More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_3601 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007954  Sden_3601  secretion protein HlyD  100 
 
 
386 aa  777  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.804898  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4251  RND family efflux transporter MFP subunit  72.22 
 
 
381 aa  543  1e-153  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.397426  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4212  efflux transporter, RND family, MFP subunit  72.22 
 
 
381 aa  543  1e-153  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4385  RND family efflux transporter MFP subunit  71.96 
 
 
381 aa  540  1e-152  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.912914  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3863  RND family efflux transporter MFP subunit  73.02 
 
 
382 aa  530  1e-149  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4046  RND family efflux transporter MFP subunit  71.88 
 
 
382 aa  526  1e-148  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3930  RND family efflux transporter MFP subunit  72.03 
 
 
382 aa  525  1e-148  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3837  RND family efflux transporter MFP subunit  72.03 
 
 
382 aa  525  1e-148  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0031  RND family efflux transporter MFP subunit  72.92 
 
 
386 aa  520  1e-146  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  3.18769e-05  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4693  multidrug resistance protein AcrA/AcrE family  70 
 
 
382 aa  515  1e-145  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0090  RND family efflux transporter MFP subunit  70.56 
 
 
381 aa  514  1e-145  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0152  RND family efflux transporter MFP subunit  67.92 
 
 
385 aa  505  1e-142  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3553  multidrug resistance protein AcrA/AcrE family  70.89 
 
 
378 aa  501  1e-141  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4061  RND family efflux transporter MFP subunit  65.01 
 
 
383 aa  497  1e-139  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  2.65031e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003895  membrane fusion protein of RND family multidrug efflux pump  60.9 
 
 
379 aa  462  1e-129  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00341624  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0131  RND family efflux transporter MFP subunit  63.06 
 
 
383 aa  442  1e-123  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  3.02028e-07  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01755  hypothetical protein  65.07 
 
 
378 aa  428  1e-119  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0809  secretion protein HlyD  51.17 
 
 
392 aa  369  1e-101  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.165865 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3067  acriflavine resistance protein A  50.26 
 
 
395 aa  361  1e-98  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.018659  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3207  RND family efflux transporter MFP subunit  50.26 
 
 
395 aa  361  1e-98  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.474787  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2880  multidrug efflux protein  50.8 
 
 
388 aa  360  3e-98  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.876487 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1011  efflux transporter, RND family, MFP subunit  49.21 
 
 
395 aa  360  3e-98  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.279031  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0287  acridine efflux pump  50.82 
 
 
394 aa  358  1e-97  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2697  multidrug resistance protein  53.1 
 
 
400 aa  355  6e-97  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1849  efflux transporter, RND family, MFP subunit  47 
 
 
422 aa  353  4e-96  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00425578 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2050  secretion protein HlyD  50.54 
 
 
426 aa  351  1e-95  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2369  efflux transporter, RND family, MFP subunit  48.39 
 
 
433 aa  351  2e-95  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.137399  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1886  efflux transporter, RND family, MFP subunit  51.69 
 
 
379 aa  348  6e-95  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0158662  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3699  RND family efflux transporter MFP subunit  52.07 
 
 
390 aa  348  7e-95  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0331  RND family efflux transporter MFP subunit  55.06 
 
 
394 aa  347  3e-94  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.109026  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1127  RND family efflux transporter MFP subunit  48.54 
 
 
395 aa  345  8e-94  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.295973  unclonable  2.30672e-08 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3680  secretion protein HlyD family protein  51.02 
 
 
405 aa  345  9e-94  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3715  RND family efflux transporter MFP subunit  50.94 
 
 
382 aa  344  1e-93  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.970475  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3435  efflux transporter, RND family, MFP subunit  52.08 
 
 
399 aa  343  4e-93  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.169321  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2479  RND family efflux transporter MFP subunit  53.11 
 
 
384 aa  342  7e-93  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0943  RND family efflux transporter MFP subunit  52.52 
 
 
397 aa  341  1e-92  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3047  efflux transporter, RND family, MFP subunit  47.62 
 
 
396 aa  341  1e-92  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.376069  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3468  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50.82 
 
 
393 aa  339  4e-92  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.143252  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1870  secretion protein HlyD  50.14 
 
 
428 aa  339  6e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0506  acriflavine resistance protein A  48.8 
 
 
409 aa  339  6e-92  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.951175  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0395  acriflavine resistance protein A  48.8 
 
 
409 aa  338  7e-92  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1418  secretion protein HlyD  51.09 
 
 
400 aa  338  9e-92  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01880  Secretion protein HlyD  51.31 
 
 
383 aa  338  1e-91  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0553  acriflavine resistance protein A  48.53 
 
 
409 aa  337  2e-91  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0497  acriflavine resistance protein A  48.53 
 
 
397 aa  337  3e-91  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0539  acriflavine resistance protein A  48.53 
 
 
397 aa  337  3e-91  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4007  secretion protein HlyD  50.14 
 
 
386 aa  336  3e-91  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.430649  normal  0.0665893 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3153  RND family efflux transporter MFP subunit  48.53 
 
 
397 aa  337  3e-91  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3147  efflux transporter, RND family, MFP subunit  48.53 
 
 
397 aa  337  3e-91  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.035839  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00414  multidrug efflux system  48.53 
 
 
397 aa  337  3e-91  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00419  hypothetical protein  48.53 
 
 
397 aa  337  3e-91  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3582  acriflavine resistance protein E  51.21 
 
 
385 aa  336  4e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.372723  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3648  acriflavine resistance protein E  50.28 
 
 
385 aa  336  4e-91  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.444601  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3655  acriflavine resistance protein E  51.21 
 
 
385 aa  336  4e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.369196 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3689  acriflavine resistance protein E  51.21 
 
 
385 aa  336  4e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.10776 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4582  acriflavine resistance protein E  50 
 
 
385 aa  335  7e-91  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.153462  normal  0.314671 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3800  RND family efflux transporter MFP subunit  47.71 
 
 
404 aa  335  9e-91  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.582867  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0441  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50 
 
 
385 aa  334  1e-90  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4006  RND family efflux transporter MFP subunit  49.33 
 
 
386 aa  334  1e-90  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0525  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexA precursor  49.19 
 
 
442 aa  334  1e-90  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.106985  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3750  acriflavine resistance protein E  50 
 
 
385 aa  334  1e-90  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00329123  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3458  acriflavine resistance protein E  50 
 
 
385 aa  334  1e-90  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  3.10651e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0441  RND family efflux transporter MFP subunit  50 
 
 
385 aa  334  1e-90  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.693626 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0547  efflux transporter, RND family, MFP subunit  51.84 
 
 
410 aa  334  1e-90  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05530  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexA precursor  48.92 
 
 
383 aa  333  2e-90  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3586  RND family efflux transporter MFP subunit  49.06 
 
 
386 aa  334  2e-90  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4303  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50.14 
 
 
386 aa  333  3e-90  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3499  RND family efflux transporter MFP subunit  50.95 
 
 
395 aa  333  3e-90  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0344164  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0996  RND family efflux transporter MFP subunit  45.31 
 
 
397 aa  332  5e-90  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0497  RND family efflux transporter MFP subunit  50.54 
 
 
423 aa  332  7e-90  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.479969  normal  0.274836 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0518  secretion protein HlyD  51.41 
 
 
412 aa  332  8e-90  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03074  hypothetical protein  49.72 
 
 
385 aa  332  9e-90  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03123  cytoplasmic membrane lipoprotein  49.72 
 
 
385 aa  332  9e-90  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3560  acriflavine resistance protein E  49.72 
 
 
385 aa  332  9e-90  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0550362  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3583  acriflavine resistance protein E  50.94 
 
 
385 aa  332  1e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5940  HlyD family secretion protein  47.06 
 
 
425 aa  330  3e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.591185  normal  0.295801 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3719  RND family efflux transporter MFP subunit  52.25 
 
 
353 aa  329  5e-89  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03361  multidrug resistance efflux transporter  49.01 
 
 
385 aa  328  1e-88  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3816  multidrug efflux system protein MdtE  49.01 
 
 
385 aa  328  1e-88  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0409403 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3715  multidrug efflux system protein MdtE  49.01 
 
 
385 aa  328  1e-88  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00203932  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0200  efflux transporter, RND family, MFP subunit  49.01 
 
 
385 aa  328  1e-88  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0204  multidrug efflux system protein MdtE  49.01 
 
 
385 aa  328  1e-88  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0378135 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3999  multidrug efflux system protein MdtE  49.01 
 
 
385 aa  328  1e-88  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3241  efflux transporter, RND family, MFP subunit  47.14 
 
 
398 aa  328  1e-88  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03314  hypothetical protein  49.01 
 
 
385 aa  328  1e-88  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1070  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50.74 
 
 
397 aa  328  1e-88  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00558937  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2836  RND family efflux transporter MFP subunit  50.71 
 
 
446 aa  327  2e-88  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.113713  normal  0.378923 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4873  multidrug efflux system protein MdtE  48.73 
 
 
385 aa  326  3e-88  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1386  efflux transporter, RND family, MFP subunit  48.23 
 
 
384 aa  327  3e-88  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.178254 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0551  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50.56 
 
 
411 aa  327  3e-88  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.856573  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1026  RND family efflux transporter MFP subunit  50.75 
 
 
384 aa  326  5e-88  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.933063 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3911  multidrug efflux system protein MdtE  48.31 
 
 
385 aa  326  5e-88  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2325  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50.43 
 
 
446 aa  325  6e-88  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.116121  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4337  RND family efflux transporter MFP subunit  47.96 
 
 
384 aa  325  6e-88  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.235617 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5599  secretion protein HlyD  48.51 
 
 
418 aa  325  7e-88  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5963  RND family efflux transporter MFP subunit  48.51 
 
 
418 aa  325  7e-88  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0363452 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0569  RND family efflux transporter MFP subunit  48.5 
 
 
381 aa  325  8e-88  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6463  RND family efflux transporter MFP subunit  48.51 
 
 
418 aa  325  1e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.984064  normal  0.35165 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4427  RND family efflux transporter MFP subunit  48.23 
 
 
384 aa  324  2e-87  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.123796 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6204  RND family efflux transporter MFP subunit  46.79 
 
 
412 aa  323  3e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.103192  hitchhiker  0.00610274 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>