More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeAg_B2371 on replicon NC_011149
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011094  SeSA_A2462  16S rRNA pseudouridylate synthase A  100 
 
 
231 aa  479  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.983555 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2371  16S rRNA pseudouridylate synthase A  100 
 
 
231 aa  479  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000147517  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2416  16S rRNA pseudouridylate synthase A  100 
 
 
231 aa  479  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0365053  normal  0.123384 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2573  16S rRNA pseudouridylate synthase A  100 
 
 
231 aa  479  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.750523  hitchhiker  0.00365879 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2459  16S rRNA pseudouridylate synthase A  99.13 
 
 
231 aa  474  1e-133  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.8368  hitchhiker  0.0000353867 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02113  16S rRNA pseudouridylate 516 synthase  94.78 
 
 
231 aa  455  1e-127  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.09778  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1474  pseudouridine synthase  94.78 
 
 
231 aa  455  1e-127  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000156324  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02072  hypothetical protein  94.78 
 
 
231 aa  455  1e-127  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.114044  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2321  16S rRNA pseudouridylate synthase A  94.78 
 
 
231 aa  455  1e-127  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.170949  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1464  16S rRNA pseudouridylate synthase A  94.78 
 
 
231 aa  455  1e-127  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00167101  normal  0.759434 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3321  16S rRNA pseudouridylate synthase A  94.78 
 
 
231 aa  455  1e-127  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0340688  normal  0.608364 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2332  16S rRNA pseudouridylate synthase A  94.78 
 
 
231 aa  455  1e-127  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0531797  normal  0.0465983 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2481  16S rRNA pseudouridylate synthase A  94.78 
 
 
231 aa  455  1e-127  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0457418  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0775  16S rRNA pseudouridylate synthase A  94.35 
 
 
231 aa  452  1.0000000000000001e-126  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.329505  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2779  16S rRNA pseudouridylate synthase A  87.45 
 
 
235 aa  421  1e-117  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.480199  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3252  16S rRNA pseudouridylate synthase A  82.68 
 
 
237 aa  407  1.0000000000000001e-112  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.274461 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1490  16S rRNA pseudouridylate synthase A  81.82 
 
 
235 aa  404  1.0000000000000001e-112  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.708247  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2718  16S rRNA pseudouridylate synthase A  82.25 
 
 
235 aa  406  1.0000000000000001e-112  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00684404  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2793  16S rRNA pseudouridylate synthase A  82.25 
 
 
235 aa  406  1.0000000000000001e-112  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.863598  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1910  16S rRNA pseudouridylate synthase A  77.83 
 
 
231 aa  391  1e-108  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.800741  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2438  16S rRNA pseudouridylate synthase A  77.92 
 
 
232 aa  388  1e-107  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.157492  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1639  16S rRNA pseudouridylate synthase A  78.7 
 
 
231 aa  390  1e-107  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2352  16S rRNA pseudouridylate synthase A  75.32 
 
 
232 aa  378  1e-104  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1241  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  56.96 
 
 
231 aa  268  4e-71  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000134561  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2975  pseudouridine synthase  56.96 
 
 
230 aa  266  2.9999999999999995e-70  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0220169  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0792  pseudouridine synthase  57.83 
 
 
229 aa  261  4.999999999999999e-69  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.305614  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0788  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  56.52 
 
 
235 aa  260  1e-68  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0198055  normal  0.495021 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0843  pseudouridine synthase, Rsu  56.09 
 
 
229 aa  260  1e-68  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000223089  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3178  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  56.52 
 
 
235 aa  259  2e-68  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.021025  normal  0.1902 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3730  pseudouridine synthase  53.48 
 
 
230 aa  257  8e-68  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.754242  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02655  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  54.74 
 
 
233 aa  254  6e-67  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0760  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  56.52 
 
 
235 aa  253  1.0000000000000001e-66  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000225375  normal  0.539293 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3507  pseudouridine synthase  53.04 
 
 
256 aa  251  6e-66  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0107621  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2614  pseudouridine synthase, Rsu  54.78 
 
 
230 aa  249  4e-65  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.736823 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0687  pseudouridine synthase  55.22 
 
 
246 aa  246  2e-64  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.302513  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2018  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A (16S pseudouridine 516 synthase)  53.02 
 
 
234 aa  245  4e-64  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.136483  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3176  pseudouridine synthase  52.61 
 
 
230 aa  245  4.9999999999999997e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000150331  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3623  pseudouridine synthase  54.78 
 
 
246 aa  244  6e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3746  pseudouridine synthase  54.78 
 
 
256 aa  244  6e-64  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.43387 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3555  pseudouridine synthase  54.78 
 
 
250 aa  244  6.999999999999999e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.114028  hitchhiker  0.00457022 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1950  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  53.22 
 
 
232 aa  244  9.999999999999999e-64  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.588471  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1090  pseudouridine synthase, Rsu  53.04 
 
 
229 aa  241  1e-62  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000837656  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003781  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  53.02 
 
 
233 aa  239  2e-62  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000946261  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3527  pseudouridine synthase  50 
 
 
230 aa  236  2e-61  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0423129  hitchhiker  0.000538559 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2136  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  48.55 
 
 
243 aa  219  1.9999999999999999e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3265  putative ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  49.78 
 
 
232 aa  219  3e-56  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.777332  normal  0.943696 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1919  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  47.74 
 
 
242 aa  217  1e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000207089  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3602  pseudouridine synthase  47.39 
 
 
231 aa  209  2e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1893  pseudouridine synthase  45.92 
 
 
238 aa  207  1e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2562  pseudouridine synthase, Rsu  44.54 
 
 
229 aa  206  2e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0424  pseudouridine synthase  48.93 
 
 
233 aa  203  2e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3214  pseudouridine synthase  47.62 
 
 
239 aa  203  2e-51  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3981  pseudouridine synthase, Rsu  46.49 
 
 
230 aa  203  2e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3909  pseudouridine synthase  47.64 
 
 
233 aa  202  4e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4032  pseudouridine synthase  47.64 
 
 
233 aa  201  6e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3836  pseudouridine synthase  48.07 
 
 
233 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4247  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  46.49 
 
 
230 aa  199  3e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.693259  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4790  putative pseudouridylate synthase  46.52 
 
 
230 aa  199  3e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.945125  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54800  putative pseudouridylate synthase  46.96 
 
 
230 aa  199  3e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000413274  hitchhiker  0.000000000000196922 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4402  pseudouridine synthase  46.09 
 
 
230 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.53311  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1355  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  46.09 
 
 
230 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.440564 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0916  pseudouridine synthase  43.67 
 
 
236 aa  196  2.0000000000000003e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.952694 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1335  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  44.93 
 
 
230 aa  196  3e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3411  pseudouridine synthase  42.86 
 
 
239 aa  194  8.000000000000001e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1389  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  43.48 
 
 
229 aa  193  2e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.31939  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2785  pseudouridine synthase, Rsu  42.67 
 
 
251 aa  191  7e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.50538 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0793  pseudouridine synthase, Rsu  44.49 
 
 
233 aa  191  1e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0689585  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1421  pseudouridine synthase  47.37 
 
 
229 aa  190  2e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.722777 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0036  pseudouridine synthase  41.88 
 
 
234 aa  188  7e-47  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000127048  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1220  pseudouridine synthase  43.17 
 
 
233 aa  186  2e-46  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4313  pseudouridine synthase  45.22 
 
 
232 aa  186  3e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.141512  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2876  pseudouridine synthase, Rsu  43.61 
 
 
234 aa  183  2.0000000000000003e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0031  pseudouridine synthase, Rsu  42.49 
 
 
234 aa  183  2.0000000000000003e-45  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.00000138708  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1050  pseudouridine synthase  44.78 
 
 
233 aa  182  3e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.143385  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0024  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  42.24 
 
 
239 aa  182  4.0000000000000006e-45  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0145109  normal  0.0845626 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2997  pseudouridine synthase, Rsu  41.92 
 
 
241 aa  180  2e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000190948  normal  0.168091 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2908  pseudouridine synthase  41.99 
 
 
230 aa  179  2.9999999999999997e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.114904  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3078  pseudouridine synthase, Rsu  42.86 
 
 
241 aa  179  2.9999999999999997e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0152798  normal  0.772446 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4413  putative ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  40.6 
 
 
240 aa  178  4.999999999999999e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3175  pseudouridine synthase, Rsu  42.42 
 
 
241 aa  177  8e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.974586  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1013  pseudouridine synthase  41.92 
 
 
256 aa  177  1e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.163733  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3276  pseudouridine synthase  41.92 
 
 
235 aa  176  2e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.471385  normal  0.11353 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1082  pseudouridine synthase  41.92 
 
 
256 aa  176  3e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0607342  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1115  pseudouridine synthase  41.92 
 
 
256 aa  175  4e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.288715  hitchhiker  0.0098701 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2374  pseudouridine synthase  42.67 
 
 
233 aa  175  5e-43  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1696  RNA-binding S4 domain protein  40.08 
 
 
244 aa  173  1.9999999999999998e-42  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1019  pseudouridine synthase  39.74 
 
 
236 aa  172  5e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0096  RNA-binding S4 domain protein  40.43 
 
 
243 aa  170  2e-41  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.110386  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0911  pseudouridine synthase, Rsu  39.74 
 
 
237 aa  170  2e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000299595  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0996  pseudouridine synthase  40.53 
 
 
247 aa  169  3e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3714  pseudouridine synthase, Rsu  39.32 
 
 
249 aa  168  5e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0889  pseudouridine synthase  40.53 
 
 
234 aa  167  9e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13500  Pseudouridine synthase, Rsu A  43.04 
 
 
230 aa  167  1e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0744  pseudouridine synthase  38.96 
 
 
230 aa  167  2e-40  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0438  ribosomal small subunit pseudouridine synthase A  68.42 
 
 
119 aa  166  2.9999999999999998e-40  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0684  pseudouridine synthase  38.26 
 
 
239 aa  164  8e-40  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1049  pseudouridine synthase  39.38 
 
 
236 aa  163  2.0000000000000002e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2791  pseudouridine synthase  37.83 
 
 
240 aa  161  8.000000000000001e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2171  pseudouridine synthase  42.42 
 
 
245 aa  159  3e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000100732  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0660  pseudouridine synthase  37.39 
 
 
239 aa  159  4e-38  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.665428  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>