More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A0415 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_00328  D-alanylalanine synthetase  89.29 
 
 		 364 aa  677    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3227  D-alanine/D-alanine ligase  89.29 
 
 		 364 aa  677    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0476  D-alanyl-alanine synthetase A  99.73 
 
 		 364 aa  748    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0453  D-alanyl-alanine synthetase A  89.29 
 
 		 364 aa  677    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0422  D-alanyl-alanine synthetase A  99.45 
 
 		 364 aa  746    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.947692  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3251  D-alanyl-alanine synthetase A  89.29 
 
 		 364 aa  677    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.10036 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0406  D-alanyl-alanine synthetase A  89.29 
 
 		 364 aa  677    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0416  D-alanyl-alanine synthetase A  99.45 
 
 		 364 aa  746    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.532787  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0447  D-alanyl-alanine synthetase A  89.29 
 
 		 364 aa  677    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0415  D-alanyl-alanine synthetase A  100 
 
 		 364 aa  749    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.335332  normal  0.0242928 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0410  D-alanyl-alanine synthetase A  89.29 
 
 		 364 aa  677    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0434  D-alanyl-alanine synthetase A  99.45 
 
 		 364 aa  746    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0552987  normal  0.545444 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0298  D-alanyl-alanine synthetase A  89.01 
 
 		 364 aa  676    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0850  D-alanyl-alanine synthetase A  82.14 
 
 		 366 aa  618  1e-176  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.237365 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3243  D-alanine/D-alanine ligase  69.23 
 
 		 366 aa  543  1e-153  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3345  D-alanine/D-alanine ligase  69.23 
 
 		 366 aa  537  1e-151  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1367  D-alanine--D-alanine ligase  70.05 
 
 		 367 aa  534  1e-150  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0173  D-alanyl-alanine synthetase A  63.74 
 
 		 364 aa  479  1e-134  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0388  D-ala D-ala ligase  63.48 
 
 		 375 aa  473  1e-132  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.822373  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02772  D-alanyl-alanine synthetase A  62.33 
 
 		 369 aa  462  1e-129  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3919  D-alanyl-alanine synthetase A  58.84 
 
 		 363 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.27971  normal  0.219568 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4182  D-alanine--D-alanine ligase  58.5 
 
 		 363 aa  449  1e-125  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.512251  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4592  D-alanine--D-alanine ligase  46.58 
 
 		 393 aa  331  9e-90  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.79248  normal  0.646635 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1636  D-alanine/D-alanine ligase  44.09 
 
 		 383 aa  320  1.9999999999999998e-86  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0107  D-alanyl-alanine synthetase A  44.84 
 
 		 375 aa  314  1.9999999999999998e-84  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0129798  hitchhiker  0.000000000349499 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1603  D-alanine/D-alanine ligase  42.7 
 
 		 362 aa  314  1.9999999999999998e-84  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2721  D-alanyl-alanine synthetase A  45.8 
 
 		 361 aa  313  2.9999999999999996e-84  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0289964  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0011  D-alanine--D-alanine ligase  43.48 
 
 		 365 aa  313  3.9999999999999997e-84  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.133339  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0232  D-alanyl-alanine synthetase A  43.9 
 
 		 362 aa  312  4.999999999999999e-84  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5065  D-alanyl-alanine synthetase A  42.93 
 
 		 361 aa  311  2e-83  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.250957  normal  0.846892 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3791  D-alanine--D-alanine ligase  43.48 
 
 		 370 aa  310  2.9999999999999997e-83  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.100262  normal  0.807199 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0260  D-alanyl-alanine synthetase A  43.09 
 
 		 361 aa  310  2.9999999999999997e-83  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.649407  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2120  D-alanyl-alanine synthetase A  43.7 
 
 		 356 aa  309  5.9999999999999995e-83  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.183623  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2158  D-alanyl-alanine synthetase A  43.7 
 
 		 356 aa  309  5.9999999999999995e-83  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0283  D-alanyl-alanine synthetase A  45.33 
 
 		 376 aa  308  6.999999999999999e-83  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0108652  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0203  D-alanyl-alanine synthetase A  43.77 
 
 		 364 aa  308  9e-83  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0265  D-alanyl-alanine synthetase A  42.93 
 
 		 361 aa  307  1.0000000000000001e-82  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1271  D-alanyl-alanine synthetase A  44.41 
 
 		 353 aa  308  1.0000000000000001e-82  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.537127  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1232  D-alanyl-alanine synthetase A  44.41 
 
 		 366 aa  308  1.0000000000000001e-82  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0514331  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0610  D-alanyl-alanine synthetase A  42.02 
 
 		 359 aa  307  2.0000000000000002e-82  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0279  D-alanyl-alanine synthetase A  42.93 
 
 		 361 aa  307  2.0000000000000002e-82  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0257  D-alanyl-alanine synthetase A  43.01 
 
 		 361 aa  306  3e-82  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0217  D-alanyl-alanine synthetase A  43.01 
 
 		 361 aa  306  3e-82  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0219  D-alanyl-alanine synthetase A  43.01 
 
 		 361 aa  306  3e-82  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2101  D-alanyl-alanine synthetase A  45.53 
 
 		 357 aa  304  1.0000000000000001e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0423676 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1084  D-alanyl-alanine synthetase A  44.05 
 
 		 367 aa  304  1.0000000000000001e-81  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2039  D-alanyl-alanine synthetase A  41.3 
 
 		 364 aa  303  2.0000000000000002e-81  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000143922  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1090  D-alanine--D-alanine ligase  43.53 
 
 		 371 aa  304  2.0000000000000002e-81  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3354  D-alanyl-alanine synthetase A  45.75 
 
 		 351 aa  302  5.000000000000001e-81  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2342  D-alanyl-alanine synthetase A  44.26 
 
 		 358 aa  301  1e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.958781 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0223  D-alanyl-alanine synthetase A  42.12 
 
 		 362 aa  301  1e-80  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10770  D-alanine--D-alanine ligase  45.19 
 
 		 376 aa  300  2e-80  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.309547  normal  0.44685 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1938  D-alanyl-alanine synthetase A  42.39 
 
 		 376 aa  298  9e-80  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00320777  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1680  D-alanine/D-alanine ligase  43.65 
 
 		 389 aa  298  1e-79  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.344983  hitchhiker  0.00583012 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2763  D-alanyl-alanine synthetase A  44.93 
 
 		 351 aa  297  2e-79  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.118485  hitchhiker  0.00665374 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1427  D-alanyl-alanine synthetase A  44.2 
 
 		 373 aa  296  4e-79  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0104  D-alanyl-alanine synthetase A  44.38 
 
 		 352 aa  295  6e-79  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0436954 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3506  D-alanine--D-alanine ligase  42.15 
 
 		 361 aa  295  9e-79  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.109153  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0360  D-alanyl-alanine synthetase A  43.67 
 
 		 367 aa  295  1e-78  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4217  D-alanyl-alanine synthetase A  42.55 
 
 		 366 aa  295  1e-78  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.494789 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1690  D-alanyl-alanine synthetase A  42.18 
 
 		 357 aa  293  4e-78  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.820491  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1490  D-alanyl-alanine synthetase A  43.92 
 
 		 372 aa  292  5e-78  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0477  D-alanyl-alanine synthetase A  40 
 
 		 378 aa  292  5e-78  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000107455  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1595  D-alanyl-alanine synthetase A  44.15 
 
 		 372 aa  292  6e-78  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0878073  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2310  D-alanine/D-alanine ligase  43.9 
 
 		 389 aa  292  7e-78  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0189199  hitchhiker  0.00305681 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08980  D-alanine--D-alanine ligase  43.14 
 
 		 343 aa  292  7e-78  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5374  D-alanyl-alanine synthetase A  45.96 
 
 		 367 aa  291  1e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0896032 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1929  D-alanyl-alanine synthetase A  44.81 
 
 		 371 aa  291  1e-77  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1975  D-alanyl-alanine synthetase A  44.81 
 
 		 371 aa  291  1e-77  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.916646  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2285  D-alanine/D-alanine ligase  42.74 
 
 		 377 aa  290  2e-77  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.249142  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1909  D-alanyl-alanine synthetase A  44.69 
 
 		 371 aa  291  2e-77  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.667964  normal  0.68001 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2514  D-alanyl-alanine synthetase A  43.9 
 
 		 382 aa  290  3e-77  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.94876  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5988  D-alanyl-alanine synthetase A  42.54 
 
 		 355 aa  289  4e-77  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2143  D-alanyl-alanine synthetase A  43.32 
 
 		 367 aa  286  2.9999999999999996e-76  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.233091  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0337  D-alanine/D-alanine ligase  45.45 
 
 		 322 aa  286  5e-76  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1272  D-alanine--D-alanine ligase  41.99 
 
 		 368 aa  285  8e-76  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.390278  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1631  D-alanyl-alanine synthetase A  41.92 
 
 		 360 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2251  D-alanyl-alanine synthetase A  42.35 
 
 		 382 aa  283  4.0000000000000003e-75  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000796375 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1233  D-ala D-ala ligase N-terminal domain protein  41.32 
 
 		 380 aa  283  4.0000000000000003e-75  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000148623 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08790  D-alanine--D-alanine ligase  42.42 
 
 		 379 aa  283  4.0000000000000003e-75  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0347411  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4219  D-alanyl-alanine synthetase A  42.12 
 
 		 367 aa  283  5.000000000000001e-75  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.899986  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0272  D-alanine/D-alanine ligase  42.23 
 
 		 351 aa  281  1e-74  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.472493  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0922  D-alanyl-alanine synthetase A  44.44 
 
 		 382 aa  280  2e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.160134 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3291  D-alanine--D-alanine ligase  42.23 
 
 		 373 aa  280  3e-74  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.304475  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1112  D-alanyl-alanine synthetase A  40.85 
 
 		 395 aa  279  5e-74  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0905  D-alanyl-alanine synthetase A  41.69 
 
 		 360 aa  278  9e-74  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3609  D-alanyl-alanine synthetase A  42.67 
 
 		 383 aa  277  2e-73  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12996  D-alanyl-alanine synthetase A  44.82 
 
 		 373 aa  277  2e-73  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00428062  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8008  D-alanine--D-alanine ligase  40.72 
 
 		 369 aa  276  4e-73  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2385  D-alanyl-alanine synthetase A  39.95 
 
 		 368 aa  274  1.0000000000000001e-72  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2792  D-alanine/D-alanine ligase  42.48 
 
 		 386 aa  275  1.0000000000000001e-72  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.349975  normal  0.237488 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2121  D-alanyl-alanine synthetase A  41.23 
 
 		 339 aa  273  3e-72  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11160  D-alanine--D-alanine ligase  41.07 
 
 		 400 aa  272  8.000000000000001e-72  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0940695  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0661  D-alanine/D-alanine ligase  42.42 
 
 		 324 aa  271  1e-71  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.435945  normal  0.336706 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1162  D-alanine--D-alanine ligase  40.62 
 
 		 360 aa  271  1e-71  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000524603 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2841  D-alanine/D-alanine ligase  42.78 
 
 		 362 aa  271  2e-71  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1199  D-alanyl-alanine synthetase A  41.83 
 
 		 349 aa  270  2.9999999999999997e-71  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2375  D-alanyl-alanine synthetase A  42.58 
 
 		 347 aa  270  2.9999999999999997e-71  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.875604  normal  0.964847 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1130  D-alanyl-alanine synthetase A  42.5 
 
 		 367 aa  268  8.999999999999999e-71  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.177002 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2665  D-alanyl-alanine synthetase A  40.16 
 
 		 364 aa  268  1e-70  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>