246 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0020 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008345  Sfri_0020  potassium uptake protein, TrkH family protein  100 
 
 
480 aa  966  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.76809  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0039  potassium uptake protein TrkH  73.54 
 
 
480 aa  734  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.169188 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0028  TrkH family potassium uptake protein  75.21 
 
 
480 aa  738  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.172554  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0028  potassium uptake protein TrkH  74.38 
 
 
480 aa  728  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0027  potassium uptake protein, TrkH family  75.21 
 
 
480 aa  738  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  3.04543e-06 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3740  TrkH family potassium uptake protein  75.42 
 
 
480 aa  741  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00227037 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0020  TrkH family potassium uptake protein  75 
 
 
480 aa  733  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0034  TrkH family potassium uptake protein  77.5 
 
 
480 aa  749  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0561968 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0023  TrkH family potassium uptake protein  75.21 
 
 
480 aa  738  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.991161  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0031  TrkH family potassium uptake protein  75.62 
 
 
480 aa  729  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.979757  normal  0.0679192 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0031  TrkH family potassium uptake protein  74.58 
 
 
480 aa  728  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000580956  hitchhiker  1.65872e-06 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0025  TrkH family potassium uptake protein  74.58 
 
 
480 aa  729  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.053373  hitchhiker  0.00232056 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0027  TrkH family potassium uptake protein  75.21 
 
 
480 aa  738  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.0149541 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0027  TrkH family potassium uptake protein  75.83 
 
 
480 aa  715  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0023  TrkH family potassium uptake protein  74.79 
 
 
480 aa  730  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.0882974 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2477  potassium uptake protein TrkH  57.29 
 
 
481 aa  568  1e-160  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00395  K+ transport system protein  56.88 
 
 
481 aa  557  1e-157  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002053  potassium uptake protein TrkH  55.62 
 
 
481 aa  550  1e-155  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1826  TrkH family potassium uptake protein  54.03 
 
 
483 aa  499  1e-140  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.634597  normal  0.612311 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0082  potassium uptake protein TrkH  54.49 
 
 
481 aa  488  1e-136  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.820269 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15550  K+ transporter protein  53.97 
 
 
483 aa  483  1e-135  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3796  TrkH family potassium uptake protein  52.81 
 
 
484 aa  476  1e-133  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  decreased coverage  2.85199e-10 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40470  TrkH family potassium uptake protein  53.03 
 
 
484 aa  476  1e-133  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1567  TrkH family potassium uptake protein  52.61 
 
 
484 aa  472  1e-132  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.120184 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4013  cation transporter  52.16 
 
 
484 aa  472  1e-132  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.398378  hitchhiker  0.000106015 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22690  potassium uptake protein TrkH  53.28 
 
 
484 aa  469  1e-131  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0159023 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1869  cation transporter  53.24 
 
 
484 aa  470  1e-131  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.130982 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4507  TrkH family potassium uptake protein  51.95 
 
 
484 aa  471  1e-131  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3593  K+ transporter Trk  51.74 
 
 
484 aa  469  1e-131  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0183365  normal  0.751025 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1801  potassium uptake protein TrkH  51.74 
 
 
484 aa  465  1e-130  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.641993  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3953  TrkH family potassium uptake protein  52.19 
 
 
484 aa  466  1e-130  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.433351 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1916  potassium uptake protein TrkH  52.4 
 
 
484 aa  466  1e-130  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1404  TrkH family potassium uptake protein  52.16 
 
 
484 aa  468  1e-130  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0143112  normal  0.607881 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3433  cation transport protein  51.36 
 
 
484 aa  464  1e-129  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1479  K+ transporter Trk  51.3 
 
 
484 aa  463  1e-129  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0756741  normal  0.260835 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1935  cation transporter  43.53 
 
 
482 aa  416  1e-115  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.27929 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0037  cation transporter  49.06 
 
 
481 aa  408  1e-112  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1427  cation transporter  49.16 
 
 
472 aa  405  1e-111  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1614  cation transporter  46.56 
 
 
490 aa  394  1e-108  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  4.55151e-06  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2406  Trk system potassium uptake protein  42.36 
 
 
482 aa  390  1e-107  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0517889  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2171  cation transporter  51.42 
 
 
493 aa  384  1e-105  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1859  cation transporter  40.79 
 
 
482 aa  380  1e-104  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00547678 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0490  cation transporter  41.04 
 
 
485 aa  367  1e-100  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0469  cation transporter  44.42 
 
 
498 aa  363  4e-99  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.261483  normal  0.274195 
 
 
-
 
NC_004310  BR1500  cation transport protein  40.22 
 
 
466 aa  340  4e-92  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.649908  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1451  cation transport protein  40.31 
 
 
466 aa  335  1e-90  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1663  cation transporter  40 
 
 
500 aa  334  2e-90  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.330745  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1134  cation transporter  41.95 
 
 
498 aa  334  2e-90  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.075109  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0982  putative potassium uptake protein  42.08 
 
 
466 aa  332  9e-90  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.385005  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0536  cation transporter  37.76 
 
 
482 aa  330  4e-89  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.306165  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2454  potassium uptake protein, TrkH family  38.1 
 
 
481 aa  325  2e-87  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.172689  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1567  cation transporter  39.46 
 
 
510 aa  320  5e-86  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5285  cation transporter  37.82 
 
 
484 aa  319  8e-86  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3013  cation transporter  40.14 
 
 
484 aa  315  8e-85  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.301904 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0735  potassium uptake protein, TrkH family  38.48 
 
 
494 aa  311  1e-83  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.832198  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2041  TrkH family potassium uptake protein  38.78 
 
 
485 aa  311  2e-83  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.505265  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0502  cation transporter  35.74 
 
 
482 aa  310  4e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1853  potassium uptake transporter, transmembrane component, TrkH  35.74 
 
 
482 aa  310  4e-83  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.385186  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0021  trk system potassium uptake membrane protein TrkH  39.44 
 
 
488 aa  309  9e-83  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.432233  normal  0.139805 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0640  cation transporter  38.92 
 
 
484 aa  308  2e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.831916  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1063  K+ transporter Trk  34.96 
 
 
478 aa  306  7e-82  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0503  cation transporter  37.91 
 
 
484 aa  303  3e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1854  potassium uptake transporter, transmembrane component, TrkH  37.91 
 
 
484 aa  303  4e-81  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0654  TrkH family potassium uptake protein  36.88 
 
 
481 aa  297  2e-79  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.77805  normal  0.145227 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0242  K+ transporter Trk  36.19 
 
 
483 aa  296  5e-79  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00018  Trk system potassium uptake protein TrkH  35.43 
 
 
483 aa  295  1e-78  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0202  potassium uptake protein, TrkH family  37.68 
 
 
483 aa  295  1e-78  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0485488  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0013  TrkH family potassium uptake protein  34.85 
 
 
482 aa  291  2e-77  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0268571 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1309  K+ transporter Trk  33.68 
 
 
479 aa  289  7e-77  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0016  potassium uptake protein TrkH  35.88 
 
 
483 aa  289  9e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0022  trk system potassium uptake membrane protein  36.15 
 
 
485 aa  286  8e-76  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.78231  normal  0.131374 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4071  cation transporter  38.15 
 
 
485 aa  286  8e-76  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.78231e-06 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2078  potassium uptake protein, TrkH family  37.89 
 
 
483 aa  285  1e-75  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0186  K+ transporter Trk  37.99 
 
 
483 aa  285  1e-75  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.568155  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2266  potassium uptake protein, TrkH family  37.63 
 
 
484 aa  285  2e-75  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.644044  normal  0.0494123 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3505  cation transporter  35.62 
 
 
485 aa  284  2e-75  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1374  cation transporter  39.53 
 
 
484 aa  284  3e-75  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0017  potassium uptake protein TrkH  38.41 
 
 
482 aa  283  4e-75  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  7.33585e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0107  cation transporter  35.52 
 
 
485 aa  283  5e-75  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5998  cation transporter  36.66 
 
 
488 aa  281  1e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00443617 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3217  TrkH family potassium uptake protein  34.93 
 
 
482 aa  281  2e-74  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4543  cation transporter  34.77 
 
 
498 aa  280  4e-74  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3436  cation transporter  36.02 
 
 
478 aa  280  5e-74  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0087  cation transporter  34.02 
 
 
485 aa  278  2e-73  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2912  TrkH family potassium uptake protein  33.77 
 
 
479 aa  278  2e-73  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  7.31748e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12238  putative potassium uptake protein  36.31 
 
 
498 aa  277  2e-73  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.590421  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3423  trk system potassium uptake protein  35.15 
 
 
476 aa  277  3e-73  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.386129 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0015  Trk system potassium uptake protein TrkH  37.19 
 
 
483 aa  276  4e-73  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2873  K+ transporter Trk  37.84 
 
 
482 aa  275  1e-72  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0026  TrkH family potassium uptake protein  37.63 
 
 
485 aa  273  7e-72  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0293301  normal  0.0416133 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4081  cation transporter  36.79 
 
 
491 aa  271  2e-71  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0265  cation transporter  31.89 
 
 
466 aa  271  2e-71  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3911  cation transporter  36.27 
 
 
488 aa  271  2e-71  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.874012 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1093  putative potassium uptake protein TrkH  35.74 
 
 
486 aa  271  2e-71  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3260  cation transporter  36.2 
 
 
488 aa  270  5e-71  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.208251  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2029  K+ transporter Trk  35 
 
 
481 aa  268  2e-70  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.00911384  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5095  cation transporter  37.05 
 
 
491 aa  268  2e-70  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1811  TrkH family potassium uptake protein  33.95 
 
 
486 aa  266  8e-70  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  3.93317e-06  unclonable  5.82873e-08 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0022  TrkH family potassium uptake protein  35.26 
 
 
485 aa  265  2e-69  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00747974  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2976  Trk system potassium uptake protein TrkH  35.95 
 
 
485 aa  265  2e-69  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>