More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A3772 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011080  SNSL254_A3674  DNA protecting protein DprA  99.2 
 
 		 374 aa  754    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3601  DNA protecting protein DprA  99.2 
 
 		 374 aa  754    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000541333  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3602  DNA protecting protein DprA  99.2 
 
 		 374 aa  752    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.62233 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3772  DNA protecting protein DprA  100 
 
 		 374 aa  759    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3709  DNA protecting protein DprA  99.2 
 
 		 374 aa  754    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.173213  normal  0.0813608 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03136  hypothetical protein  72.46 
 
 		 374 aa  555  1e-157  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.393563  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0428  DNA protecting protein DprA  72.46 
 
 		 374 aa  555  1e-157  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0428  DNA protecting protein DprA  72.46 
 
 		 374 aa  555  1e-157  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0030328  hitchhiker  0.00135165 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3581  DNA protecting protein DprA  72.46 
 
 		 374 aa  556  1e-157  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0315496  normal  0.18869 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3768  DNA protecting protein DprA  72.73 
 
 		 374 aa  555  1e-157  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00137702  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03087  hypothetical protein  72.46 
 
 		 374 aa  555  1e-157  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.531925  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4608  DNA protecting protein DprA  72.99 
 
 		 374 aa  557  1e-157  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0168836  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3479  DNA protecting protein DprA  72.46 
 
 		 374 aa  555  1e-157  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000661668  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3670  DNA protecting protein DprA  72.46 
 
 		 374 aa  553  1e-156  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.206561  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3717  DNA protecting protein DprA  68.18 
 
 		 374 aa  519  1e-146  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00862167  decreased coverage  0.00279195 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0440  DNA protecting protein DprA  57.82 
 
 		 377 aa  428  1e-119  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.303838  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3967  DNA protecting protein DprA  58.29 
 
 		 373 aa  427  1e-118  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.104375  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3788  DNA protecting protein DprA  57.75 
 
 		 373 aa  414  1e-114  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00493314  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0357  DNA protecting protein DprA  56.5 
 
 		 377 aa  413  1e-114  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0657137  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3881  DNA protecting protein DprA  52.94 
 
 		 373 aa  385  1e-106  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000308128  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0317  DNA protecting protein DprA  52.67 
 
 		 373 aa  384  1e-105  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.595486  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4510  DNA protecting protein DprA  58.63 
 
 		 373 aa  377  1e-103  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00273954  hitchhiker  0.000201451 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002059  DNA uptake Rossmann fold nucleotide-binding protein  46.39 
 
 		 369 aa  290  3e-77  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00389  nucleotide-binding protein  48.19 
 
 		 369 aa  283  3.0000000000000004e-75  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0077  Smf protein  43.61 
 
 		 369 aa  274  1.0000000000000001e-72  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.64141  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0025  DNA protecting protein DprA  45.12 
 
 		 379 aa  263  3e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2471  Smf/DprA family protein  48.61 
 
 		 371 aa  262  6.999999999999999e-69  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2098  DNA processing protein  46.3 
 
 		 308 aa  259  6e-68  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00923798  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0037  DNA protecting protein DprA  45.93 
 
 		 368 aa  256  5e-67  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.249396  normal  0.109899 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0023  filamentous haemagglutinin-like protein  44.77 
 
 		 399 aa  253  4.0000000000000004e-66  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0045  DNA processing protein DprA, putative  43.79 
 
 		 338 aa  252  6e-66  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.064372  normal  0.147365 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0026  DNA protecting protein DprA  46.13 
 
 		 338 aa  251  1e-65  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2650  hypothetical protein  43.16 
 
 		 361 aa  250  3e-65  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2520  hypothetical protein  43.16 
 
 		 361 aa  249  4e-65  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0088  DNA protecting protein DprA  45.78 
 
 		 296 aa  249  5e-65  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.000403325  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0040  DNA protecting protein DprA  43.67 
 
 		 331 aa  248  9e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.529295 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0031  DNA protecting protein DprA  44.95 
 
 		 338 aa  246  3e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.912099  hitchhiker  0.00525591 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0037  DNA protecting protein DprA  44.95 
 
 		 338 aa  246  4e-64  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000615281 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0022  putative DNA processing protein DprA  45.3 
 
 		 383 aa  246  6.999999999999999e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0175  DNA processing protein DprA, putative  49.83 
 
 		 394 aa  245  6.999999999999999e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0029  DNA protecting protein DprA  44.63 
 
 		 338 aa  245  9.999999999999999e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0934581 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0022  DNA-processing protein smf chain A  49 
 
 		 362 aa  243  3e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.638184  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0034  DNA processing protein DprA, putative  44.3 
 
 		 338 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0026  DNA processing protein DprA, putative  44.77 
 
 		 362 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0076  DNA protecting protein DprA  43.33 
 
 		 352 aa  243  3.9999999999999997e-63  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0033  DNA protecting protein DprA  46.91 
 
 		 339 aa  241  1e-62  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0069  DNA protecting protein DprA  48.62 
 
 		 365 aa  239  8e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0131518  unclonable  0.000000561308 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0085  DNA protecting protein DprA  48.79 
 
 		 365 aa  238  9e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.273214  normal  0.48909 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0033  DNA protecting protein DprA  43.73 
 
 		 338 aa  238  1e-61  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000150023 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0026  DNA protecting protein DprA  44.3 
 
 		 340 aa  238  1e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0033  DNA protecting protein DprA  43.41 
 
 		 338 aa  238  1e-61  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000224726 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0029  DNA protecting protein DprA  43.73 
 
 		 338 aa  238  2e-61  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0034  DNA protecting protein DprA  43.73 
 
 		 338 aa  238  2e-61  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00024  DNA protecting protein DprA  43.59 
 
 		 369 aa  235  1.0000000000000001e-60  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.525554  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0088  DNA protecting protein DprA  48.1 
 
 		 365 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.226637  hitchhiker  0.00000226151 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0193  smf protein  45.92 
 
 		 375 aa  232  6e-60  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3012  SMF protein  46.86 
 
 		 368 aa  232  1e-59  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0019  SMF protein  48.79 
 
 		 366 aa  231  1e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000611984  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0085  DNA protecting protein DprA  47.24 
 
 		 365 aa  230  3e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.182517  decreased coverage  0.00000000000000667659 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0412  DNA processing chain A  39.88 
 
 		 368 aa  230  3e-59  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.232612  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00230  putative Rossmann fold nucleotide-binding protein  45.54 
 
 		 362 aa  228  9e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.143604  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4641  DNA processing protein DprA, putative  44.13 
 
 		 374 aa  228  1e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3734  DNA protecting protein DprA  44.07 
 
 		 339 aa  228  1e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.242141  hitchhiker  0.0022522 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0395  DNA processing protein DprA, putative  46.56 
 
 		 372 aa  227  3e-58  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0012  SMF protein  45.74 
 
 		 320 aa  225  9e-58  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.143146 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2841  DNA processing protein DprA, putative  43.09 
 
 		 364 aa  224  2e-57  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0057  DNA protecting protein DprA  46.33 
 
 		 368 aa  222  7e-57  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0021  SMF protein  48.15 
 
 		 372 aa  222  9e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0189  DNA processing protein DprA, putative  43.96 
 
 		 336 aa  220  3.9999999999999997e-56  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000738349 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1701  DNA protecting protein DprA  41.89 
 
 		 362 aa  219  5e-56  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.237617  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00190  DNA processing protein, DprA (SMF family)  46.69 
 
 		 366 aa  218  1e-55  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0224115  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2088  DNA protecting protein DprA  45.6 
 
 		 384 aa  218  1e-55  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.972888  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0034  DNA protecting protein DprA  41.77 
 
 		 389 aa  218  1e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2630  DNA protecting protein DprA  43.73 
 
 		 379 aa  217  2e-55  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.196753  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0194  DNA processing protein DprA, putative  42.17 
 
 		 377 aa  217  2.9999999999999998e-55  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1222  DNA protecting protein DprA  45.61 
 
 		 366 aa  217  2.9999999999999998e-55  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3410  SMF protein  42.52 
 
 		 379 aa  216  4e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.487064  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0718  DNA processing protein DprA, putative  41.02 
 
 		 406 aa  216  7e-55  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.269351  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_625  Rossmann fold DNA uptake nucleotide-binding protein  41.14 
 
 		 373 aa  213  2.9999999999999995e-54  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0308  DNA protecting protein DprA  38.64 
 
 		 422 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3881  DNA protecting protein DprA  44.09 
 
 		 399 aa  213  5.999999999999999e-54  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.857304  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0068  SMF protein  40.36 
 
 		 401 aa  212  9e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2057  DNA protecting protein DprA  37.14 
 
 		 374 aa  212  1e-53  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.448378  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0653  DNA protecting protein DprA  41.02 
 
 		 373 aa  212  1e-53  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.412317  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2275  DNA protecting protein DprA  42.86 
 
 		 377 aa  210  3e-53  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00463646 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4417  SMF protein  38.18 
 
 		 421 aa  210  3e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.379155 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0049  DNA protecting protein DprA  41.05 
 
 		 368 aa  210  4e-53  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4590  DNA protecting protein DprA  39 
 
 		 360 aa  209  5e-53  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0017  DNA processing protein DprA, putative  41.94 
 
 		 365 aa  209  9e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0018  DNA protecting protein DprA  41.94 
 
 		 365 aa  209  9e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.645037  normal  0.109485 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2324  DNA protecting protein DprA  39.34 
 
 		 388 aa  208  1e-52  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.257169  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0281  putative SMF protein  41.36 
 
 		 365 aa  208  1e-52  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0175905 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4686  DNA protecting protein DprA  38.57 
 
 		 408 aa  208  1e-52  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2865  DNA processing protein DprA, putative  45.12 
 
 		 371 aa  206  7e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0616  DNA protecting protein DprA  45.8 
 
 		 247 aa  205  9e-52  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00609324  normal  0.0384854 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0890  SMF protein  46.21 
 
 		 358 aa  205  1e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000185705  hitchhiker  0.000000000000633505 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0019  SMF protein  40.5 
 
 		 358 aa  204  2e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.108355 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2833  DNA protecting protein DprA  44.07 
 
 		 372 aa  204  2e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04053  DNA protecting protein DprA  40.58 
 
 		 311 aa  204  3e-51  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0168  DNA protecting protein DprA  44.56 
 
 		 360 aa  203  3e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.208871  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>