More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeHA_C4483 on replicon NC_011083
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011369  Rleg2_1324  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.35 
 
 
1379 aa  1619  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.347511 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0196  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  45.5 
 
 
1312 aa  1111  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0298  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  44.71 
 
 
1488 aa  1131  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4499  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.58 
 
 
1375 aa  1621  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0186  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  53.86 
 
 
1174 aa  705  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.648806 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04530  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  67.46 
 
 
1383 aa  1915  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0997174  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3314  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  65.11 
 
 
1368 aa  1823  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3652  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  65.38 
 
 
1368 aa  1831  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.220946  hitchhiker  6.67023e-06 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4475  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  98.73 
 
 
1342 aa  2720  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0736818  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1041  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.61 
 
 
1312 aa  1129  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1428  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  45.79 
 
 
1270 aa  1103  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.894677  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2848  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  65.3 
 
 
1368 aa  1828  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1347  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.7 
 
 
1387 aa  1615  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.039354 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2106  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  67.03 
 
 
1384 aa  1889  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0644464  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0232  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  47.11 
 
 
1259 aa  1137  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.200123  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0268  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  65.81 
 
 
1368 aa  1848  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.716165 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0042  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  63.67 
 
 
1366 aa  1796  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  hitchhiker  1.24956e-16 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1339  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  60.87 
 
 
1497 aa  1204  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1396  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  43.59 
 
 
1286 aa  1109  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0319  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  45.15 
 
 
1302 aa  1132  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.672728  hitchhiker  0.00209442 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2960  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  55.66 
 
 
1390 aa  1534  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.514981  normal  0.612032 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5453  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  98.73 
 
 
1342 aa  2720  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.182219  hitchhiker  0.00256328 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2866  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  84.72 
 
 
1342 aa  2363  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.131495  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0490  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  66.52 
 
 
1362 aa  1863  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  1.21478e-05 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4560  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  100 
 
 
1342 aa  2745  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  2.63321e-10 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4396  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  100 
 
 
1342 aa  2745  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0669661  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0926  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.06 
 
 
1371 aa  1603  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2271  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.85 
 
 
1422 aa  1554  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0258  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  43.65 
 
 
1470 aa  1108  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0398012  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4364  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  100 
 
 
1342 aa  2745  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.4876 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4483  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  100 
 
 
1342 aa  2745  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.977508  hitchhiker  0.00153179 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4486  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  100 
 
 
1342 aa  2745  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  6.17327e-14 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0749  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  67.97 
 
 
1384 aa  1904  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.910245  normal  0.541943 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2679  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  45.07 
 
 
1303 aa  1105  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.20242  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0288  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  45.82 
 
 
1301 aa  1129  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.120882  normal  0.0261022 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3687  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  59.12 
 
 
1374 aa  1625  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.335052  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3867  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  64.13 
 
 
1375 aa  1789  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2196  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  67.03 
 
 
1384 aa  1889  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.035759  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0360  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.8 
 
 
1374 aa  1608  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.34888 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0268  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.73 
 
 
1378 aa  1583  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0702  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  53.72 
 
 
1368 aa  1449  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6057  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.61 
 
 
1141 aa  711  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.492439 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0177  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  79.49 
 
 
1343 aa  2230  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0862378  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0277  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  95.23 
 
 
1342 aa  2633  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.274525  normal  0.0126314 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4324  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  79.45 
 
 
1343 aa  2239  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.397573  unclonable  9.17955e-10 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4528  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  98.73 
 
 
1342 aa  2720  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00027001  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4220  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  98.73 
 
 
1342 aa  2720  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000188468  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00225  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  84.95 
 
 
1342 aa  2373  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1862  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  68.75 
 
 
1377 aa  1940  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.310876  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3364  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.75 
 
 
1358 aa  1630  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.209145 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2729  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  59.06 
 
 
1362 aa  1629  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.236319  normal  0.466939 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1782  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  42.54 
 
 
1182 aa  715  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3860  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  95.31 
 
 
1342 aa  2637  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00178402  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2221  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.38 
 
 
1416 aa  1534  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.480629  decreased coverage  0.00212341 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1947  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.43 
 
 
1377 aa  1625  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4325  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.74 
 
 
1143 aa  707  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.716075  normal  0.0767673 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0193  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  79.7 
 
 
1322 aa  2199  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.146327  hitchhiker  0.0018171 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0510  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  62.95 
 
 
1370 aa  1780  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.301661  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0319  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  65.81 
 
 
1368 aa  1843  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0158483  normal  0.343898 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4697  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  79.37 
 
 
1343 aa  2241  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.117256  hitchhiker  3.43099e-06 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3839  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.43 
 
 
1374 aa  1609  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.353736  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4756  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  71.76 
 
 
1357 aa  2032  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4435  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  98.73 
 
 
1342 aa  2720  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.399722  decreased coverage  2.77463e-06 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4038  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  98.73 
 
 
1342 aa  2720  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0403787  hitchhiker  0.00374316 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0340  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  95.31 
 
 
1342 aa  2637  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0216  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  57.61 
 
 
1183 aa  738  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.846031  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0794  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.29 
 
 
1360 aa  1598  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.235631 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0477  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  71.76 
 
 
1357 aa  2034  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0859  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  48.35 
 
 
1238 aa  843  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.111826  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0097  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  46.04 
 
 
1177 aa  820  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4017  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  58.43 
 
 
1376 aa  1620  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.563725 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2810  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  95.23 
 
 
1342 aa  2634  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.102382  normal  0.453839 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0328  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  68.89 
 
 
1375 aa  1946  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.853361  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0241  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  66.03 
 
 
1368 aa  1848  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.060417 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0189  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  80.01 
 
 
1343 aa  2243  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.230411  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00025  DNA-directed RNA polymerase beta subunit  46.41 
 
 
1270 aa  1138  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1138  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  57.66 
 
 
1168 aa  706  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4016  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  57.92 
 
 
1403 aa  1562  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.303023  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0316  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  65.8 
 
 
1388 aa  1857  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.376898  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0210  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  95.16 
 
 
1342 aa  2634  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0404668  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1532  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  59.94 
 
 
1126 aa  752  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1063  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.27 
 
 
1149 aa  701  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.613328  normal  0.794281 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2072  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  53.47 
 
 
1363 aa  1437  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.244154  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0278  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.83 
 
 
1227 aa  710  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00054451  hitchhiker  0.000191986 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2719  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  48.88 
 
 
1176 aa  833  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0714  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  56.87 
 
 
1178 aa  709  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0122097  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2781  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  53.47 
 
 
1363 aa  1421  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23930  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.44 
 
 
1162 aa  691  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.268033  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0446  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  46.83 
 
 
1235 aa  791  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20950  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.01 
 
 
1161 aa  698  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.81555  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19910  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.65 
 
 
1185 aa  687  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.168959  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0426  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  45.32 
 
 
1269 aa  1118  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.277885  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002173  DNA-directed RNA polymerase beta subunit  85.02 
 
 
1342 aa  2379  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1108  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  48.29 
 
 
1279 aa  1193  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.10244  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4338  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  57.43 
 
 
1160 aa  706  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5116  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  55.27 
 
 
1155 aa  694  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.303948 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0543  DNA-directed RNA polymerase subunit beta  56.66 
 
 
1155 aa  713  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.174564  normal  0.14479 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0753  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  57.89 
 
 
1170 aa  711  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2667  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  57.47 
 
 
1168 aa  701  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1958  DNA-directed RNA polymerase, beta subunit  47.22 
 
 
1173 aa  830  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>