36 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A1224 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011205  SeD_A1224  type VI secretion lipoprotein family protein  100 
 
 
177 aa  365  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.804985 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1105  type VI secretion lipoprotein, VC_A0113 family  99.44 
 
 
177 aa  362  1e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0234  type VI secretion lipoprotein  76.84 
 
 
174 aa  287  5e-77  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0240  type VI secretion lipoprotein, VC_A0113 family  76.27 
 
 
174 aa  287  6e-77  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0232  type VI secretion lipoprotein  76.27 
 
 
174 aa  285  3e-76  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0319  putative lipoprotein  48.6 
 
 
181 aa  180  1e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0392  putative lipoprotein  48.6 
 
 
181 aa  180  1e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3249  type VI secretion lipoprotein, VC_A0113 family  47.24 
 
 
173 aa  166  1e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1076  type VI secretion lipoprotein, VC_A0113 family  45.29 
 
 
174 aa  166  2e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.556943  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2801  type VI secretion lipoprotein, VC_A0113 family  45.78 
 
 
178 aa  164  5e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2523  hypothetical protein  38.24 
 
 
176 aa  134  8e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.365008  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3727  hypothetical protein  34.09 
 
 
177 aa  122  3e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.161314  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0051  hypothetical protein  35.47 
 
 
190 aa  117  1e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0025  putative lipoprotein  33.33 
 
 
158 aa  90.5  1e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.567085  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1202  hypothetical protein  28.85 
 
 
163 aa  77.4  1e-13  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0151  putative lipoprotein  28.86 
 
 
154 aa  60.1  2e-08  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0107069  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00960  putative lipoprotein  28.86 
 
 
154 aa  55.5  4e-07  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0194597  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4079  hypothetical protein  27.2 
 
 
265 aa  52.4  4e-06  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.185425  hitchhiker  0.000116946 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000013  type VI secretion lipoprotein/VasD  24.84 
 
 
151 aa  51.6  5e-06  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0637  hypothetical protein  25.64 
 
 
189 aa  52  5e-06  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.193066 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2265  putative lipoprotein  25.36 
 
 
181 aa  50.4  1e-05  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2121  hypothetical protein  25 
 
 
265 aa  48.9  4e-05  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.492075  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2808  hypothetical protein  21.94 
 
 
154 aa  48.9  4e-05  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  2.58047e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5275  hypothetical protein  26.43 
 
 
212 aa  48.1  6e-05  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.174651  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3230  hypothetical protein  26.52 
 
 
265 aa  47.8  7e-05  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0552  type VI secretion lipoprotein, VC_A0113 family  27.82 
 
 
171 aa  47.8  9e-05  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2618  hypothetical protein  27.27 
 
 
265 aa  47  0.0001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.890059  normal  0.147502 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3094  hypothetical protein  25.98 
 
 
240 aa  46.2  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0518827  normal  0.916295 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2628  hypothetical protein  25.98 
 
 
240 aa  46.2  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.189737  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2504  putative lipoprotein  26.56 
 
 
240 aa  45.8  0.0003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2770  hypothetical protein  25.2 
 
 
240 aa  45.8  0.0003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0124762  normal  0.552799 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4911  type VI secretion lipoprotein, VC_A0113 family  27.72 
 
 
210 aa  42.7  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  4.03231e-07  hitchhiker  0.009082 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2376  hypothetical protein  25 
 
 
156 aa  42  0.004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3910  hypothetical protein  29.91 
 
 
167 aa  42  0.004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.374434  normal  0.782471 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2966  hypothetical protein  25.17 
 
 
292 aa  41.6  0.005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3477  hypothetical protein  28.33 
 
 
168 aa  41.2  0.007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.95967 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>