More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A0077 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_00041  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  83.75 
 
 		 522 aa  901    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3562  AMP-dependent synthetase and ligase  84.53 
 
 		 517 aa  911    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0079  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  99.61 
 
 		 517 aa  1081    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.187597  normal  0.982419 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3618  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  84.72 
 
 		 505 aa  887    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.221467 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0038  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  84.14 
 
 		 517 aa  911    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.565789  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0077  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  100 
 
 		 517 aa  1084    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0041  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  84.14 
 
 		 522 aa  908    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0075  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  99.23 
 
 		 517 aa  1076    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00040  hypothetical protein  83.75 
 
 		 522 aa  901    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0078  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  98.84 
 
 		 517 aa  1073    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0041  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  83.56 
 
 		 517 aa  907    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0075  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  99.61 
 
 		 517 aa  1082    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.672086  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0039  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  83.95 
 
 		 522 aa  907    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0576  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  54.05 
 
 		 516 aa  605  9.999999999999999e-173  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3226  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  54.16 
 
 		 517 aa  593  1e-168  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4035  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  52.13 
 
 		 517 aa  588  1e-167  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.948769  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2673  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  51.92 
 
 		 518 aa  560  1e-158  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1832  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  47.55 
 
 		 537 aa  536  1e-151  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  0.603335 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  35.19 
 
 		 520 aa  286  5.999999999999999e-76  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0832  AMP-dependent synthetase and ligase  35.87 
 
 		 551 aa  285  1.0000000000000001e-75  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  34.29 
 
 		 525 aa  281  2e-74  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2688  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33 
 
 		 534 aa  280  4e-74  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.204709  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2709  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  33.06 
 
 		 534 aa  280  5e-74  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.710965  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.86 
 
 		 514 aa  274  2.0000000000000002e-72  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0100  AMP-dependent synthetase and ligase  33.2 
 
 		 519 aa  265  2e-69  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1667  AMP-dependent synthetase and ligase  33.86 
 
 		 528 aa  261  2e-68  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.295548 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  32.08 
 
 		 512 aa  259  7e-68  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33180  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  31.85 
 
 		 509 aa  259  1e-67  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0193282  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.02 
 
 		 512 aa  258  1e-67  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4238  AMP-dependent synthetase and ligase  33.33 
 
 		 527 aa  258  2e-67  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2757  putative crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  33 
 
 		 538 aa  257  3e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.679806  normal  0.462941 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  31.69 
 
 		 521 aa  255  2.0000000000000002e-66  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0840  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.33 
 
 		 510 aa  254  3e-66  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1193  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.42 
 
 		 510 aa  253  5.000000000000001e-66  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1003  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.73 
 
 		 510 aa  253  5.000000000000001e-66  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1250  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.42 
 
 		 510 aa  253  5.000000000000001e-66  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1019  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.42 
 
 		 510 aa  253  6e-66  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1091  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.42 
 
 		 510 aa  253  6e-66  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1169  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.23 
 
 		 510 aa  252  1e-65  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1006  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.23 
 
 		 510 aa  251  2e-65  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1864  AMP-dependent synthetase and ligase  31.34 
 
 		 506 aa  251  2e-65  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1123  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.84 
 
 		 510 aa  251  3e-65  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1062  AMP-dependent synthetase and ligase  32.28 
 
 		 490 aa  251  3e-65  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0978563  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2432  AMP-dependent synthetase and ligase  33.15 
 
 		 508 aa  250  4e-65  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4183  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.65 
 
 		 510 aa  250  5e-65  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.341045  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4354  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.93 
 
 		 561 aa  249  6e-65  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.180837  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1008  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.65 
 
 		 510 aa  250  6e-65  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3258  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  33.73 
 
 		 545 aa  248  1e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.15308  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4335  AMP-dependent synthetase and ligase  33.52 
 
 		 521 aa  248  1e-64  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.153441  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5038  AMP-dependent synthetase and ligase  31.72 
 
 		 520 aa  248  2e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0503  AMP-dependent synthetase and ligase  31.23 
 
 		 492 aa  247  3e-64  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4379  AMP-dependent synthetase and ligase  34.06 
 
 		 506 aa  247  4e-64  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.177409 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3798  AMP-dependent synthetase and ligase  32.51 
 
 		 499 aa  246  4.9999999999999997e-64  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3987  AMP-dependent synthetase and ligase  32.88 
 
 		 662 aa  246  9.999999999999999e-64  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2158  putative long-chain-fatty-acid-CoA ligase  30.91 
 
 		 515 aa  243  7.999999999999999e-63  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4261  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.19 
 
 		 563 aa  241  2e-62  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1803  AMP-dependent synthetase and ligase  29.77 
 
 		 539 aa  241  2e-62  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4634  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.5 
 
 		 582 aa  240  5e-62  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.188142  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4616  AMP-dependent synthetase and ligase  33.8 
 
 		 518 aa  240  5e-62  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.892742  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4273  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.81 
 
 		 563 aa  239  8e-62  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4653  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30 
 
 		 561 aa  239  1e-61  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3215  O-succinylbenzoate-CoA ligase  34.06 
 
 		 517 aa  239  1e-61  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0554015  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3204  O-succinylbenzoate-CoA ligase  34.06 
 
 		 517 aa  239  1e-61  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.716175  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3266  O-succinylbenzoate-CoA ligase  34.06 
 
 		 517 aa  239  1e-61  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.10141  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7864  ATP-dependent AMP-binding family protein  31.09 
 
 		 524 aa  238  2e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4654  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.81 
 
 		 561 aa  238  2e-61  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0601  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.94 
 
 		 561 aa  238  2e-61  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2963  AMP-dependent synthetase and ligase  29.64 
 
 		 551 aa  238  2e-61  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000191926  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4702  AMP-dependent synthetase and ligase  31.48 
 
 		 506 aa  238  2e-61  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3455  AMP-dependent synthetase and ligase  30.13 
 
 		 583 aa  238  3e-61  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3794  AMP-dependent synthetase and ligase  30.83 
 
 		 552 aa  236  6e-61  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1581  AMP-dependent synthetase and ligase  30.13 
 
 		 518 aa  236  1.0000000000000001e-60  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0255292  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4422  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.63 
 
 		 563 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.841946  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4763  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.63 
 
 		 563 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.491645  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4638  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.63 
 
 		 582 aa  234  2.0000000000000002e-60  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7687  long-chain-fatty-acid-CoA-ligase  31.27 
 
 		 500 aa  234  3e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1650  AMP-binding domain protein  30.77 
 
 		 549 aa  234  4.0000000000000004e-60  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2474  AMP-dependent synthetase and ligase  31.17 
 
 		 522 aa  234  4.0000000000000004e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1884  AMP-dependent synthetase and ligase  30.68 
 
 		 495 aa  234  4.0000000000000004e-60  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3226  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.09 
 
 		 561 aa  233  5e-60  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3514  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.46 
 
 		 525 aa  232  1e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.270509  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1508  crotonobetaine/carnitine-CoA ligase  33.04 
 
 		 535 aa  232  1e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4826  AMP-dependent synthetase and ligase  31.98 
 
 		 520 aa  231  2e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0178748  normal  0.551416 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0265  AMP-dependent synthetase and ligase  29.96 
 
 		 512 aa  231  3e-59  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.73102  normal  0.999121 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3565  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.75 
 
 		 526 aa  230  4e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.011282  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4939  AMP-dependent synthetase and ligase  33.26 
 
 		 517 aa  230  4e-59  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.296689  normal  0.234323 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0108  AMP-dependent synthetase and ligase  30.78 
 
 		 569 aa  229  7e-59  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.824706  normal  0.320607 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3345  AMP-dependent synthetase and ligase  30.38 
 
 		 577 aa  229  9e-59  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.305311  hitchhiker  0.00000703503 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7147  AMP-dependent synthetase and ligase  31.26 
 
 		 511 aa  229  9e-59  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0152334 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5079  AMP-dependent synthetase and ligase  31.7 
 
 		 511 aa  229  1e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.11462  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1498  AMP-dependent synthetase and ligase  29.35 
 
 		 531 aa  229  1e-58  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2453  AMP-dependent synthetase and ligase  29.55 
 
 		 544 aa  229  1e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2563  AMP-binding domain protein  30.21 
 
 		 549 aa  228  2e-58  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.45341e-16 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3040  long-chain acyl-CoA synthetase  29.47 
 
 		 518 aa  228  2e-58  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4415  AMP-dependent synthetase and ligase  30 
 
 		 527 aa  228  2e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.805378  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0682  AMP-dependent synthetase and ligase  30.21 
 
 		 530 aa  228  2e-58  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1865  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.32 
 
 		 519 aa  227  4e-58  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.975513  normal  0.637576 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  30.56 
 
 		 520 aa  226  6e-58  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.504179  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1103  AMP-binding domain protein  29.27 
 
 		 552 aa  226  8e-58  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2924  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.2 
 
 		 526 aa  225  1e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.42655 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>