128 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeSA_A3857 on replicon NC_011094
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_03417  xylose isomerase  92.73 
 
 
440 aa  868    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0145  xylose isomerase  92.5 
 
 
440 aa  866    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3002  xylose isomerase  69.27 
 
 
438 aa  648    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.123977  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2883  xylose isomerase  70.11 
 
 
438 aa  638    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.587252 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2622  xylose isomerase  67.89 
 
 
440 aa  639    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.527813 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3726  xylose isomerase  72.37 
 
 
439 aa  683    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.658908  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0587  xylose isomerase  73.29 
 
 
441 aa  696    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0156  xylose isomerase  94.55 
 
 
440 aa  883    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1876  xylose isomerase  69.41 
 
 
439 aa  657    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.554303  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4102  xylose isomerase  87.9 
 
 
439 aa  820    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3768  xylose isomerase  92.73 
 
 
440 aa  868    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.986128  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4061  xylose isomerase  92.95 
 
 
440 aa  870    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0098  xylose isomerase  88.81 
 
 
439 aa  820    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4437  xylose isomerase  84.77 
 
 
440 aa  797    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4161  xylose isomerase  87.9 
 
 
439 aa  819    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.667715  normal  0.0336803 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0056  xylose isomerase  87.9 
 
 
439 aa  820    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0149  xylose isomerase  92.73 
 
 
440 aa  868    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3888  xylose isomerase  92.73 
 
 
440 aa  868    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2342  xylose isomerase  69.95 
 
 
441 aa  649    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.158471 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3959  xylose isomerase  92.95 
 
 
440 aa  870    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6633  xylose isomerase  67.2 
 
 
440 aa  635    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3939  xylose isomerase  100 
 
 
440 aa  921    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.619988 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3984  xylose isomerase  100 
 
 
440 aa  921    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3857  xylose isomerase  100 
 
 
440 aa  921    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3875  xylose isomerase  100 
 
 
440 aa  921    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4044  xylose isomerase  99.77 
 
 
440 aa  919    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.177538 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4941  xylose isomerase  92.5 
 
 
440 aa  865    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0307022 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0078  xylose isomerase  81.96 
 
 
439 aa  777    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03368  hypothetical protein  92.73 
 
 
440 aa  868    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0060  xylose isomerase  84.02 
 
 
439 aa  785    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4155  xylose isomerase  84.32 
 
 
440 aa  796    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2303  xylose isomerase  68.74 
 
 
438 aa  631  1e-180  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.618327  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6506  xylose isomerase  67.43 
 
 
440 aa  633  1e-180  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.254155  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6332  xylose isomerase  67.66 
 
 
440 aa  632  1e-180  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6740  xylose isomerase  67.43 
 
 
440 aa  633  1e-180  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0817214  normal  0.561733 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4207  xylose isomerase  67.43 
 
 
440 aa  631  1e-180  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.173601  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6329  xylose isomerase  67.43 
 
 
440 aa  632  1e-180  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.158515  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6032  xylose isomerase  67.2 
 
 
440 aa  629  1e-179  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.383264  normal  0.793977 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2338  xylose isomerase  67.2 
 
 
440 aa  617  1e-175  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0773804  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0547  xylose isomerase  63.68 
 
 
435 aa  581  1.0000000000000001e-165  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3832  xylose isomerase  63.59 
 
 
435 aa  582  1.0000000000000001e-165  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.100149  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0029  xylose isomerase  62.44 
 
 
436 aa  580  1e-164  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.280107  normal  0.273997 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0549  xylose isomerase  63.45 
 
 
435 aa  580  1e-164  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2789  xylose isomerase  62.99 
 
 
436 aa  579  1e-164  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3411  xylose isomerase  63.45 
 
 
435 aa  580  1e-164  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3411  xylose isomerase  62.3 
 
 
436 aa  575  1.0000000000000001e-163  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3709  xylose isomerase  62.3 
 
 
436 aa  577  1.0000000000000001e-163  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.917733 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2820  xylose isomerase  61.98 
 
 
436 aa  565  1e-160  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.489798  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0757  xylose isomerase  61.81 
 
 
437 aa  562  1.0000000000000001e-159  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1733  xylose isomerase  60.7 
 
 
436 aa  558  1e-158  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.382603  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1996  xylose isomerase  60.87 
 
 
434 aa  549  1e-155  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00412566  normal  0.553751 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2714  xylose isomerase  59.68 
 
 
440 aa  546  1e-154  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0757735  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1176  xylose isomerase  61.78 
 
 
433 aa  540  9.999999999999999e-153  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0800628  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2838  xylose isomerase  61.78 
 
 
433 aa  540  9.999999999999999e-153  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0695629  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2615  xylose isomerase  59.95 
 
 
433 aa  538  9.999999999999999e-153  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.242694 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0454  xylose isomerase  61.32 
 
 
399 aa  509  1e-143  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1219  xylose isomerase  54.11 
 
 
438 aa  499  1e-140  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00000357804  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3429  xylose isomerase  52.39 
 
 
439 aa  498  1e-140  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.456821  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19530  xylose isomerase  52.62 
 
 
439 aa  500  1e-140  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1757  xylose isomerase  53.21 
 
 
444 aa  494  9.999999999999999e-139  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0603  xylose isomerase  52.87 
 
 
438 aa  488  1e-137  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1929  xylose isomerase  53.21 
 
 
442 aa  486  1e-136  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.116682  normal  0.849458 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0153  xylose isomerase  50.8 
 
 
438 aa  484  1e-136  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1287  xylose isomerase  50.34 
 
 
437 aa  474  1e-133  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3039  xylose isomerase  50.91 
 
 
440 aa  473  1e-132  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2180  xylose isomerase  50.11 
 
 
441 aa  473  1e-132  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000174675  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1162  xylose isomerase  50.8 
 
 
444 aa  473  1e-132  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000276678  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1124  xylose isomerase  50.8 
 
 
444 aa  471  1.0000000000000001e-131  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000286004  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1604  xylose isomerase  52.53 
 
 
442 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00110  xylose isomerase  50.23 
 
 
445 aa  461  1e-129  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03848  xylose isomerase  50.23 
 
 
445 aa  461  1e-129  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0349  xylose isomerase  50.92 
 
 
443 aa  459  9.999999999999999e-129  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2504  xylose isomerase  49.08 
 
 
443 aa  455  1e-127  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.149653  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2443  xylose isomerase  48.18 
 
 
438 aa  453  1.0000000000000001e-126  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011694  PHATRDRAFT_30786  xylose isomerase  50.12 
 
 
445 aa  451  1.0000000000000001e-126  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.133263  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2688  xylose isomerase  50.91 
 
 
445 aa  454  1.0000000000000001e-126  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4384  xylose isomerase  50.8 
 
 
446 aa  443  1e-123  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0452947  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2001  xylose isomerase  49.08 
 
 
441 aa  443  1e-123  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0226  xylose isomerase  50.11 
 
 
438 aa  444  1e-123  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.829605  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2210  xylose isomerase  48.74 
 
 
445 aa  440  9.999999999999999e-123  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4723  xylose isomerase  50 
 
 
442 aa  436  1e-121  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0130  xylose isomerase  45.72 
 
 
448 aa  409  1e-113  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00829449  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1871  xylose isomerase  42.82 
 
 
449 aa  386  1e-106  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.322052  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1596  xylose isomerase  49.36 
 
 
389 aa  340  2e-92  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5559  xylose isomerase  29.28 
 
 
385 aa  111  2.0000000000000002e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.324328 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0987  xylose isomerase  27.54 
 
 
390 aa  107  5e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6687  xylose isomerase  27.79 
 
 
389 aa  106  8e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.39813 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2430  xylose isomerase  28.1 
 
 
395 aa  103  7e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.404245  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1247  xylose isomerase  27.43 
 
 
382 aa  103  9e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2692  xylose isomerase  27.53 
 
 
403 aa  102  2e-20  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22690  xylose isomerase  29.49 
 
 
389 aa  101  2e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0353  Xylose isomerase  27.01 
 
 
383 aa  101  3e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.539165  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0695  xylose isomerase  28.01 
 
 
387 aa  100  5e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00591309 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1262  xylose isomerase  28.8 
 
 
382 aa  99.8  8e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00467888 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2985  xylose isomerase  27.73 
 
 
396 aa  99.8  8e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0777216  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2884  xylose isomerase  27.63 
 
 
389 aa  98.6  2e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2175  xylose isomerase  28.4 
 
 
395 aa  98.2  3e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000407625 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5294  xylose isomerase  29.75 
 
 
407 aa  97.1  5e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.196576 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0150  xylose isomerase  27.05 
 
 
381 aa  97.4  5e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0857233 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0704  xylose isomerase  26.8 
 
 
386 aa  96.7  8e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>