More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A1046 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010322  PputGB1_1363  30S ribosomal protein S1  74.37 
 
 
558 aa  833  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0329116  normal  0.0187285 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1535  30S ribosomal protein S1  63.83 
 
 
555 aa  695  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00152799  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2580  30S ribosomal protein S1  94.98 
 
 
557 aa  1033  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  5.00826e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2279  30S ribosomal protein S1  83.6 
 
 
555 aa  933  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  1.33831e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1967  30S ribosomal protein S1  75.05 
 
 
559 aa  839  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2855  30S ribosomal protein S1  72.96 
 
 
560 aa  796  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  7.40795e-07  hitchhiker  2.02949e-08 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1587  30S ribosomal protein S1  68.15 
 
 
559 aa  749  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  1.13977e-07  hitchhiker  0.000457786 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3942  30S ribosomal protein S1  74.37 
 
 
558 aa  833  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.121339  normal  0.203067 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1505  30S ribosomal protein S1  84.74 
 
 
556 aa  952  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  5.98437e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02860  30S ribosomal protein S1  86.36 
 
 
556 aa  964  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1017  30S ribosomal protein S1  99.46 
 
 
557 aa  1107  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  8.48151e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1008  30S ribosomal protein S1  99.46 
 
 
557 aa  1107  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  3.83759e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1955  30S ribosomal protein S1  94.62 
 
 
557 aa  1027  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  1.32161e-06  normal  0.358522 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0642  30S ribosomal protein S1  63.83 
 
 
551 aa  695  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  2.69635e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2257  30S ribosomal protein S1  65.85 
 
 
570 aa  732  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.165537  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4724  30S ribosomal protein S1  62.38 
 
 
561 aa  720  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.271218  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2396  30S ribosomal protein S1  83.6 
 
 
555 aa  933  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  5.46021e-06  unclonable  1.33254e-05 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2073  30S ribosomal protein S1  84.32 
 
 
555 aa  925  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  7.21785e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1709  30S ribosomal protein S1  96.25 
 
 
559 aa  1052  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  4.21469e-06  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2298  30S ribosomal protein S1  83.78 
 
 
555 aa  930  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  8.79863e-07  unclonable  1.96055e-10 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1854  30S ribosomal protein S1  76.07 
 
 
560 aa  832  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.229903  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2042  30S ribosomal protein S1  84.14 
 
 
555 aa  938  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  3.89287e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2572  30S ribosomal protein S1  63.54 
 
 
570 aa  729  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.196878  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2469  30S ribosomal protein S1  62.94 
 
 
561 aa  717  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.327946  normal  0.369216 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2796  30S ribosomal protein S1  64.99 
 
 
561 aa  729  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.355849  hitchhiker  0.000269522 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3285  30S ribosomal protein S1  63.5 
 
 
561 aa  725  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.00279338  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1027  30S ribosomal protein S1  76.91 
 
 
563 aa  818  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.000294308  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3013  30S ribosomal protein S1  80.25 
 
 
556 aa  903  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  unclonable  3.48916e-06  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1736  30S ribosomal protein S1  84.86 
 
 
555 aa  946  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  9.68358e-07  hitchhiker  0.000799802 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1977  30S ribosomal protein S1  84.32 
 
 
555 aa  938  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  7.96646e-07  unclonable  1.24259e-10 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3124  30S ribosomal protein S1  61.27 
 
 
562 aa  708  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00164205  normal  0.0119703 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0563  30S ribosomal protein S1  70.43 
 
 
560 aa  774  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.647894  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2244  30S ribosomal protein S1  62.14 
 
 
571 aa  717  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.777167  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1430  30S ribosomal protein S1  97.85 
 
 
557 aa  1068  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00086358  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0500  30S ribosomal protein S1  63.47 
 
 
557 aa  738  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.170768  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1954  30S ribosomal protein S1  84.68 
 
 
555 aa  944  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  2.14666e-06  unclonable  5.23034e-06 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0201  30S ribosomal protein S1  63.54 
 
 
570 aa  729  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2945  30S ribosomal protein S1  63.54 
 
 
570 aa  729  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.855668  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2882  30S ribosomal protein S1  63.54 
 
 
570 aa  729  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0077101  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2070  30S ribosomal protein S1  83.6 
 
 
555 aa  933  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  1.32225e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0947  30S ribosomal protein S1  63.54 
 
 
570 aa  729  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.579155  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1047  30S ribosomal protein S1  63.9 
 
 
576 aa  731  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1212  ribosomal protein S1  69.43 
 
 
556 aa  783  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0374524  normal  0.207409 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1543  30S ribosomal protein S1  74.2 
 
 
558 aa  808  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.49794  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0903  ribosomal protein S1  63.48 
 
 
568 aa  708  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.055479  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2066  30S ribosomal protein S1  83.6 
 
 
555 aa  933  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  9.84925e-08  unclonable  3.76809e-12 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3035  30S ribosomal protein S1  63.96 
 
 
567 aa  738  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.00687642  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1072  30S ribosomal protein S1  99.46 
 
 
557 aa  1107  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  9.56942e-05  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2220  30S ribosomal protein S1  86.38 
 
 
557 aa  967  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000298041  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1025  ribosomal protein S1  63.48 
 
 
568 aa  708  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  unclonable  1.89842e-07  unclonable  5.88279e-11 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1046  30S ribosomal protein S1  100 
 
 
557 aa  1112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.700125  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1391  30S ribosomal protein S1  63.13 
 
 
561 aa  718  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  decreased coverage  0.00553115  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15870  30S ribosomal protein S1  75 
 
 
559 aa  843  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1614  30S ribosomal protein S1  63.13 
 
 
562 aa  716  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003020  SSU ribosomal protein S1p  86.18 
 
 
556 aa  963  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  1.13511e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1330  ribosomal protein S1  68.18 
 
 
560 aa  782  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.000364638  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2003  30S ribosomal protein S1  95.16 
 
 
565 aa  1038  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0183924  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1735  30S ribosomal protein S1  95.7 
 
 
557 aa  1044  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0109338  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2339  30S ribosomal protein S1  95.52 
 
 
569 aa  1047  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00489204  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00922  hypothetical protein  99.46 
 
 
557 aa  1107  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.750734  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2237  30S ribosomal protein S1  95.16 
 
 
557 aa  1045  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.000585516  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0850  30S ribosomal protein S1  64.83 
 
 
562 aa  738  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.334273 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0987  30S ribosomal protein S1  100 
 
 
557 aa  1112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0123742  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02120  30S ribosomal subunit protein S1  81.87 
 
 
504 aa  830  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  6.18962e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1308  30S ribosomal protein S1  63.11 
 
 
557 aa  733  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.302956  hitchhiker  3.65743e-08 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0964  30S ribosomal protein S1  60.65 
 
 
562 aa  711  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1597  30S ribosomal protein S1  67.48 
 
 
558 aa  731  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1006  30S ribosomal protein S1  63.9 
 
 
576 aa  731  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2311  30S ribosomal protein S1  84.32 
 
 
555 aa  932  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  1.5623e-06  hitchhiker  5.68585e-07 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1379  30S ribosomal protein S1  74.37 
 
 
558 aa  833  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2209  30S ribosomal protein S1  99.46 
 
 
557 aa  1107  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.000110592  normal  0.604495 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2685  30S ribosomal protein S1  99.46 
 
 
557 aa  1107  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000435893  normal  0.630998 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0927  30S ribosomal protein S1  63.72 
 
 
576 aa  731  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.722612  normal  0.700665 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1540  30S ribosomal protein S1  67.48 
 
 
558 aa  731  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0746  30S ribosomal protein S1  65.47 
 
 
589 aa  728  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.46132  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1094  30S ribosomal protein S1  100 
 
 
557 aa  1112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.613662  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1079  30S ribosomal protein S1  100 
 
 
557 aa  1112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0828489 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1014  30S ribosomal protein S1  100 
 
 
557 aa  1112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.535746  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1646  30S ribosomal protein S1  68.98 
 
 
561 aa  740  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.563909  normal  0.099465 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00891  30S ribosomal protein S1  69.17 
 
 
561 aa  747  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0317797  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0779  30S ribosomal protein S1  64.64 
 
 
562 aa  736  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0110313 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3001  30S ribosomal protein S1  65.66 
 
 
577 aa  728  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.213018  hitchhiker  0.00787891 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2417  30S ribosomal protein S1  99.46 
 
 
557 aa  1107  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  5.60944e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2668  30S ribosomal protein S1  94.98 
 
 
557 aa  1033  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  1.12537e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0927  30S ribosomal protein S1  65.26 
 
 
569 aa  743  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  3.0887e-07  normal  0.340595 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0255  30S ribosomal protein S1  80.07 
 
 
558 aa  922  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0579142  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2993  30S ribosomal protein S1  63.54 
 
 
570 aa  729  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4072  30S ribosomal protein S1  73.92 
 
 
561 aa  825  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  5.37264e-05  normal  0.0653757 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0956  30S ribosomal protein S1  64.84 
 
 
573 aa  717  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  1.4577e-07  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2569  30S ribosomal protein S1  66.16 
 
 
564 aa  740  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1280  30S ribosomal protein S1  66.35 
 
 
559 aa  730  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0113187  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0568  30S ribosomal protein S1  63.9 
 
 
570 aa  731  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.742386  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1494  30S ribosomal protein S1  69.87 
 
 
563 aa  738  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  8.05481e-08  normal  0.784704 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0180  30S ribosomal protein S1  70.24 
 
 
561 aa  777  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  7.62655e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3642  30S ribosomal protein S1  75.14 
 
 
563 aa  815  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0546866  normal  0.793215 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0722  30S ribosomal protein S1  66.35 
 
 
564 aa  742  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.151231  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1673  30S ribosomal protein S1  69.87 
 
 
563 aa  738  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  4.6796e-05  normal  0.385935 
 
 
 
NC_007510  Bcep18194_A4160  30S ribosomal protein S1  63.72 
 
 
570 aa  730  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1071  30S ribosomal protein S1  65.26 
 
 
569 aa  743  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  3.19804e-06  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2137  30S ribosomal protein S1  77.21 
 
 
560 aa  820  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000133883  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>