88.2  2e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.374361  normal  0.108185 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1036  diguanylate cyclase  31.51 
 
 		 427 aa  88.2  2e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.132028  n/a   
 
 
-
 
NC_014214  Mesil_3568  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  24.83 
 
 		 550 aa  88.2  2e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2470  diguanylate cyclase with GAF sensor  27.04 
 
 		 756 aa  88.6  2e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.578353  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1382  response regulator receiver protein  34.25 
 
 		 302 aa  89  2e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0828  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with GAF sensor  33.18 
 
 		 734 aa  87.4  4e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.84548  normal  0.140102 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3131  diguanylate cyclase  30.88 
 
 		 328 aa  87  5e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00388366 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3544  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.44 
 
 		 322 aa  87.4  5e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0106122 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0716  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.13 
 
 		 801 aa  87  5e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.317239  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2151  diguanylate cyclase  34.94 
 
 		 275 aa  86.7  6e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0517711 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2187  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  30.52 
 
 		 593 aa  85.5  0.000000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.1316 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1630  diguanylate cyclase with GAF sensor  26.19 
 
 		 739 aa  85.9  0.000000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.654587 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3868  diguanylate cyclase  35.29 
 
 		 517 aa  85.1  0.000000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3846  diguanylate cyclase  33.54 
 
 		 405 aa  84.7  0.000000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3110  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.68 
 
 		 347 aa  84.7  0.000000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00186939  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1557  diguanylate cyclase with GAF sensor  28.7 
 
 		 741 aa  84  0.000000000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00814898 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2096  diguanylate cyclase with GAF sensor  35.03 
 
 		 664 aa  84  0.000000000000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.76184 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2169  diguanylate cyclase with GAF sensor  27.65 
 
 		 713 aa  84.3  0.000000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1892  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.12 
 
 		 771 aa  84.3  0.000000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2048  diguanylate cyclase with GAF sensor  29.15 
 
 		 704 aa  84  0.000000000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0138  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.25 
 
 		 1338 aa  83.6  0.000000000000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1885  diguanylate cyclase with GAF sensor  25.26 
 
 		 558 aa  82.8  0.00000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0536  diguanylate cyclase  28.57 
 
 		 369 aa  82.4  0.00000000000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.190341  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1282  diguanylate cyclase with GAF sensor  27.44 
 
 		 550 aa  82  0.00000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000101268  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1949  diguanylate cyclase  33.72 
 
 		 733 aa  81.3  0.00000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1425  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  28.77 
 
 		 483 aa  81.3  0.00000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3023  diguanylate cyclase  32.72 
 
 		 362 aa  81.3  0.00000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  38.6 
 
 		 320 aa  81.3  0.00000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4161  diguanylate cyclase  32.5 
 
 		 490 aa  81.6  0.00000000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.704055  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0429  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.76 
 
 		 431 aa  81.3  0.00000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.320682  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1357  diguanylate cyclase  31.68 
 
 		 508 aa  80.9  0.00000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.255633 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1776  diguanylate cyclase with GAF sensor  30.6 
 
 		 547 aa  80.9  0.00000000000004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1520  GGDEF domain-containing protein  30.33 
 
 		 323 aa  80.9  0.00000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1840  metal dependent phosphohydrolase  34.84 
 
 		 540 aa  80.5  0.00000000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2497  diguanylate cyclase with GAF sensor  25.57 
 
 		 355 aa  80.9  0.00000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000595067  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3356  GGDEF domain/HAMP domain-containing protein  31.84 
 
 		 533 aa  80.5  0.00000000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.204674  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0310  diguanylate cyclase  31.03 
 
 		 340 aa  80.1  0.00000000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0005  diguanylate cyclase  33.52 
 
 		 520 aa  80.1  0.00000000000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.379493  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0019  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  38.02 
 
 		 341 aa  80.1  0.00000000000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0416556  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1003  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.15 
 
 		 538 aa  79.7  0.00000000000008  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3783  sensory transduction system, regulatory protein  35.15 
 
 		 546 aa  79.7  0.00000000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1805  diguanylate cyclase  35.06 
 
 		 725 aa  79.7  0.00000000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1139  GGDEF/GAF/EAL domain-containing protein  26.41 
 
 		 781 aa  79.7  0.0000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0850133  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3943  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.05 
 
 		 761 aa  79  0.0000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000940136 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1974  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.24 
 
 		 340 aa  79.3  0.0000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.098619 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4627  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  28.3 
 
 		 585 aa  79  0.0000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0313  diguanylate cyclase  31.03 
 
 		 340 aa  79  0.0000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2999  diguanylate cyclase  32.04 
 
 		 548 aa  79  0.0000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0802  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  33.55 
 
 		 1413 aa  79.3  0.0000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.564112  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0098  diguanylate cyclase with GAF sensor  29.27 
 
 		 642 aa  79.3  0.0000000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1476  diguanylate cyclase  34.15 
 
 		 414 aa  79  0.0000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.64785  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5496  diguanylate cyclase  30.91 
 
 		 520 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.414779  hitchhiker  0.000876281 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1899  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  29.89 
 
 		 616 aa  78.6  0.0000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.764058  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6958  diguanylate cyclase  34.1 
 
 		 502 aa  79  0.0000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3230  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.73 
 
 		 872 aa  78.2  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2240  diguanylate cyclase  32.12 
 
 		 388 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1056  diguanylate cyclase  32.48 
 
 		 580 aa  79  0.0000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.77678  normal  0.689214 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4177  diguanylate cyclase  37.31 
 
 		 347 aa  78.6  0.0000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2121  diguanylate cyclase  30.46 
 
 		 452 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.13 
 
 		 337 aa  78.2  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0314  diguanylate cyclase  31.03 
 
 		 340 aa  79  0.0000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1161  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.15 
 
 		 754 aa  78.6  0.0000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.268415  normal  0.0126902 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3231  diguanylate cyclase with GAF sensor  27.78 
 
 		 313 aa  78.2  0.0000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.458607 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0493  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  33.12 
 
 		 431 aa  77.8  0.0000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000431095 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  31.74 
 
 		 360 aa  78.2  0.0000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4321  diguanylate cyclase  30.54 
 
 		 534 aa  77.8  0.0000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2177  diguanylate cyclase with GAF sensor  23.19 
 
 		 755 aa  78.2  0.0000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.469319  normal  0.818875 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2842  diguanylate cyclase  29.63 
 
 		 785 aa  77.8  0.0000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1146  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  32.5 
 
 		 909 aa  77.8  0.0000000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1085  putative sensory box/GGDEF family protein  29.91 
 
 		 430 aa  78.2  0.0000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6026  periplasmic sensor diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.36 
 
 		 1109 aa  77.4  0.0000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.178921  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2183  diguanylate cyclase with GAF sensor  27.52 
 
 		 336 aa  77.8  0.0000000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00645275 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1123  diguanylate cyclase  29.63 
 
 		 357 aa  77  0.0000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0998424  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5458  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  31.96 
 
 		 669 aa  77  0.0000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.142564 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2290  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35 
 
 		 975 aa  77  0.0000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0279  GGDEF family protein  34.05 
 
 		 457 aa  77  0.0000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0651  diguanylate cyclase  32.65 
 
 		 627 aa  77  0.0000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.605256  hitchhiker  0.0000117316 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3840  diguanylate cyclase  31.61 
 
 		 556 aa  76.6  0.0000000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.108967  hitchhiker  0.000986648 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2443  diguanylate cyclase and metal dependent phosphohydrolase  30.57 
 
 		 912 aa  77  0.0000000000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1820  diguanylate cyclase  27.53 
 
 		 443 aa  76.6  0.0000000000006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.81672  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0371  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.22 
 
 		 890 aa  76.6  0.0000000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0362  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.22 
 
 		 890 aa  76.6  0.0000000000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.190279  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1684  GGDEF domain-containing protein  39.09 
 
 		 323 aa  76.6  0.0000000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>