126 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_B0095 on replicon NC_011204
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011204  SeD_B0095  pilx10 protein  100 
 
 		 401 aa  819    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.264804  normal  0.564962 
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0045  bacterial conjugation TrbI-like protein  39.95 
 
 		 369 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0115  TriI protein  35.51 
 
 		 398 aa  227  3e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1480  conjugation TrbI family protein  42.97 
 
 		 400 aa  214  2.9999999999999995e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.360825  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0174  cmgb10  42.51 
 
 		 403 aa  173  5.999999999999999e-42  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.224464  n/a   
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a018  conjugal transfer protein TrbI/VirB10  41.41 
 
 		 391 aa  169  1e-40  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008790  CJJ81176_pTet0038  cmgB10  40.1 
 
 		 391 aa  160  3e-38  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0249  Type IV secretory pathway AvhB10 protein  39.04 
 
 		 381 aa  140  4.999999999999999e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.77314 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5079  conjugation TrbI family protein  40.41 
 
 		 386 aa  139  7e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.454831  normal  0.261339 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8219  type IV secretion system protein VirB10  40.49 
 
 		 373 aa  137  2e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6332  conjugation TrbI family protein  30.88 
 
 		 380 aa  138  2e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0060  type IV secretion system protein VirB10  35.29 
 
 		 391 aa  133  3.9999999999999996e-30  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0055  type IV secretion system protein VirB10  34.8 
 
 		 380 aa  132  1.0000000000000001e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0684  conjugation TrbI family protein  39.18 
 
 		 391 aa  130  3e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4339  conjugation TrbI-like protein  38.34 
 
 		 390 aa  130  5.0000000000000004e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.350964  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0455  putative type IV secretion system protein VirB10  36.44 
 
 		 402 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6153  type IV secretion system protein VirB10  37.75 
 
 		 372 aa  129  1.0000000000000001e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0169  conjugation TrbI family protein  38.89 
 
 		 400 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.340419 
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5021  conjugation TrbI family protein  38.19 
 
 		 450 aa  126  8.000000000000001e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.553821  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1761  putative type IV secretion system protein VirB10  37.24 
 
 		 409 aa  124  3e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.359566  normal  0.289006 
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4370  conjugation TrbI family protein  35.82 
 
 		 381 aa  122  8e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2650  putative type IV secretion system protein VirB10  36.87 
 
 		 410 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.373277  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1679  type IV secretory pathway, VirB10 component  31.77 
 
 		 484 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.394042 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0864  conjugation TrbI family protein  32.35 
 
 		 492 aa  121  1.9999999999999998e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6498  conjugation TrbI family protein  36.41 
 
 		 414 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1144  conjugation TrbI family protein  34.02 
 
 		 396 aa  119  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3528  conjugation TrbI family protein  35.71 
 
 		 378 aa  115  2.0000000000000002e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08206  conjugal transfer protein  34.72 
 
 		 397 aa  114  4.0000000000000004e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  0.0354612  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4195  conjugation TrbI family protein  36.55 
 
 		 407 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.583756  normal  1 
 
 
-
 
NC_011148  SeAg_A0025  conjugal transfer protein  35.23 
 
 		 408 aa  112  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4846  conjugation TrbI-like protein  33.47 
 
 		 407 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3320  conjugation TrbI family protein  33.47 
 
 		 407 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5821  conjugation TrbI family protein  32.64 
 
 		 445 aa  110  3e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5002  conjugation TrbI family protein  31.05 
 
 		 405 aa  109  9.000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.480101  normal  0.925872 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4171  conjugation TrbI-like protein  31.39 
 
 		 406 aa  108  1e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7528  conjugation TrbI family protein  35.42 
 
 		 453 aa  109  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0606227 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6398  conjugation TrbI family protein  30.41 
 
 		 403 aa  102  1e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9812  type IV secretion protein AvhB10  29.96 
 
 		 402 aa  102  2e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4438  conjugation TrbI-like protein  30.62 
 
 		 445 aa  100  4e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011351  ECH74115_A0015  conjugal transfer protein TraI  30.89 
 
 		 380 aa  100  6e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7352  conjugation TrbI family protein  30.24 
 
 		 432 aa  97.1  5e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.312586 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4556  conjugation TrbI family protein  31.67 
 
 		 410 aa  95.1  2e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.451217  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2446  conjugation TrbI family protein  28.93 
 
 		 417 aa  86.7  7e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0160  hypothetical protein  27.08 
 
 		 363 aa  84  0.000000000000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0178  hypothetical protein  27.08 
 
 		 363 aa  83.6  0.000000000000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6213  conjugation TrbI family protein  27.18 
 
 		 444 aa  82.8  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.190231 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5237  conjugation TrbI-like protein  26.79 
 
 		 483 aa  76.3  0.000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3647  conjugation TrbI family protein  28.34 
 
 		 459 aa  73.2  0.000000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0441061 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3982  conjugation TrbI family protein  27.81 
 
 		 459 aa  70.9  0.00000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4559  conjugal transfer protein TrbI  29.03 
 
 		 433 aa  68.9  0.0000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5386  conjugal transfer protein TrbI  27.11 
 
 		 430 aa  66.2  0.0000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0420791 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3813  conjugation TrbI-like protein  26.74 
 
 		 459 aa  65.5  0.000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.387098 
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2232  conjugal transfer protein TrbI  27.92 
 
 		 466 aa  60.8  0.00000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5492  conjugal transfer protein TrbI  26.67 
 
 		 426 aa  60.5  0.00000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9647  conjugal transfer protein TrbI  26.29 
 
 		 445 aa  60.1  0.00000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.000862164  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1004  conjugation TrbI family protein  30.48 
 
 		 386 aa  59.7  0.00000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1667  conjugation TrbI family protein  24.71 
 
 		 439 aa  58.5  0.0000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4698  conjugation TrbI family protein  25.24 
 
 		 431 aa  58.5  0.0000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0958  conjugation TrbI family protein  25.42 
 
 		 397 aa  57.8  0.0000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_5007  conjugation TrbI family protein  28.03 
 
 		 447 aa  58.2  0.0000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.14472  normal  0.964803 
 
 
-
 
NC_012851  Rpic12D_5412  conjugation TrbI family protein  27.62 
 
 		 447 aa  57  0.0000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.525455  n/a   
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6299  conjugation TrbI-like protein  29.51 
 
 		 414 aa  55.5  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.627257  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8323  conjugal transfer protein TrbI  23.85 
 
 		 437 aa  55.5  0.000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.294198  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9257  conjugal transfer protein TrbI  24.41 
 
 		 437 aa  54.7  0.000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0531878  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3991  conjugation TrbI family protein  28.18 
 
 		 414 aa  54.7  0.000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0367583  normal  0.111143 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4756  conjugation TrbI family protein  25.44 
 
 		 444 aa  54.3  0.000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.745717 
 
 
-
 
NC_008770  CJJ81176_pVir0003  VirB10  27.03 
 
 		 378 aa  53.5  0.000007  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5193  conjugation TrbI family protein  23.24 
 
 		 403 aa  52.8  0.00001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.261515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007901  Rfer_4252  conjugation TrbI-like protein  26.17 
 
 		 440 aa  52.8  0.00001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3695  conjugation TrbI family protein  26.32 
 
 		 425 aa  52.8  0.00001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.856917 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5547  conjugation TrbI family protein  27.57 
 
 		 424 aa  52.4  0.00001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0167146 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1528  conjugation TrbI family protein  23.24 
 
 		 403 aa  52.8  0.00001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0860  conjugation TrbI-like protein  26.82 
 
 		 402 aa  51.2  0.00003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.194892 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0741  type IV secretion system protein VirB10  25.1 
 
 		 457 aa  51.2  0.00003  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.177823  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3532  conjugation TrbI-like protein  28.49 
 
 		 411 aa  51.2  0.00003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.404539 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4239  conjugation TrbI family protein  27.32 
 
 		 432 aa  51.6  0.00003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.518635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1508  conjugal transfer protein trbI  28.72 
 
 		 392 aa  51.2  0.00003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.187408  normal  0.430522 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7449  putative conjugal transfer protein trbI  26.52 
 
 		 335 aa  51.2  0.00003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.838533  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5455  conjugation TrbI-like protein  23.12 
 
 		 422 aa  50.8  0.00004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0206751 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2995  conjugation TrbI family protein  28.49 
 
 		 418 aa  50.4  0.00005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.674957 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2653  conjugation TrbI family protein  25.2 
 
 		 423 aa  50.4  0.00005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.382892  normal  0.720932 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1559  conjugation TrbI-like protein  26.94 
 
 		 422 aa  50.4  0.00006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22325  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1291  conjugation TrbI family protein  27.31 
 
 		 426 aa  50.4  0.00006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4203  conjugation TrbI family protein  26.86 
 
 		 439 aa  50.1  0.00007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.139872  normal  0.82202 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1325  conjugation TrbI family protein  26.02 
 
 		 427 aa  49.7  0.00008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00353837  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2902  conjugation TrbI family protein  25.41 
 
 		 420 aa  48.9  0.0001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.629829  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1485  conjugation TrbI family protein  27.42 
 
 		 402 aa  48.9  0.0001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0429  conjugation TrbI family protein  28.72 
 
 		 424 aa  49.3  0.0001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.082954  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0042  type IV secretion system protein VirB10  24.91 
 
 		 447 aa  48.5  0.0002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2833  conjugation TrbI family protein  26.37 
 
 		 400 aa  48.5  0.0002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4267  conjugal transfer protein TrbI  24.49 
 
 		 472 aa  48.5  0.0002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.119587  hitchhiker  0.00641799 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3697  conjugation TrbI family protein  25.32 
 
 		 425 aa  48.5  0.0002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299925  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1711  conjugation TrbI family protein  28.42 
 
 		 428 aa  48.5  0.0002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000031555  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2355  conjugation TrbI family protein  24.78 
 
 		 428 aa  48.9  0.0002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2575  conjugal transfer TrbI transmembrane protein  26.83 
 
 		 425 aa  48.1  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6509  conjugal transfer protein TrbI  23.47 
 
 		 473 aa  47.8  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3892  conjugation TrbI-like protein  28.49 
 
 		 400 aa  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.562266  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2605  conjugation TrbI-like protein  23.96 
 
 		 430 aa  47.8  0.0003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6628  conjugal transfer protein TrbI  23.47 
 
 		 473 aa  47.8  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0170  conjugation TrbI family protein  26.09 
 
 		 395 aa  48.1  0.0003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.238278  normal  0.267939 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>