More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0024 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_0024  peptide deformylase  100 
 
 		 188 aa  387  1e-107  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0031  peptide deformylase  79.57 
 
 		 199 aa  314  5e-85  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0024  peptide deformylase  88.1 
 
 		 170 aa  312  1.9999999999999998e-84  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0024  peptide deformylase  84.71 
 
 		 170 aa  303  1.0000000000000001e-81  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0032  peptide deformylase  84.12 
 
 		 170 aa  301  4.0000000000000003e-81  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0031  peptide deformylase  84.12 
 
 		 170 aa  301  4.0000000000000003e-81  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000164435 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0031  peptide deformylase  84.12 
 
 		 170 aa  301  4.0000000000000003e-81  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000922598 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0027  peptide deformylase  84.12 
 
 		 170 aa  301  4.0000000000000003e-81  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0029  peptide deformylase  83.93 
 
 		 168 aa  296  1e-79  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.948652  hitchhiker  0.00406786 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0027  peptide deformylase  83.93 
 
 		 168 aa  296  1e-79  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0851581 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0035  peptide deformylase  83.93 
 
 		 168 aa  296  1e-79  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000196537 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0032  peptide deformylase  82.74 
 
 		 168 aa  295  4e-79  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0043  peptide deformylase  80.72 
 
 		 167 aa  284  4e-76  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.598782  normal  0.134681 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3736  peptide deformylase  78.24 
 
 		 170 aa  282  2.0000000000000002e-75  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00186056 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0038  peptide deformylase  77.38 
 
 		 169 aa  272  2.0000000000000002e-72  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.346284 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0035  peptide deformylase  74.71 
 
 		 170 aa  268  4e-71  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0880297 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0020  polypeptide deformylase  66.47 
 
 		 171 aa  233  1.0000000000000001e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0023  peptide deformylase  62.5 
 
 		 169 aa  224  4e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00022  peptide deformylase  60.12 
 
 		 169 aa  217  7e-56  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2473  peptide deformylase  58.58 
 
 		 169 aa  211  4.9999999999999996e-54  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3789  peptide deformylase  59.52 
 
 		 170 aa  208  3e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.156401  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002057  peptide deformylase  57.99 
 
 		 172 aa  208  4e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.424393  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00391  peptide deformylase  57.4 
 
 		 172 aa  207  7e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0316  peptide deformylase  60.12 
 
 		 170 aa  206  1e-52  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0615  peptide deformylase  60.12 
 
 		 170 aa  206  1e-52  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00752277  normal  0.0138093 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3882  peptide deformylase  60.12 
 
 		 170 aa  206  1e-52  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000140056  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0356  peptide deformylase  59.52 
 
 		 169 aa  205  3e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.25208  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0078  peptide deformylase  59.15 
 
 		 167 aa  204  4e-52  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.97939 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4511  peptide deformylase  58.33 
 
 		 169 aa  204  6e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00434578  hitchhiker  0.000144884 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0017  peptide deformylase  57.56 
 
 		 181 aa  204  7e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.746118  normal  0.214252 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3968  peptide deformylase  58.33 
 
 		 170 aa  204  8e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.197764  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0014  peptide deformylase  57.32 
 
 		 177 aa  200  9.999999999999999e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.220664 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0075  peptide deformylase  60.39 
 
 		 169 aa  199  1.9999999999999998e-50  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3671  peptide deformylase  57.74 
 
 		 169 aa  199  1.9999999999999998e-50  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.703673  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03137  peptide deformylase  57.74 
 
 		 169 aa  199  3e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.347821  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0427  peptide deformylase  57.74 
 
 		 169 aa  199  3e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3773  peptide deformylase  57.14 
 
 		 169 aa  198  3e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3675  peptide deformylase  57.14 
 
 		 169 aa  198  3e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3769  peptide deformylase  57.74 
 
 		 169 aa  199  3e-50  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00722898  n/a   
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0040  peptide deformylase  57.74 
 
 		 169 aa  199  3e-50  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.285636  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0427  peptide deformylase  57.74 
 
 		 169 aa  199  3e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.389234  hitchhiker  0.00115493 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3602  peptide deformylase  57.14 
 
 		 169 aa  198  3e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0167703  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3710  peptide deformylase  57.14 
 
 		 169 aa  198  3e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.399963  normal  0.124168 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3480  peptide deformylase  57.74 
 
 		 169 aa  199  3e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000466805  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03088  hypothetical protein  57.74 
 
 		 169 aa  199  3e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.516636  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3603  peptide deformylase  57.14 
 
 		 169 aa  198  3e-50  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.53295 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4609  peptide deformylase  57.74 
 
 		 169 aa  199  3e-50  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000863065  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0439  peptide deformylase  57.74 
 
 		 170 aa  198  3.9999999999999996e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.401937  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3718  peptide deformylase  55.95 
 
 		 169 aa  197  7e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.042334  decreased coverage  0.00215529 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3582  peptide deformylase  57.14 
 
 		 169 aa  197  7.999999999999999e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0619898  normal  0.143654 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0087  peptide deformylase  58.33 
 
 		 168 aa  196  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.68939  hitchhiker  0.00000133405 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0021  peptide deformylase  55.62 
 
 		 172 aa  194  6e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.243681  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0043  peptide deformylase  59.87 
 
 		 167 aa  194  8.000000000000001e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0068  peptide deformylase  57.14 
 
 		 168 aa  193  1e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00204301  unclonable  0.00000040176 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0084  peptide deformylase  57.14 
 
 		 168 aa  193  1e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.424252 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0041  peptide deformylase  57.14 
 
 		 170 aa  192  2e-48  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0084  peptide deformylase  57.74 
 
 		 168 aa  193  2e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.669645  decreased coverage  0.00000000000000447721 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3860  peptide deformylase  56.36 
 
 		 169 aa  191  4e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0283  peptide deformylase  51.76 
 
 		 170 aa  191  7e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.01475 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0019  peptide deformylase  55.95 
 
 		 168 aa  189  2e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0177  polypeptide deformylase  55.36 
 
 		 168 aa  187  5.999999999999999e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0017  peptide deformylase  54.76 
 
 		 168 aa  187  5.999999999999999e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000267775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0187  peptide deformylase  54.27 
 
 		 167 aa  185  4e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000698863 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5113  peptide deformylase  53.01 
 
 		 173 aa  184  5e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0220791  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0350  peptide deformylase  51.46 
 
 		 171 aa  184  5e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.100367 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2843  polypeptide deformylase  53.33 
 
 		 178 aa  184  6e-46  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0055  peptide deformylase  55.15 
 
 		 168 aa  184  6e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3878  peptide deformylase  53.22 
 
 		 173 aa  184  7e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00170  peptide deformylase  55.15 
 
 		 168 aa  183  1.0000000000000001e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.221595  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4082  peptide deformylase  53.37 
 
 		 170 aa  182  2.0000000000000003e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.364663  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1929  peptide deformylase  54.12 
 
 		 170 aa  182  2.0000000000000003e-45  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4688  peptide deformylase  53.94 
 
 		 169 aa  182  2.0000000000000003e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1865  peptide deformylase  54.12 
 
 		 170 aa  182  3e-45  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3396  peptide deformylase  52.73 
 
 		 170 aa  182  3e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.64649  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4051  peptide deformylase  52.73 
 
 		 170 aa  182  3e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.586324  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0020  peptide deformylase  54.76 
 
 		 168 aa  182  3e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.139599  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3585  peptide deformylase  53.89 
 
 		 170 aa  182  3e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0095  peptide deformylase  53.29 
 
 		 167 aa  181  4.0000000000000006e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00200  peptide deformylase  54.76 
 
 		 168 aa  181  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0942846  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0394  peptide deformylase  48.82 
 
 		 191 aa  181  6e-45  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2085  peptide deformylase  54.22 
 
 		 171 aa  180  1e-44  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.444922  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2628  peptide deformylase  52.73 
 
 		 178 aa  179  2.9999999999999997e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.790989  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3014  peptide deformylase  51.5 
 
 		 167 aa  178  4e-44  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0035  peptide deformylase  51.83 
 
 		 167 aa  177  8e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2273  peptide deformylase  52.53 
 
 		 177 aa  177  9e-44  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00664016 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4639  peptide deformylase  51.46 
 
 		 173 aa  176  2e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.231065  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0128  peptide deformylase  50.91 
 
 		 179 aa  175  3e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3124  peptide deformylase  50.91 
 
 		 181 aa  175  3e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.187097 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2274  peptide deformylase  50.62 
 
 		 216 aa  174  5e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2513  peptide deformylase  50.91 
 
 		 167 aa  174  5e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.449924  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2352  polypeptide deformylase  50.3 
 
 		 179 aa  174  5e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3127  peptide deformylase  50.91 
 
 		 167 aa  174  5e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0886547  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0142  peptide deformylase  50.3 
 
 		 167 aa  174  6e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.394236  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4416  peptide deformylase  50.61 
 
 		 167 aa  174  6e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.571323 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2867  peptide deformylase  53.94 
 
 		 170 aa  174  6e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2806  peptide deformylase  50.3 
 
 		 167 aa  174  6e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3065  peptide deformylase  50.3 
 
 		 167 aa  174  6e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.566479  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6478  peptide deformylase  50.91 
 
 		 167 aa  174  7e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.755345 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3143  peptide deformylase  50.91 
 
 		 167 aa  174  8e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.570267  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0150  polypeptide deformylase  50.3 
 
 		 179 aa  173  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>