More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A0060 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009997  Sbal195_1126  oxaloacetate decarboxylase  62.9 
 
 		 607 aa  759    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3712  oxaloacetate decarboxylase  100 
 
 		 590 aa  1200    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0085  oxaloacetate decarboxylase  65.43 
 
 		 597 aa  772    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0260292  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0894  oxaloacetate decarboxylase  94.92 
 
 		 589 aa  1090    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2480  oxaloacetate decarboxylase  63.24 
 
 		 598 aa  768    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0060  oxaloacetate decarboxylase  100 
 
 		 590 aa  1200    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.580433  normal  0.307421 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1049  oxaloacetate decarboxylase  61.15 
 
 		 592 aa  735    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3336  oxaloacetate decarboxylase  62 
 
 		 602 aa  766    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000131691 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0831  oxaloacetate decarboxylase  95.94 
 
 		 591 aa  1110    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.977578  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3615  oxaloacetate decarboxylase  96.78 
 
 		 589 aa  1147    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.472152  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1092  oxaloacetate decarboxylase  63.07 
 
 		 607 aa  754    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3650  oxaloacetate decarboxylase  93.1 
 
 		 594 aa  1100    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1030  oxaloacetate decarboxylase  63.7 
 
 		 608 aa  758    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0059  oxaloacetate decarboxylase  96.79 
 
 		 591 aa  1142    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.265333  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03491  oxaloacetate decarboxylase  65.71 
 
 		 593 aa  779    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0862  oxaloacetate decarboxylase  98.98 
 
 		 590 aa  1192    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0639  oxaloacetate decarboxylase  65.66 
 
 		 595 aa  766    Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0060  oxaloacetate decarboxylase  96.45 
 
 		 591 aa  1136    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.653336 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1025  oxaloacetate decarboxylase  63.91 
 
 		 606 aa  767    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3544  oxaloacetate decarboxylase  96.1 
 
 		 589 aa  1138    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1220  oxaloacetate decarboxylase  63.38 
 
 		 601 aa  767    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0185712  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0062  oxaloacetate decarboxylase  97.29 
 
 		 588 aa  1146    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3623  oxaloacetate decarboxylase  65.15 
 
 		 599 aa  797    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00192901  decreased coverage  0.000000118523 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1306  oxaloacetate decarboxylase  63.51 
 
 		 596 aa  761    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00193568  normal  0.0412594 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0693  oxaloacetate decarboxylase  63.88 
 
 		 602 aa  761    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1321  oxaloacetate decarboxylase  63.39 
 
 		 604 aa  766    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0140986 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1454  oxaloacetate decarboxylase  61.08 
 
 		 690 aa  707    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.583175  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002525  oxaloacetate decarboxylase alpha chain  65.99 
 
 		 594 aa  789    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.450431  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3012  oxaloacetate decarboxylase  64.08 
 
 		 596 aa  759    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.930079  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0202  oxaloacetate decarboxylase  75.84 
 
 		 599 aa  932    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2986  oxaloacetate decarboxylase  62.35 
 
 		 611 aa  755    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.657693 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3068  oxaloacetate decarboxylase  62.02 
 
 		 611 aa  749    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.515821 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1066  oxaloacetate decarboxylase  64.02 
 
 		 592 aa  771    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0061  oxaloacetate decarboxylase  96.95 
 
 		 589 aa  1148    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2799  oxaloacetate decarboxylase  60.85 
 
 		 690 aa  707    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.29172 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02841  oxaloacetate decarboxylase  61.27 
 
 		 604 aa  737    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.698673  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0803  oxaloacetate decarboxylase  96.96 
 
 		 589 aa  1140    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3196  oxaloacetate decarboxylase  62.16 
 
 		 594 aa  732    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.097101  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3165  oxaloacetate decarboxylase  61.19 
 
 		 611 aa  739    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.668035 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3543  oxaloacetate decarboxylase  96.27 
 
 		 589 aa  1140    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.549121  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0320  oxaloacetate decarboxylase  71.43 
 
 		 605 aa  866    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1199  oxaloacetate decarboxylase  62.94 
 
 		 603 aa  754    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.584656  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1052  oxaloacetate decarboxylase  63.7 
 
 		 599 aa  755    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0474655  normal  0.268345 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3266  oxaloacetate decarboxylase  63.58 
 
 		 607 aa  762    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0475332 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3376  oxaloacetate decarboxylase  61.11 
 
 		 604 aa  744    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.709986  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0971  oxaloacetate decarboxylase  67.01 
 
 		 595 aa  800    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.195309  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2893  oxaloacetate decarboxylase  68.37 
 
 		 592 aa  811    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.345555  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1556  pyruvate carboxylase subunit B  50.33 
 
 		 604 aa  588  1e-167  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.411533  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5639  pyruvate carboxylase subunit B  49.84 
 
 		 602 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.509278  normal  0.279946 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4478  pyruvate carboxylase subunit B  49.67 
 
 		 602 aa  584  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1606  oxaloacetate decarboxylase alpha subunit  49.43 
 
 		 608 aa  582  1.0000000000000001e-165  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0818232  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5124  pyruvate carboxylase subunit B  49.43 
 
 		 602 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.588617 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5346  pyruvate carboxylase subunit B  48.87 
 
 		 602 aa  577  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00544178 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5255  pyruvate carboxylase subunit B  48.87 
 
 		 602 aa  577  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.594563 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5395  pyruvate carboxylase subunit B  49.43 
 
 		 602 aa  576  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0145041 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1916  pyruvate carboxylase subunit B  48.63 
 
 		 609 aa  575  1.0000000000000001e-163  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.566124  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5510  oxaloacetate decarboxylase, alpha subunit  49.02 
 
 		 602 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02060  pyruvate carboxylase subunit B  49.11 
 
 		 599 aa  574  1.0000000000000001e-162  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3925  pyruvate carboxylase subunit B  50.91 
 
 		 602 aa  573  1.0000000000000001e-162  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.246664  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5060  pyruvate carboxylase subunit B  49.51 
 
 		 602 aa  569  1e-161  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71720  pyruvate carboxylase subunit B  49.18 
 
 		 607 aa  568  1e-161  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6223  pyruvate carboxylase subunit B  49.34 
 
 		 607 aa  570  1e-161  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0612  pyruvate carboxylase subunit B  48.56 
 
 		 569 aa  566  1e-160  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.86669  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1512  pyruvate carboxylase subunit B  46.7 
 
 		 617 aa  563  1.0000000000000001e-159  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.841478  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2425  pyruvate carboxylase subunit B  48.98 
 
 		 571 aa  563  1.0000000000000001e-159  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1740  hypothetical protein  49.58 
 
 		 596 aa  564  1.0000000000000001e-159  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.407057 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1341  pyruvate carboxylase subunit B  48.05 
 
 		 569 aa  561  1e-158  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.421509 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1334  pyruvate carboxylase subunit B  48.23 
 
 		 569 aa  560  1e-158  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1005  pyruvate carboxylase subunit B  48.82 
 
 		 567 aa  560  1e-158  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1643  pyruvate carboxylase subunit B  49.32 
 
 		 582 aa  557  1e-157  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.667683  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1350  pyruvate carboxylase subunit B  47.54 
 
 		 568 aa  554  1e-156  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1556  pyruvate carboxylase subunit B  47.3 
 
 		 615 aa  555  1e-156  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.944098  normal  0.0959021 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1733  pyruvate carboxylase subunit B  50.25 
 
 		 567 aa  554  1e-156  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1586  pyruvate carboxylase subunit B  46.3 
 
 		 573 aa  548  1e-154  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.526056  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0531  pyruvate carboxylase subunit B  47.76 
 
 		 596 aa  540  9.999999999999999e-153  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0507  pyruvate carboxylase subunit B  47.76 
 
 		 596 aa  540  9.999999999999999e-153  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1736  oxaloacetate decarboxylase  54.24 
 
 		 510 aa  532  1e-150  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0701  oxaloacetate decarboxylase  55.33 
 
 		 465 aa  528  1e-149  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0250  pyruvate carboxylase subunit B  47.39 
 
 		 582 aa  531  1e-149  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0119  pyruvate carboxylase subunit B  47.48 
 
 		 584 aa  528  1e-148  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.698581  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1582  oxaloacetate decarboxylase  56.22 
 
 		 465 aa  527  1e-148  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1010  pyruvate carboxylase subunit B  46.62 
 
 		 579 aa  528  1e-148  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.843574 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_128  oxaloacetate decarboxylase, alpha subunit  47.32 
 
 		 587 aa  526  1e-148  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1784  pyruvate carboxylase subunit B  46.79 
 
 		 582 aa  524  1e-147  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.803588  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3189  pyruvate carboxylase subunit B  46.28 
 
 		 577 aa  516  1.0000000000000001e-145  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0631  Conserved carboxylase region  42.12 
 
 		 633 aa  512  1e-144  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1064  pyruvate carboxylase subunit B  44.18 
 
 		 634 aa  511  1e-143  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000214042  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0137  pyruvate carboxylase subunit B  45.75 
 
 		 577 aa  506  9.999999999999999e-143  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1015  pyruvate carboxylase subunit B  46.04 
 
 		 614 aa  504  1e-141  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.091976  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0139  pyruvate carboxylase subunit B  42.88 
 
 		 616 aa  499  1e-140  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0177448  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3026  oxaloacetate decarboxylase  50 
 
 		 520 aa  500  1e-140  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.444345 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2603  pyruvate carboxylase subunit B  42.54 
 
 		 624 aa  500  1e-140  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000143186  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1230  Conserved carboxylase region  48.48 
 
 		 475 aa  493  9.999999999999999e-139  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0033  oxaloacetate decarboxylase  50.8 
 
 		 499 aa  491  1e-137  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000614565  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3084  oxaloacetate decarboxylase  50.8 
 
 		 499 aa  491  1e-137  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000401568  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0316  oxaloacetate decarboxylase  50 
 
 		 501 aa  484  1e-135  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1284  pyruvate carboxylase subunit B  44.62 
 
 		 618 aa  484  1e-135  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.01303  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1319  Conserved carboxylase region  51.33 
 
 		 463 aa  485  1e-135  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0334  oxaloacetate decarboxylase  49.8 
 
 		 501 aa  481  1e-134  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.849727  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2433  oxaloacetate decarboxylase  51.44 
 
 		 470 aa  473  1e-132  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>