18 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeSA_A4452 on replicon NC_011094
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011094  SeSA_A4452  antitermination protein  100 
 
 
250 aa  525  1e-148  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  6.74008e-07  unclonable  1.21493e-09 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2278  antitermination protein  95.6 
 
 
250 aa  505  1e-142  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0140366  hitchhiker  2.03809e-18 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1766  antitermination protein  94 
 
 
250 aa  493  1e-138  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  4.46188e-05  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2084  antitermination protein  92.8 
 
 
250 aa  486  1e-136  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  5.8866e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2077  antitermination protein  92.4 
 
 
250 aa  486  1e-136  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.38064  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1846  antitermination protein Q  39.19 
 
 
273 aa  186  3e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  7.32258e-06  hitchhiker  1.66006e-09 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3153  antitermination protein Q  39.19 
 
 
273 aa  186  3e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  8.26081e-06  hitchhiker  3.02422e-11 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1442  antitermination protein Q  39.93 
 
 
273 aa  183  2e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1261  antitermination protein Q  39.56 
 
 
273 aa  183  2e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00132968  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0683  gp23  37.45 
 
 
267 aa  164  9e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  1.1637e-05  decreased coverage  5.57011e-08 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1062  antitermination protein Q  36.26 
 
 
265 aa  142  4e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.125216  hitchhiker  3.57923e-06 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1132  antitermination protein Q  36.26 
 
 
265 aa  142  4e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.36856  normal  0.93895 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1094  antitermination protein Q  35.9 
 
 
265 aa  139  6e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00176875 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3883  antitermination protein Q  34.12 
 
 
207 aa  129  6e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0302  antitermination protein Q  34.51 
 
 
207 aa  128  1e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_10027  late gene regulator  34.12 
 
 
207 aa  127  2e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00412931  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00725  hypothetical protein  34.12 
 
 
207 aa  127  2e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00315899  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3126  antitermination protein  40 
 
 
151 aa  52.4  7e-06  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>