290 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A3880 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011149  SeAg_B3712  gluconate periplasmic binding protein  99.56 
 
 
227 aa  450  1.0000000000000001e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3880  gluconate periplasmic binding protein  100 
 
 
227 aa  452  1.0000000000000001e-126  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3818  gluconate periplasmic binding protein  99.12 
 
 
227 aa  447  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3709  gluconate periplasmic binding protein  98.68 
 
 
227 aa  446  1.0000000000000001e-124  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.604176  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3784  gluconate periplasmic binding protein  96.92 
 
 
227 aa  423  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03265  gluconate periplasmic binding protein with phosphoribosyltransferase domain, GNT I system  85.9 
 
 
227 aa  379  1e-104  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00626502  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4720  gluconate periplasmic binding protein  85.9 
 
 
248 aa  380  1e-104  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03217  hypothetical protein  85.9 
 
 
227 aa  379  1e-104  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00548769  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3610  gluconate periplasmic binding protein  85.9 
 
 
227 aa  379  1e-104  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0300  comF family protein  85.46 
 
 
227 aa  375  1e-103  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00612033  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0300  gluconate periplasmic binding protein  85.46 
 
 
227 aa  376  1e-103  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0414054  normal  0.0237558 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3694  gluconate periplasmic binding protein  85.02 
 
 
227 aa  373  1e-102  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3888  gluconate periplasmic binding protein  85.02 
 
 
227 aa  373  1e-102  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3794  gluconate periplasmic binding protein  85.02 
 
 
227 aa  373  1e-102  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3826  gluconate periplasmic binding protein  68.72 
 
 
227 aa  297  8e-80  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4633  gluconate periplasmic binding protein  55.07 
 
 
227 aa  250  1e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4118  gluconate periplasmic binding protein  51.93 
 
 
233 aa  237  1e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3925  gluconate periplasmic binding protein  51.5 
 
 
233 aa  234  9e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0235  gluconate periplasmic binding protein  56.72 
 
 
239 aa  228  5e-59  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0317  gluconate periplasmic binding protein  52.36 
 
 
233 aa  209  2e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3989  gluconate periplasmic binding protein  47.64 
 
 
233 aa  176  3e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3749  gluconate periplasmic binding protein  47.64 
 
 
233 aa  176  3e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0164  gluconate periplasmic binding protein  47.64 
 
 
233 aa  176  3e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2292  ComF family protein  44.8 
 
 
286 aa  164  1.0000000000000001e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1490  competence protein  36.28 
 
 
232 aa  159  4e-38  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.923217  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0361  competence protein ComF, putative  38.12 
 
 
243 aa  138  7e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1124  competence protein F  39.32 
 
 
233 aa  138  7.999999999999999e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0387  amidophosphoribosyltransferase-like protein  36.99 
 
 
243 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.336558  normal  0.927727 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5177  phosphoribosyltransferase  38.46 
 
 
246 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.039124  normal  0.248772 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0391  phosphoribosyltransferase  36.07 
 
 
243 aa  132  5e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.214316 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0493  competence protein ComF, putative  40.1 
 
 
244 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06360  putative phosphoribosyl transferase  38.7 
 
 
241 aa  129  3e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00829668  normal  0.955973 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001878  predicted amidophosphoribosyltransferase  42.05 
 
 
180 aa  129  4.0000000000000003e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2280  hypothetical protein  34.8 
 
 
234 aa  127  1.0000000000000001e-28  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0592  putative phosphoribosyl transferase  40.48 
 
 
241 aa  124  1e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.173105  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2102  competence protein F  38.91 
 
 
246 aa  123  2e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4012  competence protein ComF  35.14 
 
 
249 aa  123  2e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00615  amidophosphoribosyltransferase  38.64 
 
 
185 aa  123  3e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4841  competence protein ComF  34.36 
 
 
245 aa  123  3e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.399762  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3201  amidophosphoribosyltransferase  34.29 
 
 
226 aa  123  3e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.387541  normal  0.0162666 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2252  hypothetical protein  33.92 
 
 
234 aa  122  4e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1128  phosphoribosyltransferase  37.17 
 
 
239 aa  120  9.999999999999999e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2095  phosphoribosyltransferase  33.19 
 
 
247 aa  118  7e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00900618  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3816  putative phosphoribosyl transferase  34.96 
 
 
266 aa  118  7.999999999999999e-26  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.231863 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0541  phosphoribosyltransferase  35.62 
 
 
261 aa  117  9.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.380195  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0311  putative amidophosphoribosyltransferase  37.33 
 
 
222 aa  116  3e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0177  competence protein ComF  32.29 
 
 
266 aa  115  3.9999999999999997e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4688  phosphoribosyltransferase  36.23 
 
 
244 aa  114  8.999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.482553  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0385  phosphoribosyltransferase  34.04 
 
 
271 aa  114  1.0000000000000001e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.543655  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0258  amidophosphoribosyltransferases-like protein  34.36 
 
 
279 aa  114  1.0000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0129  competence protein F  38.12 
 
 
237 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4174  putative competence protein f-related protein  36.44 
 
 
261 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0273  putative competence protein F-related protein  35.78 
 
 
268 aa  112  4.0000000000000004e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.317287  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3184  putative phosphoribosyl transferase  34.96 
 
 
230 aa  112  6e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.392419 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0423  ComF family protein  36.05 
 
 
255 aa  112  6e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05970  amidophosphoribosyltransferase  37.56 
 
 
238 aa  112  7.000000000000001e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.096525  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0784  ComF family protein  35.89 
 
 
251 aa  111  1.0000000000000001e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0887705  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3140  K+-dependent Na+/Ca+ exchanger related-protein  31.71 
 
 
296 aa  110  1.0000000000000001e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.012105  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3894  phosphoribosyltransferase  40.5 
 
 
259 aa  110  1.0000000000000001e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.148595 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4090  amidophosphoribosyltransferase-like protein  34.84 
 
 
246 aa  109  3e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4231  amidophosphoribosyltransferases-like  39.52 
 
 
240 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0617  phosphoribosyltransferase  33.18 
 
 
247 aa  108  6e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3333  phosphoribosyltransferase  35.43 
 
 
242 aa  108  6e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0317  hypothetical protein  32.14 
 
 
230 aa  108  9.000000000000001e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0134906 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0188  phosphoribosyltransferase  31.96 
 
 
239 aa  108  9.000000000000001e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.138467  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0141  competence protein ComF  32.59 
 
 
263 aa  108  9.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4330  competence protein ComF  33.04 
 
 
263 aa  108  9.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4126  competence protein ComF  32.59 
 
 
263 aa  106  2e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0453  phosphoribosyltransferase  36.32 
 
 
257 aa  107  2e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4198  competence protein ComF  33.04 
 
 
263 aa  107  2e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0480  phosphoribosyltransferase  32.34 
 
 
270 aa  106  4e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0124  competence protein F, putative  35.65 
 
 
238 aa  104  1e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2573  amidophosphoribosyltransferase  37.44 
 
 
247 aa  104  1e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2181  hypothetical protein  31.94 
 
 
227 aa  104  1e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000180305  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4625  competence protein ComF  30.8 
 
 
235 aa  103  2e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0157  competence protein ComF  31.42 
 
 
274 aa  103  2e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3532  competence protein F (phosphoribosyltransferase protein)  31.76 
 
 
258 aa  103  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0572  ComF family protein  31.4 
 
 
204 aa  103  3e-21  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3800  competence protein ComF  32.59 
 
 
262 aa  102  3e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3881  competence protein ComF  30.8 
 
 
268 aa  102  6e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2767  phosphoribosyltransferase  34.96 
 
 
270 aa  101  9e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1028  competence protein F, putative  34.16 
 
 
262 aa  101  1e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3805  competence protein ComF  30.36 
 
 
268 aa  101  1e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.274004 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2437  competence protein F  34.22 
 
 
262 aa  100  1e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.104634 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3081  phosphoribosyltransferase  31.36 
 
 
237 aa  101  1e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000295242  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2757  putative phosphoribosyl transferase  32.43 
 
 
242 aa  100  2e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2936  competence protein F, putative  34.72 
 
 
243 aa  100  3e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0346269  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3629  competence protein ComF  30.49 
 
 
252 aa  99.8  3e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3823  competence protein F (phosphoribosyltransferase protein)  31.33 
 
 
258 aa  100  3e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4009  competence protein ComF  29.91 
 
 
262 aa  99.8  3e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1736  phosphoribosyltransferase  33.33 
 
 
258 aa  98.6  8e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3458  K+-dependent Na+/Ca+ exchanger related-protein  25.99 
 
 
250 aa  98.2  1e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.0000183907  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2284  phosphoribosyltransferase  34.67 
 
 
258 aa  97.8  1e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0107952 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2264  phosphoribosyltransferase  35.5 
 
 
255 aa  97.8  1e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.200709  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0218  competence protein,-like protein  31.88 
 
 
273 aa  97.4  2e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0828937  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2731  competence protein F, putative  34.27 
 
 
245 aa  97.1  2e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000000243751  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0541  phosphoribosyltransferase  37.84 
 
 
269 aa  96.7  3e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2905  phosphoribosyltransferase  34.25 
 
 
270 aa  96.3  4e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7594  putative competence protein F (COMF)  34.88 
 
 
267 aa  96.3  4e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0419159 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0307  competence protein F  33.05 
 
 
255 aa  95.5  5e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.387643 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>