More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A0200 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_00142  poly(A) polymerase I  91.35 
 
 		 454 aa  793    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00002208  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3459  poly(A) polymerase  91.35 
 
 		 454 aa  794    Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000537308  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0218  poly(A) polymerase I  99.77 
 
 		 454 aa  900    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000474344  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3516  poly(A) polymerase I  91.35 
 
 		 465 aa  793    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00000476175  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0212  poly(A) polymerase I  99.31 
 
 		 437 aa  894    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00291988  normal  0.692878 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0201  poly(A) polymerase I  99.77 
 
 		 437 aa  898    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.000171206  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3987  poly(A) polymerase I  81.82 
 
 		 505 aa  711    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000599452  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0147  poly(A) polymerase I  91.11 
 
 		 454 aa  792    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000759631  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0134  poly(A) polymerase I  91.35 
 
 		 454 aa  794    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000109672  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0683  poly(A) polymerase I  88.19 
 
 		 437 aa  767    Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.000000190798  normal  0.448758 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2821  poly(A) polymerase I  78.18 
 
 		 449 aa  696    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00527466  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3116  poly(A) polymerase I  78.71 
 
 		 482 aa  710    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000129404  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0152  poly(A) polymerase I  91.35 
 
 		 454 aa  794    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000005693  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0216  poly(A) polymerase I  99.54 
 
 		 437 aa  897    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.000405641  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00141  hypothetical protein  91.35 
 
 		 465 aa  793    Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0000170376  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3470  poly(A) polymerase I  79.71 
 
 		 491 aa  704    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000268944  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3340  poly(A) polymerase I  79.71 
 
 		 491 aa  704    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  1.71757e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0146  poly(A) polymerase I  91.11 
 
 		 454 aa  792    Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  4.2681200000000003e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0154  poly(A) polymerase I  91.35 
 
 		 454 aa  794    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000110744  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1162  poly(A) polymerase I  77.99 
 
 		 482 aa  705    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000172758  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0200  poly(A) polymerase I  100 
 
 		 437 aa  899    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.0000820079  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1008  poly(A) polymerase I  79.71 
 
 		 440 aa  702    Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000170509  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002563  poly(A) polymerase  60.63 
 
 		 453 aa  535  1e-151  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000329901  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0125  polyA polymerase  57.74 
 
 		 457 aa  537  1e-151  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000172768  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03448  nucleotidyltransferase/poly(A) polymerase  59.42 
 
 		 462 aa  531  1e-150  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2607  poly(A) polymerase (plasmid copy number protein)  58.66 
 
 		 441 aa  533  1e-150  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000156252  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0870  poly(A) polymerase  58.04 
 
 		 513 aa  505  9.999999999999999e-143  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000796933  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0872  polyA polymerase  58.54 
 
 		 438 aa  507  9.999999999999999e-143  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0882  poly(A) polymerase  58.04 
 
 		 513 aa  504  9.999999999999999e-143  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000307041  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0847  poly(A) polymerase  58.04 
 
 		 513 aa  505  9.999999999999999e-143  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000196187  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3130  poly(A) polymerase  58.29 
 
 		 494 aa  506  9.999999999999999e-143  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000172182  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3492  poly(A) polymerase  58.48 
 
 		 450 aa  503  1e-141  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000092007  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0728  poly(A) polymerase  58.23 
 
 		 435 aa  502  1e-141  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000577304  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4310  polyA polymerase  58.56 
 
 		 474 aa  501  1e-140  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0696  poly(A) polymerase  57.47 
 
 		 434 aa  498  1e-139  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000117677  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3294  poly(A) polymerase  57.72 
 
 		 435 aa  497  1e-139  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000608896  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3406  poly(A) polymerase  57.72 
 
 		 435 aa  498  1e-139  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000031653  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0582  poly(A) polymerase  55.26 
 
 		 459 aa  496  1e-139  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03548  poly(A) polymerase I  56.73 
 
 		 439 aa  493  9.999999999999999e-139  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.339485  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3131  poly(A) polymerase  55.37 
 
 		 480 aa  489  1e-137  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000115831  normal  0.0863023 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3172  poly(A) polymerase  54.31 
 
 		 449 aa  485  1e-136  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000541948  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0778  tRNA nucleotidyltransferase (CCA-adding enzyme)  58.81 
 
 		 424 aa  485  1e-136  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000683144  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3935  poly(A) polymerase  56.63 
 
 		 415 aa  484  1e-135  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000967164  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3901  polynucleotide adenylyltransferase  55.78 
 
 		 496 aa  484  1e-135  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000197413  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3800  poly(A) polymerase  53.86 
 
 		 421 aa  473  1e-132  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000630801  hitchhiker  0.000152208 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1024  poly(A) polymerase  53.27 
 
 		 457 aa  471  1.0000000000000001e-131  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0228  poly(A) polymerase  64.24 
 
 		 349 aa  462  1e-129  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0945359  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0562  poly(A) polymerase  53.4 
 
 		 479 aa  443  1e-123  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.057959  hitchhiker  0.000000459725 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0882  Polynucleotide adenylyltransferase  51.46 
 
 		 465 aa  430  1e-119  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0669  poly(A) polymerase  54 
 
 		 455 aa  427  1e-118  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.598779  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1528  poly(A) polymerase  49.29 
 
 		 484 aa  424  1e-117  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000410456  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2046  poly(A) polymerase  51.83 
 
 		 461 aa  422  1e-117  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1515  poly(A) polymerase  51.08 
 
 		 461 aa  416  9.999999999999999e-116  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0267914  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1495  Poly(A) polymerase (PAP) (plasmid copy number protein)  49.39 
 
 		 423 aa  412  1e-114  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1488  Poly(A) polymerase (PAP) (plasmid copy number protein)  49.39 
 
 		 423 aa  412  1e-114  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4014  poly(A) polymerase  49.77 
 
 		 484 aa  414  1e-114  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0546071  normal  0.868909 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05829  poly(A) polymerase (PAP) (Plasmid copy number protein)  51.37 
 
 		 455 aa  408  1e-113  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.832163  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3063  poly(A) polymerase  51.07 
 
 		 473 aa  409  1e-113  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5444  poly(A) polymerase  50.47 
 
 		 467 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62560  poly(A) polymerase  50.59 
 
 		 467 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.804873  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42690  polynucleotide adenylyltransferase; PcnB  50.97 
 
 		 463 aa  399  9.999999999999999e-111  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.881175  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2312  polyA polymerase  51.87 
 
 		 438 aa  401  9.999999999999999e-111  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.049056  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4697  poly(A) polymerase  48.03 
 
 		 460 aa  395  1e-109  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.233553  hitchhiker  0.0000455164 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4562  poly(A) polymerase  48.26 
 
 		 460 aa  397  1e-109  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00263697 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0736  poly(A) polymerase  48.39 
 
 		 462 aa  395  1e-109  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000305046 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4696  poly(A) polymerase  47.48 
 
 		 462 aa  392  1e-108  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000724393 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0963  poly(A) polymerase  47.05 
 
 		 467 aa  393  1e-108  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0830  Poly(A) polymerase  47.9 
 
 		 491 aa  394  1e-108  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.715876  hitchhiker  0.000411869 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0171  poly(A) polymerase  50.63 
 
 		 394 aa  392  1e-108  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0195  polynucleotide adenyltransferase  50.63 
 
 		 421 aa  393  1e-108  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4809  Poly(A) polymerase, PcnB  47.27 
 
 		 466 aa  391  1e-107  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0814505  normal  0.0275687 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3376  poly(A) polymerase  48.05 
 
 		 443 aa  391  1e-107  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000000000590256  normal  0.326432 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3590  poly(A) polymerase  48.92 
 
 		 463 aa  391  1e-107  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.787264 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0390  poly(A) polymerase  46.25 
 
 		 439 aa  386  1e-106  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0179793  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1795  poly(A) polymerase  46.25 
 
 		 439 aa  386  1e-106  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.649421  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0883  Poly(A) polymerase, PcnB  52.25 
 
 		 401 aa  382  1e-105  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0632296  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0677  poly(A) polymerase  52.66 
 
 		 411 aa  385  1e-105  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.34665  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1451  poly(A) polymerase  48.88 
 
 		 497 aa  373  1e-102  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.584195  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1775  polyA polymerase  48.75 
 
 		 477 aa  373  1e-102  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0882  poly(A) polymerase  46.7 
 
 		 471 aa  367  1e-100  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2050  poly(A) polymerase, PcnB  47.13 
 
 		 462 aa  364  2e-99  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.187335 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0600  poly(A) polymerase  47.17 
 
 		 452 aa  361  2e-98  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.400634 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3278  poly(A) polymerase  49.16 
 
 		 353 aa  358  9.999999999999999e-98  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00466966  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2862  poly(A) polymerase  43.02 
 
 		 521 aa  350  3e-95  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.658276  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2914  poly(A) polymerase  44.08 
 
 		 529 aa  350  4e-95  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2456  poly(A) polymerase  43.02 
 
 		 520 aa  349  5e-95  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2777  Poly(A) polymerase, PcnB  44.21 
 
 		 509 aa  347  2e-94  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0701742  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0744  poly(A) polymerase  46.21 
 
 		 529 aa  343  2.9999999999999997e-93  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0495763  normal  0.506624 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2627  polynucleotide adenylyltransferase protein  45.08 
 
 		 514 aa  341  1e-92  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0857566  normal  0.147493 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2627  poly(A) polymerase  44.99 
 
 		 512 aa  340  2e-92  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3955  Poly(A) polymerase  45.85 
 
 		 529 aa  341  2e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0305826 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2762  poly(A) polymerase  42.58 
 
 		 456 aa  336  3.9999999999999995e-91  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.860721  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3271  poly(A) polymerase  45.43 
 
 		 515 aa  335  1e-90  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.264957  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2320  polyA polymerase  45.43 
 
 		 515 aa  335  1e-90  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3845  Poly(A) polymerase, PcnB  45.41 
 
 		 512 aa  335  1e-90  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.723142  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0292  poly(A) polymerase  44.2 
 
 		 454 aa  335  1e-90  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000565888  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2199  poly(A) polymerase  45.43 
 
 		 515 aa  335  1e-90  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.968524  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0507  polyA polymerase  45.43 
 
 		 515 aa  335  1e-90  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1092  polyA polymerase  45.43 
 
 		 515 aa  335  1e-90  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3304  poly(A) polymerase  45.43 
 
 		 515 aa  335  1e-90  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>