298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A5006 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011083  SeHA_C0199  outer membrane usher protein FimD  44.84 
 
 		 848 aa  681    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.548141  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0191  outer membrane usher protein FimD  44.96 
 
 		 848 aa  683    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4917  outer membrane usher protein SfmD  99.38 
 
 		 809 aa  1654    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.432694  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A5006  outer membrane usher protein SfmD  100 
 
 		 809 aa  1662    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2874  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  47.3 
 
 		 840 aa  768    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4844  outer membrane usher protein SfmD  99.38 
 
 		 809 aa  1656    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0194  outer membrane usher protein FimD  45.21 
 
 		 848 aa  683    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.931496 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C5003  outer membrane usher protein SfmD  99.75 
 
 		 809 aa  1659    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0207  outer membrane usher protein FimD  44.84 
 
 		 848 aa  681    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1053  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  46.59 
 
 		 837 aa  761    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0292471 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0190  outer membrane usher protein FimD  44.84 
 
 		 848 aa  681    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.536682  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4951  outer membrane usher protein SfmD  99.75 
 
 		 809 aa  1659    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1271  outer membrane usher protein SfmD  47.61 
 
 		 851 aa  737    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.396185 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3851  outer membrane usher protein FimD  42.16 
 
 		 842 aa  630  1e-179  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3960  outer membrane usher protein FimD  41.92 
 
 		 842 aa  628  1e-178  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3916  fimbrial usher protein  41.92 
 
 		 842 aa  628  1e-178  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.834184 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0026  outer membrane usher protein FimD  41.08 
 
 		 888 aa  610  1e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.213099  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0025  outer membrane usher protein FimD  41.08 
 
 		 888 aa  609  1e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.028823  normal  0.118886 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0026  outer membrane usher protein FimD  41.08 
 
 		 888 aa  609  1e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0792355  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0025  outer membrane usher protein FimD  41.2 
 
 		 888 aa  609  1e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0588197  normal  0.0296149 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0024  outer membrane usher protein FimD  41.08 
 
 		 873 aa  608  9.999999999999999e-173  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.267854  normal  0.163844 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2281  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  40.09 
 
 		 876 aa  597  1e-169  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1071  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  40.33 
 
 		 877 aa  585  1e-166  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.176017 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04186  outer membrane usher protein, type 1 fimbrial synthesis  39.76 
 
 		 878 aa  569  1e-161  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3680  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  39.57 
 
 		 878 aa  569  1e-161  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0592  outer membrane usher protein SfmD  39.48 
 
 		 870 aa  570  1e-161  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0701442  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0599  fimbrial usher protein  39.48 
 
 		 870 aa  569  1e-161  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0484781 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04148  hypothetical protein  39.76 
 
 		 878 aa  569  1e-161  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0656  outer membrane usher protein SfmD  39.48 
 
 		 870 aa  570  1e-161  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0331  outer-membrane fimbrial usher protein  38.86 
 
 		 836 aa  570  1e-161  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0591  outer membrane usher protein SfmD  39.48 
 
 		 870 aa  570  1e-161  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.053453 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4844  outer membrane usher protein fimD  39.88 
 
 		 856 aa  566  1e-160  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5823  outer membrane usher protein fimD  39.76 
 
 		 878 aa  568  1e-160  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.50645  normal  0.941906 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0554  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  39.98 
 
 		 838 aa  567  1e-160  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0981109  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0595  outer membrane usher protein SfmD  39.36 
 
 		 870 aa  567  1e-160  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.232455 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5161  fimbrial usher protein  39.1 
 
 		 844 aa  566  1e-160  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.711297 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4543  outer membrane usher protein fimD  39.76 
 
 		 863 aa  567  1e-160  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0863199  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4462  fimbrial usher family protein  39.63 
 
 		 863 aa  566  1e-160  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03011  predicted outer membrane protein  39.63 
 
 		 838 aa  565  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3336  fimbrial usher family protein  39.85 
 
 		 838 aa  565  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.559371  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3626  fimbrial usher family protein  39.51 
 
 		 838 aa  565  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0338  outer-membrane fimbrial usher protein  39.1 
 
 		 836 aa  563  1.0000000000000001e-159  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0185038 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02962  hypothetical protein  39.63 
 
 		 838 aa  565  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4241  outer membrane usher protein FimD  39.13 
 
 		 839 aa  561  1e-158  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0561  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  39.39 
 
 		 838 aa  559  1e-158  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1055  outer membrane usher protein fimD  37.72 
 
 		 866 aa  559  1e-158  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00207223  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0330  outer-membrane fimbrial usher protein  38.98 
 
 		 836 aa  557  1e-157  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.428849  normal  0.361792 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2703  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  37.72 
 
 		 866 aa  557  1e-157  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0538339  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0338  outer-membrane fimbrial usher protein  39.29 
 
 		 836 aa  558  1e-157  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.200021 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2179  outer membrane usher protein fimD-like protein  37.72 
 
 		 866 aa  558  1e-157  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.932643  normal  0.834799 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4094  long polar fimbrial operon protein LpfC  39.13 
 
 		 840 aa  558  1e-157  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.118889 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2377  outer membrane usher protein fimD homolog  37.6 
 
 		 866 aa  557  1e-157  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.108506  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00944  predicted outer membrane usher protein  37.6 
 
 		 866 aa  555  1e-156  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.887822  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00951  hypothetical protein  37.6 
 
 		 866 aa  555  1e-156  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.90606  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1049  outer membrane usher protein fimD-like protein  37.49 
 
 		 866 aa  551  1e-155  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.607471  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3081  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  37.37 
 
 		 867 aa  548  1e-154  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0633  outer membrane usher protein SfmD  37.51 
 
 		 869 aa  547  1e-154  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.770244  normal  0.392496 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0577  outer membrane usher protein SfmD  37.51 
 
 		 869 aa  546  1e-154  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.5582  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3391  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  38.96 
 
 		 859 aa  548  1e-154  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3090  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  37.51 
 
 		 869 aa  548  1e-154  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.832581  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2450  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  37.94 
 
 		 851 aa  546  1e-154  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00482  predicted outer membrane export usher protein  37.4 
 
 		 869 aa  545  1e-153  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00487  hypothetical protein  37.4 
 
 		 869 aa  545  1e-153  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0990  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  38.37 
 
 		 833 aa  545  1e-153  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00709661 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0607  outer membrane usher protein fimD  37.16 
 
 		 869 aa  542  9.999999999999999e-153  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0594926  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2757  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  36.8 
 
 		 823 aa  519  1e-146  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2676  fimbrial usher protein  36.92 
 
 		 823 aa  511  1e-143  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.529958  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1531  outer membrane usher protein PsaC precursor  36.92 
 
 		 823 aa  511  1e-143  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00459102  normal  0.0366922 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1666  fimbrial usher family protein  38.26 
 
 		 871 aa  509  9.999999999999999e-143  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.504139 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2118  fimbrial usher family protein  37.85 
 
 		 740 aa  466  1e-129  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.167309 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1521  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.14 
 
 		 871 aa  459  1e-127  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.911092  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1023  outer membrane usher protein  32.36 
 
 		 850 aa  446  1e-123  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2231  outer membrane usher protein  32.36 
 
 		 833 aa  444  1e-123  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.269054  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2031  outer membrane usher protein YcbS  32.45 
 
 		 833 aa  443  1e-123  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.617204  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3924  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.28 
 
 		 875 aa  439  9.999999999999999e-123  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.215778  normal  0.607518 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3811  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.28 
 
 		 875 aa  439  9.999999999999999e-123  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.647139  normal  0.153634 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6638  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.48 
 
 		 884 aa  436  1e-121  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00144126  decreased coverage  0.000000000434399 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2088  fimbrial usher protein  32 
 
 		 833 aa  439  1e-121  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0052  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.35 
 
 		 901 aa  435  1e-120  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0063  outer membrane usher protein precursor  34.23 
 
 		 901 aa  433  1e-120  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0335545  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3755  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.21 
 
 		 851 aa  434  1e-120  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4024  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.59 
 
 		 866 aa  431  1e-119  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.469528 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0763  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.31 
 
 		 852 aa  426  1e-118  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.794501  normal  0.0266103 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3044  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.05 
 
 		 828 aa  427  1e-118  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.120847  normal  0.603969 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1133  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.12 
 
 		 844 aa  425  1e-117  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.127861 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2970  putative fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  34.2 
 
 		 880 aa  424  1e-117  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5935  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.7 
 
 		 1040 aa  422  1e-116  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0563  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.86 
 
 		 861 aa  419  1e-116  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.375359 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51450  usher CupC3  34.03 
 
 		 839 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.390609  hitchhiker  0.000267992 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6927  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.17 
 
 		 886 aa  415  1e-114  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.425262  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4882  outer membrane fimbrial usher protein  34.21 
 
 		 814 aa  414  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00405826 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0832  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.99 
 
 		 853 aa  410  1e-113  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.646384  normal  0.17108 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3292  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  35.37 
 
 		 835 aa  411  1e-113  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0249983 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0117  outer membrane usher protein  34.31 
 
 		 939 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3032  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.33 
 
 		 930 aa  405  1e-111  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4252  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.05 
 
 		 850 aa  400  9.999999999999999e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.22475 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5938  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  31.91 
 
 		 963 aa  399  1e-109  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4405  usher CupC3  33.78 
 
 		 839 aa  397  1e-109  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4959  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  33.37 
 
 		 867 aa  395  1e-108  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.45862 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6669  fimbrial biogenesis outer membrane usher protein  32.69 
 
 		 856 aa  394  1e-108  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.124902 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>