42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeHA_C0742 on replicon NC_011083
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009832  Spro_1579  C4-dicarboxylate transporter DcuC  83.71 
 
 
452 aa  673    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.704309  normal  0.946993 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0728  C4-dicarboxylate transporter DcuC  99.37 
 
 
476 aa  931    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0668  C4-dicarboxylate transporter DcuC  99.78 
 
 
461 aa  902    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0313164  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0786  C4-dicarboxylate transporter DcuC  99.79 
 
 
476 aa  933    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.026448  normal  0.816494 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0742  C4-dicarboxylate transporter DcuC  100 
 
 
476 aa  935    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.178111  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0682  C4-dicarboxylate transporter DcuC  100 
 
 
476 aa  935    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0536  C4-dicarboxylate transporter DcuC  92.61 
 
 
461 aa  718    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00591  anaerobic C4-dicarboxylate transport  93.04 
 
 
461 aa  721    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0640  C4-dicarboxylate transporter DcuC  93.04 
 
 
461 aa  723    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.907894  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3023  C4-dicarboxylate transporter DcuC  92.83 
 
 
461 aa  718    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.780031  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0709  C4-dicarboxylate transporter DcuC  92.83 
 
 
461 aa  721    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00726308  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0644  C4-dicarboxylate transporter DcuC  93.04 
 
 
461 aa  721    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0173361  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00580  hypothetical protein  93.04 
 
 
461 aa  721    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1152  C4-dicarboxylate transporter DcuC  94.91 
 
 
457 aa  790    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.822234 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1292  C4-dicarboxylate transporter DcuC  81.7 
 
 
450 aa  680    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3039  C4-dicarboxylate transporter DcuC  81.25 
 
 
450 aa  678    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3004  anaerobic c4-dicarboxylate antiporter, DcuC family  93.04 
 
 
461 aa  721    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06095  C4-dicarboxylate transporter DcuC  62.53 
 
 
455 aa  541  1e-153  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0857  C4-dicarboxylate transporter DcuC  61.86 
 
 
455 aa  543  1e-153  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.510054  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000293  anaerobic C4-dicarboxylate transporter DcuC  62.75 
 
 
455 aa  544  1e-153  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.296544  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0607  C4-dicarboxylate transporter DcuC  61.23 
 
 
459 aa  528  1e-149  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1114  anaerobic C4-dicarboxylate transporter  43.69 
 
 
453 aa  344  2e-93  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1194  anaerobic C4-dicarboxylate transporter DcuC  45.5 
 
 
454 aa  324  3e-87  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0479  putative cryptic C4-dicarboxylate transporter DcuD  35.79 
 
 
455 aa  277  3e-73  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00235153  normal  0.454228 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03038  hypothetical protein  35.79 
 
 
455 aa  277  3e-73  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0593549  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0479  anaerobic c4-dicarboxylate antiporter, DcuC family  35.79 
 
 
455 aa  277  3e-73  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000747268  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03087  predicted transporter  35.79 
 
 
455 aa  277  3e-73  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0562634  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3522  putative cryptic C4-dicarboxylate transporter DcuD  35.57 
 
 
455 aa  275  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00146557  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3709  putative cryptic C4-dicarboxylate transporter DcuD  33.78 
 
 
440 aa  251  2e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000109992  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1816  anaerobic c4-dicarboxylate antiporter  38.97 
 
 
451 aa  240  4e-62  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000187232  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1207  putative cryptic C4-dicarboxylate transporter DcuD  34.09 
 
 
458 aa  228  2e-58  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1820  anaerobic c4-dicarboxylate antiporter  34.32 
 
 
471 aa  212  1e-53  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1391  cryptic C4-dicarboxylate transporter DcuD, authentic frameshift  30.14 
 
 
479 aa  210  4e-53  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.00000000902807  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0278  anaerobic C4-dicarboxylate transporter, putative  31.34 
 
 
479 aa  203  5e-51  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0673  anaerobic c4-dicarboxylate antiporter, DcuC family  32.39 
 
 
447 aa  198  2.0000000000000003e-49  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0051  putative C4-dicarboxylate transporter  31.8 
 
 
457 aa  177  5e-43  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.211631  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1378  putative C4-dicarboxylate transporter  25.65 
 
 
430 aa  85.1  0.000000000000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2073  orotate phosphoribosyltransferase (oprt) (oprtase)  23.8 
 
 
435 aa  84  0.000000000000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1244  C4-dicarboxylate ABC transporter permease  25.46 
 
 
430 aa  81.3  0.00000000000004  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0747  anaerobic c4-dicarboxylate antiporter, DcuC family  26.46 
 
 
422 aa  77.4  0.0000000000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1523  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  26.12 
 
 
429 aa  45.1  0.003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.112561  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0605  Na+/H+ antiporter NhaC  23.49 
 
 
466 aa  43.1  0.01  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>