More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A0015 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011080  SNSL254_A0016  putative transcriptional regulator  99.68 
 
 		 315 aa  646    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.556165  normal  0.623653 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0015  putative LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 315 aa  648    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.198187  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0016  putative transcriptional regulator  99.68 
 
 		 315 aa  647    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.944151  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0016  putative transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 315 aa  648    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.709055  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0016  putative transcriptional regulator  98.41 
 
 		 315 aa  639    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0033  putative transcriptional regulator  36.09 
 
 		 334 aa  231  9e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.792057  normal  0.102163 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0034  putative transcriptional regulator  36.09 
 
 		 334 aa  230  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.737803  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0033  putative transcriptional regulator  36.42 
 
 		 334 aa  229  3e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.408975  normal  0.0813593 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0032  putative transcriptional regulator  36.09 
 
 		 334 aa  229  5e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.13566  normal  0.0308484 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0689  transcriptional regulator, LysR family  26.4 
 
 		 300 aa  84.3  0.000000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.555049  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0764  transcriptional regulator, LysR family  25.81 
 
 		 301 aa  84.3  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0275467  normal  0.553058 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0645  transcriptional regulator, LysR family  25.99 
 
 		 300 aa  84.3  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0624  LysR family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 300 aa  84  0.000000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2748  LysR family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 300 aa  84  0.000000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.388713  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0624  LysR family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 300 aa  83.2  0.000000000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.754981  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3021  transcriptional regulator, LysR family  25.41 
 
 		 300 aa  82  0.00000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0655  LysR family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 300 aa  82  0.00000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3040  LysR family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 300 aa  82  0.00000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.575858  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0718  LysR family transcriptional regulator  25.73 
 
 		 300 aa  77.8  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.21792  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0703  LysR family transcriptional regulator  25.73 
 
 		 305 aa  77.8  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0636241 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0310  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 308 aa  77.4  0.0000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2999  transcriptional regulator, LysR family  25 
 
 		 333 aa  77  0.0000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.4449  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  23.13 
 
 		 306 aa  73.2  0.000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  23.91 
 
 		 305 aa  72.8  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  23.91 
 
 		 305 aa  72.8  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  23.13 
 
 		 306 aa  72.4  0.000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3033  LysR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 312 aa  71.6  0.00000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0138  LysR family transcriptional regulator  25.28 
 
 		 305 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6114  transcriptional regulator, LysR family  25.44 
 
 		 316 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.689302  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  22.37 
 
 		 306 aa  70.5  0.00000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01325  transcriptional regulator, LysR family protein  24.91 
 
 		 314 aa  70.1  0.00000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111496  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4339  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29 
 
 		 330 aa  70.5  0.00000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0084  leucine transcriptional activator  24.92 
 
 		 314 aa  70.5  0.00000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01658  transcriptional regulator transcription regulator protein  25.84 
 
 		 308 aa  70.1  0.00000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121304  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3696  transcriptional regulator, LysR family  28.5 
 
 		 325 aa  68.6  0.0000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.643345  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  22.41 
 
 		 306 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0659  LysR family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 286 aa  68.6  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00078  leucine transcriptional activator  24.58 
 
 		 314 aa  67.8  0.0000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3523  transcriptional regulator, LysR family  24.58 
 
 		 314 aa  67.8  0.0000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3640  LysR family transcriptional regulator  21.13 
 
 		 327 aa  67.8  0.0000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.525425  normal  0.47067 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00077  hypothetical protein  24.58 
 
 		 314 aa  67.8  0.0000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5073  LysR family transcriptional regulator  23.83 
 
 		 306 aa  67.8  0.0000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.255466 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3581  leucine transcriptional activator  24.58 
 
 		 314 aa  67.8  0.0000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.313803  hitchhiker  0.000946626 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3182  LysR family transcriptional regulator  23.15 
 
 		 300 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0081  leucine transcriptional activator  24.58 
 
 		 314 aa  67.8  0.0000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.669516  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0078  leucine transcriptional activator  24.58 
 
 		 314 aa  67.8  0.0000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000302  transcriptional regulator LysR family  26.14 
 
 		 301 aa  67.4  0.0000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2289  transcriptional regulator, LysR family  28.36 
 
 		 311 aa  67.4  0.0000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.317043  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2570  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 304 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2311  LysR family transcriptional regulator  24.39 
 
 		 316 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00615396  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 307 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0623  leucine transcriptional activator  24.08 
 
 		 314 aa  66.6  0.0000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0252202 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0069  leucine transcriptional activator  25.38 
 
 		 314 aa  66.6  0.0000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  20.85 
 
 		 317 aa  66.2  0.0000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0081  leucine transcriptional activator  23.91 
 
 		 314 aa  65.9  0.0000000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1164  putative DNA-binding transcriptional regulator  23.62 
 
 		 317 aa  65.5  0.000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.898654  normal  0.0943675 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0124  leucine transcriptional activator  24.57 
 
 		 314 aa  65.1  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.442889  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0794  putative DNA-binding transcriptional regulator  22.92 
 
 		 317 aa  64.3  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.659097  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4479  LysR family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 308 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0131  leucine transcriptional activator  24.57 
 
 		 341 aa  64.7  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0676  putative DNA-binding transcriptional regulator  22.92 
 
 		 317 aa  64.3  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000759051  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0126  leucine transcriptional activator  24.57 
 
 		 314 aa  64.7  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.44493  hitchhiker  0.00376656 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0736  putative DNA-binding transcriptional regulator  22.92 
 
 		 317 aa  64.3  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.13566  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0750  putative DNA-binding transcriptional regulator  22.92 
 
 		 317 aa  64.3  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.261288  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0127  leucine transcriptional activator  24.57 
 
 		 314 aa  64.7  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1897  LysR family transcriptional regulator  23.95 
 
 		 295 aa  64.7  0.000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0520736  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0131  leucine transcriptional activator  24.57 
 
 		 314 aa  63.9  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0678941 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0690  putative DNA-binding transcriptional regulator  22.92 
 
 		 317 aa  64.3  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.869609  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  23.65 
 
 		 301 aa  63.5  0.000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  26.17 
 
 		 309 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  20.39 
 
 		 316 aa  63.5  0.000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4622  LysR family transcriptional regulator  26.63 
 
 		 314 aa  63.2  0.000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5115  LysR family transcriptional regulator  24.66 
 
 		 308 aa  63.5  0.000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.337357  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5744  LysR family transcriptional regulator  24.66 
 
 		 308 aa  63.2  0.000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.205378 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 307 aa  62.8  0.000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  24.6 
 
 		 300 aa  62.8  0.000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0642  LysR family transcriptional regulator  24.92 
 
 		 309 aa  62.8  0.000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915851  normal  0.108834 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3025  transcriptional regulator MexT  22.18 
 
 		 308 aa  62.4  0.000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.21276  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0649  putative DNA-binding transcriptional regulator  23.32 
 
 		 317 aa  62  0.00000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00471226  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  23.47 
 
 		 300 aa  62.4  0.00000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  24.14 
 
 		 312 aa  61.6  0.00000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2997  transcriptional regulator, LysR family  22.96 
 
 		 317 aa  61.2  0.00000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000483673  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0717  putative DNA-binding transcriptional regulator  23.32 
 
 		 317 aa  61.2  0.00000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000430698  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3016  putative DNA-binding transcriptional regulator  22.96 
 
 		 317 aa  61.2  0.00000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.094496  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3131  LysR family transcriptional regulator  23.89 
 
 		 308 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0681  putative DNA-binding transcriptional regulator  22.96 
 
 		 317 aa  61.2  0.00000002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000214808  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0690  LysR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 304 aa  61.6  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.393278  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1227  LysR family transcriptional regulator  23.44 
 
 		 302 aa  61.6  0.00000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.268765  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1214  LysR family transcriptional regulator  22.84 
 
 		 314 aa  61.6  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.134847  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5308  transcriptional regulator, LysR family  25.25 
 
 		 317 aa  61.2  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.459598  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00598  predicted DNA-binding transcriptional regulator  23.32 
 
 		 317 aa  60.8  0.00000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.133775  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00587  hypothetical protein  23.32 
 
 		 317 aa  60.8  0.00000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.140972  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  24.4 
 
 		 314 aa  60.8  0.00000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0654  putative DNA-binding transcriptional regulator  22.96 
 
 		 317 aa  60.8  0.00000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000955262  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  22.07 
 
 		 319 aa  60.1  0.00000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2994  LysR family transcriptional regulator  23.6 
 
 		 310 aa  60.5  0.00000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4024  transcriptional regulator, LysR family  23.26 
 
 		 308 aa  60.1  0.00000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.715762  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7723  LysR family transcriptional regulator  23.97 
 
 		 304 aa  60.5  0.00000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.262185  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  24.4 
 
 		 314 aa  60.1  0.00000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  21.94 
 
 		 314 aa  60.1  0.00000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>