More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A0108 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011080  SNSL254_A0111  DNA-binding transcriptional regulator AraC  100 
 
 
281 aa  586  1e-166  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.311813 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0115  DNA-binding transcriptional regulator AraC  99.64 
 
 
281 aa  584  1e-166  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0115  DNA-binding transcriptional regulator AraC  100 
 
 
281 aa  586  1e-166  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.839696  normal  0.0929131 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0110  DNA-binding transcriptional regulator AraC  100 
 
 
281 aa  586  1e-166  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.234129 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0108  DNA-binding transcriptional regulator AraC  100 
 
 
281 aa  586  1e-166  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0069  DNA-binding transcriptional regulator AraC  92.53 
 
 
309 aa  553  1e-156  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0056  DNA-binding transcriptional regulator AraC  92.53 
 
 
292 aa  551  1e-156  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0066  DNA-binding transcriptional regulator AraC  92.53 
 
 
292 aa  552  1e-156  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0068  DNA-binding transcriptional regulator AraC  92.53 
 
 
292 aa  552  1e-156  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3535  transcriptional regulator, AraC family  92.53 
 
 
292 aa  552  1e-156  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3593  DNA-binding transcriptional regulator AraC  92.53 
 
 
292 aa  552  1e-156  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.50445  hitchhiker  3.16606e-07 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00065  hypothetical protein  92.53 
 
 
292 aa  552  1e-156  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00066  DNA-binding transcriptional dual regulator  92.53 
 
 
292 aa  552  1e-156  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0066  DNA-binding transcriptional regulator AraC  92.53 
 
 
281 aa  550  1e-155  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.269311  normal  0.445846 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0611  DNA-binding transcriptional regulator AraC  87.54 
 
 
280 aa  520  1e-146  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.88985  normal  0.0110602 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2332  DNA-binding transcriptional regulator AraC  58.33 
 
 
310 aa  320  1e-86  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0890796  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2032  DNA-binding transcriptional regulator AraC  57.97 
 
 
310 aa  319  3e-86  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.527693  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1909  DNA-binding transcriptional regulator AraC  57.25 
 
 
314 aa  317  2e-85  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1996  DNA-binding transcriptional regulator AraC  57.19 
 
 
310 aa  316  3e-85  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1882  DNA-binding transcriptional regulator AraC  57.19 
 
 
310 aa  316  3e-85  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2248  DNA-binding transcriptional regulator AraC  57.61 
 
 
305 aa  315  4e-85  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  2.11757e-05 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2146  DNA-binding transcriptional regulator AraC  56.88 
 
 
316 aa  313  3e-84  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2264  DNA-binding transcriptional regulator AraC  56.83 
 
 
310 aa  311  7e-84  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3197  DNA-binding transcriptional regulator AraC  51.88 
 
 
325 aa  298  7e-80  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0504834 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2634  DNA-binding transcriptional regulator AraC  40.29 
 
 
294 aa  222  5e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0029  DNA-binding transcriptional regulator AraC  38.46 
 
 
242 aa  183  2e-45  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.773429  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29140  response regulator containing CheY-like receiver domain and AraC-type DNA-binding domain  34.96 
 
 
279 aa  130  2e-29  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0474  AraC family transcriptional regulator  26.94 
 
 
284 aa  97.4  2e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0125  transcriptional regulator, AraC family  29.63 
 
 
288 aa  92.4  7e-18  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0066  transcriptional regulator, AraC family  26.29 
 
 
286 aa  89.7  4e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0353  MSM (multiple sugar metabolism) operon regulatory protein  27.53 
 
 
301 aa  87  3e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2134  AraC protein, arabinose-binding/dimerisation  28.76 
 
 
306 aa  83.2  4e-15  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2113  two component transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 
538 aa  81.6  1e-14  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.141697  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0936  transcriptional regulator, AraC family  32.32 
 
 
289 aa  81.6  1e-14  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.352467  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3869  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  25.82 
 
 
298 aa  79.7  6e-14  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.604271  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0990  transcriptional regulator, AraC family  30.14 
 
 
779 aa  78.6  1e-13  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0579  two component AraC family transcriptional regulator  35.66 
 
 
531 aa  78.2  1e-13  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0937  transcriptional regulator, AraC family  35.64 
 
 
291 aa  78.2  2e-13  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.440102  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37180  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  28.75 
 
 
297 aa  77  3e-13  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0600  two component transcriptional regulator, AraC family  29.28 
 
 
546 aa  76.6  4e-13  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3170  transcriptional regulator, AraC family  35.92 
 
 
332 aa  76.6  4e-13  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.777646  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15370  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  33.85 
 
 
415 aa  76.3  6e-13  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1172  AraC family DNA-binding response regulator  35.35 
 
 
250 aa  75.9  7e-13  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.409048  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0399  response regulator receiver protein  34.34 
 
 
365 aa  75.9  7e-13  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2786  AraC family transcriptional regulator  38 
 
 
411 aa  74.7  1e-12  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.173826  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2206  regulatory protein PocR  37.5 
 
 
303 aa  74.7  1e-12  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.742166  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1228  two component transcriptional regulator, AraC family  30.08 
 
 
532 aa  74.7  2e-12  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0692  transcriptional regulator, AraC family  24.28 
 
 
287 aa  74.3  2e-12  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3518  transcriptional regulator, AraC family  27.04 
 
 
275 aa  74.3  2e-12  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.630647 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2259  regulatory protein PocR  37.5 
 
 
303 aa  74.7  2e-12  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.746184  normal  0.221956 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2213  regulatory protein PocR  37.5 
 
 
303 aa  74.7  2e-12  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.639643  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2159  regulatory protein PocR  37.5 
 
 
303 aa  74.7  2e-12  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.385139  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2372  regulatory protein PocR  37.5 
 
 
303 aa  74.7  2e-12  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.740068  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6795  transcriptional regulator, AraC family  39.22 
 
 
306 aa  73.9  2e-12  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.312804  hitchhiker  3.09577e-06 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2284  transcriptional regulator, AraC family  25.1 
 
 
274 aa  74.3  2e-12  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2718  two component transcriptional regulator, AraC family  34.26 
 
 
259 aa  74.3  2e-12  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1809  transcriptional regulator, AraC family  24.49 
 
 
273 aa  73.6  3e-12  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  7.29156e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0427  AraC family transcriptional regulator  37.23 
 
 
331 aa  73.6  4e-12  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.459699  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0149  AraC family transcriptional regulator  37.23 
 
 
331 aa  73.6  4e-12  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.511163  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1003  DNA-binding response regulator  33.33 
 
 
250 aa  73.6  4e-12  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1205  AraC family transcriptional regulator  38.3 
 
 
440 aa  73.6  4e-12  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.909691  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1151  AraC family transcriptional regulator  37.23 
 
 
342 aa  73.6  4e-12  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0648007  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2277  regulatory protein PocR  36.54 
 
 
304 aa  73.2  4e-12  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000774305  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1411  AraC family transcriptional regulator  37.23 
 
 
337 aa  73.2  4e-12  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.439169  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1497  AraC family transcription regulator  37.23 
 
 
337 aa  73.2  5e-12  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.141505  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6000  transcriptional regulator, AraC family  29.27 
 
 
278 aa  72.8  6e-12  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0013  AraC family transcriptional regulator  37.23 
 
 
485 aa  72.8  6e-12  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.344073  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1189  AraC family transcriptional regulator  37.23 
 
 
550 aa  72.4  7e-12  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.459992  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  38.78 
 
 
318 aa  72.4  9e-12  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4562  AraC family transcriptional regulator  28.06 
 
 
409 aa  71.6  1e-11  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00627934  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0224  response regulator receiver protein  27.97 
 
 
537 aa  72  1e-11  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4969  transcriptional regulator, AraC family  28.06 
 
 
409 aa  71.6  1e-11  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  32.64 
 
 
1201 aa  72  1e-11  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1958  response regulator receiver protein  34.34 
 
 
530 aa  70.9  2e-11  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000471781  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2113  two component AraC family transcriptional regulator  33.07 
 
 
548 aa  70.5  3e-11  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1165  AraC family transcriptional regulator  25.42 
 
 
278 aa  70.5  3e-11  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  38 
 
 
513 aa  70.5  3e-11  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1509  transcriptional regulator, AraC family  24.9 
 
 
272 aa  70.5  3e-11  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0092  helix-turn-helix domain-containing protein  22.45 
 
 
745 aa  70.1  4e-11  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0089  helix-turn-helix domain-containing protein  22.45 
 
 
745 aa  70.1  4e-11  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0765  AraC family transcriptional regulator  26.86 
 
 
279 aa  69.7  5e-11  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.448457  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4578  AraC family transcriptional regulator  27.34 
 
 
409 aa  69.7  5e-11  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0591899  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00160  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  29.46 
 
 
311 aa  69.7  6e-11  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  34.31 
 
 
331 aa  69.3  7e-11  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5603  AraC family transcriptional regulator  31.07 
 
 
409 aa  69.3  7e-11  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2104  transcriptional regulator, AraC family  28.35 
 
 
298 aa  68.9  8e-11  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.244646 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3657  AraC family transcriptional regulator  37.21 
 
 
430 aa  68.9  8e-11  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316455  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1388  AraC family transcriptional regulator  35.11 
 
 
336 aa  68.9  9e-11  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00534804  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0975  transcriptional regulator, AraC family  29.73 
 
 
271 aa  68.9  9e-11  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0091  AraC family transcriptional regulator  34.92 
 
 
278 aa  68.9  1e-10  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2101  putative DNA-binding protein  25.95 
 
 
286 aa  68.2  1e-10  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.326102  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0749  lactose operon transcriptional activator  25.82 
 
 
279 aa  68.9  1e-10  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0693788  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0983  helix-turn-helix domain-containing protein  35.64 
 
 
295 aa  68.6  1e-10  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4153  transcriptional regulator, AraC family  23.74 
 
 
309 aa  68.6  1e-10  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.24804 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1394  two component AraC family transcriptional regulator  32.08 
 
 
523 aa  68.6  1e-10  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0042226  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51400  transcriptional regulator AraC family  26.42 
 
 
310 aa  68.2  2e-10  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3156  two component transcriptional regulator, AraC family  33.02 
 
 
515 aa  67.8  2e-10  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.949308  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0920  AraC family transcriptional regulator  24.84 
 
 
313 aa  67.4  2e-10  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0175793  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3619  transcriptional regulator, AraC family  33.54 
 
 
340 aa  67.8  2e-10  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.425647 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2110  transcriptional regulator, AraC family  31.31 
 
 
185 aa  67.4  2e-10  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.695339  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>