More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A0239 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011080  SNSL254_A0239  elongation factor Ts  100 
 
 
283 aa  562  1e-159  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.62558 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0242  elongation factor Ts  100 
 
 
283 aa  562  1e-159  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0255  elongation factor Ts  100 
 
 
283 aa  562  1e-159  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0239  elongation factor Ts  100 
 
 
283 aa  562  1e-159  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.637528  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0257  elongation factor Ts  99.65 
 
 
283 aa  561  1e-159  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0428296  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0181  elongation factor Ts  96.47 
 
 
283 aa  546  1e-154  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0337912  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00167  hypothetical protein  96.47 
 
 
283 aa  546  1e-154  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00987131  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0174  elongation factor Ts  96.47 
 
 
283 aa  546  1e-154  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0152981  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0172  elongation factor Ts  96.47 
 
 
283 aa  546  1e-154  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.403994  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0163  elongation factor Ts  96.47 
 
 
283 aa  546  1e-154  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00406817  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3490  elongation factor Ts  96.47 
 
 
283 aa  546  1e-154  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.126778  normal  0.506395 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00168  elongation factor Ts  96.47 
 
 
283 aa  546  1e-154  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0115413  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0180  elongation factor Ts  96.47 
 
 
283 aa  546  1e-154  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00454958  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3433  translation elongation factor Ts  96.47 
 
 
283 aa  546  1e-154  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0243528  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0708  elongation factor Ts  94.35 
 
 
283 aa  535  1e-151  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0168239  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3359  elongation factor Ts  93.64 
 
 
283 aa  530  1e-149  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.461306  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0942  elongation factor Ts  93.64 
 
 
283 aa  530  1e-149  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00345216  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3789  elongation factor Ts  92.23 
 
 
283 aa  523  1e-147  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00180508 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3434  elongation factor Ts  76.49 
 
 
285 aa  444  1e-123  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  4.83484e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1014  elongation factor Ts  76.49 
 
 
285 aa  444  1e-123  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.40304e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3164  elongation factor Ts  76.84 
 
 
285 aa  442  1e-123  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.347737  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1067  elongation factor Ts  76.49 
 
 
285 aa  444  1e-123  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0055688  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2980  elongation factor Ts  75.09 
 
 
285 aa  436  1e-121  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.340847  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1089  elongation factor Ts  70.71 
 
 
283 aa  394  1e-108  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0664105  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01373  elongation factor Ts  65.84 
 
 
290 aa  367  1e-100  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000291458  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1554  elongation factor Ts  66.55 
 
 
282 aa  358  8e-98  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1140  elongation factor Ts  71.9 
 
 
283 aa  354  1e-96  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  1.33846e-07  normal  0.110772 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1250  elongation factor Ts  64.73 
 
 
290 aa  352  4e-96  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03236  elongation factor Ts  71.28 
 
 
281 aa  346  3e-94  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2634  elongation factor Ts  71 
 
 
282 aa  342  5e-93  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  5.54469e-07  normal  0.227391 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1555  elongation factor Ts  70.63 
 
 
283 aa  342  5e-93  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  8.49908e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1850  elongation factor Ts  69.89 
 
 
280 aa  340  2e-92  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  4.27669e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2884  elongation factor Ts  70.63 
 
 
303 aa  338  7e-92  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  3.3426e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2426  elongation factor Ts  66.67 
 
 
282 aa  337  1e-91  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00181853  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2707  elongation factor Ts  69.89 
 
 
283 aa  337  2e-91  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  1.89418e-06  normal  0.0108139 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2640  elongation factor Ts  69.89 
 
 
283 aa  337  2e-91  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  2.4092e-07  normal  0.161673 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2814  elongation factor Ts  69.89 
 
 
283 aa  337  2e-91  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  2.81155e-08  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1630  elongation factor Ts  69.89 
 
 
283 aa  335  4e-91  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3280  elongation factor Ts  69.52 
 
 
282 aa  333  1e-90  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000141167  hitchhiker  7.39911e-05 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1271  elongation factor Ts  69.14 
 
 
283 aa  332  3e-90  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  2.59112e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3160  elongation factor Ts  68.77 
 
 
282 aa  332  6e-90  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  9.47375e-05  normal  0.213818 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1349  elongation factor Ts  68.4 
 
 
283 aa  329  3e-89  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  2.81434e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002747  translation elongation factor Ts  70.21 
 
 
281 aa  325  6e-88  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  9.73884e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2975  translation elongation factor Ts  60.36 
 
 
292 aa  323  2e-87  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1446  elongation factor Ts  68.77 
 
 
283 aa  317  2e-85  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  1.03615e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1451  elongation factor Ts  68.77 
 
 
283 aa  317  2e-85  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  1.75062e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2901  elongation factor Ts  68.77 
 
 
283 aa  317  2e-85  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  3.44412e-08  normal  0.175279 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1482  elongation factor Ts  68.77 
 
 
283 aa  317  2e-85  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  1.12791e-07  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0528  translation elongation factor Ts  50.54 
 
 
280 aa  306  3e-82  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.101205  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38980  elongation factor Ts  57.25 
 
 
289 aa  298  6e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1344  elongation factor Ts  58.21 
 
 
287 aa  296  2e-79  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.483596 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1535  translation elongation factor Ts  58.21 
 
 
287 aa  295  4e-79  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3052  elongation factor Ts  55.84 
 
 
287 aa  293  2e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.204992  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1496  translation elongation factor Ts  52.8 
 
 
289 aa  290  2e-77  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1102  elongation factor Ts  57.14 
 
 
287 aa  289  3e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.433956  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1592  elongation factor Ts  56.57 
 
 
287 aa  288  5e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.767126  normal  0.635775 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4185  elongation factor Ts  56.57 
 
 
287 aa  288  6e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1147  elongation factor Ts  56.57 
 
 
287 aa  287  1e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4081  elongation factor Ts  56.57 
 
 
287 aa  288  1e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.356848 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1160  elongation factor Ts  53.63 
 
 
293 aa  286  3e-76  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0559  elongation factor Ts  54.48 
 
 
292 aa  286  3e-76  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0031589 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0564  translation elongation factor Ts (EF-Ts)  53.29 
 
 
289 aa  283  2e-75  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1273  elongation factor Ts  54.74 
 
 
286 aa  276  3e-73  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00309579  normal  0.676189 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0809  elongation factor Ts  52.07 
 
 
294 aa  275  4e-73  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.333937  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1678  elongation factor Ts  52.78 
 
 
292 aa  275  8e-73  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0390  elongation factor Ts  54.61 
 
 
294 aa  274  1e-72  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.432291  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1862  elongation factor Ts  51.72 
 
 
292 aa  274  2e-72  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.981206  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1453  translation elongation factor Ts  52.41 
 
 
292 aa  273  3e-72  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.358895  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1672  elongation factor Ts  52.43 
 
 
292 aa  272  4e-72  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0351  elongation factor Ts  53.9 
 
 
294 aa  271  9e-72  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.556574  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1484  elongation factor Ts  55.43 
 
 
289 aa  267  1e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.113842  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17070  elongation factor Ts  55.43 
 
 
289 aa  267  1e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2596  elongation factor Ts  53.45 
 
 
290 aa  265  7e-70  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.526378  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1544  elongation factor Ts  53.1 
 
 
296 aa  265  7e-70  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0609  elongation factor Ts  53.1 
 
 
296 aa  265  7e-70  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  decreased coverage  0.00638051  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0568  elongation factor Ts  52.92 
 
 
293 aa  261  1e-68  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.011982  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2547  elongation factor Ts  53.62 
 
 
306 aa  261  1e-68  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1465  elongation factor Ts  50.52 
 
 
291 aa  260  2e-68  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.456181  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1549  elongation factor Ts  51.41 
 
 
291 aa  259  5e-68  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.406336 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1161  elongation factor Ts  50.69 
 
 
292 aa  257  1e-67  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.899352 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1445  elongation factor Ts  50.69 
 
 
292 aa  257  1e-67  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0721565  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2150  elongation factor Ts  51.41 
 
 
292 aa  257  2e-67  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0274457  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2305  elongation factor Ts  48.97 
 
 
291 aa  256  3e-67  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.427266  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2065  elongation factor Ts  51.06 
 
 
292 aa  253  2e-66  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0658  elongation factor Ts  50.17 
 
 
302 aa  253  2e-66  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1211  elongation factor Ts  49.82 
 
 
291 aa  251  8e-66  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1284  elongation factor Ts  50.18 
 
 
294 aa  248  8e-65  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  1.49192e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01131  elongation factor Ts  49.65 
 
 
292 aa  248  1e-64  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.179274  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3725  elongation factor Ts  49.13 
 
 
296 aa  246  3e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.689523  normal  0.208993 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1265  elongation factor Ts  51.4 
 
 
291 aa  239  4e-62  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.898186  normal  0.638362 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1258  elongation factor Ts  49.1 
 
 
293 aa  238  6e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.363945  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1529  elongation factor Ts  48.75 
 
 
291 aa  238  1e-61  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  4.39027e-05  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1841  translation elongation factor Ts (EF-Ts)  46.28 
 
 
303 aa  233  2e-60  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.844303 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1337  elongation factor Ts  48.39 
 
 
293 aa  233  3e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.16021  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2028  elongation factor Ts  48.03 
 
 
293 aa  231  7e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1327  elongation factor Ts  48.03 
 
 
293 aa  231  1e-59  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.15011  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2492  elongation factor Ts  48.03 
 
 
293 aa  231  1e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2436  elongation factor Ts  48.03 
 
 
293 aa  231  1e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.224396  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2055  elongation factor Ts  48.03 
 
 
293 aa  231  1e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0787286  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3256  elongation factor Ts  48.03 
 
 
294 aa  231  1e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>