More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeHA_C0102 on replicon NC_011083
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011083  SeHA_C0102  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 
219 aa  457  1e-128  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.108549  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0105  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 
219 aa  457  1e-128  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  4.72444e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0107  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  100 
 
 
219 aa  457  1e-128  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000191196  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0100  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  99.09 
 
 
219 aa  453  1e-127  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0729931  normal  0.810633 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0101  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  99.54 
 
 
219 aa  454  1e-127  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00188355  normal  0.0335495 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0062  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  95.43 
 
 
219 aa  440  1e-123  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  5.19589e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0060  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  95.43 
 
 
219 aa  440  1e-123  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  1.57754e-08  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00060  pseudouridine synthase for 23S rRNA (position 746) and tRNAphe(position 32)  95.43 
 
 
219 aa  440  1e-123  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00103207  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00059  hypothetical protein  95.43 
 
 
219 aa  440  1e-123  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00251996  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0060  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  95.43 
 
 
219 aa  440  1e-123  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  2.46696e-08  normal  0.920561 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3599  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  95.43 
 
 
219 aa  440  1e-123  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0199705  unclonable  1.50238e-08 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0050  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  94.98 
 
 
219 aa  437  1e-122  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  4.37271e-11  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3541  pseudouridine synthase  94.98 
 
 
219 aa  439  1e-122  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  4.65216e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0063  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  94.52 
 
 
219 aa  435  1e-121  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0156615  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0605  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  88.48 
 
 
217 aa  416  1e-115  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  8.34833e-05  normal  0.555438 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0568  pseudouridine synthase  77.42 
 
 
217 aa  349  1e-95  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.494043  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0607  pseudouridine synthase  76.04 
 
 
217 aa  345  2e-94  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.189271  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3827  pseudouridine synthase  76.04 
 
 
217 aa  345  4e-94  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3630  pseudouridine synthase  75.58 
 
 
217 aa  343  9e-94  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.146108  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0767  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  75.73 
 
 
206 aa  333  9e-91  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  4.01131e-07  normal  0.046253 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3568  pseudouridine synthase  75.73 
 
 
206 aa  333  9e-91  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0161869  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3439  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  75.73 
 
 
206 aa  333  9e-91  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  7.44972e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0729  pseudouridine synthase  75.12 
 
 
216 aa  325  5e-88  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  4.55311e-07  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0738  pseudouridine synthase  64.95 
 
 
225 aa  281  5e-75  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0390511  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0799  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  65.89 
 
 
225 aa  280  9e-75  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.603428  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1515  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  60.27 
 
 
221 aa  278  6e-74  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00972645  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  65.42 
 
 
225 aa  277  8e-74  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  1.00067e-06  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0821  pseudouridylate synthase  64.95 
 
 
225 aa  276  1e-73  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0454843 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0917  pseudouridine synthase  64.49 
 
 
225 aa  276  2e-73  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3706  pseudouridine synthase  65.42 
 
 
225 aa  275  3e-73  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.143352  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3139  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  64.95 
 
 
225 aa  275  3e-73  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3515  pseudouridine synthase  64.95 
 
 
225 aa  275  5e-73  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.18243 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0783  pseudouridylate synthase  63.55 
 
 
225 aa  274  7e-73  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.202814  hitchhiker  0.00996609 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0733  pseudouridine synthase  64.95 
 
 
225 aa  274  8e-73  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3583  pseudouridine synthase  64.95 
 
 
225 aa  274  8e-73  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0834  pseudouridylate synthase  64.02 
 
 
226 aa  273  2e-72  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0515  pseudouridylate synthase  63.55 
 
 
225 aa  269  3e-71  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3048  pseudouridylate synthase  62.15 
 
 
225 aa  266  2e-70  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03700  pseudouridylate synthase for 23S rRNA (position 746) and tRNAphe(position 32), dual specificity  60.55 
 
 
238 aa  266  2e-70  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0606  pseudouridylate synthase  62.33 
 
 
225 aa  265  4e-70  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.134681 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3831  pseudouridylate synthase  56.62 
 
 
218 aa  263  1e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002394  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  54.26 
 
 
250 aa  256  1e-67  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03674  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  55.16 
 
 
250 aa  254  1e-66  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0353  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  55.71 
 
 
244 aa  249  3e-65  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4520  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  56.42 
 
 
227 aa  243  1e-63  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2192  pseudouridine synthase  56.28 
 
 
226 aa  240  1e-62  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2087  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  55.71 
 
 
245 aa  239  3e-62  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000349962  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0072  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  55.56 
 
 
217 aa  227  1e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1675  pseudouridine synthase  53.27 
 
 
234 aa  225  4e-58  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4024  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  54.67 
 
 
217 aa  224  8e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2804  pseudouridylate synthase  56.37 
 
 
215 aa  223  2e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.257511  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3106  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  55.56 
 
 
219 aa  220  1e-56  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.774477  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0793  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  50.93 
 
 
223 aa  218  5e-56  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0072267 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0155  pseudouridine synthase  54.21 
 
 
215 aa  216  2e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.62363 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1506  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  54.21 
 
 
215 aa  216  2e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1323  pseudouridine synthase  53.66 
 
 
211 aa  216  3e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3875  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  53.66 
 
 
211 aa  216  3e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0462638  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0567  pseudouridine synthase  49.77 
 
 
222 aa  216  3e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3988  pseudouridine synthase  53.17 
 
 
211 aa  214  9e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.716973 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1610  pseudouridine synthase  53.66 
 
 
211 aa  214  1e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00911925  normal  0.237577 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1281  pseudouridine synthase  53.17 
 
 
211 aa  213  2e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.147193  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2909  pseudouridine synthase  52.34 
 
 
215 aa  212  3e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.290818 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1232  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  52.68 
 
 
211 aa  211  5e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.3197  normal  0.341718 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1751  pseudouridine synthase  50.7 
 
 
219 aa  211  6e-54  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0485075  normal  0.0112767 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1692  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  52.2 
 
 
211 aa  208  4e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.251616  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2896  pseudouridine synthase  50.23 
 
 
218 aa  207  1e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.76004  hitchhiker  0.00773647 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2195  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  49.76 
 
 
213 aa  204  9e-52  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.372254 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22000  pseudouridine synthase RluA  51.22 
 
 
211 aa  203  1e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.921344  hitchhiker  4.42265e-11 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1467  pseudouridine synthase  50.7 
 
 
217 aa  203  2e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4154  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  49.77 
 
 
218 aa  202  4e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229307  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1047  pseudouridine synthase  52.34 
 
 
222 aa  201  8e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.703498  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1879  pseudouridine synthase RluA  50.24 
 
 
211 aa  199  2e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35140  Pseudouridylate synthase RluA  50.24 
 
 
211 aa  199  2e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.484686  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3067  pseudouridine synthase  49.08 
 
 
256 aa  200  2e-50  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2706  pseudouridine synthase  49.77 
 
 
217 aa  199  2e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0399435  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1630  pseudouridylate synthase  46.26 
 
 
223 aa  199  4e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.427552  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0658  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  50.97 
 
 
211 aa  198  5e-50  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1460  pseudouridine synthase  49.77 
 
 
217 aa  197  8e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2886  pseudouridine synthase  49.54 
 
 
223 aa  197  8e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.315212  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1377  pseudouridylate synthase  49.07 
 
 
223 aa  197  1e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000802724 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2197  pseudouridylate synthase  48.89 
 
 
224 aa  197  2e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.111417 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1651  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  51.71 
 
 
214 aa  196  3e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1566  pseudouridine synthase  49.07 
 
 
223 aa  196  3e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.232461  hitchhiker  9.12019e-06 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1430  pseudouridine synthase  48.61 
 
 
223 aa  195  4e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1442  pseudouridylate synthase  49.07 
 
 
223 aa  195  4e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.81175  normal  0.0720615 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2791  pseudouridine synthase  48.61 
 
 
223 aa  194  1e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2765  pseudouridine synthase  49.52 
 
 
215 aa  193  2e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.416224  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2811  pseudouridine synthase  48.61 
 
 
223 aa  193  2e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0225697  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0655  pseudouridine synthase  45.75 
 
 
241 aa  193  2e-48  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.10472  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0536  RNA pseudouridine synthase family protein  46.58 
 
 
567 aa  191  7e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1276  pseudouridine synthase  47.66 
 
 
233 aa  191  9e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.220673  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2488  pseudouridylate synthase  47.22 
 
 
223 aa  191  1e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.177305  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2524  pseudouridylate synthase  50.24 
 
 
230 aa  189  4e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.349394  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3001  pseudouridine synthase  42.72 
 
 
219 aa  187  1e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3457  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  45.54 
 
 
223 aa  185  5e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0035  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  47.49 
 
 
221 aa  185  6e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0791  pseudouridine synthase  48.78 
 
 
204 aa  180  2e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00896147  normal  0.0723816 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0886  pseudouridine synthase  44.29 
 
 
579 aa  178  5e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2250  pseudouridine synthase  39.83 
 
 
238 aa  177  1e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.211123  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06934  ribosomal large chain pseudouridine synthase A  44.2 
 
 
523 aa  175  5e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>