More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeAg_B1969 on replicon NC_011149
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_01110  transcription-repair coupling factor  95.21 
 
 
1148 aa  2260    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.358379  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2533  transcription-repair coupling factor  95.38 
 
 
1164 aa  2266    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00875995  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1281  transcription-repair coupling factor  38.4 
 
 
1148 aa  665    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0017  transcription-repair coupling factor  41.76 
 
 
1157 aa  764    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0270668  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2148  transcription-repair coupling factor  55.27 
 
 
1149 aa  1242    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0740298 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1257  transcription-repair coupling factor  53.65 
 
 
1147 aa  1169    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.230651  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2402  transcription-repair coupling factor  50.22 
 
 
1189 aa  1070    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0141  transcription-repair coupling factor  35.84 
 
 
1169 aa  692    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1864  transcription-repair coupling factor  50.09 
 
 
1147 aa  1109    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0555269  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1642  transcription-repair coupling factor protein  50.04 
 
 
1157 aa  1074    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.250538 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0051  transcription-repair coupling factor  37.26 
 
 
1176 aa  679    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2139  transcription-repair coupling factor  55.81 
 
 
1207 aa  1354    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.84833  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2359  transcription-repair coupling factor  50.22 
 
 
1189 aa  1069    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.741078  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0579  transcription-repair coupling factor  37.22 
 
 
1122 aa  684    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2255  transcription-repair coupling factor  57.33 
 
 
1164 aa  1314    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2101  transcription-repair coupling factor  56.08 
 
 
1150 aa  1275    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.325386  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0052  transcription-repair coupling factor  37.26 
 
 
1176 aa  678    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0048  transcription-repair coupling factor  37.26 
 
 
1178 aa  679    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0048  transcription-repair coupling factor  37.26 
 
 
1176 aa  679    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1491  transcription-repair coupling factor  50.22 
 
 
1157 aa  1068    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1016  transcription-repair coupling factor  50.66 
 
 
1153 aa  1153    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0983  transcription-repair coupling factor  50.83 
 
 
1153 aa  1160    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1896  transcription-repair coupling factor  56.2 
 
 
1150 aa  1273    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.482284 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1484  transcription-repair coupling factor  44.84 
 
 
1243 aa  1019    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.704172  normal  0.0864414 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1965  transcription-repair coupling factor  49.34 
 
 
1147 aa  1061    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.550833  normal  0.680854 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1443  transcription-repair coupling factor  38.47 
 
 
1165 aa  742    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0802912 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1360  transcription-repair coupling factor  48.77 
 
 
1150 aa  1026    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4777  transcription-repair coupling factor  36.21 
 
 
1212 aa  637    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.549284  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1656  transcription-repair coupling factor  49.38 
 
 
1146 aa  1056    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.221559  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1513  transcription-repair coupling factor  39.75 
 
 
1174 aa  777    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.696907  normal  0.0197286 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3318  transcription-repair coupling factor  50.22 
 
 
1189 aa  1069    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.101121  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2513  transcription-repair coupling factor  50.22 
 
 
1189 aa  1069    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1642  transcription-repair coupling factor  53.81 
 
 
1158 aa  1221    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3866  transcription-repair coupling factor  56.02 
 
 
1149 aa  1269    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2850  transcription-repair coupling factor (helicase)  38.35 
 
 
1165 aa  741    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.74664  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0091  transcription-repair coupling factor  41.31 
 
 
1161 aa  770    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5255  transcription-repair coupling factor  50.41 
 
 
1156 aa  1066    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0305001  normal  0.983896 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2550  transcription-repair coupling factor  49.78 
 
 
1161 aa  1080    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.277957  normal  0.0823791 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3547  transcription-repair coupling factor  41.9 
 
 
1158 aa  798    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0162042  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2039  transcription-repair coupling factor  38.13 
 
 
1152 aa  657    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.583772  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1168  transcription-repair coupling factor  50.8 
 
 
1159 aa  1143    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.507558  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0052  transcription-repair coupling factor  37.26 
 
 
1176 aa  678    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1580  transcription-repair coupling factor  48.92 
 
 
1163 aa  1058    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.484817  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0639  transcription-repair coupling factor  50.4 
 
 
1156 aa  1092    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1726  transcription-repair coupling factor  39.55 
 
 
1177 aa  759    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0081  transcription-repair coupling factor  39.14 
 
 
1183 aa  733    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000883466  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2088  transcription-repair coupling factor  50.04 
 
 
1217 aa  1070    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4332  transcription-repair coupling factor  39.79 
 
 
1241 aa  719    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0186143  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0798  transcription-repair coupling factor  35.52 
 
 
1163 aa  712    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.151739  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2850  transcription-repair coupling factor  39.44 
 
 
1171 aa  787    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.334437  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1982  transcription-repair coupling factor  40.27 
 
 
1164 aa  775    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3157  transcription-repair coupling factor  49.01 
 
 
1164 aa  1066    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2322  transcription-repair coupling factor  38.81 
 
 
1153 aa  708    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.831848  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1331  transcription-repair coupling factor  48.27 
 
 
1175 aa  1055    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.54754  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1796  transcription-repair coupling protein Mfd  54.66 
 
 
1153 aa  1291    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.46752  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2610  transcription-repair coupling factor  39.15 
 
 
1172 aa  772    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.776583  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1748  transcription-repair coupling factor  50.17 
 
 
1134 aa  1117    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.921754  normal  0.10168 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2717  transcription-repair coupling factor  47.81 
 
 
1201 aa  1057    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.103447 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2313  transcription-repair coupling factor  49.34 
 
 
1160 aa  1062    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.141111  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1674  transcription-repair coupling factor  55.04 
 
 
1179 aa  1268    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000415877  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2622  transcription-repair coupling factor  39.48 
 
 
1172 aa  795    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.153021  hitchhiker  0.000463296 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1567  transcription-repair coupling factor  54.81 
 
 
1150 aa  1189    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2053  transcription-repair coupling factor  39.69 
 
 
1173 aa  773    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0242332  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1664  transcription-repair coupling factor  44.79 
 
 
1243 aa  1016    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0200808 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1955  transcription-repair coupling factor  48.91 
 
 
1150 aa  1034    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0130326  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4549  transcription-repair coupling factor  35.43 
 
 
1182 aa  684    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.191603 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1349  transcription-repair coupling factor  38.86 
 
 
1149 aa  763    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1653  transcription-repair coupling factor  40.49 
 
 
1194 aa  768    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6135  transcription-repair coupling factor  50.59 
 
 
1156 aa  1069    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.352842  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4245  transcription-repair coupling factor  37.4 
 
 
1211 aa  652    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2632  transcription-repair coupling factor  35.17 
 
 
1178 aa  682    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1725  transcription-repair coupling factor  58.04 
 
 
1160 aa  1370    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1702  transcription-repair coupling factor  38.01 
 
 
1167 aa  723    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2807  transcription-repair coupling factor  35.66 
 
 
1162 aa  717    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2493  transcription-repair coupling factor  35.84 
 
 
1162 aa  721    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1161  transcription-repair coupling factor  64.79 
 
 
1143 aa  1544    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2204  transcription-repair coupling factor  55.62 
 
 
1163 aa  1318    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0607404  normal  0.440495 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1730  transcription-repair coupling factor  57.07 
 
 
1160 aa  1306    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00119053  normal  0.38574 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1810  transcription-repair coupling factor  57.16 
 
 
1160 aa  1308    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.540051  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1800  transcription-repair coupling factor  54.35 
 
 
1166 aa  1203    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2399  transcription-repair coupling factor  55.34 
 
 
1178 aa  1293    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00178528  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1988  transcription-repair coupling factor  50.22 
 
 
1157 aa  1068    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.232338  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1485  transcription-repair coupling factor  39.39 
 
 
1172 aa  784    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.432425 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1932  transcription-repair coupling factor  49.87 
 
 
1185 aa  1070    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25230  transcription-repair coupling factor  57.21 
 
 
1148 aa  1285    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0011  transcription-repair coupling factor  35.84 
 
 
1162 aa  681    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0183  transcription-repair coupling factor  34.99 
 
 
1188 aa  675    Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1569  transcription-repair coupling factor  48.36 
 
 
1184 aa  1039    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.878317  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0399  transcription-repair coupling factor  35.3 
 
 
1179 aa  671    Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2406  transcription-repair coupling factor  56.87 
 
 
1162 aa  1288    Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00482386  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1944  transcription-repair coupling factor  50.59 
 
 
1156 aa  1069    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3479  transcription-repair coupling factor  37.41 
 
 
1189 aa  713    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.706369  normal  0.219385 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1651  transcription-repair coupling factor  42.53 
 
 
1198 aa  897    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0949353  normal  0.53283 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2289  transcription-repair coupling factor  57.16 
 
 
1160 aa  1308    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00423432  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1933  transcription-repair coupling factor  54.65 
 
 
1173 aa  1254    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.436616  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0499  transcription-repair coupling factor  39.77 
 
 
1177 aa  777    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.245405  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3811  transcription-repair coupling factor  38.95 
 
 
1154 aa  716    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4359  transcription-repair coupling factor  49.22 
 
 
1174 aa  1047    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.281858  normal  0.0471962 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1330  transcription-repair coupling factor  58.37 
 
 
1155 aa  1300    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.643209  normal  0.63963 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4331  transcription-repair coupling factor  37.4 
 
 
1211 aa  652    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.376638 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>