192 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A2745 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_02268  long-chain fatty acid outer membrane transporter  91.48 
 
 
448 aa  823    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1313  membrane protein involved in aromatic hydrocarbon degradation  91.48 
 
 
446 aa  823    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1309  long-chain fatty acid outer membrane transporter  91.48 
 
 
446 aa  822    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.613202  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2724  long-chain fatty acid outer membrane transporter  91.26 
 
 
446 aa  821    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2503  long-chain fatty acid outer membrane transporter  91.48 
 
 
446 aa  822    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2531  long-chain fatty acid outer membrane transporter  99.77 
 
 
435 aa  888    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.876174  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2745  long-chain fatty acid outer membrane transporter  100 
 
 
435 aa  888    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00852795  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02229  hypothetical protein  91.48 
 
 
448 aa  823    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2620  long-chain fatty acid outer membrane transporter  99.54 
 
 
437 aa  884    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0208452  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3381  long-chain fatty acid outer membrane transporter  73.86 
 
 
440 aa  666    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2640  long-chain fatty acid outer membrane transporter  91.48 
 
 
446 aa  822    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2634  long-chain fatty acid outer membrane transporter  100 
 
 
437 aa  888    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0127967  hitchhiker  0.00000000000285546 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2884  long-chain fatty acid outer membrane transporter  76.4 
 
 
444 aa  677    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.576882  normal  0.4259 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2495  long-chain fatty acid outer membrane transporter  91.26 
 
 
446 aa  820    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3487  long-chain fatty acid outer membrane transporter  91.26 
 
 
446 aa  820    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2580  long-chain fatty acid outer membrane transporter  100 
 
 
435 aa  888    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00696507  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2824  long-chain fatty acid outer membrane transporter  64.64 
 
 
427 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.489519  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1506  long-chain fatty acid outer membrane transporter  64.93 
 
 
421 aa  566  1e-160  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0138985  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2600  long-chain fatty acid outer membrane transporter  62.9 
 
 
422 aa  567  1e-160  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.243825  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1397  long-chain fatty acid outer membrane transporter  64.71 
 
 
421 aa  565  1e-160  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0385  long-chain fatty acid outer membrane transporter  64.48 
 
 
421 aa  563  1.0000000000000001e-159  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1441  long-chain fatty acid outer membrane transporter  62.78 
 
 
415 aa  560  1e-158  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1338  long-chain fatty acid outer membrane transporter  62.44 
 
 
417 aa  553  1e-156  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3839  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  40.73 
 
 
430 aa  333  5e-90  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000632854  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1548  outer membrane protein P1  40.73 
 
 
453 aa  327  2.0000000000000001e-88  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000809472  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0698  long-chain fatty acid transport protein  37.36 
 
 
419 aa  303  5.000000000000001e-81  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0374  long-chain fatty acid transport protein  39.18 
 
 
412 aa  296  7e-79  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000183  long-chain fatty acid transport protein  38.58 
 
 
414 aa  283  6.000000000000001e-75  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0205909  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05817  hypothetical protein  37.99 
 
 
414 aa  279  8e-74  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03124  hypothetical protein  35.85 
 
 
420 aa  273  3e-72  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0561  long-chain fatty acid transport protein  34.65 
 
 
428 aa  268  2e-70  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0492643  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002852  long-chain fatty acid transport protein  35.66 
 
 
419 aa  265  1e-69  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03834  Long-chain fatty acid transport protein  33.41 
 
 
464 aa  259  8e-68  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000417169  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3816  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  35.21 
 
 
450 aa  259  9e-68  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002851  long-chain fatty acid transport protein  33.63 
 
 
442 aa  252  1e-65  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3584  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  35.34 
 
 
448 aa  249  1e-64  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0415  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  35.33 
 
 
449 aa  248  1e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000169798 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0390  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  35.33 
 
 
449 aa  248  1e-64  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0475  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  35.39 
 
 
451 aa  248  1e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0401  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  35.26 
 
 
449 aa  248  1e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000690815 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0389  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  35.33 
 
 
449 aa  249  1e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03125  hypothetical protein  33.33 
 
 
429 aa  247  2e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0372  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  35.27 
 
 
448 aa  248  2e-64  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3757  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  35.7 
 
 
449 aa  248  2e-64  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0902024 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2269  outer membrane protein transport protein  33.04 
 
 
415 aa  243  6e-63  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00153589  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2270  outer membrane protein transport protein  31.93 
 
 
438 aa  242  1e-62  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000125338  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2470  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  31.3 
 
 
445 aa  239  1e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.0000167182  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0560  long-chain fatty acid transport protein  31.5 
 
 
432 aa  237  3e-61  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00871251  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4232  long-chain fatty acid transport protein  32.73 
 
 
437 aa  236  8e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000778  long-chain fatty acid transport protein  32.82 
 
 
432 aa  231  2e-59  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3634  long-chain fatty acid transport protein  31.49 
 
 
428 aa  231  2e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000535062  hitchhiker  0.00000860939 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2687  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  33.18 
 
 
427 aa  230  4e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000955558  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1414  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  31.94 
 
 
443 aa  229  6e-59  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000739159  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3037  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  31.8 
 
 
441 aa  229  9e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000400429  normal  0.0267167 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0340  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  30.34 
 
 
450 aa  229  1e-58  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000000312339  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0397  long-chain fatty acid transport protein  33.64 
 
 
445 aa  228  1e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000252847 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1450  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  30.26 
 
 
428 aa  226  6e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000153151  unclonable  0.0000000000946875 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1618  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  30.88 
 
 
440 aa  225  1e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000079524  decreased coverage  0.00000000170841 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1462  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  30.07 
 
 
431 aa  225  1e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00212901  unclonable  0.0000339472 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3468  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  32.69 
 
 
451 aa  225  1e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000521115  normal  0.254623 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2609  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  30.25 
 
 
439 aa  225  2e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.0000112018  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1397  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  30.07 
 
 
431 aa  224  3e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00928382  unclonable  0.0000000000243576 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2436  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  33.26 
 
 
438 aa  223  4.9999999999999996e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000365967  hitchhiker  0.00491561 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1587  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  30.24 
 
 
438 aa  223  7e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000318349  unclonable  0.00000000000430527 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2791  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  30.24 
 
 
438 aa  223  7e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000898305  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2866  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  29.72 
 
 
433 aa  223  8e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0131226  normal  0.727995 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0339  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  32.47 
 
 
452 aa  222  8e-57  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000148311  normal  0.499418 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3099  long-chain fatty acid transport protein, putative  30.24 
 
 
440 aa  222  9.999999999999999e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4546  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  31.1 
 
 
432 aa  216  8e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.495383  normal  0.0136159 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2178  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  30.48 
 
 
440 aa  215  9.999999999999999e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000636439  normal  0.0847993 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3824  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  32.81 
 
 
428 aa  215  9.999999999999999e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2771  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  29.17 
 
 
434 aa  198  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000776056  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2706  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  30.75 
 
 
400 aa  178  2e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.327378  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1655  aromatic hydrocarbon degradation protein  28.06 
 
 
423 aa  176  8e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0166252  hitchhiker  0.00574559 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1313  aromatic hydrocarbon degradation protein  30.6 
 
 
429 aa  172  7.999999999999999e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1548  aromatic hydrocarbon degradation protein  29.23 
 
 
442 aa  172  1e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000033121  hitchhiker  0.00764259 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4030  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  28.41 
 
 
426 aa  171  3e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0150189  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3059  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  29.32 
 
 
442 aa  167  2e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.292585  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1767  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.27 
 
 
424 aa  167  2e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0166103  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1689  aromatic hydrocarbon degradation protein  28.31 
 
 
421 aa  167  5e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.918972  normal  0.897129 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1245  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  28.03 
 
 
421 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0947409  normal  0.253916 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1287  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  28.03 
 
 
421 aa  164  3e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.102696  normal  0.683767 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0350  aromatic hydrocarbon degradation protein  29.63 
 
 
401 aa  159  8e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000805243 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3669  aromatic hydrocarbon degradation protein  27.48 
 
 
427 aa  156  6e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.832534  normal  0.097076 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0893  outer membrane protein P1, putative  26.11 
 
 
422 aa  155  1e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.325084  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1720  outer membrane protein  26.08 
 
 
424 aa  155  1e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0182152  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2482  aromatic hydrocarbon degradation protein  26.52 
 
 
423 aa  155  1e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47540  putative outer membrane protein precursor  25.89 
 
 
424 aa  154  2e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.638983 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4102  outer membrane protein  27.14 
 
 
429 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.630925  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3092  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  28.16 
 
 
450 aa  154  2.9999999999999998e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.148936 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2658  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  28.4 
 
 
450 aa  150  5e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000308676  normal  0.803813 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3004  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.49 
 
 
450 aa  144  3e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.853487  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2013  membrane protein involved in aromatic hydrocarbon degradation  29.51 
 
 
432 aa  141  1.9999999999999998e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2596  long chain fatty acid transport protein  29.07 
 
 
405 aa  140  3e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0488563  normal  0.346925 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0068  aromatic hydrocarbon degradation protein  29.1 
 
 
417 aa  140  4.999999999999999e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.952244  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0808  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  29.3 
 
 
415 aa  140  6e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.124211  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03551  outer membrane protein  28.5 
 
 
446 aa  139  1e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1758  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.78 
 
 
430 aa  134  1.9999999999999998e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.407775  normal  0.7461 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0306  aromatic hydrocarbon degradation membrane protein  27.57 
 
 
449 aa  133  6e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00126384 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0500  aromatic hydrocarbon degradation protein  27.16 
 
 
420 aa  131  3e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>