264 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0006 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03410  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  64.12 
 
 		 689 aa  896    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0152  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  64.12 
 
 		 689 aa  896    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3931  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  64.27 
 
 		 689 aa  891    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  57.06 
 
 		 688 aa  798    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00449  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  66.24 
 
 		 693 aa  870    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4130  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  65.71 
 
 		 689 aa  925    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0014  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  84.01 
 
 		 688 aa  1128    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0012  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  84.87 
 
 		 689 aa  1139    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0023  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  65.71 
 
 		 689 aa  925    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0373  glycine--tRNA ligase  47.83 
 
 		 691 aa  645    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.87078  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3782  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  65.71 
 
 		 689 aa  925    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4167  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  65.56 
 
 		 689 aa  918    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3255  Glycine--tRNA ligase  50 
 
 		 696 aa  681    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2499  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  64.54 
 
 		 688 aa  880    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0043  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  64.95 
 
 		 694 aa  900    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3881  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  64.41 
 
 		 689 aa  900    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4054  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  64.27 
 
 		 689 aa  899    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3966  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  64.12 
 
 		 689 aa  897    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3977  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  64.27 
 
 		 689 aa  891    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03361  hypothetical protein  64.12 
 
 		 689 aa  896    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0012  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  85.16 
 
 		 689 aa  1143    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0151663 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0009  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  78.67 
 
 		 689 aa  1099    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00736647 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0012  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  85.45 
 
 		 689 aa  1145    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000499537 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  61.29 
 
 		 692 aa  810    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0555063  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  88.33 
 
 		 694 aa  1226    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.829353  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  85.01 
 
 		 689 aa  1160    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3761  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  64.12 
 
 		 689 aa  896    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.677293  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0160  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  49.64 
 
 		 699 aa  674    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.520924  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0014  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  81.7 
 
 		 689 aa  1142    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000639104 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  60.23 
 
 		 692 aa  845    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0479  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  61.96 
 
 		 688 aa  882    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  84.87 
 
 		 688 aa  1117    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000120926 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  84.73 
 
 		 688 aa  1115    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0754706 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  100 
 
 		 694 aa  1404    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0156  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  64.12 
 
 		 689 aa  896    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4449  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  65.99 
 
 		 689 aa  921    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2965  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  65.99 
 
 		 688 aa  911    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.425514  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0070  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  65.42 
 
 		 689 aa  917    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.118047  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0163  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  63.98 
 
 		 689 aa  889    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4037  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  64.27 
 
 		 689 aa  892    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.414013 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002000  glycyl-tRNA synthetase beta chain  66.43 
 
 		 688 aa  875    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  81.84 
 
 		 689 aa  1179    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0061  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  65.56 
 
 		 689 aa  909    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0016  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  85.3 
 
 		 688 aa  1121    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000327788 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3868  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  64.27 
 
 		 689 aa  890    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0012  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  81.84 
 
 		 689 aa  1170    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000111985 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0025  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  80.4 
 
 		 689 aa  1111    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.0144037 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3726  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  62.19 
 
 		 688 aa  876    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0038  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  50.65 
 
 		 693 aa  649    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.903555  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3849  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  64.27 
 
 		 689 aa  891    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4934  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  64.55 
 
 		 689 aa  900    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.711684 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  86.02 
 
 		 689 aa  1155    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0006  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  50.51 
 
 		 688 aa  634  1e-180  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0012  glycine--tRNA ligase  48.42 
 
 		 690 aa  630  1e-179  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.948293  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1773  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  47.98 
 
 		 697 aa  628  1e-178  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0663369  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2210  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  46.62 
 
 		 697 aa  625  1e-178  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2055  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  48.27 
 
 		 697 aa  626  1e-178  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.35855  normal  0.503298 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0011  glycine--tRNA ligase  47.46 
 
 		 693 aa  624  1e-177  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.466423 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0355  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  45.45 
 
 		 690 aa  620  1e-176  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0009  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  47.62 
 
 		 684 aa  612  9.999999999999999e-175  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000238485  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0013  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  47.62 
 
 		 684 aa  605  9.999999999999999e-173  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00100  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  47.33 
 
 		 685 aa  606  9.999999999999999e-173  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0185  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  46.9 
 
 		 684 aa  604  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0011  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  46.9 
 
 		 684 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0008  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  47.76 
 
 		 685 aa  596  1e-169  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00090  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  47.91 
 
 		 684 aa  598  1e-169  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2116  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  45.53 
 
 		 689 aa  585  1e-166  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0207  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  45.68 
 
 		 692 aa  588  1e-166  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2051  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  46.09 
 
 		 692 aa  582  1e-164  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0076  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  45.89 
 
 		 684 aa  575  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000133889  normal  0.112381 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0060  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  45.74 
 
 		 684 aa  571  1e-161  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000538802 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0079  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  45.17 
 
 		 683 aa  570  1e-161  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.248487  decreased coverage  0.0000000000235888 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0076  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  45.45 
 
 		 683 aa  565  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.589695  hitchhiker  0.000000000290731 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2050  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  45.8 
 
 		 693 aa  555  1e-156  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1803  glycyl-tRNA synthetase beta chain  43.42 
 
 		 688 aa  528  1e-148  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1221  glycine--tRNA ligase  42.51 
 
 		 696 aa  527  1e-148  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2574  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  44.93 
 
 		 693 aa  525  1e-147  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00568144 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1804  glycyl-tRNA synthetase beta chain  43.13 
 
 		 688 aa  520  1e-146  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3535  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  42.22 
 
 		 712 aa  496  1e-139  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.028288 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1289  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  43.7 
 
 		 704 aa  496  1e-139  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.708462 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0686  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  44.19 
 
 		 699 aa  498  1e-139  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.509477  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0871  glycyl-tRNA synthetase, beta subunit  44.3 
 
 		 695 aa  494  9.999999999999999e-139  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.306102  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0405  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  43.98 
 
 		 699 aa  492  1e-137  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.721596  normal  0.352354 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0446  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  41.53 
 
 		 707 aa  489  1e-137  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0524  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  43.08 
 
 		 697 aa  486  1e-136  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0189981 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0507  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  42.57 
 
 		 710 aa  488  1e-136  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.524717  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3982  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  43.91 
 
 		 691 aa  484  1e-135  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.295232 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0716  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  44.96 
 
 		 699 aa  482  1e-135  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03829  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  40.51 
 
 		 745 aa  482  1e-135  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0400  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  41.64 
 
 		 697 aa  480  1e-134  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.543468 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2430  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  44.96 
 
 		 699 aa  480  1e-134  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.726931  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0218  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  44.96 
 
 		 699 aa  480  1e-134  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0881  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  44.96 
 
 		 699 aa  481  1e-134  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.59966  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2350  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  44.96 
 
 		 699 aa  480  1e-134  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0701  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  44.96 
 
 		 699 aa  480  1e-134  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4013  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  43.33 
 
 		 699 aa  481  1e-134  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.454838  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2090  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  43.62 
 
 		 699 aa  479  1e-134  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.339656  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2702  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  43.62 
 
 		 699 aa  480  1e-134  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0207133  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0415  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  41.64 
 
 		 697 aa  479  1e-134  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.474954  normal  0.979484 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2728  glycyl-tRNA synthetase subunit beta  44.96 
 
 		 699 aa  480  1e-134  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>