More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A4182 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011080  SNSL254_A4074  ribokinase  100 
 
 
306 aa  635  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.532803  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4124  ribokinase  100 
 
 
306 aa  635  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4019  ribokinase  100 
 
 
306 aa  635  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4003  ribokinase  100 
 
 
306 aa  635  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4182  ribokinase  100 
 
 
306 aa  635  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0749  ribokinase  67.88 
 
 
306 aa  441  1e-123  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  7.20941e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1539  ribokinase  61 
 
 
320 aa  378  1e-104  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.385923  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6290  ribokinase  61 
 
 
320 aa  378  1e-104  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.631078 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2297  ribokinase  59.2 
 
 
309 aa  372  1e-102  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0434925  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6906  ribokinase  61.33 
 
 
328 aa  373  1e-102  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.135806  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6950  ribokinase  61 
 
 
308 aa  368  1e-101  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2838  ribokinase  58.19 
 
 
314 aa  370  1e-101  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.760591  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1554  ribokinase  58.33 
 
 
310 aa  356  2e-97  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1183  ribokinase  57 
 
 
310 aa  356  3e-97  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.451251  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1257  ribokinase  57 
 
 
310 aa  356  3e-97  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2451  ribokinase  56.67 
 
 
344 aa  353  2e-96  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.909418  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3350  hypothetical protein  54.18 
 
 
315 aa  338  7e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.373497 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4487  carbohydrate kinase, PfkB  59.67 
 
 
308 aa  335  6e-91  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3470  ribokinase  53.85 
 
 
315 aa  320  2e-86  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.973567  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3738  carbohydrate kinase  53.85 
 
 
315 aa  320  2e-86  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0822309  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3342  ribokinase  41.39 
 
 
308 aa  228  8e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.133779  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39280  ribokinase  41.86 
 
 
308 aa  228  1e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.145597  normal  0.325767 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1960  ribokinase  40.2 
 
 
302 aa  213  2e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0122509  normal  0.0586965 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2155  carbohydrate kinase, PfkB  39.4 
 
 
306 aa  212  7e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00604172  normal  0.881399 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3232  ribokinase  40.4 
 
 
302 aa  207  1e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.493529  normal  0.585828 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3225  ribokinase  39.27 
 
 
311 aa  206  5e-52  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.195342  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3488  ribokinase  40.07 
 
 
302 aa  205  8e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232463  normal  0.188896 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2458  ribokinase  40.07 
 
 
302 aa  204  1e-51  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0576  putative ribokinase  38.23 
 
 
312 aa  204  1e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.588326 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2526  ribokinase  39 
 
 
301 aa  203  2e-51  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4160  ribokinase  37.54 
 
 
310 aa  204  2e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.233177 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4749  ribokinase  38.8 
 
 
309 aa  202  8e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.396985 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1507  ribokinase  38.05 
 
 
308 aa  201  1e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3631  ribokinase  39.14 
 
 
304 aa  201  2e-50  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1526  ribokinase  38.05 
 
 
308 aa  200  2e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.395922  normal  0.909431 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0354  ribokinase  39.67 
 
 
308 aa  199  3e-50  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3869  ribokinase  40.27 
 
 
299 aa  196  3e-49  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.559054 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0943  ribokinase  37.33 
 
 
321 aa  195  6e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.826251  normal  0.172047 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1383  ribokinase  40.47 
 
 
309 aa  195  7e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2371  ribokinase  39.07 
 
 
306 aa  195  8e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0559074  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7623  ribokinase  41.41 
 
 
308 aa  194  1e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.921063  normal  0.354799 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1343  ribokinase  40.47 
 
 
309 aa  194  2e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1013  putative ribokinase protein  37.33 
 
 
315 aa  193  3e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.340196  normal  0.195927 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1923  ribokinase  39 
 
 
305 aa  191  1e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.254632  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4591  ribokinase  37.93 
 
 
295 aa  190  3e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0162  ribokinase  36 
 
 
309 aa  189  4e-47  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0878  ribokinase  36.64 
 
 
321 aa  189  6e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0605401  normal  0.165576 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3167  ribokinase  38.94 
 
 
295 aa  189  7e-47  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3974  ribokinase  37.7 
 
 
308 aa  188  1e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00187599  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2689  ribokinase  35.4 
 
 
345 aa  188  1e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0259  ribokinase  34.65 
 
 
304 aa  187  1e-46  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2283  ribokinase  35.2 
 
 
310 aa  188  1e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.269259 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0253  ribokinase  34.65 
 
 
304 aa  187  1e-46  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1130  ribokinase  38.46 
 
 
311 aa  186  6e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1610  ribokinase  38.46 
 
 
311 aa  186  6e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.231434  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1587  ribokinase  38.46 
 
 
311 aa  184  2e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.338475  normal  0.646425 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0518  ribokinase  36.12 
 
 
307 aa  184  2e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5194  ribokinase  36.63 
 
 
328 aa  183  2e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0135726  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0560  ribokinase  37.12 
 
 
298 aa  183  3e-45  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  6.79387e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4655  ribokinase  38.61 
 
 
319 aa  182  5e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.128299  normal  0.557505 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1980  ribokinase  36.79 
 
 
302 aa  182  6e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl642  ribokinase  34.75 
 
 
308 aa  181  2e-44  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3332  ribokinase  37.54 
 
 
297 aa  181  2e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4524  ribokinase  36.51 
 
 
308 aa  180  2e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00216955  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1976  putative ribokinase  35.31 
 
 
305 aa  180  2e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.191043  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4234  ribokinase  37.54 
 
 
308 aa  181  2e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000102528  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0344  ribokinase  37.21 
 
 
308 aa  181  2e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1627  ribokinase  38.91 
 
 
310 aa  180  3e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0733  ribokinase  36.45 
 
 
298 aa  179  5e-44  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2909  ribokinase  38.7 
 
 
302 aa  179  5e-44  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0179509 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4209  ribokinase  36.09 
 
 
308 aa  179  5e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.847437  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0575  ribokinase  36.79 
 
 
298 aa  179  7e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0665  ribokinase  36.45 
 
 
298 aa  179  8e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0632  ribokinase  36.45 
 
 
298 aa  179  8e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1368  ribokinase  38.21 
 
 
305 aa  178  9e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.176905  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0008  ribokinase  36.09 
 
 
308 aa  178  9e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000914124  normal  0.985734 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0008  ribokinase  36.09 
 
 
308 aa  178  9e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0252287  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000338  ribokinase  37.09 
 
 
305 aa  178  9e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2121  PfkB  35.86 
 
 
307 aa  178  1e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.987568  normal  0.281407 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4641  ribokinase  36.45 
 
 
298 aa  178  1e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.184783  unclonable  5.38833e-26 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0225  ribokinase  35.46 
 
 
317 aa  177  1e-43  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4168  ribokinase  38.41 
 
 
309 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4277  ribokinase  38.41 
 
 
309 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.136431  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06142  ribokinase  37.54 
 
 
305 aa  177  2e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4218  ribokinase  38.41 
 
 
309 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.980767 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0697  ribokinase  36.45 
 
 
298 aa  177  2e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0813613  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0722  ribokinase  36.12 
 
 
298 aa  177  2e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.83177e-24 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2100  ribokinase  35.71 
 
 
307 aa  177  2e-43  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6608  ribokinase  39.73 
 
 
308 aa  177  3e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.487327  normal  0.393887 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0794  ribokinase  36.12 
 
 
298 aa  176  3e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00121525  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04580  Ribokinase  34.77 
 
 
306 aa  176  3e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5761  ribokinase  39.73 
 
 
308 aa  176  5e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1401  ribokinase  37.75 
 
 
325 aa  176  5e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.033164  normal  0.166986 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4897  ribokinase  37.38 
 
 
318 aa  176  5e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00647815  hitchhiker  8.86041e-07 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6126  ribokinase  39.73 
 
 
308 aa  176  5e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.425434 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0576  ribokinase  35.79 
 
 
298 aa  176  6e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4097  ribokinase  38.08 
 
 
309 aa  175  7e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2276  PfkB domain protein  36.81 
 
 
307 aa  175  7e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.303585  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4112  ribokinase  38.08 
 
 
309 aa  175  7e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2471  ribokinase  37.67 
 
 
297 aa  175  8e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>