More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A0206 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_00148  penicillin-binding protein 1b  90.77 
 
 
841 aa  1472    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3453  penicillin-binding protein 1B  90.2 
 
 
844 aa  1464    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.9649  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0207  penicillin-binding protein 1b  99.88 
 
 
840 aa  1717    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2602  penicillin-binding protein transpeptidase  48.38 
 
 
791 aa  698    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.809187  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002568  multimodular transpeptidase-transglycosylase  49.26 
 
 
790 aa  714    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3510  penicillin-binding protein 1b  89.85 
 
 
844 aa  1469    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.933967  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0689  penicillin-binding protein 1b  88.19 
 
 
841 aa  1456    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.50279 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0140  penicillin-binding protein 1b  91.36 
 
 
840 aa  1469    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0206  penicillin-binding protein 1b  100 
 
 
840 aa  1719    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0160  penicillin-binding protein 1b  90.08 
 
 
844 aa  1462    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1168  penicillin-binding protein 1b  70.05 
 
 
826 aa  1187    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0222  penicillin-binding protein 1b  99.76 
 
 
840 aa  1715    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0131  penicillin-binding protein 1B  49.28 
 
 
777 aa  704    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3463  penicillin-binding protein 1b  67.96 
 
 
826 aa  1160    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.995661  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00147  hypothetical protein  90.77 
 
 
841 aa  1472    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0218  penicillin-binding protein 1b  99.76 
 
 
840 aa  1715    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0153  penicillin-binding protein 1b  90.2 
 
 
844 aa  1464    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.267501  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3981  penicillin-binding protein 1b  70.82 
 
 
836 aa  1165    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.289458  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03443  hypothetical protein  49.27 
 
 
796 aa  718    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1036  penicillin-binding protein 1b  67.97 
 
 
833 aa  1154    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.970019  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0158  penicillin-binding protein 1b  90.32 
 
 
844 aa  1466    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0152  penicillin-binding protein 1b  90.2 
 
 
844 aa  1464    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.94433  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0225  penicillin-binding protein 1b  99.88 
 
 
840 aa  1717    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0825  penicillin-binding protein 1B  49.14 
 
 
754 aa  728    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.524532  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3334  penicillin-binding protein 1b  67.96 
 
 
826 aa  1159    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2815  penicillin-binding protein 1b  71.04 
 
 
827 aa  1141    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.692041  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3110  penicillin-binding protein 1b  68.99 
 
 
826 aa  1167    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1000  penicillin-binding protein 1b  68.46 
 
 
824 aa  1174    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2971  peptidoglycan glycosyltransferase  45.64 
 
 
779 aa  622  1e-177  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0489  penicillin-binding protein 1B  45.08 
 
 
781 aa  607  9.999999999999999e-173  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.290067  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0633  penicillin-binding protein 1B  43.35 
 
 
768 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0656  penicillin-binding protein 1B  43.25 
 
 
779 aa  605  1.0000000000000001e-171  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0705  penicillin-binding protein 1B  44.68 
 
 
790 aa  600  1e-170  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.559633  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3270  penicillin-binding protein 1B  42.06 
 
 
766 aa  600  1e-170  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0623  penicillin-binding protein 1B  43.39 
 
 
764 aa  599  1e-170  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.494369 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3164  penicillin-binding protein 1B  42.91 
 
 
768 aa  596  1e-169  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0624  penicillin-binding protein 1B  43.12 
 
 
764 aa  598  1e-169  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3406  penicillin-binding protein 1B  43.12 
 
 
764 aa  596  1e-169  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3894  peptidoglycan glycosyltransferase  44.62 
 
 
787 aa  589  1e-167  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3792  penicillin-binding protein 1B  44.4 
 
 
790 aa  587  1e-166  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.692226  decreased coverage  0.000000907679 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3123  penicillin-binding protein 1B  42.65 
 
 
789 aa  581  1e-164  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  unclonable  0.00000774308 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3685  penicillin-binding protein 1B  42.65 
 
 
774 aa  579  1e-164  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3742  penicillin-binding protein 1B  42.52 
 
 
791 aa  576  1.0000000000000001e-163  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3868  penicillin-binding protein 1B  42.52 
 
 
774 aa  577  1.0000000000000001e-163  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0583  penicillin-binding protein 1B  42.38 
 
 
774 aa  575  1.0000000000000001e-163  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5415  penicillin-binding protein 1B  43.66 
 
 
775 aa  554  1e-156  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62200  penicillin-binding protein 1B  40.95 
 
 
774 aa  550  1e-155  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.379753 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0596  penicillin-binding protein 1B  43.17 
 
 
730 aa  545  1e-154  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1002  penicillin-binding protein 1B  39.64 
 
 
772 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000067337 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00472  penicillin-binding protein 1B  39.97 
 
 
742 aa  536  1e-151  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4792  penicillin-binding protein 1B  42.06 
 
 
774 aa  535  1e-151  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000464587  hitchhiker  0.000389854 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4683  penicillin-binding protein 1B  39.49 
 
 
773 aa  530  1e-149  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000305505 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0751  penicillin-binding protein 1B  39 
 
 
773 aa  530  1e-149  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.288465  hitchhiker  0.0000000000686308 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4547  penicillin-binding protein 1B  39.27 
 
 
773 aa  530  1e-149  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.428177  hitchhiker  0.00000222687 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42560  penicillin-binding protein 1B  43.06 
 
 
780 aa  528  1e-148  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4681  penicillin-binding protein 1B  41.28 
 
 
773 aa  527  1e-148  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0467702  hitchhiker  0.00000000000605496 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0842  peptidoglycan glycosyltransferase  40.81 
 
 
773 aa  522  1e-147  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000122469 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0977  penicillin-binding protein  40.14 
 
 
773 aa  520  1e-146  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0441683  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0650  penicillin-binding protein 1B  40.62 
 
 
830 aa  521  1e-146  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4301  penicillin-binding protein  40.23 
 
 
769 aa  519  1.0000000000000001e-145  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.33062  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1297  penicillin-binding protein 1B  39.53 
 
 
780 aa  515  1e-144  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2557  peptidoglycan synthetase; penicillin-binding protein 1B  38.75 
 
 
778 aa  512  1e-143  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  0.00000000000000207966  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1154  penicillin-binding protein 1B  42.74 
 
 
776 aa  502  1e-140  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1672  penicillin-binding protein, putative  38.43 
 
 
759 aa  499  1e-139  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1407  penicillin-binding protein 1B  43.09 
 
 
748 aa  497  1e-139  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0297434  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0679  penicillin-binding protein 1B  40.49 
 
 
772 aa  495  9.999999999999999e-139  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.963541  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2163  penicillin-binding protein 1B  40.78 
 
 
732 aa  483  1e-135  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0825  Mutator MutT  38.73 
 
 
777 aa  481  1e-134  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00304949  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1620  penicillin-binding protein 1B  37.75 
 
 
881 aa  479  1e-133  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000878907  unclonable  0.000000000879141 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1646  penicillin-binding protein 1B  38.85 
 
 
827 aa  476  1e-133  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.201466  hitchhiker  0.00102238 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1468  penicillin-binding protein transpeptidase domain-containing protein  38.29 
 
 
827 aa  473  1e-132  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.614381  unclonable  0.0000024056 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1239  peptidoglycan glycosyltransferase  38.66 
 
 
766 aa  420  1e-116  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.191968  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3095  penicillin-binding protein 1B  36.64 
 
 
813 aa  417  9.999999999999999e-116  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.911918 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01595  penicillin-binding protein 1B  35.24 
 
 
814 aa  408  1.0000000000000001e-112  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1899  penicillin-binding protein 1B  35.93 
 
 
792 aa  400  9.999999999999999e-111  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1965  peptidoglycan glycosyltransferase  36.16 
 
 
792 aa  395  1e-108  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0290  1A family penicillin-binding protein  35.4 
 
 
757 aa  381  1e-104  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0908  1A family penicillin-binding protein  30.87 
 
 
766 aa  327  8.000000000000001e-88  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1065  penicillin-binding protein 1A  29.81 
 
 
890 aa  296  8e-79  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.375339  normal  0.670591 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2066  1A family penicillin-binding protein  34.93 
 
 
640 aa  287  5.999999999999999e-76  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1056  penicillin-binding protein, 1A family  35.94 
 
 
751 aa  278  3e-73  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0983  penicillin-binding protein 1A (PBP-1a) (PBP1a) (penicillin-bindingprotein A)  31.99 
 
 
638 aa  274  4.0000000000000004e-72  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3673  penicillin-binding protein 1A  34.37 
 
 
679 aa  274  5.000000000000001e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.52133  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1696  penicillin-binding protein, 1A family  34.21 
 
 
761 aa  273  9e-72  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.235679  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3992  bifunctional peptidoglycan glycosyl transferase/transpeptidase  34.34 
 
 
687 aa  273  1e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.155009  normal  0.126986 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0220  penicillin-binding protein, 1A family  34.91 
 
 
643 aa  272  2e-71  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2571  penicillin-binding protein 1A  34.77 
 
 
625 aa  272  2e-71  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.558946  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0217  penicillin-binding protein, 1A family  34.91 
 
 
643 aa  272  2e-71  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.380595  hitchhiker  0.00649941 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0926  penicillin-binding protein 1A  34.03 
 
 
640 aa  269  1e-70  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0921  penicillin-binding protein  30.42 
 
 
649 aa  270  1e-70  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2535  penicillin-binding protein, 1A family  34.91 
 
 
643 aa  268  2e-70  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0048  succinate dehydrogenase, iron-sulfur protein subunit  31.98 
 
 
642 aa  268  2.9999999999999995e-70  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0615  penicillin-binding protein 1A  33.45 
 
 
643 aa  268  5e-70  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0536  penicillin-binding protein 1A  33.45 
 
 
643 aa  268  5e-70  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0131  1A family penicillin-binding protein  31.94 
 
 
770 aa  266  1e-69  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1662  penicillin-binding protein, 1A family  31.85 
 
 
641 aa  265  3e-69  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0230807  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05690  penicillin-binding protein, 1A family  32.92 
 
 
806 aa  264  4e-69  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3502  penicillin-binding protein, 1A family  31.05 
 
 
701 aa  264  4.999999999999999e-69  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.114695  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4831  1A family penicillin-binding protein  33.45 
 
 
709 aa  264  6e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.982435 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5438  1A family penicillin-binding protein  33.45 
 
 
709 aa  263  6.999999999999999e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.899041 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>