159 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_3568 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_3568  cytochrome c, class I  100 
 
 		 97 aa  199  9.999999999999999e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.199847  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0180  cytochrome c, class I  77.32 
 
 		 97 aa  170  5e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.245077  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0246  cytochrome c  78.35 
 
 		 97 aa  169  1e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00117918  normal  0.0109237 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4658  cytochrome c, class I  77.32 
 
 		 97 aa  165  2e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000774786 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0232  cytochrome c, class I  74.23 
 
 		 99 aa  163  9e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00113447  unclonable  0.0000000000238576 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0227  cytochrome c, class I  74.23 
 
 		 99 aa  163  9e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.495989  hitchhiker  0.00493696 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0232  cytochrome c, class I  74.23 
 
 		 99 aa  163  9e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0199425  unclonable  0.0000000000331566 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0216  cytochrome c class I  74.23 
 
 		 97 aa  162  1.0000000000000001e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0309264  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0232  cytochrome c class I  73.2 
 
 		 99 aa  161  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000496502  normal  0.108907 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0264  cytochrome c  73.2 
 
 		 99 aa  160  8.000000000000001e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0229  cytochrome c class I  72.16 
 
 		 99 aa  159  8.000000000000001e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000537114  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4023  cytochrome c class I  72.16 
 
 		 99 aa  159  8.000000000000001e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000136046  hitchhiker  0.0000237935 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0229  cytochrome c class I  72.16 
 
 		 99 aa  159  8.000000000000001e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000024603  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3726  cytochrome c, class I  69.79 
 
 		 99 aa  155  2e-37  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.334938  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0191  cytochrome c, class I  76.29 
 
 		 97 aa  150  4e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000235852  hitchhiker  0.00582407 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4286  cytochrome c, class I  75.26 
 
 		 97 aa  149  1e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000419984 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0156  cytochrome c5-like protein  50.52 
 
 		 96 aa  104  4e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3332  cytochrome c-type protein  49.48 
 
 		 96 aa  100  8e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2849  cytochrome c family protein  48.42 
 
 		 95 aa  97.1  7e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.0000128252  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2981  cytochrome c-type protein  47.42 
 
 		 95 aa  95.9  1e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72470  putative cytochrome  53.61 
 
 		 97 aa  95.5  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.240625  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0125  cytochrome c-type protein  45.83 
 
 		 100 aa  94.4  5e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0350268  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6290  putative cytochrome  56 
 
 		 97 aa  94.4  5e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.594105  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0142  cytochrome c5-like protein  45.83 
 
 		 100 aa  94.4  5e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.228578  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0054  cytochrome c-type protein  50.59 
 
 		 90 aa  94  6e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.293458 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3650  cytochrome c class I  47.73 
 
 		 112 aa  94  7e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0140  cytochrome c-type protein  44.79 
 
 		 100 aa  92.4  2e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5103  cytochrome c-type protein  45.83 
 
 		 100 aa  92.4  2e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.100412 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0072  cytochrome c, class I  52.63 
 
 		 136 aa  87.4  6e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.663637  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0461  cytochrome c, class I  46.34 
 
 		 137 aa  85.1  3e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.943206  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2556  cytochrome c5  49.37 
 
 		 135 aa  84.7  4e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000740682  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0183  cellulose binding, type IV  46.25 
 
 		 134 aa  84  6e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.314607  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0095  cytochrome c family protein  41.57 
 
 		 129 aa  84  7e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2655  hypothetical protein  52.05 
 
 		 142 aa  83.6  9e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2786  hypothetical protein  52.05 
 
 		 142 aa  83.2  0.000000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0286  putative cytochrome c, class I  40.66 
 
 		 111 aa  81.3  0.000000000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.721199 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0093  cytochrome c  48.68 
 
 		 135 aa  80.9  0.000000000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0144946  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00078  cytochrome c5  51.43 
 
 		 135 aa  80.9  0.000000000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0459  cytochrome c, class I  48.65 
 
 		 225 aa  80.5  0.000000000000007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0133127  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70340  putative cytochrome c(mono-heme type)  48.57 
 
 		 129 aa  79.7  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0260  cytochrome c, class I  38.46 
 
 		 111 aa  78.6  0.00000000000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0250  cytochrome c class I  40.43 
 
 		 148 aa  78.6  0.00000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.000000296226  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0033  cytochrome c, class I  48.72 
 
 		 167 aa  77  0.00000000000007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.198707  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00484  cb-type cytochrome oxidase subunit III  47.37 
 
 		 131 aa  77  0.00000000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0106  cytochrome c5  42.7 
 
 		 107 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001977  cytochrome c5  48.65 
 
 		 137 aa  76.6  0.0000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000375428  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0170  cytochrome c, class I  41.89 
 
 		 145 aa  76.6  0.0000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6074  cytochrome c5  45.45 
 
 		 142 aa  75.5  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0425  cytochrome C, class I  45.95 
 
 		 223 aa  75.9  0.0000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.501458  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69970  cytochrome c5  45.45 
 
 		 136 aa  75.1  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5267  cytochrome c5  47.3 
 
 		 121 aa  74.3  0.0000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0239  cytochrome c5  40.4 
 
 		 107 aa  74.3  0.0000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5177  cytochrome c5  47.3 
 
 		 140 aa  74.3  0.0000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.129919  normal  0.155967 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0336  cytochrome c, class I  49.28 
 
 		 288 aa  73.9  0.0000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.358353 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0203  cytochrome c5  45.95 
 
 		 140 aa  72.8  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.768078  hitchhiker  0.00155687 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2493  cytochrome c(mono-heme type)  44.29 
 
 		 120 aa  73.2  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0117122  normal  0.45598 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5319  cytochrome c5  45.95 
 
 		 140 aa  73.2  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.241325 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0205  cytochrome c, class I  46.38 
 
 		 185 aa  72.4  0.000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.641753  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0061  cytochrome c family protein  46.05 
 
 		 298 aa  72  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5522  cytochrome c5  44.59 
 
 		 138 aa  71.2  0.000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.224479 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0263  cytochrome c, class I  50 
 
 		 293 aa  71.2  0.000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47940  cytochrome c5 protein  45.45 
 
 		 134 aa  71.2  0.000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3877  cytochrome c, class I  44.59 
 
 		 147 aa  70.5  0.000000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3876  cytochrome c class I  43.59 
 
 		 300 aa  70.1  0.000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0029  cytochrome c class I  45.45 
 
 		 163 aa  70.1  0.000000000009  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00298904  hitchhiker  0.00000795968 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6104  putative cytochrome c(mono-heme type)  50 
 
 		 127 aa  70.1  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.415894  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0996  cytochrome c class I  42.5 
 
 		 103 aa  69.7  0.00000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0138  cytochrome c, class I  37.11 
 
 		 302 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1741  cytochrome c  42.86 
 
 		 123 aa  70.1  0.00000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0385  cytochrome c, class I  48.57 
 
 		 299 aa  69.7  0.00000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0249  cytochrome c5-like protein  41.89 
 
 		 136 aa  70.1  0.00000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0605  cytochrome c, class I  41.11 
 
 		 216 aa  68.9  0.00000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00227735  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3367  cytochrome c class I  45.33 
 
 		 297 aa  68.9  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1715  hypothetical protein  41.43 
 
 		 120 aa  68.9  0.00000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0128981  normal  0.195089 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3859  cytochrome c5  40.51 
 
 		 206 aa  69.3  0.00000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00000764521  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0150  cytochrome c class I  37.11 
 
 		 302 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0147  cytochrome c class I  36.73 
 
 		 297 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.206313  normal  0.547254 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3020  cytochrome c class I  45.33 
 
 		 298 aa  68.9  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.731004 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2963  hypothetical protein  41.67 
 
 		 537 aa  68.6  0.00000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2812  hypothetical protein  41.67 
 
 		 537 aa  68.2  0.00000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1141  cytochrome c, class I  45.45 
 
 		 159 aa  68.6  0.00000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.828692  normal  0.616371 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1062  cytochrome c class I  45.45 
 
 		 159 aa  68.6  0.00000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0498  cytochrome c class I  45.33 
 
 		 180 aa  68.2  0.00000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1890  hypothetical protein  38.78 
 
 		 102 aa  67.8  0.00000000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3330  cytochrome c, class I  36.08 
 
 		 296 aa  67.4  0.00000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.606623  normal  0.724551 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0146  cytochrome c5  43.06 
 
 		 266 aa  67  0.00000000009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.821024 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0654  cytochrome c class I  43.42 
 
 		 148 aa  66.2  0.0000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0315  cytochrome c class I  43.42 
 
 		 179 aa  66.6  0.0000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.326458  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0320  cytochrome c, class I  43.42 
 
 		 180 aa  66.6  0.0000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.388168 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3003  cytochrome c family protein  41.67 
 
 		 299 aa  66.2  0.0000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3322  cytochrome c, class I  42.67 
 
 		 297 aa  65.9  0.0000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0120  cytochrome c family protein  41.67 
 
 		 299 aa  66.2  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.830572  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2999  cytochrome c class I  42.11 
 
 		 319 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0221845 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3302  cytochrome c family protein  41.67 
 
 		 299 aa  66.2  0.0000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.933009  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1534  cytochrome c family protein  41.67 
 
 		 299 aa  66.2  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3918  cytochrome c5  41.67 
 
 		 299 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00486957  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3990  cytochrome c family protein  41.67 
 
 		 299 aa  66.2  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3068  cytochrome c family protein  41.67 
 
 		 275 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0840  putative cytochrome c5  39.19 
 
 		 157 aa  65.1  0.0000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.674138  normal  0.844917 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1398  putative cytochrome c-type protein  43.42 
 
 		 161 aa  64.7  0.0000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0906233  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>