More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A0603 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_00486  predicted integrase  84.75 
 
 		 387 aa  690    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0603  prophage DLP12 integrase  100 
 
 		 387 aa  795    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.591827  normal  0.109932 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0600  prophage DLP12 integrase  96.9 
 
 		 387 aa  776    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000371504 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00491  hypothetical protein  84.75 
 
 		 387 aa  690    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0366  site-specific recombinase, phage integrase family  71.28 
 
 		 387 aa  593  1e-168  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.529105  hitchhiker  0.00000000819042 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0996  phage integrase family protein  60.47 
 
 		 387 aa  503  1e-141  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000294682 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0770  phage integrase family protein  63.4 
 
 		 387 aa  492  9.999999999999999e-139  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.17567  normal  0.038003 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0290  integrase  69.84 
 
 		 324 aa  472  1e-132  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0955438  normal  0.658855 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3128  integrase family protein  58.42 
 
 		 384 aa  468  1.0000000000000001e-131  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.169868  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0272  phage integrase family site specific recombinase  52.63 
 
 		 386 aa  424  1e-118  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0995  site-specific recombinase, phage integrase family  40.56 
 
 		 349 aa  288  8e-77  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  unclonable  0.00503137  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3005  phage integrase family site specific recombinase  39.52 
 
 		 369 aa  252  8.000000000000001e-66  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3070  prophage DLP12 integrase  39.52 
 
 		 369 aa  252  8.000000000000001e-66  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1532  phage integrase family site specific recombinase  39.52 
 
 		 369 aa  252  8.000000000000001e-66  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3300  phage integrase family site specific recombinase  39.52 
 
 		 369 aa  252  8.000000000000001e-66  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.248425  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0165  integrase family protein  38.32 
 
 		 369 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1037  Phage integrase  35.95 
 
 		 338 aa  229  5e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0832  Phage integrase  36.24 
 
 		 341 aa  227  2e-58  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1092  phage integrase  36.45 
 
 		 276 aa  206  7e-52  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.00970061  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1126  phage integrase family protein  28.49 
 
 		 367 aa  140  3e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.665365  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2069  phage integrase  29.89 
 
 		 359 aa  129  1.0000000000000001e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.244007  hitchhiker  0.000737798 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0710  Integrase protein  27.87 
 
 		 343 aa  125  1e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5334  integrase family protein  28.23 
 
 		 354 aa  119  6e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5317  integrase family protein  28.23 
 
 		 354 aa  119  6e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3986  phage integrase family site specific recombinase  36.69 
 
 		 172 aa  114  3e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2123  hypothetical protein  32 
 
 		 353 aa  112  1.0000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6626  putative prophage integrase  27.7 
 
 		 386 aa  108  2e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.351385 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3274  phage integrase family site specific recombinase  37.11 
 
 		 159 aa  108  2e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5143  phage integrase family site specific recombinase  28.91 
 
 		 404 aa  107  5e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0463539  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0046  Phage integrase  30.56 
 
 		 251 aa  105  1e-21  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.380307  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0548  hypothetical protein  26.76 
 
 		 334 aa  100  6e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.271041 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1428  integrase family protein  29.25 
 
 		 421 aa  99  1e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1723  prophage DLP12 integrase  50 
 
 		 128 aa  98.6  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.241784  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1546  prophage DLP12 integrase  50 
 
 		 128 aa  98.6  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3048  integrase family protein  28.62 
 
 		 374 aa  97.4  4e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3565  phage integrase family protein  30.34 
 
 		 402 aa  96.3  7e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000473566  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0847  integrase family protein  27.92 
 
 		 374 aa  95.1  2e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.136673  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1281  integrase family protein  27.45 
 
 		 429 aa  95.1  2e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0441454  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2312  hypothetical protein  25.27 
 
 		 364 aa  94.4  3e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0438  hypothetical protein  28.5 
 
 		 337 aa  94.4  3e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0287  site-specific recombinase, phage integrase family  35.48 
 
 		 412 aa  94  5e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0399  phage integrase family protein  27.24 
 
 		 337 aa  93.6  6e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1525  phage integrase family site specific recombinase  47.87 
 
 		 132 aa  93.2  7e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1111  phage integrase family protein  26.77 
 
 		 329 aa  93.2  7e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.30334  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3561  Phage integrase  30.99 
 
 		 275 aa  92  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3904  phage integrase family site specific recombinase  65.57 
 
 		 122 aa  91.7  2e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.908319  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2847  phage integrase  27.62 
 
 		 366 aa  90.9  4e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2854  integrase family protein  31.86 
 
 		 351 aa  90.1  5e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.820272 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0636  integrase family protein  27.14 
 
 		 397 aa  90.1  5e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00117125  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1456  integrase family protein  25.44 
 
 		 337 aa  89.7  7e-17  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.699839  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003284  integrase  24.09 
 
 		 401 aa  88.6  2e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009705  YpsIP31758_B0022  shufflon-specific DNA recombinase  24.66 
 
 		 375 aa  87.8  3e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3201  integrase family protein  32.27 
 
 		 351 aa  87.4  3e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.689071 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0639  integrase family protein  27.27 
 
 		 374 aa  87.4  3e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.988788  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7637  integrase family protein  26.75 
 
 		 425 aa  87.4  4e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0194  phage integrase  25.79 
 
 		 333 aa  87.4  4e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.334318  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1633  phage integrase  28.11 
 
 		 362 aa  87  5e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2661  phage integrase  31.82 
 
 		 347 aa  87  5e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0679447  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0446  phage integrase family protein  31.82 
 
 		 347 aa  87  5e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.286621  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0335  phage integrase family protein  25.75 
 
 		 356 aa  85.9  0.000000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.224886 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1679  phage integrase family site specific recombinase  24.93 
 
 		 356 aa  84.7  0.000000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.229259  normal  0.0687632 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0292  phage integrase family protein  24.3 
 
 		 354 aa  85.1  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3980  phage integrase family protein  25.86 
 
 		 365 aa  84.3  0.000000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.356268  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0776  phage integrase  25.74 
 
 		 334 aa  84  0.000000000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.228831  normal  0.0322595 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2964  phage integrase  26.94 
 
 		 387 aa  83.6  0.000000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.187641  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0969  integrase family protein  29.28 
 
 		 348 aa  83.6  0.000000000000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.23183  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2002  phage integrase  35.03 
 
 		 188 aa  83.2  0.000000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1796  Phage integrase  25.62 
 
 		 390 aa  82.8  0.000000000000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7273  integrase family protein  25.76 
 
 		 380 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.488643  normal  0.163849 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0322  phage integrase family protein  26.2 
 
 		 379 aa  82.4  0.00000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.00211784  n/a   
 
 
-
 
NC_011081  SeHA_A0108  shufflon-specific DNA recombinase  30.32 
 
 		 395 aa  82.4  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3654  Phage integrase  28.7 
 
 		 340 aa  81.6  0.00000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000207497  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3903  phage integrase family site specific recombinase  52.17 
 
 		 99 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.823274  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3730  integrase family protein  22.9 
 
 		 381 aa  82  0.00000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000165595  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1554  putative integrase/recombinase protein  31.39 
 
 		 354 aa  81.3  0.00000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2157  phage integrase  28.03 
 
 		 363 aa  80.1  0.00000000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0421336  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2809  integrase family protein  26.91 
 
 		 338 aa  80.1  0.00000000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2794  integrase family protein  29.78 
 
 		 330 aa  79.7  0.00000000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3662  integrase family protein  23.97 
 
 		 389 aa  79  0.0000000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000552191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3213  integrase family protein  30.45 
 
 		 388 aa  79  0.0000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0495  integrase family protein  27.39 
 
 		 328 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.701129  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3132  phage integrase family site specific recombinase  28.12 
 
 		 222 aa  77.8  0.0000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1037  phage integrase family protein  31.39 
 
 		 372 aa  77.8  0.0000000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.197081  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0089  phage integrase family protein  28.4 
 
 		 400 aa  76.3  0.0000000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0831  Phage integrase  28.72 
 
 		 400 aa  75.1  0.000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00496745  hitchhiker  0.00000971423 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3949  site-specific recombinase, phage integrase family  27.43 
 
 		 347 aa  74.7  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0244166  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5518  integrase family protein  26.48 
 
 		 477 aa  74.3  0.000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0834932  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1247  putative phage related integrase  23.51 
 
 		 434 aa  74.3  0.000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.578843 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3514  phage integrase family protein  26.32 
 
 		 336 aa  73.9  0.000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.123025  normal  0.0375273 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2499  phage integrase family protein  31.55 
 
 		 381 aa  73.6  0.000000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.005662  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3398  phage integrase family site specific recombinase  29.65 
 
 		 407 aa  73.6  0.000000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0535  site-specific recombinase, phage integrase family  27.12 
 
 		 413 aa  72.8  0.000000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2393  phage integrase family site specific recombinase  23.61 
 
 		 412 aa  72.8  0.00000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.682709  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1337  integrase family protein  26.36 
 
 		 392 aa  72.4  0.00000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0155558  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1808  phage integrase family site specific recombinase  27.78 
 
 		 352 aa  72.8  0.00000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.595703  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6962  integrase family protein  25.76 
 
 		 327 aa  72.4  0.00000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3783  integrase family protein  24.01 
 
 		 334 aa  72.8  0.00000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3921  phage integrase family protein  27.31 
 
 		 327 aa  72.8  0.00000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.470105  hitchhiker  0.00183347 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2307  integrase family protein  27.31 
 
 		 335 aa  72  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.109793  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3122  phage integrase family protein  31.84 
 
 		 393 aa  71.6  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>