190 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A3492 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011080  SNSL254_A3397  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  100 
 
 
113 aa  229  1e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3492  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  100 
 
 
113 aa  229  1e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.919493  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3317  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  99.12 
 
 
113 aa  226  6e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000010148  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3391  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  99.12 
 
 
113 aa  226  6e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.440327 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3326  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  99.12 
 
 
113 aa  226  6e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.651376  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02867  HybF  84.96 
 
 
113 aa  195  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0705  hydrogenase nickel insertion protein HypA  84.96 
 
 
113 aa  196  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0702  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  84.96 
 
 
113 aa  196  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3277  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  84.96 
 
 
113 aa  195  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3418  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  84.96 
 
 
113 aa  196  1.0000000000000001e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02816  hypothetical protein  84.96 
 
 
113 aa  195  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3171  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  84.96 
 
 
113 aa  196  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3460  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  84.96 
 
 
113 aa  195  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4303  hydrogenase nickel incorporation protein HybF  84.07 
 
 
113 aa  195  2.0000000000000003e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.236988  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2528  hydrogenase nickel insertion protein HypA  61.06 
 
 
113 aa  154  3e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1416  hydrogenase nickel insertion protein HypA  60.53 
 
 
114 aa  149  2e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2851  hydrogenase nickel incorporation protein  49.12 
 
 
120 aa  127  6e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.440089 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02576  HypA  49.12 
 
 
116 aa  126  9.000000000000001e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0963  hydrogenase nickel insertion protein HypA  49.12 
 
 
116 aa  126  9.000000000000001e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02541  hypothetical protein  49.12 
 
 
116 aa  126  9.000000000000001e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0986  hydrogenase nickel incorporation protein  49.12 
 
 
116 aa  126  9.000000000000001e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.209126 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2863  hydrogenase nickel incorporation protein  49.12 
 
 
116 aa  126  9.000000000000001e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3014  hydrogenase nickel incorporation protein  49.12 
 
 
116 aa  126  9.000000000000001e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3059  hydrogenase nickel incorporation protein  49.12 
 
 
118 aa  126  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.606667  normal  0.0829124 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3043  hydrogenase nickel incorporation protein  49.12 
 
 
118 aa  126  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00478304 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2976  hydrogenase nickel incorporation protein  49.12 
 
 
118 aa  126  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3164  hydrogenase nickel incorporation protein  49.12 
 
 
118 aa  126  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.355005 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3978  hydrogenase nickel incorporation protein  49.12 
 
 
120 aa  126  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3007  hydrogenase nickel incorporation protein  49.12 
 
 
118 aa  126  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.343326  normal  0.0101686 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3199  hydrogenase nickel incorporation protein  45.61 
 
 
116 aa  114  3e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2435  hydrogenase nickel incorporation protein  51.75 
 
 
114 aa  107  5e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.931347  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2885  hydrogenase nickel insertion protein HypA  45.13 
 
 
113 aa  104  5e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.305535  normal  0.799191 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3287  hydrogenase nickel insertion protein HypA  45.13 
 
 
113 aa  104  5e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1165  hydrogenase nickel insertion protein HypA  42.48 
 
 
113 aa  103  6e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.161018  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3762  hydrogenase nickel insertion protein HypA  42.48 
 
 
113 aa  102  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1643  hydrogenase nickel insertion protein HypA  39.82 
 
 
113 aa  101  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.441773  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1805  hydrogenase nickel insertion protein HypA  39.82 
 
 
113 aa  101  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0274215  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1635  hydrogenase nickel insertion protein HypA  39.82 
 
 
113 aa  101  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1640  hydrogenase nickel insertion protein HypA  39.82 
 
 
113 aa  101  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00692895  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1702  hydrogenase nickel insertion protein HypA  39.82 
 
 
113 aa  101  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.414279  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3107  hydrogenase nickel insertion protein HypA  41.07 
 
 
113 aa  100  5e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.636133  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1173  hydrogenase nickel insertion protein HypA  44.25 
 
 
113 aa  100  6e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.305446  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3366  hypothetical protein  40.71 
 
 
113 aa  99.8  1e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.8287  normal  0.256486 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1159  hydrogenase nickel insertion protein HypA  42.86 
 
 
113 aa  99  2e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.938764  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4095  hydrogenase nickel insertion protein HypA  42.48 
 
 
113 aa  97.4  5e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2019  hydrogenase nickel insertion protein HypA  41.59 
 
 
113 aa  97.1  8e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1168  hydrogenase expression/synthesis, HypA  39.82 
 
 
113 aa  96.3  1e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.317473  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2182  hydrogenase nickel insertion protein HypA  38.39 
 
 
113 aa  95.9  2e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.140816  normal  0.184329 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1535  hydrogenase nickel insertion protein HypA  39.29 
 
 
113 aa  93.2  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000589093  normal  0.0234043 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2156  hydrogenase nickel insertion protein HypA  39.82 
 
 
113 aa  92  2e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.462739  normal  0.111432 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50490  hydrogenase nickel incorporation protein HypA  40 
 
 
110 aa  92  2e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00363931  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0505  hydrogenase expression/synthesis, HypA family  39.82 
 
 
113 aa  91.3  4e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2396  hydrogenase nickel incorporation protein HypA  43.36 
 
 
113 aa  90.9  6e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2541  hydrogenase nickel incorporation protein HypA  43.36 
 
 
113 aa  89.7  1e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1213  hydrogenase nickel insertion protein HypA  38.94 
 
 
114 aa  89  2e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0988006 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2006  hydrogenase expression/formation  40.91 
 
 
110 aa  89.4  2e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.321644  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3979  hydrogenase expression/synthesis, HypA  35.4 
 
 
113 aa  85.9  2e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0374  hydrogenase expression/formation protein hupa  41.59 
 
 
110 aa  85.1  3e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2745  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.17 
 
 
113 aa  85.1  3e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2444  hydrogenase nickel insertion protein HypA  41.07 
 
 
117 aa  84  6e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.205339 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1286  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.61 
 
 
115 aa  83.2  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.812906  normal  0.435209 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7256  hydrogenase expression/synthesis HypA  35.4 
 
 
113 aa  82.8  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.492993  normal  0.319933 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0437  hydrogenase nickel insertion protein HypA  38.94 
 
 
114 aa  81.6  0.000000000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.525876 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3921  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.28 
 
 
113 aa  81.6  0.000000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.213712  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0426  hydrogenase nickel insertion protein HypA  38.94 
 
 
114 aa  81.6  0.000000000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0331  hydrogenase nickel insertion protein HypA  40.18 
 
 
113 aa  79.3  0.00000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0315757  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1787  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.17 
 
 
116 aa  79.3  0.00000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000697266  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3810  hydrogenase nickel insertion protein HypA  41.23 
 
 
138 aa  75.9  0.0000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3156  hydrogenase expression/synthesis, HypA  38.94 
 
 
110 aa  74.7  0.0000000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4579  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.14 
 
 
117 aa  74.7  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0047  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.32 
 
 
114 aa  73.9  0.0000000000006  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.729496  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4011  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.74 
 
 
121 aa  73.2  0.000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.644029 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0963  hydrogenase nickel insertion protein HypA  31.25 
 
 
120 aa  73.2  0.000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.225811 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4607  hydrogenase expression/synthesis, HypA  40.71 
 
 
113 aa  72.4  0.000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0536  hydrogenase expression/synthesis, HypA  28.57 
 
 
138 aa  72.4  0.000000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08020  hydrogenase nickel insertion protein HypA  40.18 
 
 
117 aa  72  0.000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0533  putative hydrogenase expression/synthesis protein HypA  38.39 
 
 
115 aa  71.6  0.000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0798  hydrogenase expression/synthesis, HypA  35.4 
 
 
114 aa  71.2  0.000000000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.941377  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2489  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.51 
 
 
130 aa  71.2  0.000000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.229485 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3188  hydrogenase nickel insertion protein HypA  33.93 
 
 
128 aa  71.2  0.000000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.584695 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2816  HypA protein  34.51 
 
 
114 aa  70.9  0.000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2053  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.09 
 
 
117 aa  70.9  0.000000000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.289479  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1811  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.17 
 
 
114 aa  70.5  0.000000000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1942  hydrogenase nickel insertion protein HypA  40.71 
 
 
110 aa  69.7  0.00000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00384246  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1459  hydrogenase expression/synthesis, HypA  30.97 
 
 
117 aa  69.3  0.00000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1665  hydrogenase expression/synthesis, HypA  33.93 
 
 
115 aa  69.3  0.00000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.559753  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1964  hydrogenase expression/synthesis, HypA  33.04 
 
 
115 aa  68.9  0.00000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1645  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.97 
 
 
113 aa  69.3  0.00000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.428632  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3880  hydrogenase nickel insertion protein HypA  36.28 
 
 
113 aa  69.3  0.00000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.451178  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0928  hydrogenase expression/synthesis, HypA  31.53 
 
 
128 aa  68.6  0.00000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1212  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.74 
 
 
119 aa  67.8  0.00000000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0774927  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2782  hydrogenase nickel insertion protein HypA  34.82 
 
 
110 aa  67.4  0.00000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1092  hydrogenase nickel insertion protein HypA  28.32 
 
 
113 aa  67.4  0.00000000006  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.535933  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1430  hydrogenase nickel insertion protein HypA  32.74 
 
 
119 aa  67  0.00000000008  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.799763  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2192  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.5 
 
 
139 aa  67  0.00000000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.20666 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2133  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.5 
 
 
139 aa  67  0.00000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00697456 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2146  hydrogenase nickel insertion protein HypA  37.5 
 
 
109 aa  67  0.00000000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3365  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.09 
 
 
113 aa  66.2  0.0000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2181  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.97 
 
 
113 aa  65.9  0.0000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.352538 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1088  hydrogenase nickel insertion protein HypA  30.09 
 
 
113 aa  65.5  0.0000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.909847  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>