More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A0056 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011205  SeD_A0056  ribonucleoside hydrolase RihC  100 
 
 		 306 aa  629  1e-179  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.594312  normal  0.222927 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0056  ribonucleoside hydrolase RihC  100 
 
 		 306 aa  629  1e-179  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.696065 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0055  ribonucleoside hydrolase RihC  99.67 
 
 		 306 aa  625  1e-178  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.845766  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0058  ribonucleoside hydrolase RihC  97.39 
 
 		 306 aa  593  1e-168  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0057  ribonucleoside hydrolase RihC  91.18 
 
 		 306 aa  559  1e-158  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.342327  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3569  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  80.07 
 
 		 304 aa  475  1e-133  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0030  ribonucleoside hydrolase RihC  79.73 
 
 		 304 aa  474  1e-133  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.719928  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0032  ribonucleoside hydrolase RihC  79.47 
 
 		 304 aa  474  1e-133  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0034  ribonucleoside hydrolase RihC  79.73 
 
 		 304 aa  471  1e-132  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0032  ribonucleoside hydrolase RihC  79.73 
 
 		 304 aa  473  1e-132  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0028  ribonucleoside hydrolase RihC  79.73 
 
 		 304 aa  473  1e-132  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.291651  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00034  ribonucleoside hydrolase 3  78.48 
 
 		 304 aa  470  1.0000000000000001e-131  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00939814  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00033  hypothetical protein  78.93 
 
 		 303 aa  468  1.0000000000000001e-131  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00634591  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0552  ribonucleoside hydrolase RihC  77.48 
 
 		 305 aa  461  1e-129  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0672  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  50.68 
 
 		 306 aa  313  2.9999999999999996e-84  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1819  ribonucleoside hydrolase RihC  52.54 
 
 		 306 aa  311  1e-83  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0102  ribonucleoside hydrolase RihC  49.33 
 
 		 302 aa  283  2.0000000000000002e-75  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000159714  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0642  ribonucleoside hydrolase RihC  49.26 
 
 		 302 aa  276  3e-73  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0188198  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1192  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  46.51 
 
 		 328 aa  265  8.999999999999999e-70  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.414955  normal  0.114378 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0344  ribonucleoside hydrolase RihC  45.89 
 
 		 315 aa  259  4e-68  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0154  ribonucleoside hydrolase RihC  44.83 
 
 		 296 aa  254  2.0000000000000002e-66  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1210  ribonucleoside hydrolase 1  46.71 
 
 		 310 aa  249  5e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.178079  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4026  ribonucleoside hydrolase 1  46.18 
 
 		 310 aa  248  6e-65  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.494882  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0697  ribonucleoside hydrolase 1  44.19 
 
 		 335 aa  245  4.9999999999999997e-64  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0797  ribonucleoside hydrolase RihC  43.92 
 
 		 310 aa  244  9.999999999999999e-64  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0129973  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0718  ribonucleoside hydrolase 1  44.81 
 
 		 311 aa  243  3e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.647996  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1178  ribonucleoside hydrolase 1  46.25 
 
 		 313 aa  239  5.999999999999999e-62  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0715691 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0647  ribonucleoside hydrolase 1  45.66 
 
 		 318 aa  238  9e-62  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.472051 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0679  ribonucleoside hydrolase 1  43.83 
 
 		 311 aa  237  1e-61  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0743  ribonucleoside hydrolase 1  43.83 
 
 		 311 aa  238  1e-61  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0598  ribonucleoside hydrolase 1  43.83 
 
 		 311 aa  237  1e-61  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3476  ribonucleoside hydrolase 1  46.1 
 
 		 318 aa  238  1e-61  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00617  ribonucleoside hydrolase 1  43.83 
 
 		 311 aa  237  2e-61  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2975  Purine nucleosidase  43.83 
 
 		 311 aa  237  2e-61  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0811  ribonucleoside hydrolase 1  46.43 
 
 		 318 aa  236  2e-61  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0672  ribonucleoside hydrolase 1  43.83 
 
 		 311 aa  237  2e-61  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3306  ribonucleoside hydrolase 1  45.66 
 
 		 318 aa  237  2e-61  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00606  hypothetical protein  43.83 
 
 		 311 aa  237  2e-61  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0696  ribonucleoside hydrolase 1  43.83 
 
 		 311 aa  237  2e-61  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2994  ribonucleoside hydrolase 1  43.83 
 
 		 311 aa  237  2e-61  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6548  Ribosylpyrimidine nucleosidase  41.99 
 
 		 312 aa  236  3e-61  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.527968  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0704  ribonucleoside hydrolase 1  42.86 
 
 		 311 aa  235  8e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0940  ribonucleoside hydrolase 1  45.42 
 
 		 311 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.019412  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0765  ribonucleoside hydrolase 1  42.53 
 
 		 311 aa  234  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1049  ribonucleoside hydrolase 1  45.18 
 
 		 312 aa  233  3e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1863  ribonucleoside hydrolase 1  44.22 
 
 		 322 aa  233  4.0000000000000004e-60  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.742774  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3178  ribonucleoside hydrolase 1  45.13 
 
 		 318 aa  232  5e-60  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0778  ribonucleoside hydrolase 1  42.53 
 
 		 311 aa  232  5e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1120  ribonucleoside hydrolase 1  46.18 
 
 		 312 aa  232  6e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3647  ribonucleoside hydrolase 1  46.28 
 
 		 318 aa  232  7.000000000000001e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0410931  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0814  ribonucleoside hydrolase 1  42.21 
 
 		 311 aa  232  7.000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0660  ribonucleoside hydrolase 1  46.28 
 
 		 318 aa  232  7.000000000000001e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0558  inosine-uridine nucleoside N-ribohydrolase  39.66 
 
 		 317 aa  231  8.000000000000001e-60  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000277639  hitchhiker  0.000000766068 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1981  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  44.82 
 
 		 313 aa  231  9e-60  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.842213  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3579  ribonucleoside hydrolase 1  45.95 
 
 		 318 aa  230  2e-59  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3770  ribonucleoside hydrolase 1  46.28 
 
 		 318 aa  230  3e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1461  inosine-uridine nucleoside N-ribohydrolase  39.6 
 
 		 303 aa  226  5.0000000000000005e-58  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0028  Ribosylpyrimidine nucleosidase  41.53 
 
 		 323 aa  220  3e-56  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0753  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  38.08 
 
 		 310 aa  215  5.9999999999999996e-55  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00064946  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2587  ribosylpyrimidine nucleosidase  42.71 
 
 		 313 aa  212  7e-54  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.361439  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0877  ribonucleoside hydrolase 1  40.13 
 
 		 314 aa  211  2e-53  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.197182  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3734  Ribosylpyrimidine nucleosidase  39.53 
 
 		 310 aa  207  2e-52  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0201  ribosylpyrimidine nucleosidase  41.72 
 
 		 309 aa  206  4e-52  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.895466 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1496  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  39.93 
 
 		 313 aa  203  3e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0365306  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2459  ribonucleoside hydrolase 2  39.93 
 
 		 313 aa  203  3e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2298  ribonucleoside hydrolase 2  39.6 
 
 		 313 aa  202  5e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1486  ribonucleoside hydrolase 2  39.6 
 
 		 313 aa  202  5e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0358178  hitchhiker  0.000862517 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2309  ribonucleoside hydrolase 2  39.6 
 
 		 313 aa  202  7e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.19142  hitchhiker  0.000812735 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3298  ribonucleoside hydrolase 2  39.6 
 
 		 313 aa  201  9.999999999999999e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0466718  normal  0.0924764 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02091  ribonucleoside hydrolase 2  39.27 
 
 		 313 aa  200  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02050  hypothetical protein  39.27 
 
 		 313 aa  200  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0234  purine nucleosidase  41.69 
 
 		 311 aa  200  3e-50  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0228  purine nucleosidase  41.69 
 
 		 311 aa  200  3e-50  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1107  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  40.84 
 
 		 315 aa  198  7e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.623815  normal  0.0266851 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2307  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  38.64 
 
 		 330 aa  198  7.999999999999999e-50  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3626  Ribosylpyrimidine nucleosidase  37.75 
 
 		 308 aa  197  2.0000000000000003e-49  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0564  Ribosylpyrimidine nucleosidase  37.58 
 
 		 311 aa  193  2e-48  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.456269  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2914  nucleoside hydrolase  39.87 
 
 		 313 aa  190  2e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01760  nonspecific ribonucleoside hydrolase  41.48 
 
 		 329 aa  190  2e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000285671  normal  0.573991 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4001  purine nucleosidase  39.93 
 
 		 315 aa  191  2e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.454014  normal  0.413463 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1558  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  39.87 
 
 		 313 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.274753  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1652  purine nucleosidase  41.4 
 
 		 316 aa  189  5e-47  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.197736 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0220  nonspecific ribonucleoside hydrolase  41.48 
 
 		 350 aa  188  8e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0386  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  42.31 
 
 		 357 aa  188  9e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4624  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  42.31 
 
 		 350 aa  188  9e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.122838  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3104  twin-arginine translocation pathway signal  41.99 
 
 		 350 aa  188  1e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5263  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  41.99 
 
 		 350 aa  188  1e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0006  inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase  38.66 
 
 		 332 aa  187  2e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.194545  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0050  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  41.59 
 
 		 314 aa  187  2e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000041602 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0003  inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase  38.66 
 
 		 332 aa  187  2e-46  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00458868  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5010  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  42.31 
 
 		 350 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2117  Ribosylpyrimidine nucleosidase  36.21 
 
 		 310 aa  187  3e-46  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1122  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  40.57 
 
 		 324 aa  186  4e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5150  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  41.99 
 
 		 350 aa  186  4e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4446  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  38.56 
 
 		 311 aa  186  6e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0319  inosine-uridine preferring nucleoside hydrolase  39.39 
 
 		 312 aa  184  2.0000000000000003e-45  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.182819 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4396  purine nucleosidase  37.97 
 
 		 314 aa  182  4.0000000000000006e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0083  Inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  42.61 
 
 		 313 aa  182  4.0000000000000006e-45  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.178624  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3659  inosine/uridine-preferring nucleoside hydrolase  38 
 
 		 313 aa  182  4.0000000000000006e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.121445  normal  0.165929 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1442  Ribosylpyrimidine nucleosidase  38.39 
 
 		 316 aa  181  1e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.792363  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>