262 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A4929 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011205  SeD_A4929  hypothetical protein  100 
 
 
1088 aa  2266  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.511306  normal  0.806169 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1642  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  35.94 
 
 
1003 aa  639  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1362  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  58.79 
 
 
1060 aa  1320  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.21821 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0881  putative type I site specific deoxyribonuclease HsdR  59.16 
 
 
1060 aa  1330  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0350782  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0288  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  36.35 
 
 
1003 aa  635  1e-180  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17680  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  31.96 
 
 
1035 aa  528  1e-148  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2012  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  33.62 
 
 
1046 aa  492  1e-137  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.599838  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0986  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.92 
 
 
1040 aa  488  1e-136  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2740  type I restriction-modification system endonuclease  32.56 
 
 
1051 aa  483  1e-135  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3131  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.95 
 
 
1060 aa  485  1e-135  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.789076  normal  0.0879634 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2283  Type I site-specific deoxyribonuclease  31.05 
 
 
1044 aa  484  1e-135  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0017  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.43 
 
 
1032 aa  481  1e-134  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.13213  hitchhiker  0.00259353 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3755  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.53 
 
 
1029 aa  482  1e-134  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0174443  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0040  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.45 
 
 
1032 aa  482  1e-134  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.126055  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1534  type I restriction-modification enzyme, R subunit  33.06 
 
 
1031 aa  474  1e-132  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0146067  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3013  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.33 
 
 
1070 aa  475  1e-132  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.36517  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0028  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  33.26 
 
 
1046 aa  471  1e-131  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.77996  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0281  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.43 
 
 
1028 aa  472  1e-131  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  unclonable  2.41298e-05 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2450  type I site-specific deoxyribonuclease HsdR family  31.09 
 
 
1042 aa  468  1e-130  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2781  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.3 
 
 
1042 aa  463  1e-128  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.759966 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2911  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.84 
 
 
1079 aa  454  1e-126  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3142  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  30.71 
 
 
1053 aa  450  1e-125  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.311039  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2912  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.93 
 
 
1045 aa  452  1e-125  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1213  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.49 
 
 
1074 aa  449  1e-124  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2251  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  32.05 
 
 
1044 aa  448  1e-124  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0289  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.96 
 
 
1044 aa  448  1e-124  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1089  type I restriction-modification enzyme, R subunit, putative  29.92 
 
 
1040 aa  449  1e-124  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.340753  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2413  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  31.89 
 
 
1022 aa  448  1e-124  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.623106 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2790  type I restriction-modification enzyme, R subunit  31.89 
 
 
1022 aa  448  1e-124  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1124  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  30.23 
 
 
1084 aa  443  1e-123  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0222  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  31.17 
 
 
1028 aa  442  1e-122  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1854  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.91 
 
 
1026 aa  437  1e-121  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4782  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.99 
 
 
1029 aa  438  1e-121  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0874  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.18 
 
 
1041 aa  436  1e-120  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4244  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.45 
 
 
1084 aa  434  1e-120  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00104553 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3386  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.32 
 
 
1052 aa  433  1e-120  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1804  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  32.16 
 
 
1068 aa  434  1e-120  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1944  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.29 
 
 
1034 aa  430  1e-119  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.31477 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0011  type I site-specific deoxyribonuclease  29.76 
 
 
1061 aa  429  1e-118  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.386666 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4010  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.4 
 
 
1067 aa  424  1e-117  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4470  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.65 
 
 
1084 aa  418  1e-115  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.566129  normal  0.610404 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0871  hypothetical protein  36.06 
 
 
632 aa  396  1e-109  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2507  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.72 
 
 
1068 aa  398  1e-109  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.351896  normal  0.319546 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0037  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.36 
 
 
1061 aa  387  1e-106  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7554  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.2 
 
 
1072 aa  371  1e-101  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1863  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  33.33 
 
 
855 aa  362  2e-98  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0838  type I restriction-modification system, R subunit  33.54 
 
 
1210 aa  361  3e-98  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3906  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  27.14 
 
 
1097 aa  355  2e-96  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3082  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  28.71 
 
 
1085 aa  353  9e-96  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1093  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  26.17 
 
 
1074 aa  347  1e-93  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1105  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  26.33 
 
 
1066 aa  324  7e-87  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.147445  normal 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0037  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29 
 
 
1022 aa  310  1e-82  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.18362  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2239  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.84 
 
 
1046 aa  298  4e-79  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1308  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  27.35 
 
 
1077 aa  288  4e-76  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.181512 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2662  putative type I restriction enzyme R protein  32.31 
 
 
1076 aa  285  5e-75  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.322424  normal  0.707209 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3502  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  27.06 
 
 
1079 aa  281  6e-74  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.23995 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2327  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.12 
 
 
1046 aa  275  3e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.279582  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0842  type I restriction-modification enzyme, R subunit  27.62 
 
 
967 aa  270  1e-70  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.156677  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0790  type I restriction-modification enzyme, R subunit  27.62 
 
 
967 aa  269  2e-70  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.225053  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0334  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.5 
 
 
1075 aa  268  4e-70  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0032  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.16 
 
 
1108 aa  267  8e-70  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0395746 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0024  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.16 
 
 
1108 aa  267  8e-70  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.955051  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1217  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  26.13 
 
 
1065 aa  265  3e-69  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0006  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  26.47 
 
 
1068 aa  265  5e-69  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2363  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.53 
 
 
1067 aa  263  1e-68  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.267976 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04460  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  27.19 
 
 
1010 aa  263  1e-68  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2596  type I restriction-modification system, R subunit  25.44 
 
 
1059 aa  261  5e-68  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0504  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.78 
 
 
1067 aa  259  2e-67  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4345  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.71 
 
 
920 aa  257  8e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05615  type I site-specific deoxyribonuclease  25.25 
 
 
1179 aa  254  7e-66  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2793  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  26.29 
 
 
1012 aa  251  7e-65  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.81193  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4037  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.67 
 
 
1084 aa  249  2e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0985  type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  25.87 
 
 
1023 aa  245  3e-63  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.271239  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3424  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.18 
 
 
984 aa  241  5e-62  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2923  R (restriction) subunit/helicase  27.91 
 
 
984 aa  240  9e-62  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0616  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.53 
 
 
1024 aa  238  4e-61  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.945786  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0948  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  25.35 
 
 
1030 aa  235  4e-60  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000221808  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0843  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  27.71 
 
 
993 aa  233  1e-59  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0504  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.48 
 
 
1111 aa  231  7e-59  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1070  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.23 
 
 
1067 aa  230  1e-58  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.558069  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3150  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.78 
 
 
1000 aa  229  3e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2909  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  26.46 
 
 
1042 aa  227  1e-57  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3790  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  25.28 
 
 
1053 aa  224  5e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3142  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  28.59 
 
 
1042 aa  224  6e-57  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.175068  normal  0.39911 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3172  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  27 
 
 
995 aa  224  8e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  unclonable  9.57293e-14 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3606  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.03 
 
 
1000 aa  223  1e-56  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1093  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  28.25 
 
 
974 aa  221  5e-56  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0567  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.04 
 
 
1087 aa  221  8e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0552282  hitchhiker  2.12216e-12 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4011  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.79 
 
 
1110 aa  220  1e-55  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.724918 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2687  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.38 
 
 
979 aa  219  2e-55  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4202  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25.02 
 
 
1034 aa  218  5e-55  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2392  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  23.9 
 
 
1044 aa  214  7e-54  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1807  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  27.68 
 
 
982 aa  211  4e-53  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.71292 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1670  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.2 
 
 
965 aa  212  4e-53  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  decreased coverage  4.14451e-05 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0608  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  24.49 
 
 
1006 aa  207  9e-52  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0157  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.89 
 
 
1096 aa  206  1e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0099  type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  28.57 
 
 
1089 aa  206  2e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.26483  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2256  type I restriction-modification system, R subunit  26.38 
 
 
1061 aa  206  2e-51  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0380  type I restriction-modification system, R subunit  29.58 
 
 
1033 aa  206  2e-51  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2344  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.08 
 
 
1045 aa  205  3e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0184878 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>